不同繁殖季节绵羊卵巢组织中piRNAs序列特征及表达差异分析

为了分析绵羊卵巢组织中piRNAs的序列特征及不同繁殖季节绵羊卵巢组织中piRNAs的表达差异,本试验采用Solexa测序技术对休情季节（休情期）和发情季节（卵泡期和黄体期）滩羊卵巢组织进行高通量测序,采用生物信息学方法筛选绵羊卵巢中的piRNAs,对piRNAs的长度分布、首位碱基偏好、基因组来源、染色体分布、链特异性、ping-pong循环特征、piRNAs比对重复序列类型进行分析,并对发情季节与休情季节绵羊卵巢之间差异表达的piRNAs进行靶基因预测及其靶基因的GO功能和KEGG Pathway富集分析。结果显示,绵羊卵巢中不同长度的piRNAs首位碱基偏好性不一致;3个时期（休情期、黄体期和卵泡期）的piRNAs均主要比对到基因内含子、编码区及lncRNA区域,而比对到重复序列的piRNAs相对较少;绵羊卵巢piRNAs在染色体上呈不均匀分布;绵羊piRNAs簇存在很强的链特异性,但首位碱基偏好性不明显;3个时期的piRNAs均无明显的ping-pong循环特征。KEGG富集分析发现,差异piRNA靶基因主要富集在RNA运输通路（RNA transport pathway）、嘌呤代谢通路（purine metabolism pathway）、黏着斑通路（focal adhesion）、PI3K-Akt信号通路（PI3K-Akt signaling pathway）、Hippo信号通路（Hippo signaling pathway）等与绵羊繁殖相关的通路。本研究揭示了不同繁殖季节绵羊卵巢组织中的piRNAs序列特征,暗示绵羊卵巢组织中的piRNAs可能通过BAD等基因和黏着斑通路等调控绵羊季节性繁殖,为深入解析绵羊季节性发情分子机制提供一定参考。     

营养诱导舍饲哈萨克羊非繁殖季节卵巢组织中miRNAs差异表达分析

旨在利用Solexa测序技术分析、挖掘营养诱导非繁殖季节绵羊发情期和乏情期卵巢组织micro RNAs(miRNA),为进一步研究特定miRNA参与非繁殖季节绵羊发情的分子调控机制提供理论基础。以不同营养水平饲喂的哈萨克绵羊作为研究对象,在非繁殖季节前后分别屠宰已鉴定的3只发情(EN)和乏情(AN)母羊,分别采集卵巢(O)组织,构建两个小片段RNA文库(OEN和OAN),进行高通量测序和生物信息学分析,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证差异表达的miRNAs在哈萨克羊卵巢中表达水平。结果显示,两文库分别获得8 665 978(发情期)和9 071 102条(乏情期)clean reads,且绝大多数小RNA序列长度为21~23nt。两文库相比较,发现有9个已知和104个未知miRNAs表达差异显著(P0.01)。利用qRT-PCR随机选择的6个显著差异表达的miRNAs进行验证,其表达水平和测序分析结果一致。KEGG通路分析表明,这些差异miRNAs的靶基因主要参与了甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,氨基糖和核苷酸糖代谢,精氨酸和鸟氨酸代谢及甘油磷脂代谢等营养调控通路。结合靶基因预测及通路富集分析,推测差异表达的miRNAs是通过营养代谢通路对绵羊的非季节性发情起重要作用。     

绵羊超数排卵卵巢差异表达基因及生物信息学分析

【目的】筛选出影响经超数排卵处理的多浪羊卵巢卵泡发育的关键基因、生物过程及信号通路,为进一步了解多浪羊超数排卵状态下卵巢生长发育机制提供依据。【方法】对15只2～3岁身体状况良好的多浪羊进行超数排卵处理后,采集超数排卵中早期(第11天)、中期(第13天)、晚期(第15天)卵巢组织,利用高通量测序技术进行转录组测序,将测序得到的reads序列与参考基因组进行序列比对,筛选出差异表达基因;通过STRING数据库对差异表达基因进行蛋白互作网络分析,采用Cytoscape软件进行可视化编辑处理,利用eggNOG-mapper软件进行GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】超数排卵卵巢第11和13天共筛选出223个差异表达基因,获得259条互作关系,差异表达基因显著注释在细胞生长、核糖核蛋白复合等条目中,其中显著差异表达的基因为ITGB3和SNAI1,未发现显著富集通路。超数排卵卵巢第13和15天共筛选出694个差异表达基因,获得785条互作关系,差异表达基因显著注释在DNA复制的启动、DNA复制、DNA新陈代谢过程等条目中,其中显著差异表达的基因主要有CASP3、NOTCH1、WNT2和RUN...     

绵羊不同妊娠时期卵巢转录组差异表达比较分析

[目的]探究随着绵羊体内胎儿的发育,母体卵巢转录组表达水平的变化。[方法]试验绵羊为苏格兰黑面羊和特克赛尔羊F₁代杂交品种,3个妊娠时间分别为妊娠23 d、妊娠35 d和妊娠100 d。从NCBI的高通量测序数据SRA存储库下载3个妊娠时期绵羊卵巢转录组的18个样本数据。使用Z-Score方法对转录组数据进行标准化处理。将妊娠23 d、妊娠35 d的绵羊卵巢组织进行比对,妊娠35 d、妊娠100 d的绵羊卵巢组织进行比对,使用R语言的limma包进行基因差异表达分析,筛选DEGs,以P-Value<0.05和|logFC|≥2作为筛选DEGs条件。利用DAVID在线软件对DEGs进行注释及功能富集分析,并以P-Value<0.05作为信号通路显著富集标志。[结果]在妊娠23 d与妊娠35 d组绵羊卵巢中筛选出54个DEGs,妊娠35 d与妊娠100 d组绵羊卵巢中筛选出68个DEGs,两组均包含HSP90AA1、HSP90AB1、MMP2和HSP90B1基因。妊娠23 d与35 d组绵羊卵巢的54个DEGs显著富集到包括内质网蛋白质加工信号通路、核糖体信号通路、雌激素信号通路、癌症蛋白聚糖信号通路、扩张型心肌病信号通路、肥厚型心肌病信号通路6条通路;妊娠35 d、妊娠100 d组绵羊卵巢的68个DEGs显著富集到包括癌症相关信号通路、黏着斑信号通路、抗原加工与提呈信号通路、细胞外基质受体相互作用信号通路、细菌侵袭上皮细胞信号通路、内质网蛋白质加工信号通路、核糖体信号通路、雌激素信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症蛋白聚糖信号通路和前列腺癌信号通路11条通路。[结论]在妊娠期间雌激素信号通路上的HSP90AA1、HSP90AB1、MMP2和HSP90B1基因表达有很大变化,这些基因可能对绵羊妊娠维持有着重要的作用。     

绵羊H-FABP基因不同组织表达差异研究

为了检测心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因在绵羊不同组织的表达差异,试验采用实时荧光定量PCR法检测绵羊H-FABP基因在不同组织中的表达情况。结果表明:H-FABP基因在不同的组织中表达量不同,由高到低依次为腿部半腱肌、背最长肌、心脏、肾脏、脾脏、十二指肠、肝脏、肺脏。     

不同繁殖季节成年牦牛附睾组织特征比较

为比较不同繁殖季节成年牦牛附睾组织结构特征变化,应用苏木精-曙红常规染色、Masson's和Gomori's特殊组织化学染色方法比较不同繁殖季节牦牛（6头繁殖期成年牦牛和9头繁殖间期成年牦牛）附睾的组织结构特点并用IPP图像分析软件进行定量分析。结果显示,与繁殖间期相比,繁殖期附睾尾间质胶原纤维和网状纤维较附睾头及附睾体明显增多;附睾头和附睾体柱状上皮厚度显著增加（P<0.05）,附睾头纤毛长度增加显著（P<0.05）;附睾头和附睾尾管腔内径及外径显著增高（P<0.05）;但是附睾尾管腔外径繁殖期与繁殖间期相比差异不显著（P>0.05）。本研究结果表明,成年牦牛附睾管外围网状纤维与胶原纤维分布一致,二者在附睾尾较为丰富,可能与其较强的收缩能力及精子运输有关;柱状纤毛上皮高度及纤毛长度、管腔内径与外径的变化与其所处的不同繁殖季节密切相关,附睾管腔的膨大和回缩亦可能是高原地区季节性繁殖的哺乳动物中一种普遍存在的现象。     

SPLUNC1基因在2种绵羊不同组织器官中差异表达分析

SPLUNC1是抗病原微生物感染的关键蛋白.为研究SPLUNC1基因在2种绵羊不同组织器官中的差异表达情况,试验选取健康新疆阿勒泰羊5只,多胎萨福克羊5只,放血处死后分别采集气管、支气管、肺脏、胃、食管、结肠、心脏、脾脏、皮肤,提取RNA,反转录合成cDNA.以cDNA为模板,扩增SPLUNC1基因748bp特征片段,...     

广灵驴FTO基因克隆、序列分析及组织差异表达

【目的】对广灵驴脂肪和肥胖相关基因(fat mass and obesity-associated gene, FTO)进行克隆及序列分析,同时检测其在广灵驴各组织中的表达差异,以探究广灵驴FTO基因结构对其生理代谢功能的影响。【方法】运用RT-PCR技术扩增并克隆广灵驴FTO基因CDS序列,进行基因及蛋白质功能分析,同时运用实时荧光定量PCR方法检测FTO基因在广灵驴7种组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌及皮下脂肪)中的差异表达。【结果】广灵驴FTO基因CDS区序列长1 518 bp,编码505个氨基酸,序列提交至NCBI,登录号:MZ169553。广灵驴FTO基因与马、猪、牛、人、羊驼、绵羊和山羊的相似性为99.3%、90.3%、89.5%、90.8%、90.7%、89.2%和89.2%;系统进化树分析发现,广灵驴与马的亲缘关系最近。FTO蛋白分子质量为58.35 ku,理论等电点为5.07,脂肪系数为80.36,不稳定系数为48.82,平均疏水指数为-0.550,为不稳定的酸性亲水蛋白。FTO蛋白无信号肽和跨膜区,主要定位于细胞质中,具有34个磷酸化位点与5个糖基化位点...     

MBL基因在绵羊不同组织器官和品种中的表达差异

为了探讨甘露(聚)糖结合凝集素(Mannan-binding lectin,MBL)基因在绵羊不同组织和品种间的表达差异,试验利用实时荧光定量PCR技术分析MBL基因在绵羊8个不同组织器官和外周血白细胞中的表达差异,以及在4个品种中的表达差异。结果表明:MBL基因在绵羊心脏、体侧部皮肤、肝脏、肺脏、肾脏、小肠、脾脏、小脑及血液白细胞中具有不同程度的表达,其中肝脏中表达量最高,肺脏和脾脏中表达量次之,心脏和小肠中表达量最低。MBL基因在哈萨克羊肝脏中表达量最高,中国美利奴羊(新疆军垦型)肝脏中表达量次之,萨福克羊和湖羊肝脏中表达量最低。说明MBL基因具有组织特异性表达特征,并且在不同绵羊品种中表达存在差异,其表达量与绵羊的适应性有关。     

YWHA蛋白在番鸭不同繁殖状态下卵巢组织中的表达情况分析

本试验旨在探讨YWHA蛋白家族成员YWHAB、WHAE和YWHAG在番鸭卵巢组织的表达特征,以期明确YWHAB、YWHAE和YWHAG与卵巢组织细胞生长、发育的关系;本试验利用免疫组织化学的方法检测YWHAB、YWHAE和YWHAG基因在产蛋和就巢状态下卵巢组织的阳性细胞率和H-Score的变化情况,试验结果发现80%以上的细胞均表达YWHAB、YWHAE和YWHAG蛋白,就巢状态下和产蛋状态下细胞阳性率没有显著差异;在就巢状态下卵巢组织的H-Score均显著或极显著高于产蛋状态下的卵巢组织,表明该蛋白家族可能参与就巢状态下卵巢细胞的发育调控。     

不同生态环境不同品种绵羊卵巢微动脉解剖学特征

从青海西宁、内蒙古赤峰、浙江桐乡和山东菏泽分别采集高原型藏羊、敖汉细毛羊、湖羊和小尾寒羊卵巢各20枚,利用微血管立体构筑和扫描电镜(SEM)技术相结合的方法,研究不同品种绵羊卵巢微动脉的构筑及超微结构特征。结果显示,绵羊卵巢微动脉呈迂曲盘旋的螺旋状,卵巢门动脉经3~4次分支后发出毛细血管;在卵巢微动脉的Ⅱ~Ⅳ级分支表面均有梭形凹痕,呈典型的"树皮样"或"波浪状";在毛细血管前微动脉处有多个与微动脉横轴平行或呈一定夹角的环行缩窄。比较发现,高原型藏羊的卵巢微动脉螺旋程度更高,且各级微动脉的管径均较粗,"树皮样"压痕和环形缩窄较深且密;小尾寒羊卵巢微血管网更密集、分支更多。研究认为,高原型藏羊卵巢微动脉的解剖学特征,有利于增加卵巢内各部分的氧供,调节和分配血液供应以适应高原环境,而小尾寒羊卵巢更密集的微血管网可能是其排卵数高的生理学基础之一。     

绵羊PRKAG3基因的序列克隆和差异表达

研究以无角陶赛特绵羊为实验材料,对绵羊PRKAG3基因CDS序列进行克隆测序,获得1 395 bp序列。同源建模表明,PRKAG3基因编码蛋白C端由4个保守的CBS结构域组成,为β折叠结构且主要为疏水性氨基酸,在调节AMPK活性方面起着重要作用。BLAST软件分析表明,绵羊PRKAG3基因与牛的同源性最高,其次是人,与猪和小鼠相对较远,同源性分别为96%、84%、82%和81%。利用RT-PCR半定量技术对PRKAG3基因在无角陶赛特绵羊不同组织中的表达进行分析,结果表明:PRKAG3基因在不同组织中表达差异显著,主要在绵羊肌肉组织表达,其次是心脏,在肝脏、脾脏和肾脏中则表达量较少。该结果为绵羊肉质风味的研究提供了分子依据。     

农区繁殖季节进行绵羊同期发情的效果分析

绵羊的繁殖效率是决定养羊经济效益的关键因素.在新疆的农区由于无法放牧,必须进行全舍饲,造成饲养成本加大,生产效益低下,使许多农场职工不愿养羊,不愿在养羊上投入更多的资金,这就影响了养羊业的快速发展.面对这种情况,《兵团工厂化高效养羊科技示范建设项目》办公室把母羊高频高效繁殖作为重点来抓,试图通过这一途径来提高母羊的繁殖率,从而提高养羊的经济效益,并取得了显著成效.为验证和推广应用这一新技术,依据农区团场特点,于2004年7月在新疆兵团农一师、农七师、农九师的三个团场进行了本次试验,现将结果报告如下.     

农区非繁殖季节绵羊的同期发情效果分析

对新疆自治区农区非繁殖季节绵羊的同期发情效果进行了分析,以期实现绵羊1年2产或2年3产,从而提高养羊的经济效益。     

绵羊生殖激素研究及非繁殖季节的应用

绵羊的一系列繁殖活动都与生殖激素的变化有着密不可分的联系.生殖激素在体内的分泌是受下丘脑-垂体-卵巢轴的调节,下丘脑起主宰作用,但垂体和卵巢分泌的生殖激素是影响繁殖的主导因素,这些内源性的激素主要有促卵泡素(FSH)、促黄体素(LH)、孕酮(P)、雌激素(E)等,它们在体内有规律、有节奏的分泌,调控着绵羊的各种繁殖活动.     

绵羊miR-449a/b前体序列组织表达及生物信息学分析

【目的】探究miR-449a/b在绵羊生长发育和繁殖性能方面的作用,为进一步研究miR-449a/b在绵羊繁殖调控中的作用提供参考。【方法】以湖羊为研究对象,利用实时荧光定量PCR技术鉴定miR-449a/b在湖羊下丘脑、垂体和卵巢中的相对表达量。使用TargetScan、miRWalk、miRDB软件预测绵羊miR-449a/b前体序列的靶基因,利用微生信和KOBAS网站对其进行GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】试验获得的前体序列与NCBI数据库中绵羊前体序列信息比对结果一致。实时荧光定量PCR结果显示,miR-449a在垂体中的相对表达量显著高于miR-449b(P<0.05),miR-449b在卵巢中的相对表达量极显著高于miR-449a(P<0.01)。利用3个靶基因预测软件做韦恩图分析,取其交集得到miR-449a/b的靶基因数目分别为299和23个。GO功能富集显示,miR-449a/b主要被富集到生物进程;KEGG通路富集结果取前20个通路进行分析发现,主要包括催产素、MAPK等与繁殖调控相关的信号通路。【结论】miR-449a在垂体中的表达量较高,mi...     

应用mRNA差异显示技术筛选绵羊皮肤毛囊差异表达序列标签

为寻找与绵羊羊毛生长相关的基因,应用mRNA差异显示技术(DD-PCR)筛选拔毛皮肤与正常皮肤表达水平有差异的cDNA,用Northern blot证实差异显示基因片段,对差异基因进行测序和同源比较。经差异显示分析,共找到差异表达的序列片段21个;经2次扩增、克隆、Northern Blot分析,最终确定2个差异条带SQ70和SQ75。对这两个差异条带进行测序及生物信息学分析,发现SQ70是绵羊皮肤中与组织修复相关的EST片段,而SQ75是绵羊皮肤或者是毛囊中高表达的未知EST片段。以上结果表明,SQ70和SQ75可能是与绵羊羊毛生长密切相关的基因表达产物,对于这两个ESTs具体的生物学功能有待于进一步研究。     

绵羊发情周期中VEGF在卵巢中的表达

应用免疫组化方法结合计算机图像分析技术,分析同期发情后0、5、9、12、15d的绵羊卵巢中血管内皮生长因子（Vascular endothelial growth factor,VEGF）表达强度变化,以期了解VEGF在绵羊卵巢发情周期不同时期的表达规律。结果显示：VEGF阳性目标主要出现于卵泡膜与颗粒细胞。原始卵泡、初级卵泡、次级卵泡VEGF表达依次增强（P〈0．05）。发情周期0～5d,大窦腔卵泡（颗粒细胞4～8层）VEGF表达量骤然上升（P〈0．05）,而9d开始显著下降,与5d比较差异显著（P〈0．05）。12d继续下降（P〈0．05）且为最低值,15d又明显上升（P〈0．05）。VEGF在卵巢间质呈弱表达,各个时期之间差异不显著（P〉0．05）。结果表明,绵羊卵巢存在着血管周期性新生的变化特点,而VEGF在这种周期性血管新生过程中起着重要的调控作用。     

不同放牧季节藏绵羊肠道免疫调节及组织形态学变化的研究

本文主要研究不同放牧季节的情况下藏绵羊的肠道免疫调节变化以及使用组织形态学,对枯草期、返青期以及草盛期的藏绵羊肠道免疫情况进行比较,通过研究发现藏绵羊在草盛期阶段免疫力最高,在草盛期与枯草期消化和吸收营养物质的能力最好。