三穗鸭IP3R3基因SNP位点鉴定及其对 蛋壳品质的影响

[目的]明确IP3R3对蛋壳性状的效应机制及其在蛋壳品质改良中的应用价值,为开展蛋壳品质改良分子标记育种提供参考依据,也为深入研究IP3R3基因的生物学功能打下基础.[方法]以288羽三穗鸭为研究对象,收集45周龄母鸭生产的鸭蛋,测定蛋重、蛋形指数、蛋壳厚度、蛋壳强度和蛋壳重;采用DNA直接测序法对三穗鸭IP3R3基因SNP位点进行鉴定,使用SHEsis进行单倍型及连锁不平衡分析,通过RNAfold预测不同单倍型的mRNA二级结构和自由能,并以SPSS 18.0中的一般线性模型(GLM)对三穗鸭IP3R3基因SNP位点与蛋壳品质进行关联分析.[结果]在三穗鸭IP3R3基因外显子上发现2个SNPs位点,分别位于第49外显子的g.35195T>C和g.35207G>A,均属于同义突变,且均存在3种基因型,对应的多肽信息含量(PIC)分别为0.330和0.276,属于中度多态位点(0.25C和g.35207G>A位点产生的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(χ2-HWE<5.991),但2个SNPs位点间不存在强的连锁不平衡(D'为1.000,γ2为0.111).2个SNPs位点联合可构建3种单倍型和6种双倍型,优势单倍型H3(TG)的频率为0.495,劣势单倍型H2(TA)的频率为0.208;单倍型H1、H2和H3的mRNA二级结构最小自由能分别为-475.50、-476.50和-476.10 kJ/mol,表明2个SNPs位点的突变能引起基因mRNA二级结构和自由能改变.g.35195T>C和g.35207G>A位点对三穗鸭蛋壳厚度、蛋壳强度、蛋形指数、蛋重和蛋壳重的影响均未达显著水平(P>0.05,下同);双倍型H1H1个体的蛋壳强度显著高于其他双倍型个体(P<0.05,下同),双倍型H2H2个体的蛋形指数显著低于其他双倍型个体,其他双倍型个体间均无显著差异.[结论]三穗鸭IP3R3基因与蛋壳品质有一定关联性.在三穗鸭IP3R3基因外显子上发现的2个SNPs位点能引起基因mRNA二级结构和自由能改变,其构建的双倍型可作为主效候选基因或与主基因紧密连锁的分子标记用于鸭蛋壳品质改良.     

三穗鸭PRKCB基因内含子14的变异对蛋壳品质的影响

为探究PRKCB基因对三穗鸭蛋壳品质的遗传效应,采用PCR产物直接测序法、DNAStar软件MegaAlign程序结合Chromas软件对120只三穗鸭(Anas platyrhyncha domestica)PRKCB基因的遗传位点变异进行筛查鉴定,用SPSS 18.0软件分析SNP位点与蛋壳品质的相关性。结果显示:在三穗鸭PRKCB基因第14内含子检测到g.1158465 C>T、g.1158519 G>A和g.1158524 G>A这3个SNPs突变位点,每个突变位点均产生3种基因型,且均为中度多态位点。g.1158519 G>A和g.1158524 G>A突变位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡,g.1158465 C>T位点的基因型分布则显著(P<0.05)偏离Hardy-Weinberg平衡;g.1158519 G>A和g.1158465 C>T位点之间存在强连锁不平衡。3个SNPs共组成5种单倍型和8种双倍型,优势单倍型H5(TGG)的频率为0.492,优势双倍型H2H5频率为0.200。关联分析显示,g.1158519 G>A位点的AG基因型个体蛋壳厚度显著(P<0.05)高于GG基因型个体,双倍型H1H3个体的蛋壳厚度显著(P<0.05)高于H3H5个体的蛋壳厚度。研究结果提示,PRKCB基因的遗传变异可以影响蛋壳品质,其中g.1158519 G>A位点可作为改善三穗鸭蛋壳品质选择的遗传标记。     

三穗鸭蛋壳品质关联基因CALM1突变位点SNP s的鉴定与分析

钙调蛋白(calmodulin,CaM)是钙信号的主要介质,可以调节许多与神经功能相关的过程,能介导Ca~(2+)与细胞功能的外部信号的关键信使。本文以114只三穗鸭DNA为模板,通过PCR直接测序法,分析基因突变对三穗鸭蛋壳品质的影响。结果表明:从三穗鸭CALM1基因6对特异性引物中共发现3个突变SNPs位点,分别位于第2内含子g.21554634AG、第3内含子g.21554954TC和第4内含子g.21558072AT,多态性分析均属于中度多态(0.50P0.25),卡方(χ~2)检验结果显示各位点基因型分布未偏离Hardy-Weinberg平衡。在关联性分析中3个位点对蛋壳厚度、蛋壳强度和蛋重都达到了一定的影响,对蛋壳强度达到了极显著的影响。因此,可通过筛选3个位点的AA、TT和AA基因型来提高蛋壳的强度,减少在运输过程的损失。     

三穗鸭ORAI1基因SNPs筛查及生物信息学分析

为探讨钙释放酶激活钙调制器1(ORAI1)与三穗鸭蛋壳品质的相关性,构建三穗鸭DNA混合池,运用PCR扩增和直接测序法对三穗鸭ORAI1基因进行单核苷酸多态性(SNP)检测,进而筛选出对三穗鸭蛋壳品质有显著影响的SNPs,同时对三穗鸭ORAI1基因编码的蛋白质进行功能预测。结果显示,三穗鸭ORAI1基因编码263个氨基酸,组成一种不稳定的亲水性蛋白,蛋白质的二级结构主要由α螺旋、无规卷曲、延伸链和β转角构成;在扩增段共发现3个SNPs,分别是T84C、C188T、A471G,均为同义突变,未造成氨基酸的改变,但引起该基因mRNA二级结构和自由能的变化,并且各突变位点在突变前后等位基因频率存在差异。以上结果提示,ORAI1基因有3个SNPs,可作为改善蛋壳品质分子标记位点的参考。     

樱桃谷鸭IP3R3基因多态性与蛋壳品质的关联分析

为了探究三磷酸肌醇受体3型(IP3R3)基因多态位点对蛋鸭蛋壳品质的影响,试验以樱桃谷鸭为材料,收集45周龄鸭蛋测定蛋质量、蛋形指数、蛋壳厚度、蛋壳强度和蛋壳质量5个指标,并与突变位点进行关联性分析.结果显示,在IP3R3基因中检测到2个SNP位点,分别为第6外显子的g.5539186 T>C突变和第8外显子的g.55...     

威宁黄牛SOCS4基因多态性及其与生长性状的关联分析

[目的]了解威宁黄牛SOCS4基因多态性及其与生长性状的关联性,为深入研究SOCS4基因遗传效应及其功能和调控机制奠定基础.[方法]随机抽取106头威宁黄牛,采集血样后提取总DNA,利用PCR-SSCP检测SNP位点及基因型,并分析SOCS4基因SNP位点与不同个体生长性状的相关性.[结果]在SOCS4基因中共发现两个SNP位点,分别是第1内含子的T+435C和3+UTR的G+13700C,均有3种基因型.在威宁黄牛群体中,T+435C位点是以T为优势等位基因,G+13700C位点则以C为优势等位基因,但只有T+435C位点与威宁黄牛的生长性状存在显著关联(P＜0.05,下同),且在公牛和母牛中呈不同关联性特征.在公牛中,T+435C位点与胸围显著相关,TT型个体胸围均值显著高于CC型个体;而在母牛中,T+435C位点与管围、胸深、腰高和坐骨端宽等生长性状显著关联,且均以CC型个体值高于其他基因型个体.[结论]威宁黄牛SOCS4基因多态性不丰富,且只有内含子区的T+435C位点与其生长性状存在明显关联,即T+435C位点可作为威宁黄牛生长性能的辅助选择分子标记.     

ITPR2基因内含子遗传变异与鸭蛋壳品质关联性分析

Ca~(2+)调控基因ITPR2是细胞内一种重要的配体门控,钙离子跨膜转运活性的关键调控因子,影响钙蛋壳的品质,对ITPR2基因多态性与蛋壳品质间的关联性角度进行深入探究,旨在为利用该基因指导蛋鸭的遗传育种提供参考。本文以三穗鸭(Anas platyrhyncha domestica)为材料,采用常规PCR、直接测序等方法筛查ITPR2基因多态性。结果显示:在ITPR2基因中共发现4个SNP位点,分别处于内含子10的g.128643840 GA、g.128643903 GA和g.128643906 GA,以及内含子14的g.128659401 TG,4个SNP位点中g.128643840 GA和g.128643903 GA位点三穗鸭群体中基因型分布均显著偏离哈代温伯格平衡(Hardy-Weinberg平衡)(P0.05)。4个SNPs均对蛋壳品质有显著影响,其中g.128643840 GA、g.128643903 GA及g.128659401 TG位点能显著提高蛋壳强度(P0.05),g.128643840 GA位点显著影响蛋黄色泽(P0.05)。研究结果可作为蛋壳品质遗传育种的参考。     

雷州黑鸭FSHβ基因多态性与产蛋性能的关联分析

[目的]明确促卵泡激素β亚基(FSHβ)基因在雷州黑鸭群体中的遗传变异情况,为雷州黑鸭群的品种选育提供分子标记.[方法]采用PCR-SSCP对200羽雷州黑鸭FSHβ基因的外显子2(exon2)和内含子1(int1)进行多态性检测,通过测序筛查出多态性位点(SNP位点),同时分析不同基因型与雷州黑鸭产蛋性状间的相关性.[结果]在雷州黑鸭FSHβ基因的g.1103451A>T(int1)处发现一个单核苷酸突变位点(A→T),其存在3种基因型(AA型、AT型和TT型),对应的基因型频率分别为0.538、0.359和0.103.T等位基因频率(0.718)高于A等位基因频率(0.282),且g.1103451A>T位点在雷州黑鸭群体中符合Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05).雷州黑鸭的开产日龄以TT型个体最早,其次是AT型个体,分别比AA型个体提前5.48和4.00d,其差异均达显著水平(P<0.05,下同);在开产体重和300日龄产蛋数方面,也表现为TT和AT型个体显著高于AA型个体,且以TT型个体最高,分别为1299.31g/羽和134.37枚;其他产蛋性状指标在不同基因型个体间的差异均不显著(P>0.05).[结论]雷州黑鸭FSHβ基因int1存在一个SNP位点(g.1103451A>T),其与产蛋性能间存在显著相关性,主要对早期产蛋和生长发育具有促进作用,可作为雷州黑鸭品种选育的辅助选择分子标记.     

鸭催乳素基因外显子4单核苷酸多态性与就巢性状的相关分析

研究采用PCR—SSCP技术研究番鸭不时就巢群体（就巢1月群、就巢2月群、就巢3月群）、番鸭非就巢群和白改鸭5个群体250个个体PRL三基因第4外显子多态性与就巢性状之间的相关性。结果表明,在外显子4编码区内发现2个SNP位点,分别位于该基因的3777 bp（T/C）和3785 bp（A／G）处。基因型与就巢性状指标相关分析的结果表明,番鸭非就巢群体与各就巢群体间差异极显著（P〈0．01）,同时番鸭与白改鸭差异显著（P〈0.05）,推测PRL基因与就巢性有一定的相关。     

鹌鹑MyoG基因多态性与早期生长性能的关联分析

为了寻找蛋用鹌鹑早期生长性能的分子标记,利用PCR-SSCP检测肌细胞生成素(MyoG)基因5′调控区A和B位点在中国黄羽鹌鹑、北京白羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑群体中的多态性,并对MyoG基因5′调控区与鹌鹑的早期生长性能进行了关联性分析。结果表明,MyoG基因5′调控区A位点在蛋用鹌鹑中检测到AA、BB、CC、AB、AC、BC等6种基因型。MyoG基因5′调控区A位点的不同基因型与蛋用鹌鹑的体质量、胫长、胸宽、胸深、胸骨长、体长存在关联性(P0.05)。MyoG基因5′调控区B位点在蛋用鹌鹑中检测到AA、BB、CC、DD、EE、AB、AC、AD、AE等9种基因型,不同基因型与蛋用鹌鹑的体质量、胫长、胸宽、胸深、胸骨长、体长存在关联性(P0.05)。综上,MyoG基因5′调控区A、B位点对蛋用鹌鹑的早期生长性能有一定影响,可以作为蛋用鹌鹑早期生长性能的分子标记。     

不同加热温度对三穗鸭肉品质的影响

以三穗鸭胸肉和腿肉为原料,对不同温度处理的鸭胸肉和腿肉的色泽、保水性、蒸煮损失、剪切力、质构和微观结构的变化情况进行研究.结果显示:不同部位间色泽变化不大,而保水性、蒸煮损失、剪切力、质构指标等存在显著差异;相同部位随加热温度的不同L*值与a*值显著呈正相关,保水性与蒸煮损失呈负相关.随加热温度升高三穗鸭肉保水性降低,蒸煮损失逐渐升高,剪切力在70℃时降至最低后显著升高.相同处理间不同部位的质构变化差异显著.加热使三穗鸭肉肌束膜溶解,温度上升对溶解效果影响显著,70℃以上加热使三穗鸭肉机械强度降低,肉质变软.     

黑羽番鸭LPL基因多态性与肉质性状的关系

采用PCR-SSCP技术对黑羽番鸭脂蛋白脂酶(LPL)基因进行多态性研究,分析该基因与常规肉品质、肌肉营养成分等指标的相关性。结果表明:黑羽番鸭LPL基因第3内含子上发现了A4G突变,群体纯合度为0.5054,多态信息含量为0.3723,形成了EE、EF、FF 3种基因型。EF型母鸭腿肌失水率显著高于FF型(P0.05,下同)。EF型公鸭腿肌中镁含量显著高于FF型。EE型公鸭胸肌中Ala含量显著高于EF型、FF型;FF型母鸭胸肌中Asp、His含量显著高于EF型;FF型公鸭腿肌中Ser、Pro含量显著高于EE型;EE型母鸭腿肌Lys含量显著高于EF型,EF型Cys、Val含量显著高于FF型。     

鸭A-FABP基因单核苷酸多态性分析及其与体脂性状相关的研究

以樱桃谷鸭为试验材料,对脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因进行单核苷酸多态性检测(SNPs),并对该基因型与体脂等性状进行关联分析.结果表明:在内含子2中发现A76T、T78C、T93C、C134T 4个单碱基突变,鸭群中表现出3种基因型(AA、AB和BB).方差分析结果表明:该品种的活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、肝脏重、皮脂重、胸肌脂肪含量和肝脏脂肪含量在不同基因型间差异不显著;BB型腹脂重、腹脂率显著高于AA型和AB型;BB型皮脂率和腿肌脂肪含量显著高于AB型.结果提示A-FABP基因可能是影响鸭脂肪代谢的主效基因或与控制该性状的主效基因连锁.     

鸡甲状旁腺素基因质粒对蛋鸡蛋壳质量和激素水平的调控研究

    试验选用56周龄新扬州鸡产蛋期母鸡150只,随机分为3组,每组5个重复,每个重复10只;腿肌注射0、200、400 μg鸡甲状旁腺素基因质粒(pCEP4-PTH),研究其对蛋鸡生产性能、蛋壳质量和血液部分激素的影响.试验结果表明,pCEP4-PTH基因质粒可改善蛋鸡生产性能;200 μg注射量可显著改善蛋壳强度(P<0.05),400 μg注射量对蛋壳质量影响不显著;pCEP4-PTH基因质粒可显著提高蛋鸡体内甲状旁腺素(PTH)水平(P<0.05),且注射400 Pg时达到极显著水平(P<0.01);注射400μgpCEP4-PTH基因质粒具有促进内源降钙素(CT)和雌激素(E2)分泌的作用(P<0.05),因而不利于PTH生物学效应的发挥;两试验组骨钙素(BGP)与对照组差异不显著,提示生产性能和蛋壳质量的改善未对骨骼发育造成不良影响.说明pCEP4-PTH基因质粒可改善蛋鸡生产性能和蛋壳质量,且不影响骨骼质量.     

槐猪FTO 基因遗传多态性及其与肉质性状相关性研究

以上杭槐猪为试验材料,对FTO基因5′上游区域SNPg.-167TG、第一内含子SNPc.46-139AT和第三外显子同义突变SNPc.594CG遗传多态性及其与肌内脂肪含量、背膘厚度、眼肌面积等肉质性状的相关性进行研究,3个突变分别产生Eco RⅠ、XapⅠ和Bsh1236I等3个限制性内切酶酶切位点。结果表明:被测猪群在3个位点均存在一定的遗传多态性,PIC值分别为0.276、0.343和0.235,各位点等位基因型频率均处于Hardy-Weinberg平衡状态;g.-167TG位点,等位基因G为优势等位基因,其基因频率为0.791,然而,TT基因型肌内脂肪含量显著高于GG基因型;c.46-139AT位点,等位基因T为优势等位基因,其基因频率为0.674,相对于AA基因型,TT基因型显著降低了背膘厚度;c.594CG位点,等位基因G为优势等位基因,其基因频率为0.837,各基因型个体之间在3个被测性状中差异均不显著。因此,FTO基因g.-167TG和c.46-139AT可作为槐猪肉质性状选育的潜在分子遗传标记。     

苏姜猪MC4R基因多态性及其与生产性状的关联分析

本研究旨在探讨MC4R基因多态性对苏姜猪生产性状的影响,以期能够筛选出可用于提高苏姜猪生产性状的分子标记.利用DNA混合池和Sanger测序法对MC4R基因外显子进行单核苷酸多态性(SNP)检测,分析SNP的遗传多态性及其与生产性状的关联性.结果显示,苏姜猪MC4R基因外显子中共检测到6个SNP位点,其中1个错义突变[rs81219178 G>A(Asp298Asn)],5个3'UTR突变(rs325999553 G>A、rs344775772 T>A、rs334536177 A>C、rs335628164 C>T和rs81221063 A>T),均包含3种基因型,且符合Hardy-Weinberg平衡,2个SNP位点为低度多态,4个SNP位点为中度多态.关联分析结果显示,rs81219178 G>A(Asp298Asn)位点对胸围和胸宽有显著影响,5个3'UTR突变位点对体质量、体高和胸围有显著影响.rs325999553 G>A和rs344775772 T>A呈现高度连锁,rs334536177 A>C、rs335628164 C>T和rs81221063 A>T呈现高度连锁.结果提示,MC4R基因对苏姜猪的部分生产性状有显著影响,可作为苏姜猪早期选育的分子标记.     

日粮镁对蛋壳中矿物元素含量及蛋壳质量的影响

研究日粮镁对蛋壳中矿物元素含量及蛋壳质量的影响。采用了在基础日粮中含镁2 258 mg/kg,外加镁3 742 mg/kg(添加氧化镁)饲予20周龄海兰白蛋鸡的方法;结果表明,过量镁对蛋壳中的钾、钠、钙、镁、磷、锌、铁的含量影响差异不显著(P>0.05),对蛋壳强度、蛋壳厚度、蛋型指数的影响差异不显著(P>0.05),使软破蛋率升高。通过电镜观察可以看出,过量镁使蛋壳内表面乳头大小不均,结合不紧密,乳头间空隙较大,外表面有较宽的裂纹,出现了裂缝,这些裂缝很可能成为以后破裂的始点。