蛋鸡OCX-32、OVA基因多态性及其与蛋品质性状的关联分析

试验旨在研究卵钙蛋白-32（ovocalyxin-32,OCX-32）、卵清蛋白（ovalbumin,OVA）基因多态性与蛋品质性状的关联性,寻找与蛋鸡蛋品质性状相关的分子遗传标记。采用PCR-SSCP技术对海兰褐蛋鸡父母代中OCX-32、OVA基因的多态位点进行检测,使用SPSS 22.0软件将不同基因型与海兰褐蛋鸡蛋品质性状进行关联分析,并进一步在子代中验证,寻找优势基因型。结果显示,OCX-32基因第6外显子中检测到AA、BB和CC 3种基因型,2个突变位点,分别位于7 018和7 116 bp;OVA基因第5外显子中检测到AA、BC、BB 3种基因型,2个突变位点位于4 296和4 323 bp。关联分析结果表明,海兰褐蛋鸡父母代OCX-32基因AA基因型的蛋黄重极显著高于BB和CC基因型（P < 0.01）;海兰褐蛋鸡父母代OVA基因AA基因型的哈氏单位及蛋白高度极显著高于BC基因型（P < 0.01）,显著高于BB基因型（P < 0.05）,AA基因型蛋白重显著高于BC基因型（P < 0.05）。在子代中验证进一步确定了OCX-32基因的AA基因型为调控蛋黄重的优势基因型,OVA基因的AA基因型为调控哈氏单位、蛋白高度和蛋白重的优势基因型。综上所述,OCX-32及OVA基因对蛋品质性状有一定影响,可作为蛋鸡的分子育种标记。     

鸽GnIH基因多态性及其与产蛋性状的关联分析

【目的】探究鸽促性腺激素抑制激素(gonadotropin-inhibitory hormone, GnIH)基因多态性,筛选影响母鸽产蛋性状的显著单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,用于高产母鸽的早期选择。【方法】本试验以78对白羽王鸽为研究对象,根据前期克隆获得的鸽GnIH基因mRNA序列(GenBank登录号：MG589639.1)设计引物,通过PCR扩增和直接测序法检测GnIH基因SNP位点并分型,使用Haploview软件对GnIH基因SNP进行连锁不平衡分析,使用SPSS 22.0软件对GnIH基因多态性与白羽王鸽产蛋性状进行关联分析。【结果】白羽王鸽GnIH基因中共检出7个SNPs,分别位于外显子1(c.59 C>T、c.72 T>A)、外显子2(c.398 G>C)和3′-UTR(c.768 C>T、c.860 G>A、c.909 A>G、c.961 T>C),除c.59 C>T位点偏离Hardy-Weinberg平衡外(P<0.05),其余位点均处于Hard...     

牦牛乳铁蛋白基因多态性及其与乳品质性状的关联分析

试验旨在检测牦牛乳铁蛋白（lactoferrin,LF）基因多态性,评估基因突变对牦牛乳品质性状的影响,以期丰富牦牛重要经济性状的分子遗传研究。应用PCR-SSCP方法,检测甘南牦牛、西藏牦牛和天祝白牦牛LF基因5'UTR和内含子4突变,结合甘南牦牛乳品质测定,评估基因突变对其乳品质性状的影响。结果表明,牦牛LF基因5'UTR检测到c.-568 G>A的突变,等位基因A₁和基因型A₁B₁频率最高,为优势等位基因和基因型;内含子4检测到c.499+56 C>A突变,基因型A₂B₂频率最高,为优势基因型,等位基因A₂为甘南牦牛和天祝白牦牛优势等位基因,而B₂为西藏牦牛优势等位基因;各类群牦牛检测区域多态信息含量（PIC）介于0.25~0.50,属中度多态。关联分析表明,甘南牦牛LF基因突变影响部分胎次甘南牦牛乳品质性状,其中5'UTR第2胎基因型A₁A₁和A₁B₁个体无脂固体物质百分含量显著高于B₁B₁个体（P<0.05）;内含子4第3胎基因型A₂B₂和B₂B₂个体乳脂率显著高于A₂A₂型个体（P<0.05）,第4胎基因型B₂B₂个体的乳脂率显著低于A₂A₂和A₂B₂型个体（P<0.05）。以上结果表明,甘南牦牛、西藏牦牛和天祝白牦牛LF基因存在多态性,甘南牦牛LF基因5'UTR、内含子4突变分别影响无脂固体物质含量和乳脂率,可以作为潜在的分子遗传标记。     

欣华鸡DRD2基因多态性及其与蛋用性状的关联分析

试验旨在研究多巴胺受体D2(dopamine receptor D2,DRD2)基因多态性及其与欣华鸡蛋用性状的相关性,寻找可用于欣华鸡蛋用性状选育的分子遗传标记。应用Primer Premier 5.0软件设计4对引物,利用PCR-RFLP技术对欣华E系鸡群的473个个体进行基因型鉴定,使用SPSS 19.0软件将欣华鸡的蛋用性状与DRD2基因多态性进行关联分析。群体多态性分析结果表明,存在4个SNPs位点:A-16105G(SNP1)、G-12510T(SNP2)、G+3360A(SNP3)和T+5042C(SNP4),其中SNP1和SNP2位点符合哈代-温伯格平衡(P0.05),且杂合度较低,但SNP3和SNP4位点显著偏离哈代-温伯格平衡(P0.05)。关联分析表明,DRD2基因4个SNPs位点与欣华E系鸡群体蛋用性状存在关联,其中与产蛋性状关联结果:SNP1与开产日龄显著关联(P0.05),SNP2与33周龄产蛋数、300日龄产蛋总数极显著关联(P0.01),SNP3与开产体重(P0.05)、300日龄产蛋总数(P0.01)、平均连产(P0.01)和最长连产(P0.05)关联,SNP4与开产日龄极显著关联(P0.01);与蛋品质关联结果:SNP1与蛋形指数(P0.01)、蛋黄颜色(P0.01)和哈氏单位(P0.05)关联,SNP2与蛋黄重显著关联(P0.05),SNP3与蛋壳强度极显著关联(P0.01),SNP4与蛋黄重、蛋清重和哈氏单位显著关联(P0.05)。单倍型分析发现,DRD2基因4个SNPs位点的不同单倍型组合与欣华鸡的最长连产长度呈极显著相关(P0.01),与哈氏单位呈显著相关(P0.05)。组织表达谱分析发现,DRD2基因主要在欣华E系鸡垂体中表达,在58周龄鸡胸肌中有较高表达,在36周龄鸡脑中有少量表达。结果表明,DRD2基因可作为候选基因辅助用于欣华E系鸡群体蛋用性状的遗传改良。     

欣华鸡DRD2基因多态性及其与蛋用性状的关联分析

试验旨在研究多巴胺受体D2(dopamine receptor D2,DRD2)基因多态性及其与欣华鸡蛋用性状的相关性,寻找可用于欣华鸡蛋用性状选育的分子遗传标记。应用Primer Premier 5.0软件设计4对引物,利用PCR-RFLP技术对欣华E系鸡群的473个个体进行基因型鉴定,使用SPSS 19.0软件将欣华鸡的蛋用性状与DRD2基因多态性进行关联分析。群体多态性分析结果表明,存在4个SNPs位点:A-16105G(SNP1)、G-12510T(SNP2)、G+3360A(SNP3)和T+5042C(SNP4),其中SNP1和SNP2位点符合哈代-温伯格平衡(P>0.05),且杂合度较低,但SNP3和SNP4位点显著偏离哈代-温伯格平衡(P<0.05)。关联分析表明,DRD2基因4个SNPs位点与欣华E系鸡群体蛋用性状存在关联,其中与产蛋性状关联结果:SNP1与开产日龄显著关联(P<0.05),SNP2与33周龄产蛋数、300日龄产蛋总数极显著关联(P<0.01),SNP3与开产体重(P<0.05)、300日龄产蛋总数(P<0.01)、平均连产(P<0.01)和最长连产(P<0.05)关联,SNP4与开产日龄极显著关联(P<0.01);与蛋品质关联结果:SNP1与蛋形指数(P<0.01)、蛋黄颜色(P<0.01)和哈氏单位(P<0.05)关联,SNP2与蛋黄重显著关联(P<0.05),SNP3与蛋壳强度极显著关联(P<0.01),SNP4与蛋黄重、蛋清重和哈氏单位显著关联(P<0.05)。单倍型分析发现,DRD2基因4个SNPs位点的不同单倍型组合与欣华鸡的最长连产长度呈极显著相关(P<0.01),与哈氏单位呈显著相关(P<0.05)。组织表达谱分析发现,DRD2基因主要在欣华E系鸡垂体中表达,在58周龄鸡胸肌中有较高表达,在36周龄鸡脑中有少量表达。结果表明,DRD2基因可作为候选基因辅助用于欣华E系鸡群体蛋用性状的遗传改良。     

CaBP-D28k在蛋鸡生殖器官中的表达及其与蛋品质性状的关联分析

研究采用荧光定量PCR技术对Ca BP-D28k在蛋鸡生殖器官中的表达量进行分析,并利用SSCP技术寻找Ca BP-D28k的SNPs位点,继而与蛋品质性状进行关联分析。结果表明:1 Ca BP-D28k在各部位的表达情况为:输卵管子宫部输卵管伞部卵巢输卵管膨大部输卵管峡部。以卵巢为参照基准1,输卵管子宫部Ca BP-D28k表达量约为其73倍,差异极显著(P0.01),输卵管峡部、膨大部与卵巢Ca BP-D28k表达量差异显著(P0.05)。2 Ca BP-D28k第三外显子存在A5115G的突变位点,共检测到3种基因型(AA、AG和GG)。AG型蛋壳强度极显著高于AA和GG型(P0.01),GG型哈氏单位与AA和AG型存在显著差异(P0.05)。结果表明,Ca BP-D28k在蛋鸡生殖器官中有相对量的差异,并与蛋壳形成过程中钙离子的转运有密切联系;AG型为调控蛋壳强度和哈氏单位的优势基因型,研究结果为SNPs辅助选择育种提供了理论基础。     

瑶山鸡MTNR1B基因的多态性及其与产蛋性状的关联分析

本研究拟为贵州优质品种资源瑶山鸡的高产选育提供科学依据。运用分子生物学手段,设计2对引物P1、P2采用单核苷酸多态性和测序相结合的方法,研究瑶山鸡MTNR1B基因的遗传多样性,并与产蛋性状进行关联分析。结果表明:P1检测出AA、AC、BC 3种基因型,AA基因型为优势基因型,等位基因A的频率最高为0.90,多态信息含量为0.17,P1位点的3种基因型与开产日龄和38周龄产蛋数差异均不显著;P2检测出AA、AB、AC、AD 4种基因型,AC为优势基因型,等位基因A的频率最高为0.51,多态信息含量为0.46,AD和AC基因型的开产日龄显著高于AA和AB基因型(P0.05),AA和AD基因型的产蛋数极显著高于AB基因型(P0.01),AC基因型的产蛋数显著高于AB基因型(P0.05)。     

绵羊TSHR基因多态性及其与繁殖性状关联分析

为探讨TSHR基因多态性与绵羊季节性繁殖和产羔数的关系,本实验采用Sequenom Mass-ARRAY?SNP分型技术检测常年发情的小尾寒羊(407只)、湖羊(101只)、策勒黑羊(48只)和季节性发情的苏尼特羊(21只)、滩羊(22只)、草原型藏羊(161只)TSHR基因的单核苷酸多态性(SNP)位点,并进行群体遗传学分析及其与小尾寒羊产羔数的关联分析。结果表明:TSHR基因g.89430525G>A、g.89363881T>C和g.89431097C>G的基因型频率和等位基因频率在常年发情绵羊品种和季节性发情绵羊品种间差异极显著(P<0.01);这3个SNP位点在大多数绵羊品种中表现为中度多态,且在各个绵羊品种中处于哈代温伯格平衡状态(P>0.05);TSHR基因g.89431097C>G位点的多态性与小尾寒羊第1～3胎的产羔数显著相关(P<0.05),其中CC型母羊的产羔数显著低于CG和GG型母羊(P<0.05)。本研究表明,TSHR基因与绵羊季节性繁殖性状具有较强的相关性,同时参与绵羊季节性繁殖和多羔性状的调控。     

四川牦牛UCP1基因遗传多态性及其与肉品质性状的关联分析

四川牦牛(Bos grunniens,yak)主要分布于我国海拔3 000～5 000 m的高原地区,以肉质细嫩、味美可口、低脂肪、高蛋白而受到国内外消费者的欢迎。牦牛全身都是宝,藏族人民的衣食住行都离不开它。解偶联蛋白1(uncoupling protein 1,UCP1)是棕色和米色脂肪细胞特异性表达的一种产热线粒体蛋白,通过线粒体中的电子传递链参与底物氧化和ATP分解进程,从而产生热量并为机体供能。本课题组前期通过组学分析发现：UCP1基因可能对脂质代谢具有重要调控作用。因此,本试验拟以四川牦牛为研究对象,探讨UCP1基因在四川牦牛群体中的遗传多态性,分析四川牦牛肉品质性状相关的潜在遗传标记位点。结果显示,UCP1基因的内含子4和外显子5中共发现4个SNPs位点,其中I4-769 G>A位点的AA型的背最长肌红度显著高于GG型;在I4-836 C>T位点中CC型的背最长肌红度和黄度显著高于CT型;E5-26 C>G位点的CC型的背最长肌亮度显著低于CG型,而CC型背最长肌红度和黄度显著高于CG型;E5-59 A>G位点的GA型的背最长肌24 h时的pH值显...     

黑羽番鸭AMH基因多态性与产蛋及体重性状的关联分析

为研究黑羽番鸭AMH基因的单核苷酸多态性与产蛋及体重性状之间的关系,本实验随机采取186只笼养黑羽番鸭,采用限制性内切酶(PCR-RLFP)方法进行AMH基因SNP筛选,并与产蛋和体重性状进行相关性分析.结果显示:筛选出g.1731G>A、g.2044T>C、g.3531C>T 3个位点,其中g.1731G>A的AG为...     

奶牛催乳素基因多态性及其与产奶性状的关联分析

催乳素(PRL)基因是影响奶牛泌乳性状的重要候选基因。通过PCR-RFLP结合测序方法检测了荷斯坦奶牛PRL基因5'侧翼区调控序列的多态性,并利用最小二乘法分析其与泌乳性状的关联性。结果显示:在PRL基因5'侧翼序列的906位点处发现A/G突变。共发现AA、AG和GG三种基因型,基因型频率分别为0.239 3、0.522 8和0.177 9,A和G的等位基因频率为0.530 7和0.469 3。多态信息含量检测结果显示该位点处于中度多态,卡方检验显示该位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05)。关联分析结果表明,该位点多态对产奶量、乳脂率均有影响。     

绵羊MSTN基因多态性及其与肉质性状的关联分析

【目的】探讨绵羊肌肉生长抑制素(myostatin, MSTN)基因多态性及其对绵羊肉质性状的影响,以期为绵羊肉用性能的选育提供有效的遗传分子标记。【方法】利用液相捕获测序技术获取MSTN基因在杜泊羊(D)、滩羊(T)和小尾寒羊(XH)共91只绵羊中的变异位点,并筛选出品种间差异显著的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点。针对筛选出的位点,利用飞行质谱检测技术对滩羊、小尾寒羊、杜泊羊和杜滩寒三元杂交羊(DTH)共30只绵羊进行基因分型,并与肉质性状进行关联分析。【结果】试验筛选出的MSTN基因rs129059715位点在4个绵羊群体中共检测到3种基因型,分别为15个CC基因型、9个CA基因型及6个AA基因型,C为优势等位基因(除杜滩寒三元杂交羊外)。在杜泊羊、滩羊和杜滩寒三元杂交羊群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),在小尾寒羊群体中处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05);在杜泊羊和小尾寒羊群体中均处于低度多态(PIC<0.25);在滩羊和杜滩寒三元杂交羊群体中均处...     

猪SGCB基因多态性及其与胴体性状的关联分析

本研究检测了大白猪、长白猪和梅山猪SGCB基因第4外显子上的G/A突变,并进行了多态性研究。采用改进的扩增受阻突变系统-PCR（ARMS-PCR）技术在3个不同猪种和“大白&#215;梅山”F2代资源家系中进行遗传分析,结果表明,等位基因A和G在4个群体中分布平衡。对266头“大白&#215;梅山”F2代资源家系中SGCB基因多态性与胴体性状进行关联分析。结果表明：该位点AA基因型对活体瘦肉率存在极显著影响（P〈0.01）,GG基因型对眼肌高存在极显著影响（P〈0.01）。     

80周龄蛋鸡产蛋数与蛋品质性状的相关性分析

为了给蛋鸡产蛋数和蛋品质性状选育改良提供依据,根据80周龄产蛋数量将668只褐壳纯系蛋鸡分为4组,分析了80周龄产蛋数量与36周龄、72周龄和80周龄蛋品质性状间的相关性以及不同组之间蛋品质性状的差异。结果表明:80周龄产蛋数量与72周龄、80周龄蛋壳厚度呈极显著负相关(P0.01),与72周龄哈氏单位呈极显著正相关(P0.01),与其余周龄蛋壳颜色、蛋壳强度和哈氏单位相关性均不显著(P0.05);个别组间72周龄和80周龄蛋壳厚度差异显著(P0.05),但是4组蛋鸡各周龄蛋壳强度、蛋壳颜色和哈氏单位均差异不显著(P0.05)。说明蛋鸡的产蛋数量与蛋品质相关性较低,对蛋鸡进行提高产蛋数量的持续选育不会影响鸡蛋品质。     

扬州鹅ACSF2和MAGI-1基因多态性及其与产蛋性状的关联分析

本研究旨在探讨ACSF2和MAGI-1基因多态性对扬州鹅产蛋性状的影响,以期筛选出可用于提高扬州鹅产蛋性能的分子标记。采用PCR扩增结合直接测序的方法对ACSF2和MAGI-1基因内含子区域进行单核苷酸多态性（SNP）检测,分析SNP的遗传多样性及其与产蛋性状的关联性。结果显示,扬州鹅ACSF2基因内含子中有1个与扬州鹅产蛋性能相关的SNP位点,为Record-106582 A>C,包含3种基因型,分别为AA、AC和CC。关联分析结果显示,Record-106582 A>C位点对产蛋量有显著影响,AA基因型扬州鹅的产蛋量显著高于AC和CC基因型个体。本研究中MAGI-1基因Record-106975 A>G突变位点对扬州鹅群体产蛋量、开产体重和蛋重均无显著影响。结果表明,ACSF2基因对扬州鹅部分产蛋性状有显著影响,可作为扬州鹅早期选育的分子标记。     

GnRH基因SNPs与鹅体组成和蛋品质性状的关联分析

本实验旨在研究GnRH基因SNP位点对鹅体组成和蛋品质性状的影响,选择208只四川白鹅(母鹅),采用直接测序法检测SNP和个体基因型,并利用滑动窗口构建单倍型;分别将SNP和单倍型与体组成和蛋品质性状进行关联分析。结果表明:共获得46个SNP位点并构建44个滑动窗口;GnRH基因的SNP位点与鹅初生重、体斜长、胫长、龙骨长、胫围、蛋壳强度、蛋壳重和蛋壳厚度等性状显著或极显著相关(P0.05或P0.01),而与半潜水长、骨盆宽、胫围、蛋形指数、蛋比重、蛋黄颜色和蛋黄重等蛋品质性状无显著相关。可见,GnRH基因的SNP位点可作为鹅初生重、体斜长、胫长、龙骨长、胫围、蛋壳强度、蛋壳重和蛋壳厚度等性状的分子标记之一。     

小尾寒羊LHR基因组织表达、多态性及其与产羔性状的关联分析

为了揭示LHR基因在小尾寒羊下丘脑-垂体-卵巢轴(hypothalamic-pituitary-ovarian axis,HPOA)中的表达规律、多态性及其与产羔数的关系,深入了解其对小尾寒羊产羔性状的作用。本研究采用实时荧光定量PCR技术对6只小尾寒羊(FecB++型单、多羔母羊各3只)的生殖及脑组织中LHR基因的表达谱进行分析,同时采用Sequenom MassARRAY~?SNP技术对380只小尾寒羊和380只其他品种绵羊(小尾寒羊、滩羊、苏尼特羊、策勒黑羊、湖羊和草原型藏羊)LHR基因7个单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphisms, SNPs)的多态性进行检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。结果显示,LHR基因在小尾寒羊大脑、下丘脑和卵巢中均有表达,其中在卵巢高表达。LHR基因在小尾寒羊多羔群体卵巢、大脑和下丘脑的表达均极显著高于单羔群体(P<0.01)。分型发现LHR基因中,4个SNPs位点的等位基因频率和基因型频率在多羔和单羔品种间差异均达到极显著水平(P<0.01);7个SNPs在大多数绵羊品种中均表现为中度多态(0.250.05);关联分析表明,LHR基因有1个SNP多态性与小尾寒羊各胎产羔数显著相关(P<0.05),2个SNPs多态性与小尾寒羊各胎产羔数呈极显著相关(P<0.01)。本研究发现,LHR基因的3个SNPs位点的多态性与小尾寒羊产羔性状存在一定程度相关,暗示其可能参与小尾寒羊多羔性状调控。     

猪IGFBP2基因多态性及其与胴体、肉质性状的关联分析

本研究旨在调查猪胰岛素样生长因子结合蛋白2基因(IGFBP2)潜在的变异与胴体性状和肉质性状之间的关系。IGFBP2是IGFBPs家族的一员,定位在猪15号染色体上。本研究利用PCR-MspⅠ-RFLP方法对该基因第二内含子g.171CT(Gen Bank Accession No.BV727778)进行了单核苷酸多态性(SNP)检测,在382头大白×梅山猪F2代猪群体中关联分析。结果发现该位点与背膘厚、眼肌高、眼肌宽、骨率等性状呈极显著相关(P0.01),与眼肌面积、肥肉率、瘦肥比、花油、色值(LD)和色值(BF)等性状呈显著相关(P0.05)。结果表明IGFBP2基因型与胴体和肉质性能存在一定程度的显著关联,是潜在的影响猪胴体和肉质性状的候选基因。     

长顺绿壳蛋鸡OCX-32基因变异对蛋壳品质的效应研究

为了进一步了解蛋壳基质蛋白OCX-32基因对鸡蛋壳品质的遗传效应,试验以长顺绿壳蛋鸡为研究对象,在测定蛋壳质量后翅静脉采血提取DNA,采用PCR扩增并结合PCR产物直接测序法对OCX-32基因进行单核苷酸多态性(SNP)筛查及与蛋壳品质的关联分析。结果表明:在长顺绿壳蛋鸡OCX-32基因中检测到2个SNP位点,即位于外显子4的g.22 598 071 CT错义突变,产生2种基因型(CC和CT),其中C为优势等位基因,其频率为0.900,属于低度多态位点;位于内含子4的g.22 598 730TA突变,产生3种基因型(TT、TA和AA),T为优势等位基因,其频率为0.650,属于中度多态位点。关联性分析结果显示,g.22 598 071 CT位点对长顺绿壳蛋鸡蛋壳强度、蛋比重、蛋壳比例和蛋白高度有显著影响(P0.05),g.22 598 730 TA位点对长顺绿壳蛋鸡的蛋品质10个指标无显著影响(P0.05)。说明g.22 598 071 CT位点可能作为鸡蛋壳品质选择的一个遗传标记,OCX-32基因与长顺绿壳蛋鸡蛋品质存在一定的相关性,可作为发掘长顺绿壳蛋鸡蛋品质的分子育种标记。