ＰＬＦＡ法和ＤＧＧＥ法分析堆肥细菌群落变化

同时采用PLFA(Phospholipid fatty acid)谱图分析法和DGGE(Denaturing gradient gel electrophoresis)法分析农业废物堆肥化过程中细菌群落的变化.结果表明:(1)单体PLFA数据显示样品之间的群落结构有明显差异,随着堆肥进程的进行,群落在不断演替,PLFA数据可以较为明确地表征微生物生物量的变化,但不能给出具体的物种变化信息;(2)DGGE分析显示堆肥过程中的样点和DGGE条带数据都存在3大主要类别,堆肥过程中细菌群落结构至少经历了3个阶段的演替,即嗜温细菌群落、高温细菌群落和腐熟期细菌群落.堆肥过程是微生物群落结构与堆肥温度相互制约的过程;(3)虽然两类方法显示的信息并不完全一致,但也因此说明了不同方法显示的信息并不是绝对的,采用各类方法组合研究堆肥微生物的信息变化是很有必要的.     

活性污泥驯化过程中芘降解菌的群落多样性分析

将采自炼油厂污水处理生化反应池的活性污泥以芘为唯一碳源进行富集培养与驯化,通过对6个不同时期混合菌群总DNA的提取,采用降落式PCR和变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对细菌16S rDNA 基因V3区进行扩增和产物分离,对活性污泥驯化过程中芘降解菌的群落多样性进行了研究.结果表明,在驯化过程中,芘降解菌的群落结构和种群数量存在明显的演替过程,芘浓度的大小是影响芘降解菌的群落结构和种群数量的重要因素.     

基于PCR-DGGE技术的剑湖湿地湖滨带土壤微生物群落结构多样性分析

为了解剑湖湿地湖滨带植物根际土壤中细菌的群落结构特征多样性,应用PCR-DGGE 技术对剑湖湿地湖滨带4种植物根际土壤细菌的群落结构进行了研究,根据 DGGE 指纹图谱,对它们的遗传多样性进行了分析。结果表明,不同植物群落根际和非根际土壤细菌多样性指数（H′）、丰度（S） 和均匀度（J）均有所不同,根际土壤细菌多样性指数、均匀度、丰富度均高于非根际,其中茭草根际土壤细菌多样性指数、均匀度、丰富度均最高,说明植物群落类型与土壤微生物多样性的关系十分密切;不同植物群落根际土壤细菌群落结构相似性较高,非根际土壤细菌群落结构相似性较低,在82%的相似水平上聚为4大类群,根际土壤细菌和茭草非根际土壤细菌聚为一类,其余非根际土壤细菌各聚为一类,说明植物群落对微生物群落结构具有一定的影响。对 DGGE 的优势条带序列分析,同源性最高的微生物分别属于变形菌门（Proteobacteria）、草酸杆菌科（Oxalobacteraceae）、紫色杆菌属（Janthinobacterium）、杜擀氏菌属（Duganella）、埃希氏菌属（Escherichia）和链球菌属（Streptococcus）,它们均为未培养微生物。不同植物群落根际土壤氮磷含量均有所差异,其中茭草根际土壤氮磷含量最高,湿地土壤细菌多样性与土壤有机质、总N、总P的含量呈正相关关系,土壤细菌多样性与土壤pH值呈负相关关系。     

利用PCR-DGGE方法研究添加复合菌剂对堆肥微生物群落的影响

为研究接种复合菌剂对堆肥微生物群落变化的影响,以奶牛粪便和稻草为原料进行堆肥试验,设添加复合菌剂BLD(由3株木质纤维素降解细菌组成,经测序鉴定分别为枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、假单胞菌属中未鉴定种)和不加菌剂两个处理,利用传统平板培养与聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)方法相结合研究两种堆肥处理对微生物群落演替的影响.结果表明,基于传统培养方式,微生物数量呈升高-降低-升高-降低的趋势,且细菌数量明显大于真菌数量;DGGE图谱显示,两种堆肥处理的条带数呈现与传统培养相似的变化趋势.接种菌株在堆肥初期成功定殖,高温期成为优势菌株,降温期优势逐渐减弱.接种菌剂增加了堆肥中细菌数量,提高了堆肥微生物群落多样性,从而促进堆肥微生物群落演替,缩短堆肥腐熟时间.     

不同海拔高寒森林凋落物分解过程中土壤微生物群落的变化

为探究高寒森林凋落物分解过程中土壤微生物群落结构的变化,揭示海拔对土壤微生物群落和凋落物分解的影响,本研究于西藏色季拉山3 500～4 300 m海拔梯度开展为期一年的凋落物掩埋实验,结合微生物群落结构变化和不同海拔凋落物降解规律来分析,阐明土壤理化性质、微生物群落结构和凋落物分解的响应关系。结果表明：不同海拔土壤细菌群落组成相对稳定,优势菌门丰度受总氮、碳氮比显著影响（P<0.05）;土壤含水率、碳氮比显著影响真菌优势菌门变化（P<0.05）;细菌和真菌群落的α-多样性指数均受海拔、凋落物降解及二者交互作用的显著影响（P<0.001）。高海拔（4 100和4 300 m）和低海拔（3 500、3 700和3 900 m）土壤微生物群落结构分别具有一定相似性,而不同海拔细菌和真菌共生网络复杂程度差异较大;掩埋1年后,凋落物在不同海拔的降解率为28.2%～45.2%,碳氮比与凋落物降解率呈显著负相关关系（P<0.05）。研究发现,海拔、碳氮比、土壤含水率均对细菌、真菌群落演替和凋落物降解率产生直接或间接的影响,真菌群落较细菌群落对凋落物降解贡献更大。本研究可为色季...     

PCR-DGGE 技术分析不同染料对厌氧污泥中微生物群落结构的影响

为了揭示在生物法处理印染废水过程中废水所含染料种类的变化对厌氧脱色菌群群落结构的影响,采用8 种不同的染料进行浓度梯度驯化从厌氧污泥中富集得到的脱色菌群,测定了驯化后菌群对其驯化染料的脱色率,并将获得的各个菌群基因组DNA 以细菌16S rDNA V3 区通用引物进行PCR 扩增,将扩增产物进行变性梯度凝胶电泳（DGGE）,获得菌群的基因组DNA 特征指纹图谱。脱色试验结果显示,经偶氮染料驯化后的菌群对其驯化染 料的脱色率要高于经蒽醌染料驯化的菌群。DGGE 图谱表明经不同染料驯化后,菌群结构发生了显著变化,其中菌群经活性黑5 和酸性蓝127 驯化后菌种数减少明显。另外,对菌群的12 条优势菌条带进行克隆测序,通过Blast 比对,它们分别属于乳杆菌属（Lactobacillus）、肠球菌属（Enterococcus）、乳球菌属（Lactococcus）和双歧杆菌属（Bifidobacterium）,在菌群对染料的脱色过程中发挥了重要作用。     

PCR反应程序对土壤微生物PCR-DGGE分析的影响

利用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)探讨不同PCR反应程序(降落式PCR、巢式-降落式PCR、普通PCR、巢式PCR)对土壤微生物PCR-DGGE群落结构和种群多样性分析的影响。利用Quantity One4. 6. 2软件对DGGE指纹图谱进行数字化处理,并计算相应PCR程序下DGGE图谱的多样性指数、丰富度指数、均匀度指数和不同反应程序下图谱的戴斯系数,应用SPSS 16. 0软件对相关指数进行方差分析,检测不同反应程序间各指数的差异显著性。不同PCR反应程序在土壤微生物PCR-DGGE分析时,其群落结构和种群多样性指数间存在明显差异。单纯应用降落式PCR虽然提高了扩增的特异性,却降低了扩增效率,其DGGE图谱丰富度较低,多样性较差,与其他反应程序的DGGE图谱相似度较低;普通PCR反应的DGGE图谱多样性和丰富度较高,与2种巢式PCR相似,然而由于普通PCR在复杂模板情况下容易发生错配,难以保证扩增特异性,因而夸大样品中微生物种群多样性,与2种巢式PCR的DGGE图谱相似度较低。2种巢式PCR反应程序下的DGGE图谱条带丰富,多样性高,群落结构相似度高,能比较全面和科学地反映样品中微生物群落结构和种群多样性。因此,在利用PCR-DGGE分析土壤微生物群落结构和种群多样性时,采用巢式PCR(包括巢式PCR和巢式-降落式PCR)比较合适。研究PCR反应程序对土壤微生物PCR-DGGE分析的影响,可为PCR-DGGE技术在土壤微生物群落结构和多样性分析中的应用和完善提供理论依据。     

人工湿地不同工艺的污染物去除及微生物群落结构分析

实验监测湿地系统中ρ(TN),ρ(NH4+-N),ρ(TP),ρ(CODCr)和ρ(BOD5)的沿程变化情况,并应用PCR-DGGE技术对湿地5种运行工艺的微生物群落结构进行了研究,结果表明:不同工艺组合的污染物浓度均沿程下降,但去除效率存在一定的差异性.DGGE指纹图谱分析结果表明,不同工艺组合细菌多样性指数(H)、丰度(S)和均匀度(EH)均有所不同.其中两级潜流细菌多样性指数沿程有所增加,其余工艺细菌多样性指数沿程都略有下降;单一的潜流或表流运行工艺的微生物丰度要远小于组合工艺的微生物丰度.对不同工艺组合细菌群落相似性分析结果表明,两级潜流沿程细菌群落相似度下降,潜流+表流组合工艺沿程细菌群落相似度上升,两级表流沿程细菌群落相似度呈现出先升高后下降的趋势.     

长期有机污水灌溉对土壤固氮细菌种群的影响

固氮细菌是土壤生态系统中十分重要的功能群之一,在土壤氮素循环中发挥着不可替代的作用。本文通过传统培养方法和固氮基因（nifH）PCR—DGGE指纹图谱分析方法,从微生物功能群角度,研究了长期有机污水灌溉对土壤表层和亚表层固氮细菌种群数量和多样性的影响。结果表明,土壤表层固氮细菌数量随土壤污染的增高而不同程度减少,亚表层自生固氮菌数量无明显变化。从DGGE指纹图谱结果来看,对照清洁土壤的固氮细菌种群多样性较丰富,其Shannon指数在表层为2．4674,在亚表层为2．8210,分别高于受有机污水灌溉不同年限的土壤固氮细菌种群shannon指数,且种群的相似程度有所差异。说明种群结构发生了一定的变化。改清灌3a和改清灌30a土壤固氮细菌种群shannon指数分别略有增加,但种群结构并没有得到完全恢复。污水灌溉对土壤固氮细菌种群的影响具有长期的生态效应,是导致土壤生态与结构功能改变的重要因素之一。     

不同蔬菜连作对土壤细菌DNA分子水平多态性影响的研究

 采用从土壤中直接提取微生物总DNA，并用细菌16S rDNA特异性引物进行PCR扩增、变性梯度凝胶电泳（DGGE）、克隆和测序等一系列分子生物学手段，研究了不同蔬菜连作对土壤中细菌群落结构的影响。结果表明,采自同一地区的土壤样品，其DGGE图谱的相似性很高；同时蔬菜连作对土壤中细菌的群落组成产生影响，这种影响同蔬菜作物种类和连作年限有关。研究结果还表明，所取土样中的细菌大多数为Proteobacteria 类细菌，另外Acidobacteria、Sphingobacteria和Actinobacteria 类细菌只占少量比例。     

喷施Bt杀虫剂对土壤微生物生物量和多样性的影响

应用氯仿熏蒸法和聚合酶链式反应?鄄变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）技术研究了菜地土和松林土喷施苏云金杆菌Bacillus thuringiensis（Bt）杀虫剂后,土壤微生物量和细菌群落结构及多样性的变化特征。研究结果表明:菜地土喷施Bt杀虫剂后,土壤微生物量呈现先减少后增加再减少的变化趋势;松林土喷施Bt杀虫剂后,土壤微生物量碳则呈现出增加的趋势;2种土壤均在喷施1 315 ghm－2的Bt杀虫剂后,微生物量碳达到最大值。微生物群落结构分析表明,菜地与松林土壤变性梯度凝胶电泳（DGGE）图谱带型有较大的差异,菜地土壤细菌群落具有更高的丰富度。土壤类型是决定微生物群落结构相似性的关键因素,Bt杀虫剂梯度喷施并不足以形成新的群落结构。菜地土喷施Bt杀虫剂后微生物多样性指数显著上升（P＜0.05）,而松林土则表现出显著下降（P＜0.05）或不变的趋势。图3表3参20     

1株能够分解木质素的泛菌的分离与鉴定

木质素紧密结合在纤维素外层,由于其结构的复杂性和稳定性,是纤维素资源利用中的一大障碍.目前微生物降解木质素的研究主要集中在以白腐菌为代表的真菌上,细菌在木质素降解中的作用有待研究.试验从洋葱腐烂茎秆中取土样,经过碱木质素为唯一碳源的限制性筛选和继代培养,并以愈创木酚为唯一碳源的培养基进行显色反应,最终得到了一株具有木质素分解能力的细菌.通过16S rDNA和gyrB基因测序对该菌株进行鉴定,发现该细菌属于泛菌属.与泛菌属的植物病原菌不同,该细菌不具备致病性,可用于进一步的木质素的细菌分解以及纤维素的综合利用研究.     

PCR-DGGE技术分析生物膜工艺微生物群落多样性

为了揭示生物膜法工艺处理模拟生活废水过程总细菌群落结构的多样性,分别取系统启动初期和运行后期瓷板滑面、瓷板粗面、白胶板和黑实验台板上的附着生物膜,通过细胞裂解直接提取基因组DNA,以细菌通用引物进行16S rRNA基因V3区域PCR扩增,将PCR产物进行变性梯度凝胶电泳,获得微生物群落的DNA特征指纹图谱.结果表明,不同区段微生物群落间相似度最高达78.3％,最低达41.4％,不同生物膜样品既存在共同的微生物种属也存在特异微生物种属.但系统启动初期运行后期的生物膜群落结构较稳定,演替不明显.另外,对该生物膜群落的部分优势细菌进行了克隆测序和系统发育树分析,通过鉴定获得5条细菌16S rDNA序列,它们分别与梭状芽孢杆菌属、梭菌属和单胞菌属的同源性在97％以上,这些优势微生物在生物膜工艺去除有机物的过程中起重要作用.     

一组高效棉秆降解菌复合系的构建及其降解特性研究

根据微生物之间协同作用的原理,采用多代淘汰及不同系之间组配的方法,筛选构建了一组高效棉秆降解菌复合系--ZFC菌系.在不同培养条件下对ZFC菌系进行液体发酵,研究比较了发酵过程中的pH、棉秆失重率、菌体生长、纤维素酶活力等指标.结果表明:28℃静置液体培养条件更适合ZFC菌系的生长产酶和对棉秆的降解.在28℃静置培养条件下经过13 d的液体发酵,ZFC菌系对棉秆中纤维素、半纤维素和木质素的降解率分别为21.0;、65.1;和46.3;,说明研究所构建的一组棉秆降解菌复合系--ZFC菌系可加速棉秆的降解.     

Microbial community structure and functional metabolic diversity are associated with organic carbon availability in an agricultural soil

Exploration of soil environmental characteristics governing soil microbial community structure and activity may improve our understanding of biogeochemical processes and soil quality. The impact of soil environmental characteristics especially organic carbon availability after 15-yr different organic and inorganic fertilizer inputs on soil bacterial community structure and functional metabolic diversity of soil microbial communities were evaluated in a 15-yr fertilizer experiment in Changping County, Beijing, China. The experiment was a wheat-maize rotation system which was established in 1991 including four different fertilizer treatments. These treatments included: a non-amended control(CK), a commonly used application rate of inorganic fertilizer treatment(NPK); a commonly used application rate of inorganic fertilizer with swine manure incorporated treatment(NPKM), and a commonly used application rate of inorganic fertilizer with maize straw incorporated treatment(NPKS). Denaturing gradient gel electrophoresis(DGGE) of the 16 S r RNA gene was used to determine the bacterial community structure and single carbon source utilization profiles were determined to characterize the microbial community functional metabolic diversity of different fertilizer treatments using Biolog Eco plates. The results indicated that long-term fertilized treatments significantly increased soil bacterial community structure compared to CK. The use of inorganic fertilizer with organic amendments incorporated for long term(NPKM, NPKS) significantly promoted soil bacterial structure than the application of inorganic fertilizer only(NPK), and NPKM treatment was the most important driver for increases in the soil microbial community richness(S) and structural diversity(H). Overall utilization of carbon sources by soil microbial communities(average well color development, AWCD) and microbial substrate utilization diversity and evenness indices(H' and E) indicated that long-term inorganic fertilizer with organic amendments incorporated(NPKM, NPKS) could significantly stimulate soil microbial metabolic activity and functional diversity relative to CK, while no differences of them were found between NPKS and NPK treatments. Principal component analysis(PCA) based on carbon source utilization profiles also showed significant separation of soil microbial community under long-term fertilization regimes and NPKM treatment was significantly separated from the other three treatments primarily according to the higher microbial utilization of carbohydrates, carboxylic acids, polymers, phenolic compounds, and amino acid, while higher utilization of amines/amides differed soil microbial community in NPKS treatment from those in the other three treatments. Redundancy analysis(RDA) indicated that soil organic carbon(SOC) availability, especially soil microbial biomass carbon(Cmic) and Cmic/SOC ratio are the key factors of soil environmental characteristics contributing to the increase of both soil microbial community structure and functional metabolic diversity in the long-term fertilization trial. Our results showed that long-term inorganic fertilizer and swine manure application could significantly improve soil bacterial community structure and soil microbial metabolic activity through the increases in SOC availability, which could provide insights into the sustainable management of China's soil resource.     

Stability Analysis of a Lignocellulose Degrading Microbial Consortium

An active mesophilic lignocellulose degrading microbial consortium, designated LZF-12, was bred from humus-rich soil by successive subcultivation under facultative aerobic static condition. Batch experiments were performed to investigate the structural and functional stability of lignocellulose degradation of rice straw of 10 g · L-1. The results showed that efficient degradation of rice straw(70%) could be achieved and acetic acid concentration accounted for over 70% of total aqueous products from different generations by microbial consortium LZF-12 within 7 days. Denaturing gradient gel electrophoresis(DGGE) and sequencing of 16 S r DNA sequences amplified from the total consortium DNA representing the presence of sequences were related to those of Clostridium, Clostridium cellulolyticum, Pseudomonas, Acetivibrio and some uncultured bacteria in LZF-12. DGGE pattern profiles from different LZF-12 generations were reproducible, suggesting the relative stabilities of the microbial community structure and succession mechanism in the established consortium.     

常温秸秆还田菌群的筛选及分解稻秆特性研究

【目的】对一组人工构建的常温(28℃)菌群的分解能力及分解性质进行研究,以获得常温下能够分解秸秆的微生物群及人工加速秸秆还田的分解技术。【方法】以多年堆积的稻草腐烂物为菌源,用改良的Mandels培养基经长期富集培养和定向驯化获得一组稳定的纤维素分解菌群。以标准的纤维素酶活性测定方法对分解过程中酶的活性进行评定,利用气质联机测定分解后的挥发性产物,用变性梯度凝胶电泳(DGGE)监测分解过程中菌种动态变化。【结果】5d后稻秆总减重量达到39.6%,在培养基占总体积1/5、pH=6、培养第5天时纤维素内切酶(CMC)活性表现最高,达到14IU·ml-1;培养过程中发酵液中有10余种挥发性产物,且不同时期产物的种类和浓度变化很大,从DGGE图谱发现在培养不同时期菌种组成有很大差异,通过各条带近缘种16s rDNA扩增信息构建系统树可见,各条带近缘种分别归属Clostridium、Brevibacillus、Bartonella、Bacteroidetes4个属。【结论】常温纤维素分解菌群能够加速稻秆分解。     

玉米秸秆低温高效降解复合菌系GF-20的菌种组成及降解稳定性

【目的】探索不同温度及pH条件对玉米秸秆低温高效降解复合菌系的玉米秸秆分解稳定性及菌群结构稳定性的影响,完善菌系培养方法,促进其应用开发利用。【方法】以低温高效降解复合菌系GF-20为研究对象,在10℃条件下连续继代培养45代、不同温度和pH条件下连续继代培养15代,分别获得多组不同代数（F）、不同温度（T）和pH（P）条件下的菌系。测定各复合菌系发酵液pH、玉米秸秆降解率及纤维素酶活,评价复合菌系的玉米秸秆分解稳定性;利用PCR-DGGE技术结合主成分分析法对菌群组成结构的稳定性进行研究。【结果】在10℃条件下经连续继代培养40代和在温度4-30℃、pH 6.0-9.0条件下继代培养获得的不同复合菌系发酵液pH均随发酵时间的延长趋近中性;玉米秸秆降解率在27.59%-32.53%,除F40显著高于F5外,其余无显著差异;纤维素酶活性呈高代菌系大于低代菌系,温度4-10℃和pH 6.0-9.0条件下,对复合菌系产酶有促进作用,纤维素酶活为1.34-1.84 IU·mL^-1;复合菌系的纤维素酶在较低的温度和较宽的pH范围内具有良好的温度和pH稳定性,酶促反应温度15-30℃和pH 4.0-9.0内仍保持80%以上的纤维素酶活力;复合菌系F5-F45、T4-T30和P6.0-P9.0的DGGE条带差异不显著,表明菌系的菌种组成稳定;而在偏酸（pH=4、5）和偏碱性（pH=10）条件下继代培养,复合菌系秸秆降解率和纤维素酶活均显著降低,菌种组成发生变化,进而影响性质与功能稳定性。PCR-DGGE共检测到18个条带,其中关键菌株分别为Bacillus licheniformis、Azonexus hydrophilusd、Azospira oryzae、Arobacter cloacae、Cellvibrio mixtus、Bacillus tequilensis、Clostridium populeti subsp. Mixtus和Clostridium xylanolyticum。【结论】复合菌系GF-20在温度4-30℃、pH 6.0-9.0条件下经过多代继代培养,仍然保持了较高的玉米秸秆分解活性和菌种组成稳定性,具有良好的应用前景。     

基于DGGE和T-RFLP分析采食不同粗饲料梅花鹿瘤胃细菌区系

【目的】细菌区系在梅花鹿（Cervus nippon）瘤胃发酵中发挥着重要作用,然而有关梅花鹿瘤胃细菌区系的研究鲜有报道。研究梅花鹿瘤胃细菌区系,为梅花鹿瘤胃发酵调控提供分子生物学依据。【方法】选取4头2岁龄的装有永久性瘤胃瘘管的成年雄性梅花鹿为研究对象,分别饲喂以柞树叶（OL组,梅花鹿A和B）和玉米秸秆（CS组,梅花鹿C和D）为主要粗饲料的日粮,持续饲喂30 d。通过瘤胃瘘管取瘤胃内固液混合物,提取瘤胃微生物基因组DNA。扩增瘤胃细菌16S rRNA基因V3区以及16S rRNA基因,分别用于DGGE和T-RFLP分析。DGGE图谱进行聚类分析,并切取优势条带进行克隆测序,鉴定瘤胃内细菌组成。根据T-RFLP图谱结果计算细菌群落的多样性、优势度、均匀度和丰富度,通过Microbial Community AnalysisⅢ（MiCAⅢ）数据库推测T-RFs可能代表的微生物种类,并进行T-RFLP图谱的聚类分析。【结果】DGGE图谱聚类表明,CS组和OL组瘤胃细菌区系相似性低于65%,表明粗饲料种类影响梅花鹿瘤胃细菌区系。OL组梅花鹿A和B的DGGE图谱相似度大于70%,CS组梅花鹿C和D的DGGE图谱相似性大于75%,而且同组不同个体之间瘤胃细菌区系存在差异。OL组和CS组分别获得20和24个DGGE特异性条带。序列分析表明,CS组条带可归类为拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门,而OL组条带可归类为拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门和互养菌门。OL组与CS组中存在大量Prevotella spp.,但不同组中Prevotella spp.在种水平组成不同,主要纤维降解菌为Clostridium spp.与Eubacterium spp.。T-RFLP结果显示,梅花鹿D（CS组）具有最高的丰富度、多样性、均匀度和最低的优势度,梅花鹿A和B的各项指数相近但低于梅花鹿D,说明OL组中的粗饲料（柞树叶）影响瘤胃中微生物的相对生物量。梅花鹿C和D的各项指数相差较大而且梅花鹿C的指数低于梅花鹿A和B,表明同组不同个体之间存在差异。81、214、272和308 bp的T-RFs为OL组优势条带,90、95、175、273和274 bp的T-RFs为CS组优势条带,161、259、264、266和284 bp的T-RFs为共同条带。根据MiCAⅢ结果,这些T-RFs代表细菌归类于拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门和酸杆菌门。T-RFs图谱聚类表明,4头梅花鹿T-RFs聚为两类,粗饲料来源影响梅花鹿瘤胃细菌T-RFs图谱特征,其中梅花鹿A、B和C的T-RFs特征条带图谱相似。【结论】Prevotella spp.是梅花鹿瘤胃优势细菌,但不同粗饲料影响梅花鹿瘤胃细菌区系组成。     

秸秆还田与施肥对稻田土壤微生物生物量及固氮菌群落结构的影响

利用氯仿熏蒸法和变性梯度凝胶电泳法(PCR-DGGE)研究了秸秆覆盖还田与施肥对灰棕冲积水稻土0-10cm和10-20cm土层土壤微生物生物量碳、氮和固氮菌群落结构的影响。结果表明:土壤微生物量碳、氮和固氮菌多样性从0-10cm土层到10-20cm土层均呈现降低趋势。无秸秆覆盖处理(对照组)的土壤微生物生物量碳(SMB-C)和微生物生物量氮(SMB-N)量最小。在秸秆覆盖还田处理中,低氮和无钾处理的SMB-C和SMB-N都显著低于全量氮磷钾肥处理。虽然无磷处理的SMB-N低于全量氮磷钾处理, 但差异不显著。说明秸秆覆盖还田配施充足氮磷钾肥能显著提高土壤微生物生物量碳、氮。由DGGE图谱多样性指数分析得知,配施充足氮磷钾肥的处理土壤的固氮菌多样性最丰富。UPGMA聚类分析显示,10种不同处理的聚类图也不同,对照(无秸秆)处理0-10cm和10-20cm的微生物不同于其它处理单独聚在了一个群里。DGGE条带测序得知,14个条带的近缘种大部分为非培养细菌nifH基因片段,主要优势菌群其归属于变形菌门(Proteobacteria)的β-变形菌纲(Betaproteobacteria)。应用PCR-DGGE技术可以解释灰棕冲积水稻土秸秆覆盖不同肥料用量固氮菌分子群落结构特点。