盘羊及其杂交后代微卫星遗传多样性分析

为了更好地了解盘羊及其杂交后代（盘羊♂×欧拉羊♀）的遗传信息,为盘羊遗传资源评价及欧拉羊的复壮改良提供理论依据。本试验选取24对微卫星引物,应用PCR扩增和毛细管电泳的方法对24只盘羊和24只杂交羊个体进行遗传多样性分析。结果显示,在24只盘羊中,24个微卫星位点上共检测到167个等位基因,平均等位基因数目为6.9583,平均有效等位基因数为3.3665,平均观测杂合度为0.4497,平均期望杂合度为0.6779,平均多态信息含量为0.6265,其中,等位基因数目最多的是位点MAF70,有效等位基因数目、期望杂合度、多态信息含量最高的是位点OarFCB193,观测杂合度最高的是位点ILSTS11;在24只杂交羊中,24个微卫星位点上共检测到154个等位基因,平均等位基因数目为6.4166,平均有效等位基因数为3.4061,平均观测杂合度为0.4566,平均期望杂合度为0.6751,平均多态信息含量为0.6265,其中,等位基因数目、有效等位基因数目、期望杂合度、多态信息含量最高的是位点MAF70,观测杂合度最高的是位点OarJMP58。从遗传学角度得出,盘羊和杂交羊遗传指标结果相近,试验所得数据可用于盘羊遗传资源评价及欧拉羊的复壮改良。     

岷县黑裘皮羊微卫星遗传多样性分析

试验旨在分析岷县黑裘皮羊群体内遗传多样性,筛选出理想的遗传标记,为岷县黑裘皮羊的选育保种提供理论依据。选取144只岷县黑裘皮羊,颈静脉采血并提取DNA,对24对微卫星引物进行PCR扩增,用毛细管电泳技术进行基因分型,计算其等位基因数、等位基因大小及频率、有效等位基因数、杂合度和多态信息含量。结果显示,24个位点共检测到210个等位基因,平均等位基因数为8.75;群体等位基因频率为0.0104～0.7396,等位基因片段大小为97～285 bp;有效等位基因数为1.7581～8.2433个;群体平均观测杂合度为0.4839;平均期望杂合度为0.6959;平均多态信息含量为0.6527。其中MAF70位点等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量最高;OarFCB128位点观测杂合度最高;OarAE129位点等位基因数最少,SRCRSP9位点期望杂合度、多态信息含量最低;OarFCB304位点观测杂合度最低。Hardy-Weinberg平衡分析结果表明,所选位点中有19个处于非平衡状态。结果表明,岷县黑裘皮羊的遗传背景复杂,群体内遗传多样性丰富,可为其遗传资源的评估和选育保种工作提供理论依据。     

岷县黑裘皮羊微卫星遗传多样性分析

试验旨在分析岷县黑裘皮羊群体内遗传多样性,筛选出理想的遗传标记,为岷县黑裘皮羊的选育保种提供理论依据。选取144只岷县黑裘皮羊,颈静脉采血并提取DNA,对24对微卫星引物进行PCR扩增,用毛细管电泳技术进行基因分型,计算其等位基因数、等位基因大小及频率、有效等位基因数、杂合度和多态信息含量。结果显示,24个位点共检测到210个等位基因,平均等位基因数为8.75;群体等位基因频率为0.0104~0.7396,等位基因片段大小为97~285 bp;有效等位基因数为1.7581~8.2433个;群体平均观测杂合度为0.4839;平均期望杂合度为0.6959;平均多态信息含量为0.6527。其中MAF70位点等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量最高;OarFCB128位点观测杂合度最高;OarAE129位点等位基因数最少,SRCRSP9位点期望杂合度、多态信息含量最低;OarFCB304位点观测杂合度最低。Hardy-Weinberg平衡分析结果表明,所选位点中有19个处于非平衡状态。结果表明,岷县黑裘皮羊的遗传背景复杂,群体内遗传多样性丰富,可为其遗传资源的评估和选育保种工作提供理论依据。     

利用微卫星对小香羊群体遗传结构的研究

为了阐明小香羊的遗传特点,试验利用7对微卫星引物对小香羊的等位基因频率、基因杂合度和多态信息含量进行了遗传检测。结果表明:7对微卫星引物共扩增出47个等位基因,基因频率分布在0.034～0.379之间;7个微卫星位点的平均杂合度为0.802,平均多态信息含量为0.790。说明小香羊群体遗传多样性较为丰富。     

利用19个微卫星位点对大足黑山羊群体遗传多样性的评估

大足黑山羊作为重庆市优良地方品种,具有繁殖力高、耐粗饲、产肉性能良好等特点。本研究利用19个微卫星标记位点(MAF065、MAF70、OarFCB48、SRCRSP9、OarAE54、SRCRSP8、SPS113、OarFCB20、CSRD247、INRA063、ILSTS011、ILSTS005、SRCRSP15、ILSTS029、TGLA53、MAF209、INRABERN185、TCRVB6、SRCRSP7)对55只舍饲、2～3月龄、体重为10～15 kg的大足黑山羊(参考系谱信息无亲缘关系个体)进行遗传多样性评估。结果显示:在19个位点中共检测出178个等位基因,其中SRCRSP8位点复等位基因数最多(18个),SRCRSP15位点最少(5个);19个微卫星遗传标记的平均多态信息含量为0.655 8,其中14个位点为高度多态(PIC0.5),剩余5个位点为中度多态(0.25PIC0.5);从群体上来看,大足黑山羊群体的平均观测杂合度为0.570 3,期望杂合度为0.694 2,其中有16个位点表现偏离哈代温伯格平衡,另外群体近交系数为0.180。结果表明,目前产地大足黑山羊群体内仍具有较丰富的遗传多样性,但群体偏离哈代温伯格平衡位点数量及近交系数反映出该群体保种状态出现一定问题,需要进一步加强保种工作,同时改变现有保种模式和方案。     

利用微卫星标记分析泸水中华蜜蜂遗传多样性

利用21对微卫星标记对云南泸水中华蜜蜂群体遗传多样性进行分析,共检测到121个等位基因,等位基因数目从2-12不等。平均等位基因数为5.76;所有位点的平均期望杂合度（He）和平均多态信息含量（PIC）值分别为0.6752和0.6192。表明泸水中华蜜蜂群体遗传多样性较为丰富。     

南非肉用美利奴羊与东北细毛羊杂交一代6号染色体微卫星DNA多态性研究

本实验从绵羊第6号染色体随机选取8个微卫星基因座,通过PCR-SSCP技术对308只南东杂交羊个体基因组DNA进行检测,分析其微卫星多态性及分子遗传学参数。结果表明:在南东杂交羊群体第6号染色体的8个微卫星标记中,共发现64个等位基因,其中基因座BMS2460、OAREL03等位基因数较少,分别为3个和2个;对8个微卫星基因座进行了分子遗传学分析,南东杂交羊的有效等位基因数(E)在1.1872~7.9431,平均有效等位基因数达到4.8119,其中MCM214的有效等位基因数最高为7.9431,BMS2460最低为1.1872;8个微卫星标记中平均杂合度(H)为0.6040,其中BM415的杂合度最高为0.8438,MCM 214最低为0.1246;多态信息含量(PIC)MCM214基因座最高为0.8633,BMS2460最低为0.1516,平均多态信息含量为0.6634说明南东杂交羊群体属于多态信息含量较高的遗传群体。南东杂交羊群体具有丰富的遗传多样性,其第6号染色体上MCM53、BMS360、BM4621、BM415、MCM2145、MCM1406个微卫星基因座可作为理想的分子标记,用于优质肉羊杂交选育过程中遗传多样性的分析。     

荧光标记微卫星分析广西树鼩群体的遗传多态性

选取10个微卫星位点,结合荧光标记(FAM) PCR扩增技术,运用毛细管电泳检测扩增产物,利用Microsatellite Toolkit、PopGene软件计算遗传相关指标,探讨广西树鼩群体的遗传多态性。结果发现,在10个微卫星基因座中,共检测到64个等位基因,平均等位基因数为6.4个,平均有效等位基因数为3.7892,平均观察杂合度和平均期望杂合度为0.6156和0.6963,平均多态信息含量为0.6367,其中7个是高度多态位点,3个属中度多态位点。此外,在10个微卫星基因座中,有5个位点偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01)。结果表明广西树鼩遗传多态性较丰富,所选微卫星位点基本可用于评估广西树鼩群体遗传多样性。     

沈阳森林动物园丹顶鹤核心种群的遗传多样性分析

利用7个SSR位点对沈阳动物园丹顶鹤核心种群进行了遗传多样性分析,统计了等位基因数(N_a)、有效等位基因数(N_c),计算了群体杂合度(H_e)、多态信息含量(PIC)、Shannon信息指数(I)、近交系数(F_(is))等参数。结果显示:7个微卫星标记中有4个高度多态位点和3个中度多态位点,共扩增出36个等位基因,并发现了11个稀有等位基因;平均有效等位基因是2.4342,平均期望杂合度为0.5510,平均多态信息含量是0.5049,遗传多样性水平较高;哈温平衡检测显示5个位点符合哈温平衡,2个位点偏离了哈温平衡;平均F_(is)值为0.0069,同时平均观测杂合度小于平均期望杂合度,显示可能存在种群个体亲缘关系较近的情况。     

8个微卫星位点在甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系中的遗传多样性研究

利用8个微卫星位点对甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系进行遗传检测,计算了等位基因频率、有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量。结果表明,位点BM3501的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量都最高（Ne=7.30,H=0.866,PIC=0.848）;位点BM3413的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量都最低（Ne=2.33,H=0.573,PIC=0.478）;8个微卫星位点在甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系中多态性丰富,除位点BM3413表现为中度多态外,其余位点均表现为高度多态。因此,甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系遗传杂合度较高,遗传多样性丰富,选择余地较大;8个微卫星位点可用于甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系遗传多样性评估,并可用于对其羊毛性状和肉用性状的进一步研究。     

柴达木绒山羊八个微卫星位点遗传多样性分析

以柴达木绒山羊为研究对象,对其8个微卫星位点进行遗传多样性分析,计算各位点的等位基因频率(P)、杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(N)。结果表明:8个微卫星位点在柴达木绒山羊均呈高度的多态性(PIC>0.5);位点LSCV 24基因杂合度、有效等位基因和多态信息含量都最高(H=0.796,N=6.916,PIC=0.766);位点BM 3413的基因杂合度、多态信息含量都最小(H=0.676,PIC=0.615);位点MAF-70的有效等位基因最小(N=0·7672)。因此,柴达木绒山羊群体中遗传背景复杂,遗传多样性较丰富;这8个微卫星位点也可用于柴达木绒山羊羊绒性状的进一步研究。     

布拖黑绵羊微卫星标记遗传多样性研究

本文旨在研究布拖黑绵羊群体的遗传特性,选择了位于绵羊染色体上的30个微卫星标记,统计等位基因、多态信息含量、杂合度等,分析布拖黑绵羊群体的遗传多样性。结果表明,布拖黑绵羊群体30个微卫星标记具有4~13个等位基因,平均为7.27个等位基因;30个微卫星标记的观察杂合度为0.3269~0.8846,平均为0.6269;期望杂合度为0.3620~0.8865,平均为0.6769;多态信息含量为0.3338~0.8660,平均为0.6257,显示布拖黑绵羊群体具有丰富的遗传多样性。     

五指山猪小群体遗传学检测

本研究利用26个微卫星基因座对中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所保种场的五指山猪小群体58个样本进行了遗传学检测,用非变性(中性)聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物,统计了群体平均基因纯合率、等位基因数,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)。统计结果:全群平均基因纯合率为66.5%;平均多态信息含量、平均观测杂合度为、平均期望杂合度分别为0.807、0.338、0.835;每个位点平均等位基因数为11.92,此结果说明该群体虽然近交程度较高,但仍具有丰富的遗传多样性,遗传变异较大。     

五指山猪小群体遗传学检测

本研究利用26个微卫星基因座对中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所保种场的五指山猪小群体58个样本进行了遗传学检测,用非变性(中性)聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物,统计了群体平均基因纯合率、等位基因数,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC).统计结果:全群平均基因纯合率为66.5%;平均多态信息含量、平均观测杂合度为、平均期望杂合度分别为0.807、0.338、0.835;每个位点平均等位基因数为11.92,此结果说明该群体虽然近交程度较高,但仍具有丰富的遗传多样性,遗传变异较大.     

微卫星标记与太行黑山羊生长性状的相关研究

本文对微卫星基因座BMS1248和MAF70在太行黑山羊中的遗传多样及其与生长性能的相关性进行研究。结果表明:2个微卫星座位在太行黑山羊中共检测到18个等位基因;平均多态信息含量(PIC)为0.824;平均有效等位基因和平均杂合度分别为7.746和0.869。微卫星基因座BMS1248在太行黑山羊中基因型123/123 bp可能与体重、体高、体长、胸围呈正相关。微卫星基因座MAF70在太行黑山羊中基因型155/155 bp可能与体重、基因型165/192 bp与体高呈正相关。研究推测在2个基因座上存在对相关生长性状具有正效应或负效应的等位基因。     

利用微卫星标记分析乌骨大骨鸡的遗传多样性

利用微卫星标记分析了乌骨大骨鸡的遗传多样性和遗传结构,筛选了鸡基因组7条染色体上的7个微卫星标记位点,随机选取24羽乌骨大骨鸡个体,进行多态性检测,共检测到23个等位基因,每个座位等位基因数目从2个到5个不等,平均等位基因数为3.3个。该群体平均多态信息含量和平均杂合度分别为0.660 3和0.717 6。结果表明乌骨大骨鸡属多态性较丰富的群体。     

闽西南黑兔遗传多样性的微卫星标记分析

利用微卫星标记技术,选用16个微卫星位点对60只闽西南黑兔群体遗传多态性和遗传结构进行分析。结果表明,在所检测的闽西南黑兔群体中,16个微卫星位点共检测到了75个等位基因,各位点的等位基因数在3～7之间,平均等位基因数为4.688个,平均有效等位基因数为3.443。各位点平均基因频率取样方差V（pij）为5.7546×10-3。16个微卫星位点平均观察杂合度HO为0.764,范围在0.200～1.000之间,平均期望杂合度He 0.685,其范围在0.410～0.811之间,各位点多态信息含量（PIC）变动范围为0.359～0.776,平均PIC为0.629,其中有13个位点处于高度多态（PIC〉0.5）,16个微卫星位点的平均固定指数（F）为-0.115。在所检测的16个微卫星位点上,经x2平衡检验,闽西南黑兔群体偏离Hardy～Weinberg程度不大。     

SNP芯片评估柯尔克孜羊群体遗传多样性和遗传结构

旨在了解柯尔克孜羊群体的遗传多样性和遗传结构,有效地保护和利用其遗传资源。本研究利用绵羊SNP 50K v3芯片检测61只柯尔克孜种羊(31只公羊、30只母羊)个体的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);Plink(V1.90)软件对数据进行质控,计算群体有效含量、多态标记的比例、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量、有效等位基因数、最小等位基因频率,分析群体的遗传多样性;Plink计算连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH)和近交系数F_ROH;构建状态同源距离矩阵(identical by state, IBS),并采用Gmatrix软件构建G矩阵,解析柯尔克孜羊群的遗传距离和亲缘关系;使用Mega X软件构建种公羊进化树,分析群体家系结构。结果显示,61只柯尔克孜羊共得到64 734个SNPs标记,通过质检的SNPs为56 763个;平均多态信息含量为0.273±0.112,平均观察杂合度和平均期望杂合度分别为0.368±0.140和0.368±0.130,平均最小等位基因频率为0...     

长江三角洲白山羊群体遗传结构研究

应用结构基因座和微卫星DNA两种遗传标记探讨长江三角洲白山羊群体遗传结构。结果表明,检测的9个结构基因座位上7个存在多态性,座位的基因平均杂合度、多态信息含量及有效等位基因数分别为0.1767、0.1457和1.2837;7个微卫星位点上共检测到110个等位基因,位点的基因平均杂合度、多态信息含量及有效等位基因数分别为0.8867、0.8774和11.2907。群体内的遗传变异程度相对较高,反映出丰富的遗传多样性,而且微卫星DNA标记揭示的遗传变异高于结构基因座。     

乌头驴和三粉驴微卫星遗传多态性分析

实验旨在了解德州驴中乌头驴和三粉驴2个品系的遗传多态性。利用13个微卫星位点,通过建立多重多色毛细管电泳荧光检测方法,对39头三粉驴和16头乌头驴进行遗传多样性分析,对等位基因数、多态信息含量(PIC)、遗传杂合度和有效等位基因数进行统计分析。结果表明:13对微卫星位点三粉驴PIC指数平均值为0.47,乌头驴PIC指数平均值为0.40,德州驴2个品系PIC总的平均值为0.47。其中乌头驴品系平均等位基因数为3.31,平均观测杂合度为0.27,有效等位基因数为2.11。三粉驴品系平均等位基因数为4.46,平均观测杂合度为0.33,有效等位基因数为2.61。由此可见,三粉驴比乌头驴的遗传多态性高,但2个驴品系的遗传杂合度均偏低,遗传变异程度较小。