乌蒙凤鸡FGF23基因多态位点筛查与生物信息学分析

研究旨在挖掘成纤维生长因子23（fibroblast growth factors,FGF23）基因的单核苷酸多态（SNP）位点,为进一步研究该基因遗传变异奠定基础。试验以乌蒙凤鸡为研究对象,采用PCR产物直接测序法对FGF23基因进行SNP位点筛查,并进行遗传特性、连锁不平衡、单倍型、双倍型和生物信息学分析。结果显示,仅在乌蒙凤鸡FGF23基因启动子区域检测到3个中度多态的SNPs位点,分别为：g.73424341 C>A、g.73424417 A>G和g.73424701 T>A,每个SNP位点均产生3种基因型。χ²检验结果发现,仅g.73424417 A>G突变位点的基因型分布极显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P<0.01）。连锁不平衡、单倍型和双倍型分析结果显示,3个SNPs位点中仅g.73424417 A>G和g.73424701 T>A位点间存在强连锁不平衡,共发现4种单倍型和8种双倍型,双倍型H1H2频率最高,其次为H3H4,频率最低的为H2H2。生物信息学分析发现,FGF23基因的核心启动子区域很可能在-400~-300 bp处,本研究发现的3个SNPs位点不在核心启动子区;突变前g.73423055~g.73425055区域总转录因子数为293个,突变后为300个。g.73424341 C>A位点突变前后转录因子不变,均为ICSBP;g.73424417 A>G位点突变使转录因子由GR转变为C/EBPalp;g.73424701 T>A位点突变前后均没有转录因子。推测SNP位点对调控启动子功能元件可能存在重要影响。     

乌蒙凤鸡生长激素基因多态性及生物信息分析

试验旨在对乌蒙凤鸡生长激素（growth hormone,GH）基因多态性进行研究,并开展生物信息学分析。以乌蒙凤鸡为研究对象,构建DNA池,PCR扩增GH基因所有外显子和部分内含子,采用直接测序法检测GH基因多态性,利用生物信息学软件对GH蛋白二级结构、三级结构及基本性质（理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、卷曲螺旋区及保守结构域）进行分析。结果显示,乌蒙凤鸡GH基因存在8个SNPs,分别是T1453C、A1489G、A1512G、G2152A、G3206A、G3347A、C3452A和C3453G,其中G2152A、C3452A和C3453G只发生在无凤头乌蒙凤鸡中;C3452A、C3453G位于非编码区,T1453C、A1489G、A1512G、G2152A和G3206A位于内含子上,G3347A位于外显子5。突变后GH基因mRNA结构发生变化,自由能提高,稳定性降低。生物信息学分析表明,GH蛋白为分泌蛋白,含有信号肽序列,有1个典型的卷曲螺旋结构和疏水区,保守结构域在10~214位氨基酸之间,为非跨膜蛋白,且不稳定。结果表明,乌蒙凤鸡GH基因具有较高的遗传多样性,可为乌蒙凤鸡的保种选育提供参考。     

乌蒙凤鸡生长激素基因多态性及生物信息分析

试验旨在对乌蒙凤鸡生长激素(growth hormone,GH)基因多态性进行研究,并开展生物信息学分析。以乌蒙凤鸡为研究对象,构建DNA池,PCR扩增GH基因所有外显子和部分内含子,采用直接测序法检测GH基因多态性,利用生物信息学软件对GH蛋白二级结构、三级结构及基本性质(理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、卷曲螺旋区及保守结构域)进行分析。结果显示,乌蒙凤鸡GH基因存在8个SNPs,分别是T1453C、A1489G、A1512G、G2152A、G3206A、G3347A、C3452A和C3453G,其中G2152A、C3452A和C3453G只发生在无凤头乌蒙凤鸡中;C3452A、C3453G位于非编码区,T1453C、A1489G、A1512G、G2152A和G3206A位于内含子上,G3347A位于外显子5。突变后GH基因mRNA结构发生变化,自由能提高,稳定性降低。生物信息学分析表明,GH蛋白为分泌蛋白,含有信号肽序列,有1个典型的卷曲螺旋结构和疏水区,保守结构域在10～214位氨基酸之间,为非跨膜蛋白,且不稳定。结果表明,乌蒙凤鸡GH基因具有较高的遗传多样性,可为乌蒙凤鸡的保种选育提供参考。     

乌蒙凤鸡与威宁鸡骨骼系统比较研究

为研究乌蒙凤鸡骨骼系统与其生活习性相适应的特征,为乌蒙凤鸡的遗传资源鉴定提供骨骼理论依据,采集乌蒙凤鸡和威宁鸡公、母各一只对其外形进行观察和测量,将骨骼制成散片骨骼标本进行详细的描述。结果显示:两个鸡种的骨骼愈合程度有明显差异;乌蒙凤鸡头骨颧骨后端只达鳞骨颧突,威宁鸡骨颧骨后端超过鳞骨颧突延伸到后方;乌蒙凤鸡第15个颈椎上无细长的颈椎肋,威宁鸡第15个颈椎上有细长的颈椎肋,无颈椎肋骨可能增大颈的扭转范围,使之活动更灵活;乌蒙凤鸡尾综骨愈合成一块片状三棱形,威宁鸡尾综骨愈合成一块片状三棱形且背面有突起。表明乌蒙凤鸡骨骼系统的愈合程度相对于威宁鸡来说较高。     

林下养殖乌蒙凤鸡常见病的防控

六盘水市2018年底存栏鸡601万羽,出栏752万羽.由于本地没有当家鸡种,鸡种基本外购.品种五花八门,质量良莠不齐.外购鸡中,肉鸡品种占比例30-40%,主要是农户零散庭院养殖.土杂鸡占30-40%,小规模养殖场在饲养.真正的土鸡品种仅占20%左右,由销往外地的养殖户在饲养.     

不同性别乌蒙凤鸡血液生化指标测定分析

为更好地保护和利用乌蒙凤鸡遗传资源,对原种场保种群200日龄乌蒙凤鸡的21项血液生化指标进行测定和雌雄差异显著性检验。结果:雌雄乌蒙凤鸡的白球比、谷丙转氨酶、转氨酶比、乳酸脱氢酶有显著差异(P<0.05);其他生化指标无显著差异(P>0.05)。血液生化指标可作为乌蒙凤鸡生产保护和疾病防治等方面的参考依据。     

乌蒙凤鸡保种扩繁探索

乌蒙凤鸡是六盘水市独有的特色优良鸡种,具有保种扩繁及开发利用价值。文章对乌蒙凤鸡的生物学特征、保种扩繁、饲养管理及疾病防治进行介绍。     

乌蒙凤鸡肉品质分析

为了解乌蒙凤鸡的肉品质,试验选择210,240,270,300日龄乌蒙凤鸡各40只,对其常规肉品质指标、肌纤维直径和密度指标、营养成分、氨基酸和脂肪酸含量进行测定和分析。结果表明:210日龄乌蒙凤鸡肉的嫩度最好;270日龄乌蒙凤鸡肌纤维直径最小、密度最大;300日龄乌蒙凤鸡的肌苷酸含量显著高于210,240,270日龄(P0.05);灰分、粗蛋白、肌内脂肪、锌和硒含量各日龄间差异均不显著(P0.05);乌蒙凤鸡肉中含有17种氨基酸(必需氨基酸7种,鲜味氨基酸10种),210,240日龄时必需氨基酸和鲜味氨基酸总量较高;乌蒙凤鸡肉中含有3种多不饱和脂肪酸(亚油酸、亚麻酸和花生四烯酸)及二十二碳六烯酸,240日龄必需脂肪酸和单不饱和脂肪酸含量最高。说明乌蒙凤鸡具有市场需求的优良肉质和风味,240日龄优势明显,可作为最佳出栏日龄。     

绵羊FGF5基因SNP的生物信息学分析

研究利用PCR-SSCP方法检测了FGF5基因在小尾寒羊、湖羊、藏羊、中国美利奴羊等绵羊品种单核苷酸多态性。结果表明:FGF5基因在P1引物扩增片段中存在PCR-SSCP多态性并引起编码氨基酸的改变。经克隆测序分析,位于P1引物扩增片段内存在G→T突变,该突变位点使编码的氨基酸发生A→S的改变对引起编码氨基酸的P1位点进一步进行了生物信息学分析,发现由于编码序列的改变引起蛋白质二级结构的变化,并引起限制性酶切位点的变化,但没有引起功能位点和三级结构的变化。     

草鱼FGF21基因编码区生物信息学分析

FGF21基因属于成纤维细胞生长因子家族(Fibroblast Growth Factors,FGFs)。试验对草鱼FGF21基因蛋白质的结构功能和理化性质进行了预测。结果显示,草鱼FGF21基因编码蛋白质属于不稳定亲水蛋白质,蛋白质二级结构以无规则卷曲(58.29%)为主,含有187个氨基酸,β-折叠的数值是21.39%,α-螺旋的数值是20.32%,不含β-转角;磷酸化位点有24个,无跨膜结构以及N-糖基化位点和信号肽。研究结果为进一步阐明草鱼FGF21基因的功能奠定分子生物学基础。     

乌蒙凤鸡零世代产蛋曲线拟合研究

为探究乌蒙凤鸡产蛋规律,本实验以360只零世代乌蒙凤鸡为研究对象,统计28～40周龄产蛋率和累计产蛋数,采用伍德模型、分室模型和杨宁模型拟合产蛋率曲线,累计产蛋数采用Logistic、Gompertz和Von Bertalanffy 3种模型进行拟合,并对产蛋率及累计产蛋数的拟合值和实际观测值进行比较.结果表明:产蛋率...     

VIPR-1基因5′调控区多态位点与鸡就巢性的关联分析

本研究旨在探索血管活性肠肽I型受体(Vasoacitve intestinal peptide type I receptor,VIPR-1)基因5′调控区(-496～-1bp)多态性及其单倍型效应对鸡就巢性的影响,寻找影响肉鸡就巢性的分子标记,为降低或者剔除肉鸡就巢行为的育种研究提供相应依据。采用测序技术对498只清远麻鸡VIPR-1基因5′调控区进行多态性检测及基因型分析,利用最小二乘均数对VIPR-1基因5′调控区的多态位点与就巢性状进行相关分析,利用PHASE软件对多态位点进行单倍型分析。结果,VIPR-1基因5′调控区存在12个多态性位点,G-359T、G-266T、A-134G、A-94G、C-72G对18～43周龄的就巢持续天数影响达到显著水平(P<0.05),A-94G位点对18～54周龄的就巢率的影响达到显著水平(P<0.05);构建的单倍型对18～54周龄的就巢持续天数的影响达到极显著水平(P<0.01)。最小二乘分析结果表明,CCTGGGAAGCAG/TTGGGGAAGCAC型个体的就巢持续天数比其它单倍型个体极显著的延长(P<0.01)。结果表明,VIPR-1基因5′调控区(-496～-1bp)可能存在影响鸡就巢行为的分子标记,CCTGGGAAGCAG/TTGGGGAAGCAC型个体对鸡就巢性具有较大的遗传效应,可作为分子标记应用于家鸡就巢行为的筛选。     

DRD2基因14个多态位点与鸡产蛋性状的相关性

本研究旨在分析DRD2基因与鸡产蛋性状的相关性,寻找可作为鸡产蛋性状的重要标记。在该基因上选取了14个多态位点,采用PCR-RFLP及PCR测序等方法在宁都三黄鸡母系644个个体中进行了鸡产蛋性状的关联分析。结果表明:位于该基因5′调控区的4个突变位点G-38560C、T-38326G、T-32751C和A-16105G与鸡的开产日龄显著或极显著(P0.05或P0.01)相关,位点A-16105G还与300日龄总产蛋数显著相关(P0.05);由G-38560C、G-38544A、I-38463D与T-38326G这4个位点组成的单倍型块与开产日龄呈极显著相关(P=0.006 50.01)。研究结果提示:G-38560C、T-38326G、T-32751C和A-16105G这4个突变位点以及由G-38560C、G-38544A、I-38463D与T-38326G组成的单倍型块可作为产蛋性状标记辅助选择的有效分子标记。     

马MC1R基因多态位点与毛色相关性分析

旨在研究马MC1R基因多态位点与马毛色的关联性,为马的毛色育种提供重要的理论参考依据。本研究采集了10种不同毛色共132匹马的颈静脉血,提取基因组并应用PCR技术克隆MC1R基因编码序列,通过限制性长度多态性(RFLP)分析和测序分析,对马MC1R基因多态性与毛色进行关联分析,并预测了SNPs对其编码蛋白结构的影响。构建和分析了MC1R基因的系统发育树。结果发现,马MC1R基因存在3个多态位点,其中c.G102A为同义突变,c.C248T和c.G250A为错义突变。c.C248T造成MC1R蛋白的第83个氨基酸由极性亲水丝氨酸变为非极性疏水苯丙氨酸,预测突变后该位点氨基酸与第三跨膜区的第127个氨基酸(丝氨酸)之间的氢键消失而改变了MC1R的蛋白构象,该突变导致MC1R基因出现EE、Ee和ee 3种基因型。错义突变c.G250A导致其翻译的氨基酸由天冬氨酸变为天冬酰胺,该位点突变后与邻近氨基酸及跨膜域作用力复杂,推测比只出现c.C248T突变对MC1R蛋白功能的影响要小,该位点突变导致出现基因型ee~a。综合NCBI中的马MC1R基因型数据(共571匹)与其毛色性状进行相关性分析发现,在骝毛马和黑毛马群体中存在EE和Ee两种基因型,青毛马群体中存在EE、Ee、ee和ee~a基因型,栗毛中存在ee和ee~a两种基因型。黑毛和骝毛马的基因型分布差异极显著(P0.01),呈现Hardy-Weinberg不平衡,等位基因E为优势等位基因;在栗色马中未检测到E等位基因,e为优势等位基因。MC1R基因系统发育树分析显示,EE基因型个体与家马、普氏野马相似性最高。本研究结果显示,马MC1R多态位点产生的不同基因型与马的骝毛、黑毛、栗毛及以这3种毛色为基础毛色的花马毛色存在相关性,骝毛马与黑毛马中不存在基因型ee,栗毛马中则不存在等位基因E。为应用基因型对马的毛色进行定向选择育种奠定了基础。     

贮存时间对乌蒙凤鸡种蛋孵化效果的影响

为提高乌蒙凤鸡种蛋孵化效果,提高养殖企业生产效益,试验收集43周龄乌蒙凤鸡种蛋18470枚分盘标记存放,按贮存时间分为5个试验组:Ⅰ组(贮存1～3 d)、Ⅱ组(贮存4～6 d)、Ⅲ组(贮存7～9 d)、Ⅳ组(贮存10～12 d)、Ⅴ组(贮存13～15 d),测定各组的孵化效果.结果:随着贮存时间延长,乌蒙凤鸡受精蛋孵化...     

鸽载脂蛋白B基因多态位点与生长性状相关性分析

利用PCR-SSCP技术和DNA测序方法检测两群体鸽apoB基因编码区序列的单核苷酸多态性，最小二乘分析表明，A57G突变位点导致的3种基因型对石岐肉鸽屠体率及灰色肉鸽屠体重、腹脂率、肝脏重有显著影响（P〈0．05）；对灰色肉鸽活重、腹脂重、脏率及石岐肉鸽活重和全净膛率有一定影响（P〈0．2）。多重比较显示，石岐肉鸽群体中，BB基因型个体的屠体率高于从基因型个体。灰色肉鸽群体中，BB基因型个体的屠体重、肝脏重、腹脂率均为最大。     

乌蒙凤鸡遗传资源调查及其主要生产性能测定

为进一步调查近年来在贵州省六盘水市水城县山区苗寨发现的乌蒙凤鸡鸡种资源分布情况,并对该鸡种资源的主要生产性能进行测定,以促进该鸡种资源的保护开发和利用。本研究对乌蒙凤鸡中心产区及群体规模进行实地调查,并进行生长性能、繁殖性能、屠宰性能测定。结果表明:乌蒙凤鸡主要分布在贵州省六盘水市水城县比德乡、红岩乡一带山区苗寨,数量稀少,外型独特,有冠羽,具有耐粗饲、抗寒、抗湿、肉质鲜美等特点;成年公鸡体重2 025.88 g,屠宰率88.72%;成年母鸡体重1 661.25 g,屠宰率89.82%;在产区饲养条件下,乌蒙凤鸡在165日龄左右开产,500日龄产蛋120枚左右,蛋壳为浅竭色或白色,作为新发现的地方鸡种,具有重要的保种扩繁及开发利用价值。     

不同日龄乌蒙凤鸡体尺与屠宰性能相关性与主成分分析

为研究乌蒙凤鸡的生长发育和生产性能,实验选择210、240、270、300日龄乌蒙凤鸡各60只(公母各半)进行体尺与屠宰测定,同时对其体尺与屠宰性能进行相关性与主成分分析.结果 表明:不同日龄公鸡的龙骨长、胸宽、胸深和骨盆宽存在极显著差异,不同日龄母鸡的胸宽、胸深和骨盆宽存在极显著差异.心脏重在210日龄与300日龄乌...     

基于生物信息学的SNPs候选位点的筛查

单核苷酸多态性(s ing le nucleotide po lym orph ism s,SNP s)是生物基因组中最常见的遗传多态。SNP s作为新一代分子遗传选择标记,在遗传学和医学研究的很多方面有重要作用。最近几年,国际上出现了一种基于生物信息学的发掘SNP新方法。作者对采用该方法进行SNP s筛查的各种策略及其发展现状作一介绍。