基于线粒体CO Ⅰ基因的天津地区棕榈蓟马种群遗传分化分析

近年来,天津地区蔬菜作物蓟马发生危害愈发严重。为防止其种群扩大,减少经济损失,采集了天津地区11个蓟马种群,对其mtCO Ⅰ基因进行测序,共获得29条蓟马mtCO Ⅰ基因序列,其中发现37个变异位点,5种单倍型,H1单倍型出现次数最多。经Genbank序列比对,发现该11个蓟马种群全部为棕榈蓟马（Thrips palmi Karny）。进一步利用MEGA 10.0.0和Dna SP5.10软件对所得序列进行遗传分化、基因流、系统发育分析,发现所测棕榈蓟马总群体的遗传多样性较低,种群间遗传分化程度中等,种群间基因流较高,但是种群间遗传分化较小,错配分析曲线出现多峰,且天津地区棕榈蓟马种群在最近的历史时期种群相对较为稳定,没有出现较为明显的种群扩张现象。研究结果为当地棕榈蓟马制定科学合理的防治策略提供依据。     

亚东鲑线粒体COⅠ与COⅡ基因遗传多样性分析

[目的]分析亚东鲑线粒体COⅠ与COⅡ基因遗传多样性。[方法]分别从西藏亚东河与亚东鲑养殖站采集野生与养殖亚东鲑各15尾样品,对其线粒体DNA COⅠ、COⅡ基因全序列进行PCR扩增、测序比对。[结果]序列长度分别为631、634 bp。序列分析结果显示:30条亚东鲑线粒体DNA COⅠ、COⅡ序列分别检测到1种、3种单倍型,均无碱基插入、缺失,COⅡ序列有2个位点出现碱基替换;COⅠ、COⅡ序列T、C、A和G碱基平均含量分别为29.5%、28.97%,30.6%、28.47%,22.5%、27.03%和17.4%、15.53%,其中A+T的含量(52.0%、56.0%)均显著高于G+C含量(48.0%、44.0%),均表现出明显的碱基偏倚;COⅠ、COⅡ单倍型多态性(h)与核苷酸多态性(π)值分别为0、0.80与0、0.000 1;根据Kimura双参数模型构建基于线粒体COⅠ、COⅡ序列的系统进化树,两亚东鲑鱼遗传距离分别为0、0.002 4。[结论]西藏亚东鲑的遗传多样性水平较低,且养殖和野生群体无遗传分化。     

基于线粒体DNA COⅠ~COⅡ分析云南省东方蜜蜂遗传多样性

为探讨云南省东方蜜蜂的遗传多样性,本研究以线粒体DNA COⅠ~COⅡ区间基因片段为指标,利用生物信息学软件分析了云南省6个采样点共179群东方蜜蜂的遗传多样性。结果显示:(1)所得线粒体DNA片段的碱基长度为760 bp,碱基组成为:A为40.4%,T为42.4%,C为10.7%,G为6.5%,表现出A+T偏倚性;(2)共发现28个变异位点,其中,简约信息位点18个,单一多态位点10个;(3)定义了29种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.884和0.002 69;(4)聚类分析结果显示云南省东方蜜蜂无明显遗传分化现象,与国内重庆、甘肃、北京等地亲缘关系较近,与台湾地区亲缘关系较远;与国外的韩国、日本亲缘关系较近,而与马来西亚等地的亲缘关系较远。     

基于COⅠ基因序列的云南人工养殖黄脚胡蜂遗传多样性分析

[目的]了解云南省人工养殖黄脚胡蜂(Vespa velutina Lepeletier,1836)的遗传多样性及遗传分化现状,为科学养殖与利用等方面和入侵种群危害防控提供基础资料,[方法]利用线粒体COⅠ基因标记对云南省8个人工养殖种群的遗传多样性进行研究.[结果]测定154个样本线粒体COⅠ基因部分序列,共检测出61...     

基于线粒体COⅠ基因序列分析5个 巨群体的遗传多样性

采集云南省5个不同地域的巨■:红河曼耗(M)、怒江下游(N)、怒江坝(B)、澜沧江上游(L)、景洪(J)各12尾巨■共计60个样本进行COⅠ基因克隆测序。结果表明,5个巨■群体的T、C、A、G 4种碱基平均含量如下:怒江坝(B)群体T、C、A、G碱基含量分别为27.4%、27.6%、28.0%、17.0%,景洪(J)群体T、C、A、G碱基含量分别为27.4%、27.6%、28.0%、17.0%,澜沧江上游(L)群体T、C、A、G碱基含量分别为27.4%、27.6%、28.0%、17.0%,红河曼耗(M)群体T、C、A、G碱基含量分别为27.3%、27.6%、28.1%、17.0%,怒江下游(N)群体T、C、A、G碱基含量分别为27.3%、27.6%、28.2%、16.9%;5个巨■群体的A+T含量均大于C+G含量。用MEGA 5.0软件构建5个群体系统进化树显示景洪和红河曼耗聚为一支,澜沧江上游大多数个体单独聚为一支,怒江坝和怒江下游群体混合聚为一支;曼耗和景洪的群体间遗传距离(9.096)最大,本研究结果可为巨■的资源保护提供依据。     

基于COⅠ序列的不同地理种群岩虫遗传多样性研究

为揭示中国沿海岩虫Marphysa sanguinea自然群体的遗传多样性,采用线粒体COⅠ序列分子标记方法,对大连、兴城、乳山和北海4个海域共5个群体57个岩虫的遗传多样性及群体遗传结构进行了分析研究。结果表明:57个个体中共检测到78个多态性位点,其中简约信息位点59个,单核苷酸突变位点19个,共出现了9种单倍型;5个群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.830和0.097 73,整体的遗传多样性水平较高;5个群体中遗传多样性最高为乳山群体,最低为大连群体,岩虫5个群体聚为两大类。本研究结果为进一步开展岩虫的人工扩繁及资源保护奠定了理论基础。     

林麝饲养种群mtDNA遗传多样性和遗传结构分析

[目的]研究林麝饲养种群的遗传多样性现状及遗传结构,为指导种群遗传管理及其饲养种群种质保护与利用提供理论依据.[方法]遴选陕西省宝鸡市凤县的片仔癀麝场和逢春麝场,汉中市留坝县的太子岭麝场,采用分子粪便学的方法,采集220份新鲜的粪便样品,成功获得112条mtDNA控制区序列,计算单倍型多样性和核苷酸多样性.[结果]在3...     

东北梅花鹿线粒体COⅡ基因序列的遗传结构及其系统发育分析

采用基因测序方法,对3种东北梅花鹿的COⅡ基因片段进行了PCR扩增和测序。结果表明,3种东北梅花鹿COⅡ基因片段长度均为740bp,A＋T含量都大于G＋C含量。3个品种单倍型多样性较高（0.673～0.717）,就单个品种而言,敖东梅花鹿的遗传多样性最高。     

我国6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因遗传多样性分析

以我国地方鸡品种为研究对象，测定6个地方鸡品种线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因部分序列，分析COⅠ基因序列的多态性。结果表明：6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因序列有22个突变位点，占分析位点总数的3．52％；6个地方鸡品种单倍型多样度平均为0．7274，核苷酸多样度平均为0．352％，品种间核苷酸分歧度为0．283％～0．791％。6个地方鸡品种的COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性。     

贵州茶园茶棍蓟马和小贯小绿叶蝉种群动态及主栽茶树品种寄主抗性

【目的】明确贵州茶园主要害虫茶棍蓟马（Dendrothrips minowai Priesner）和小贯小绿叶蝉（Empoasca onukii Matsuda）的发生动态及在不同茶树品种上的为害情况,探讨不同品种茶树对茶棍蓟马和小贯小绿叶蝉的抗性,为抗性茶树品种的选育和推广提供科学依据。【方法】采用翻叶法调查12个贵州茶树主栽品种上茶棍蓟马和小贯小绿叶蝉的发生动态,采用虫量比值法对12个茶树品种进行抗性鉴定;结合相关分析,基于春秋两季1芽2叶期、芽叶色泽、茸毛密度、茸毛长度、1芽3叶长、1芽3叶百芽重、叶长、叶宽等农艺性状调查数据,明确茶树主要农艺性状与品种抗性间的关系。【结果】贵州茶园中茶棍蓟马年发生动态呈大小峰趋势,大峰出现在5月中旬-6月上旬,小峰出现在9月中旬-10月上旬;小贯小绿叶蝉年发生动态为双峰型,第1峰出现在7月中下旬,第2峰出现在10月上旬-11月中旬。12个茶树品种中,苔选0310和黔辐4号为茶棍蓟马高抗品种;乌牛早、金观音和中茶108为茶棍蓟马高感品种;黔湄601为小贯小绿叶蝉高抗品种,福鼎大白茶为小贯小绿叶蝉高感品种。相关分析结果表明,1芽2叶期与茶棍蓟马虫量比值呈极显著负相关（P<0.01,下同）,与小贯小绿叶蝉虫量比值呈显著负相关（P<0.05,下同）;1芽3叶长和茸毛密度与茶棍蓟马虫量比值呈显著负相关,茸毛长度与茶棍蓟马虫量比值呈极显著负相关,芽叶色泽与茶棍蓟马虫量比值呈正相关。【结论】苔选0310、黔辐4号和黔湄601对茶棍蓟马及小贯小绿叶蝉均具有在一定的抗性,具有较好的应用价值和推广潜力。     

基于Cytb基因的江苏省大银鱼种群遗传多样性和遗传结构分析

为了解江苏省湖泊大银鱼(Protosalanx hyalocranius)种群遗传多样性及遗传结构,基于PCR扩增与测序技术对太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖等4个群体共160尾大银鱼的线粒体Cytb基因序列进行分析.结果显示,160条Cytb基因序列共发现25个变异位点,其中单一信息位点11个,简约信息位点14个.4个群...     

基于COⅠ序列的不同地理种群岩虫遗传多样性研究

为揭示中国沿海岩虫Marphysa sanguinea自然群体的遗传多样性,采用线粒体COⅠ序列分子标记方法,对大连、兴城、乳山和北海4个海域共5个群体57个岩虫的遗传多样性及群体遗传结构进行了分析研究。结果表明:57个个体中共检测到78个多态性位点,其中简约信息位点59个,单核苷酸突变位点19个,共出现了9种单倍型;5个群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.830和0.097 73,整体的遗传多样性水平较高;5个群体中遗传多样性最高为乳山群体,最低为大连群体,岩虫5个群体聚为两大类。本研究结果为进一步开展岩虫的人工扩繁及资源保护奠定了理论基础。     

基于线粒体COⅠ基因的上海地区橘小实蝇种群遗传关系研究

利用线粒体DNA(mtDNA)序列分析技术,选用长为690bp的COⅠ基因序列作为目的基因,通过对福建厦门、海南儋州、四川攀枝花、广东肇庆、云南思茅和上海宝山、嘉定、浦东、青浦、松江在内的共10个地理种群的122条橘小实蝇线粒体COⅠ基因序列和单倍型网络进化分析,揭示上海地区橘小实蝇的种群遗传结构和扩散规律。结果表明:橘小实蝇松江种群主要来自于云南思茅种群,另一部分来自于广东肇庆种群和上海嘉定种群,还有一部分来源于较云南思茅种群和海南儋州种群等更为原始的其他种群;青浦种群主要来源于云南思茅种群,另一部分来源于福建厦门种群和上海嘉定种群;宝山种群主要来源于云南思茅种群,另一部分可能来自于上海松江和广东肇庆;嘉定种群主要来源于云南思茅种群,另一部分可能来自于上海宝山;浦东种群主要来自于云南思茅种群和上海嘉定种群。     

米槁天然种群遗传多样性的ISSR标记分析

【目的】评价米槁(Cinnamomum migao H.W.Li)天然种群的遗传多样性,为其遗传资源的保护和利用提供理论依据。【方法】采用ISSR分子标记,对采自贵州的8个米槁天然种群及其62株个体的遗传多样性和遗传结构进行分析,基于遗传相似系数和遗传距离对8个种群进行UPGMA聚类分析,并对62株米槁建立PCoA散点聚类图。【结果】米槁8个天然种群通过19条引物扩增出167个多态性条带,多态性条带比例为89.78%。米槁种群间平均观测等位基因数为1.572 6,有效等位基因数为1.390 9,Nei’s基因多样性指数为0.223 3,Shannon’s多样数指数为0.328 2,多态性条带比例为57.26%,基因分化系数为0.263 6,米槁不同天然种群上述遗传多样性指标均显示为物种水平种群水平;8个米槁种群的遗传距离均不高(0.046 4~0.241 3),种群间的遗传变异程度较低;米槁种群间的基因流为1.396 81,说明种群间存在基因流动,但种群间的遗传分化较小。UPGMA聚类结果显示,8个种群中镇宁(ZN)单独为一类,罗甸1(LD1)、罗甸2(LD2)、望谟1(WM1)、望谟2(WM2)聚为一类,册亨(CH)、荔波(LB)、贞丰(ZF)聚为一类,聚类结果反映出地理距离近的种群聚在一起;PCoA散点聚类图显示,62株米槁明显分为2个谱系,谱系1为罗甸2个种群,谱系2包含镇宁(ZN)、贞丰(ZF)、册亨(CH)、荔波(LB),望谟2个种群兼具2个谱系的遗传信息。【结论】米槁种群间和种内遗传多样性丰富,具有进一步改良的潜力。     

基于AFLP技术的12个蜜蜂种群遗传多样性分析

 【目的】通过研究中国境内东方蜜蜂不同群体间及其与西方蜜蜂和大蜜蜂间的群体遗传多样性,深入了解蜜蜂种（群）间遗传变异及其分化状况,为蜜蜂种质资源的保护与合理开发利用提供理论依据。【方法】采用AFLP分子标记技术,用19对引物组合对中国10个省市的10个东方蜜蜂群体、1个大蜜蜂群体和1个西方蜜蜂群体共12个群体的基因池DNA进行分析。【结果】蜜蜂种间的遗传相似系数较低,而东方蜜蜂群体间的遗传相似系数较高。东方蜜蜂群体与意大利蜜蜂间的相似系数介于0.2335—0.2823,与大蜜蜂间的介于0.2439—0.2871;大蜜蜂与意大利蜜蜂间为0.2650。东方蜜蜂群体间为0.3639—0.6134。12个种群明显地分为3大分支,西方蜜蜂和大蜜蜂各为一个分支,东方蜜蜂群体为一大分支。东方蜜蜂群体中,吉林和江西的东方蜜蜂各为一分支;其它地区中,南部的海南、福建、广东和云南为一类群,北部的甘肃、山西、北京及南部的四川为一类群。【结论】大蜜蜂、东方蜜蜂和西方蜜蜂3个种群间遗传分化明显。东方蜜蜂群体间的遗传相似系数较高,其中,吉林东方蜜蜂可能为一个独特的生态型。     

基于ISSR分子标记的中华鳖种群遗传多样性分析

利用简单重复序列间扩增(inter simple sequence repeat, ISSR)分子标记技术对5种中华鳖(Pelodiscus sinensis)种群的遗传多样性以及亲缘关系进行分析。结果显示：采用筛选出的10条ISSR引物对来自5个种群的中华鳖个体样本的基因组DNA进行PCR扩增,共获得123条清晰的扩增位点,平均多态性条带(PPB)比例为73.417%。5个居群的等位基因数(N_a)、有效等位基因数(N_e)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon多样性指数(I)分别为1.748 0、1.417 7、0.245 5、0.370 4,其中乌鳖群体的遗传多样性水平高于其他中华鳖,淮河鳖群体的变异程度最小。5个居群总遗传多样性指数(H_t)=0.240 0±0.037 1,居群内遗传多样性指数(H_s)=0.174 7±0.021 6,基因分化系数(G_st)=0.271 9,基因流(N_m)=1.339 0。总遗传变异结果显示：有27.19%的变...     

日本沼虾不同地理种群的遗传多样性研究

笔者采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对6个地理种群(微山湖、洪泽湖、太湖、龙感湖、洪湖、珠江)的日本沼虾各30个个体进行了遗传多样性分析.在筛选出的18个引物中共检测到201个位点,大小在100～2000bp之间.多态位点141个,多态位点比例70.15%;各种群的多态位点数为30～99不等,多态位点比例为21.13%～55.93%.日本沼虾中国不同地理种群的平均遗传杂合度为0.2446,各种群内平均遗传杂合度为0.1132～0.2071.Shannon信息指数(Ⅰ)为0.1695～0.2950.日本沼虾6个地理种群的两两地理种群间遗传分化指数Gst值在0.2116～0.4442之间.种群间总的遗传分化指数Gst0值为0.4858,Nm值在0.6257～1.8628之间,表明日本沼虾种群间已经发生显著或重要分化.同时发现OPX-830bp、OPI-360bp为珠江种群区别于其他种群的特征标记.聚类分析结果表明,洪湖种群与龙感湖种群,洪泽湖种群与微山湖种群分别先聚在一起,再与太湖种群聚类.最后与珠江种群聚合在一起.     

基于SRAP分子标记的贵州省棕榈种质资源遗传多样性分析

[目的]研究贵州省棕榈资源的遗传多样性及遗传结构,揭示其分布格局与变异趋势,为贵州省棕榈种质资源保护及开发利用提供科学依据.[方法]基于SRAP分子标记对贵州省7个农业气候区的26个棕榈种源328份材料进行扩增,经Qsep 100全自动核酸蛋白分析仪电泳分析后,利用Popgene 1.32和NTSYS-pc 2.1计算主要遗传多样性参数及进行种源聚类分析.[结果]贵州省棕榈遗传多样性丰富,其种级水平上的多态性条带百分率(PPB)为97.31%,观测等位基因数(Na)为1.9731、有效等位基因数(Ne)为1.4717、Nei?s基因多样度(H)为0.2689、Shannon?s信息指数(I)为0.4212,但在种源水平上遗传多样性差异明显.贵州省26个棕榈种源间的遗传分化系数(Gst)为0.3305,即种源内变异是贵州省棕榈资源遗传变异的主要来源.UPGMA聚类分析结果显示,在阈值为0.91时,26个棕榈种源可分成四大类,其遗传分化与地理环境有一定相关性.Mantel检验结果显示,贵州省棕榈资源遗传分化与其地理距离呈正相关(r=0.2651),但相关性不显著(P>0.05).贵州省7个农业气候区内的棕榈资源基因流(Nm)均大于贵州省棕榈种源Nm(1.0129),说明小区域内的棕榈资源基因交流频繁.[结论]贵州省棕榈种质资源总体遗传多样性高,种源间分化较明显,选择育种潜力巨大.为更好地开发利用棕榈资源,应结合其遗传结构特点,实行就地保护为主及建设种质资源库为补充的保护策略.     

基于线粒体COⅠ基因比较分析野生与养殖厚壳贻贝种群的遗传多样性

[目的]通过比较分析线粒体CO I基因,探讨福州厚壳贻贝野生型和养殖型种群的遗传多样性。[方法]以福建省福州市野生厚壳贻贝(Mytilus coruscus Gould)和养殖厚壳贻贝各20个样本为试验材料,通过设计特异性引物,采用PCR技术对该40个个体的mtDNACO I(线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ)序列进行扩增,通过测序分析和序列比对检索,鉴定扩增的序列,并利用MEGA(version 4.10)和DnaSP(version 4.0)软件对序列进行分析。[结果]测序结果显示扩增序列总碱基数为668 bp,40条序列中T、C、A和G碱基平均含量分别为28.0%2、2.8%3、2.3%和16.9%,其中A+T的含量(60.3%)显著高于G+C含量(39.7%),表现了明显的碱基偏倚;40个个体表现为26种单倍型,包括408个多态位点,单倍型间平均遗传距离为0.299,单倍型多态性(h)为0.944,核苷酸多态性(π)值为0.153 06。上述结果表明福州厚壳贻贝的遗传多样性水平比较高,并且养殖群体和野生群体无遗传分化。[结论]该研究揭示了福州厚壳贻贝的遗传资源现状,试验结果可为厚壳贻贝良种筛选提供参考依据。     

基于SSR分子标记的油棕遗传多样性分析

[目的]应用SSR分子标记对8个油棕品种进行遗传结构及多样性分析,以期通过分析具有高杂合度油棕品种的遗传结构来辅助育种.[方法]利用SSR分子标记及PCR银染显色技术筛选多态性引物,分析8个油棕品种的等位基因频率(P)、观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He),计算每个转座子的平均等位基因(Na)、每个多态转座子的平均等位基因数(Na/pl)及有效等位基因数(Ne),计算固定指数(Fis)和F-统计量值(Fit和Fst),并基于遗传距离对8个油棕品种进行聚类分析.[结果]开发出27对多态性SSR引物,从中选取15对结果较好的多态性引物对油棕大样本进行检测,挖掘出57个等位基因(Na),平均每个转座子的Na为3.8个,表明8个油棕品种的遗传变异较明显.平均有效等位基因数(Na)和期望杂合度(He)分别为0.6248和0.5902.此外,发现一个高水平的种群分化,F-统计量值(Fst)变化范围为0.1029~0.6010,平均为0.3664.利用多态性SSR分析8个油棕品种的遗传距离,结果发现品种1和品种3的遗传距离最远(1.674),品种3和品种5的遗传距离最近(0.065).[结论]8个油棕品种的多态性相对丰富,物种间杂交程度较小,物种亲缘关系较远,遗传多样性良好.