两个马氏珠母贝养殖群体遗传多样性微卫星分析

以两个马氏珠母贝(Pinctada martensii Dunker)养殖群体为对象,采用微卫星分子标记技术对两个群体的遗传结构进行了研究,分析了各群体内的遗传多样性和两个群体间的遗传分化.结果表明,在广东养殖贝和三亚养殖贝群体中,分别获得232和230条扩增片段,两群体的平均观测杂合度分别为0.28和0.29,平均多态信息含量分别为0.44和0.46,平均有效等位基因数分别为2.25和2.13,显示两个群体的群体遗传多样性水平相差较小(p<0.05),两群体间遗传变异性小,其遗传多样性处于中等水平.两个养殖群体的基因分化系数(GST)为0.0448,群体之间属于轻度偏中度分化水平.     

马氏珠母贝选育群体4个世代的遗传变异

采用9个多态性微卫星位点分析马氏珠母贝(Pinctada fucata)壳高选育品系(JCS)4个世代的遗传多样性与遗传结构的变化。结果表明, 随着选育的进行,  4个世代每个位点的平均有效等位基因数(N_e)从2.096下降至1.435, 平均等位基因丰度(R_s)从3.556下降至 2.556, 平均观测杂合度从0.492渐次下降至0.269, 遗传多样性呈明显的下降趋势。随着选育世代的增加, 从等位基因频率的变化来看, 部分呈上升趋势, 部分呈下降趋势, 部分基本保持稳定, 其中, 一些低频基因甚至会趋于消失。在所有等位基因中, 大部分的频率呈随机变化趋势, 并在不同的世代间上下波动; HHM20- 158 bp的频率呈有规律的变化, 由中高频逐步上升至高频, 呈富集趋势。结论认为, 经过4代的选育, 马氏珠母贝选育群体遗传多样性呈降低趋势, 遗传结构趋于稳定。本研究旨在为后续的马氏珠母贝选育策略提供理论指导。

     

马氏珠母贝4个壳色选系F1幼虫的生长比较

2006年4月,从湛江流沙港马氏珠母贝(Pinctadam martensii)养殖群体挑选黑色、红色、黄色和白色壳色马氏珠母贝个体为亲本建立建立黑色、红色、黄色和白色壳色选系FI.分别在受精后第8天、14天和21大,从4个壳色系随机各取样50个幼虫,测量每个个体的壳长与壳高,并利用方差分析比较4个壳色系的生长差异.结果表明,实验期间4个壳色系的平均壳长和壳高存在显著的差异(P<0.05).在第8天、14天和21大,黑壳色系具有最大的平均壳长,分别为(105.77±6.47)Ixm、(132.20±13.48)μm和(198.17±22.61)μm;白壳色系具有最小的平均壳长,分别为(94.35±4.29)lam、(120.13±10.50)μm和(178.25±19.61)μm.在第8天、14天和21天,黑壳色系具有最大的平均壳高,分别为(99.47±6.22)μm、(126.83±9.87)μm和(187.73±7.54)μm;第8天和21天,白壳色系具有最小的平均壳高,分别为(87.33±5.02)μm和(172.70±13.78)μm;在第14天,黄壳色系具有最小的平均壳高(112.40±9.84)μm.本结果初步说明在幼虫阶段马氏珠母贝壳色和生长性状可能存在着一定的相关性.本研究旨在为马氏珠母贝的壳色系列进一步选育提供基础依据.[中国水产科学,2008,15(3):488-492]     

合浦珠母贝选育基础群体的遗传多样性评价

利用微卫星标记对2012年3月和6月分别构建的两批共17个合浦珠母贝(Pinctada fucata)选育基础群体进行了遗传多样性分析。6对微卫星引物在17个群体共680个个体中检测到29个等位基因,每个位点的等位基因数在2~7之间,平均有效等位基因数在2.06~3.07之间,平均观测杂合度在0.31~0.58之间,平均期望杂合度在0.46~0.65之间,平均多态信息含量在0.39~0.58之间,高度多态(PIC≥0.50)群体有11个(占64.7%)。Hardy-Weinberg平衡检验(卡方检验)的结果显示,在检测得到的102个数据结果中,有53个(占52.0%)极显著地偏离了Hardy-Weinberg遗传平衡(P0.01)。从遗传偏离指数(D)的结果可以看出,17个群体在不同的微卫星位点存在不同程度的杂合子缺失现象。本研究表明,两批群体的遗传多样性参数非常接近,每个群体的遗传多样性都较高,对群体之间的遗传距离和遗传分化格局有了初步的把握,为下一步交配设计构建下一代核心群体奠定了理论基础。     

合浦珠母贝4 种壳色选育系主要性状的比较分析

为评估合浦珠母贝(Pinctada fucata)白壳、黑壳、红壳和金壳色选育系F6代的育种性能,对养殖达18个月龄4种壳色合浦珠母贝的形态、质量、闭壳肌拉力和抗才女虫寄生病等12个性状指标进行了方差分析和多重比较。结果显示,4种壳色选育系间壳高、绞合线长、壳宽、体质量、壳质量、软体部质量、闭壳肌质量、闭壳肌拉力、右壳感染率和贝壳感染率均存在显著差异(P0.05)。综合相关分析表明,白壳色选育系可作为壳高和低才女虫感染率同时选育的最优育种群体,金壳色选育系可作为壳宽、体质量和闭壳肌拉力复合选育的最优育种群体。该研究结果为开展合浦珠母贝多性状复合选择育种工作提供了科学根据。     

合浦珠母贝选育家系的遗传多样性分析

该研究选取具有多态性的6对微卫星引物对构建的2批合浦珠母贝(Pinctada fucata)完全双列杂交家系的遗传多样性进行了分析。6个微卫星标记在9个家系360个个体中共检测到32个等位基因,有效等位基因(Ne)为1.758 7~3.586 5,观测杂合度(Ho)为0.144 4~0.488 9,期望杂合度(He)为0.432 0~0.722 2,Shannon指数(I)为0.691 9~1.507 4。9个家系都有单态位点,平均Ho为0.129 2~0.466 7,平均He为0.155 0~0.439 6,平均I为0.248 5~0.712 2。有19个位点(占35.19%)极显著地偏离Hardy-Weinberg平衡。各家系之间的遗传距离为0.109 0~1.137 2,遗传相似性系数为0.320 7~0.896 8。家系L4B46与L4B48的遗传距离最大,与D3D313的遗传距离最小。UPGMA法聚类分析显示,9个家系分为3支,L4B48单独成一支,B4D426、B4D427与D4B445聚成一支,其余家系聚成一支。该研究结果为合浦珠母贝家系选择育种的亲本选择与交配设计提供了科学依据。     

合浦珠母贝3个养殖群体遗传多样性的微卫星分析

采用微卫星分子标记对我国广东大亚湾、广西北海、海南三亚的合浦珠母贝养殖群体进行了遗传多样性分析.从49对引物中筛选出31对有效扩增引物,种群扩增获得9个多态位点,多态位点比例为29.03%.它们在3个群体共96个个体中产生了44个等位基因,平均每个位点产生4.889个.3个群体的平均期望杂合度分别为0.590、0.600、0.615;平均观察杂合度分别是0.393、0.425、0.325;平均多态信息含量PIC值分别是0.530、0.551、0.556.表明3个群体的遗传多样性处于较高水平.平均遗传偏离指数分别为-0.324、-0.336、-0.304;哈代-温伯格平衡检测发现,3个群体27个位点中21个位点偏离平衡状态.遗传分化和遗传距离分析表明,海南群体与广东群体之间的亲缘关系较近,而与广西群体的亲缘关系较远.     

合浦珠母贝不同壳色选育系F6数量性状的相关性和通径分析

为深入了解不同壳色合浦珠母贝(Pinctada fucata)形态性状与体重间的关系,为亲贝的选择提供策略,本研究使用合浦珠母贝传统壳色、金壳色、白壳色、红壳色和黑壳色5种壳色选育系F6各1000只个体的性状数据进行通径分析和聚类分析。测量的性状包括壳长(SL,mm)、壳高(SH,mm)、壳宽(SW,mm)、绞合线长(HL,mm)和体重(BW,g)。结果显示,5种壳色合浦珠母贝所有形态性状与体重间的相关系数均达到极显著(P0.01)。通径分析表明,壳长对传统壳色和白壳色贝体重的直接影响最大,壳高对金壳色和红壳色贝体重的直接影响最大,壳宽对黑壳色贝体重的直接影响最大。利用多元回归方法构建不同壳色合浦珠母贝形态性状与体重(BW,g)间的回归方程,其中传统壳色:BW=-24.999+0.467SL+0.387SH-0.259SW+0.244HL;金壳色:BW=-38.661+0.305SL+0.477SH+0.242SW+0.375HL;白壳色:BW=-4.130+0.332SL+0.300SH-0.307SW+0.088HL;红壳色:BW=-27.307+0.327SL+0.321SH+0.252SW+0.305HL;黑壳色:BW=-40.921+0.278SL+0.335SH+1.076SW+0.269HL。聚类分析显示,传统壳色与金壳色形态特征相近,而白壳色、红壳色和黑壳色形态特征相近。     

大黄鱼连续4代选育群体遗传多样性与遗传结构的微卫星分析

利用13个多态性微卫星位点分析了大黄鱼官井洋优快01品系F1到F44个选育世代的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示,随着选育的进行,4个世代群体遗传多样性指标值渐次下降,F1到F413个微卫星位点的平均多态信息含量从0.638下降到0.524,平均等位基因数从5.462下降到4.308,平均观测杂合度从0.779下降到0.532,平均Shannon多样性指数从1.356下降为1.092。F1与其后各代遗传相似系数逐渐减小(从0.7194到0.5813),遗传距离逐渐增加,而相邻世代间的遗传相似性逐步升高,遗传分化指数(FST)渐次变小(F1～F2为0.0619,F2～F3为0.0511,F3～F4则为0.0475)。随着选育的进行,微卫星位点LYC0002和LYC0054等位基因频率有规律地发生变化,推测其可能与选育性状存在遗传上的相关。结果表明,经过连续4代的选育,部分不利基因遭到淘汰,选育群体的遗传基础逐步得到纯化,基因型逐渐趋向纯合、稳定,经进一步的选育可望获得较稳定的品系。     

翘嘴鳜连续4代选育群体遗传多样性及遗传结构分析

利用微卫鳜星分子标记技术对翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)选育群体世代F1至F4的遗传结构进行分析,并以长江中游野生翘嘴作为对照群体。结果显示:筛选出的7个微卫星位点在5个实验群体中共检测到了149个等位基因;随着选育的进行,4个世代群体遗传多样性参数逐代下降,平均等位基因数从5.14下降到2.57,平均观测杂合度从0.405下降到0.229,平均多态信息含量从0.702下降到0.424。野生群体与选育群体间的遗传距离逐代增加(从0.345 4到0.751 7),遗传相似度逐代减小(从0.707 9到0.471 6),遗传分化指数逐代增大(从0.093 8到0.239 7)。结果表明,经过连续4代选育,部分位点的基因型逐渐趋向纯合,在多数位点上4代群体仍表现出较高遗传多样性。     

马氏珠母贝红色壳家系不同世代遗传变异的SRAP分析

利用SRAP（sequencerelated amplified polymorphism,序列相关扩增多态性）标记对马氏珠母贝红色壳家系第一代到第三代（F₁、F₂、F₃）及回交家系（BC₁）的遗传变异进行了分析。7对SRAP引物共产生63条扩增带,其中多态性条带55条,平均每对引物组合产生7.86条多态标记。 在F₁,F₂及F₃三代中,Shannon信息指数和Nei氏基因多样性指数显示世代群体的遗传多样性呈下降趋势,但差异并不显著（P>0.05）。随着世代的增加,相邻世代群体之间的遗传分化有逐渐降低的趋势,而世代内遗传相似性逐渐增加。BC₁与F₁的遗传相似度高于F₃与F₁间,表明回交能使后代个体更趋向轮回亲本。     

泥东风螺EST-SSR开发及其群体遗传多样性分析

本研究采用MISA软件分析泥东风螺(Babylonia lutosa)转录组中微卫星信息。结果显示,从转录组中共获得16324个SSR,共有181种重复基元;泥东风螺转录组中不同类型微卫星的重复基元具有不同的分布特征,其中,二核苷酸重复基元中AC/GT(70.58%)重复基元以重复6次出现频率占优;长度为12~20 bp的SSR占63.95%,长度为21~25 bp的SSR占9.14%,总体的平均长度为18.4 bp。随机选取其中50条序列设计引物,通过对福建野生泥东风螺群体(WP)DNA样本进行PCR扩增和分型,结果获得23个多态性位点,等位基因数目为2~7个不等,期望杂合度(Ne)为0.190~0.937,观察杂合度(No)为0.065~0.936,多态性信息含量(PIC)为0.061~0.777,有4个位点显著偏离哈迪温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium, HWE) (P<0.05)。对野生群体和养殖群体(BP)遗传多样性分析显示,野生群体和养殖群体的平均Ne分别为0.491和0.544,平均No分别为0.477和0.564,平均PIC分别为0.541和0.407。Fis结果显示,野生群体和养殖群体分别有13个和9个位点杂合子过剩。群体间遗传分化指数(Fst)为0.001~0.655,平均值为0.053 (0.05相似文献   

广西合浦珠母贝3个不同群体遗传关系分析

为探索广西合浦珠母贝群体内杂交组合方式,分别从北海野生群体(F₁)、选育群体(F₄)和养殖群体中随机挑选2龄种贝样本15个,进行简化基因组测序,通过单核苷酸多态标记解析3个群体的遗传关系。研究结果显示,获得超过585 000个单核苷酸多态标记,野生群体、选育群体和养殖群体的观测杂合度分别为0.1975、0.1679和0.1783,期望杂合度分别为0.2545、0.2469和0.2732,平均近交系数分别为0.2075、0.3449和0.3465,多态信息含量分别为0.2032、0.2089和0.2241,选育群体近交系数与养殖群体相近,野生群体和养殖群体的群体遗传多态高于选育群体。系统进化树和主成分分析显示,选育群体与养殖群体部分样品亲缘关系较近。选育群体和养殖群体之间的遗传分化指数最低,部分亲本同源的可能性较大;野生群体、选育群体和养殖群体的平均长纯合片段数分别为59.1、49.5个和56.6个,长纯合片段平均长度分别为0.312、0.313 Mb和0.311 Mb,平均单核苷酸多态标记含量分别为59、50和73,近交系数F_ROH...     

生长适温下马氏珠母贝黄壳色选系 F1与养殖群体消化酶活力的比较

2006年4月,从流沙港马氏珠母贝养殖群体中挑选11个纯黄壳色个体为繁殖群体建立了马氏珠母贝(Pinctada martensii)黄壳色选系F1(SG1)。同时,随机选取养殖群体中50个个体作为繁殖群体建立了对照组(CG)。2007年10月,从2个组分别选取相同规格的个体,比较了生长适温(15～30℃)下2个组的消化酶活力。结果表明:(1)马氏珠母贝肝胰脏中具有淀粉酶、纤维素酶和蛋白酶活力,在15～30℃条件下,三者活力由高到低依次为淀粉酶、纤维素酶、蛋白酶。(2)在15～30℃范围内,马氏珠母贝淀粉酶活力随温度升高先上升再下降,在温度25℃时达到最大值;SG1组和CG组淀粉酶活力变化范围分别为3.51～5.09μg·min-1·mg-1和2.53～4.04μg·min-1·mg-1;各反应温度下,SG1组淀粉酶活力均高于CG组,在15℃和20℃时,二者差异显著(P0.05)。(3)在15～30℃范围内,马氏珠母贝纤维素酶活力随温度上升而上升,在温度30℃时达到最大值;SG1组和CG组纤维素酶活力变化范围为(2.44～3.22)μg·min-1·mg-1和(2.07～3.12)μg·min-1·mg-1;各实验温度下,SG1组纤维素酶活力均高于CG组,但差异均不显著(P0.05)。(4)在15～30℃范围内,马氏珠母贝蛋白酶活力随温度上升而升高,在温度30℃时达到最大值;SG1组和CG组蛋白酶活力变化范围为(0.075～0.296)μg·min-1·mg-1和(0.067～0.455)μg·min-1·mg-1。在15℃时,SG1组蛋白酶活力大于对照组,差异不显著(P0.05);在20℃、25℃、30℃时,CG组蛋白酶活力显著大于SG1组(P0.05)。本研究结果表明,经过一代壳色选育后黄壳色选系与对照组的消化生理指标存在明显差异,为马氏珠母贝的黄壳色系进一步选育提供依据。     

微卫星分析鲤鱼杂交系F2代家系群体遗传多样性

利用10个微卫星分子标记,对8个鲤鱼杂交系家系进行遗传多样性分析,结果显示:10对微卫星引物在鲤鱼杂交系F2代8个家系共240个个体中均获得了稳定、清晰的扩增条带,并在个体间表现出不同程度的多态性。共检测到59个等位基因,位点等位基因数在3~9个,平均等位基因数5.9个,片段长度在129~371 bp,有效等位基因在1.533~5.821,平均为3.452 5;观测杂合度在0.421~0.882,平均为0.647,期望杂合度在0.506~0.826,平均0.628;多态性信息含量(PIC)在0.452~0.815,平均多态信息含量0.675,为高度多态性;个体间遗传距离0.3586~0.8302,相似性系数在0.5012~0.7906。8个家系中,20号家系与59号家系的遗传距离最小,为0.357 3;20号家系与35号家系遗传距离最大,为0.830 2。实验结果表明:该鲤鱼杂交系F2代群体遗传多样性水平较高,等位基因数量较多,杂合度较高,多态信息含量丰富,家系间没有受到近交的影响,具有较大的选育潜力。     

合浦珠母贝2个野生种群的遗传多样性

用形态特征比较与同工酶电泳分析相结合的方法，对产于我国部湾和大亚湾的野生合浦珠母贝（pinctada martensii)的遗传多样性进行研究，结果表明，在贝壳形态方面，北部湾种群的平均壳长与壳高都略大于大亚湾种群，壳高与壳长呈乘幂相关，壳宽与壳长呈对数相关，大亚湾种群的壳宽指数，壳重指数和肥满度指标都大于北部湾种群，用聚丙烯酰胺梯度凝胶电泳检测由26个位点编码的12种同工酶，2种群都显示出较高的多态性，北部湾种群多态位点的比率为38．46％，大亚湾种群则为46．15％，都表现出明显的杂合子缺失现象，北部湾种群的平均杂合度（0．0999）小于大亚湾种群（0．1243），2种群之间的遗传距离为0．0159,本文还讨论了引种2种群杂合子缺失现象的原因，并认为生化遗传分析的结果与2个种群的形态特征是相关联的。     

利用微卫星荧光多重PCR技术分析壳白长牡蛎3代人工选育群体的遗传多样性

为了探讨壳白长牡蛎人工选育对群体遗传变异的影响,实验利用4个多重PCR组合共10个微卫星标记分析了连续3代壳白长牡蛎人工选育群体和野生群体及基础群体的遗传多样性。结果发现,6个群体的平均等位基因数量为7.2~12.6,等位基因丰度为6.8~11.0,期望和观测杂合度分别为0.672~0.769和0.486~0.542;与野生群体相比,3代选育群体的平均等位基因数显著降低,但平均期望杂合度并无显著差异。哈迪—温伯格平衡检验结果显示,在60个群体—位点组合中有39个群体—位点组合显著偏离哈迪—温伯格平衡,近交系数F_(is)范围为0.215~0.342。群体间遗传分化指数F_(st)范围为0.005~0.076,处于中—低等的遗传分化水平。研究表明,虽然连续选育对群体的遗传多样性和遗传分化造成了一定程度的影响,但人工选育群体依然表现为较高的遗传多样性,仍可以一定的选择压力对选育群体进行人工选育。     

利用微卫星标记进行马氏珠母贝家系遗传结构分析与系谱认证

为改良马氏珠母贝养殖群体性状,2010年4月,从马氏珠母贝选育系F3选择性腺成熟个体为亲本,建立了36个家系,按照常规技术进行幼体培育和海区养成.2010年11月,从36个家系中随机选取4个家系,每个家系取样30个个体,利用13对微卫星引物进行家系遗传结构和系谱鉴别分析.结果显示,(1) 13个微卫星引物在4个家系中共检测到39个等位基因,每个位点的等位基因数为2～5,4个家系的平均观测杂合度(Ho)为0.531 ～0.597,平均期望杂合度(He)为0.474 ～0.507;(2)根据子代基因型成功地推断出4个家系的亲本基因型,据此鉴别各个家系;用UPGMA法对120个样本进行聚类分析,98.3％的同一家系的子代个体能够聚到一起,分类结果与系谱来源基本一致.结果说明,这4个家系具有较高的遗传多样性和家系间具有明显的遗传分化;微卫星标记能有效地为马氏珠母贝群体的系谱分析提供技术支持.     

福建牡蛎选育群体的遗传多样性

利用8个微卫星标记对福建牡蛎(Crassostrea angulata)基础群体、‘金蛎1号’选育系F6和野生群体进行遗传多样性分析。结果表明,每个位点在各群体的等位基因数为7~24个,各群体在所有位点的平均等位基因数为10.3~17.6个,平均等位基因丰度为9.8~16.8。平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.655~0.662和0.788~0.872。经邦弗朗尼校正,哈迪–温伯格平衡检验结果显示,在24个群体–位点组合中18个群体–位点组合显著偏离平衡(P0.01)。群体内近交系数F_(is)值介于0.0095~0.2874,平均值为0.1992,遗传分化系数F_(st)介于0.0224~0.1627,平均值为0.0767,暗示选育群体中存在较低水平的非随机交配现象,属于中度偏低分化。研究表明,连续的选育对群体的遗传分化产生了一定的影响,但是,选育群体仍然具有较高水平的遗传多样性。     

大口黑鲈选育群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP技术对大口黑鲈(Micropterus salmoides)F3、F4代选育群体的遗传结构进行分析,并计算2个选育群体和一个对照养殖群体的遗传多态度、遗传距离及分化系数。结果显示,8对AFLP引物共扩增到262条带,其中多态性条带有80条,每对引物检测到的多态性条带在5～13之间。F3、F4代选育群体和对照养殖群体的多态性位点比例分别为29.36%、29.20%、30.29%。Shannon多样性指数分别为0.2017,0.1955,0.2042。结果表明,选育群体相较于对照养殖群体多态位点比例和遗传多态度均有所下降。群体间的遗传变异平均为0.0752,由此可见,92.48%的遗传变异来自于群体内,而只有7.52%的遗传变异来自于群体间,这初步显示了大口黑鲈在遗传上的稳定性,群体尚具有一定的选育潜力,可继续进行人工选育。