腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性的比较

本试验旨在探究腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性及结构的差异。采集同等饲养条件下的8份腹泻和8份健康哺乳仔猪的粪便样本,利用16S rRNA高通量测序技术对健康仔猪和腹泻仔猪粪便菌群进行比较。结果表明:健康仔猪粪便菌群的多样性高于腹泻仔猪(P<0.05);与健康仔猪粪便菌群组成相比,腹泻仔猪变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度增加(P<0.05),而拟杆菌门(Bacteroidetes)降低(P<0.05);在属的分类水平上,腹泻仔猪粪便中埃希氏-志贺菌属(Escherichia-Shigella)和乳杆菌属(Lactobacillus)的相对丰度高于健康仔猪(P<0.05),而拟杆菌属(Bacteroides)、Lachnoclostridium和瘤胃球菌属(Ruminococcus)低于健康仔猪(P<0.05)。综上表明,腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群的多样性和结构存在显著差异,埃希氏-志贺菌属的相对丰度显著增加可能是仔猪腹泻的重要原因之一。     

腹泻驴驹与健康驴驹粪便微生物多样性比较分析

为了探究腹泻驴驹与健康驴驹粪便微生物多样性及结构组成差异,筛选出腹泻驴驹的特异性菌群,试验采集同等饲养条件下的腹泻驴驹和健康驴驹的粪便样本各5份,利用16S rRNA高通量测序技术,对腹泻驴驹和健康驴驹粪便在微生物多样性方面(结构和组成)存在的差异进行比较。结果表明：腹泻驴驹粪便微生物的多样性小于健康驴驹(P>0.05)。与健康驴驹相比,在门水平上,厚壁菌门相对丰度显著减少(P<0.05),且梭杆菌门仅出现在腹泻驴驹粪便中;在属水平上,腹泻驴驹粪便微生物中拟杆菌属相对丰度明显升高。说明腹泻驴驹与健康驴驹在粪便微生物多样性方面存在显著差异,厚壁菌门相对丰度减少及拟杆菌属相对丰度增加可能是驴驹腹泻的重要原因。     

育肥猪粪便菌群结构及其与生长速度的相关性分析

【目的】 研究育肥猪的生长速度与粪便微生物之间的作用关系,寻找与猪生长速度相关的微生物菌群。【方法】 选取50头出生重相近的仔猪,在相同饲养环境中进行饲养管理,生病猪及时转出试验组,125日龄时按体重由高到低排序,把体重最高和最低的4头猪分别分为体重高（51.30 kg±2.57 kg,HW）、低（36.90 kg±2.50 kg,LW）组,通过16S rRNA测序,对125日龄生长育肥猪的粪便微生物区系多样性、群落组成及与生长速度的关联性进行分析。【结果】 Alpha多样性分析显示,两组间均无显著差异（P>0.05）。主成分分析结果显示,HW和LW组中能够明显区分菌群结构。粪便微生物结构组成分析表明,HW和LW组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门和螺旋体门,优势菌属为密螺旋体属、乳杆菌属、链球菌属和未被培养菌属Muribaculaceae菌。LW组中拟杆菌门丰度极显著高于HW组（P<0.01）,纤维杆菌门丰度显著高于HW组（P<0.05）,而髌骨细菌门丰度显著低于HW组（P<0.05）。对粪便微生物结构组成进行差异分析发现,HW组检测到16个特有菌门,LW组检测到1个特有菌门和24个特有菌属。将肠道菌群与生长速度进行相关性分析,共发现10个菌门,18个属与体重（BW）和平均日增重（ADG）呈正相关,7个菌门和12个属与BW和ADG呈负相关。【结论】 相同日龄不同生长速度的猪粪便微生物的区系结构存在显著差异,差异菌群可能对猪的生长速度起到了一定的调控作用,本研究结果为研发益生菌和提高猪生长速度提供了参考依据。     

牛轮状病毒和志贺菌阳性犊牛腹泻粪便样本中肠道菌群的分析

犊牛感染不同病原所引发的腹泻可导致肠道菌群结构特征的改变。为研究其肠道菌群的多样性,从内蒙古西部地区选取3个规模化养牛场采集新鲜粪便样本38份,其中腹泻粪样30份,健康粪样8份。采用PCR方法进行腹泻相关病原检测后分为3组,分别为健康组(HC)、牛轮状病毒(bovine rotavirus, BRV)感染腹泻组(DC＿a)和埃希菌属-志贺菌感染腹泻组(DC＿b)。提取总DNA,采用通用引物对细菌16S rDNA基因的高可变V3-V4区进行PCR扩增,采用Illumina NovaSeq平台进行测序,对测序结果进行生物信息学分析。结果发现,α多样性指数表明腹泻犊牛与健康犊牛肠道微生物多样性存在差异且DC＿b组α多样性显著低于其余两组(P<0.05);在门水平上,3组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,但其相对丰度差异显著,DC＿b组厚壁菌门显著降低(P<0.05),放线菌门显著增加(P<0.05);在属水平上,3组的优势菌属不同且相对丰度也有差异。通过PICRUSt2功能预测分析表明,与HC组相比,DC＿a组在甘露糖降解、半乳糖降解、糖和维生素的生物合...     

腹泻试验兔粪便菌群变化的研究

试验旨在研究试验兔腹泻与粪便菌群之间的关系,通过16S rRNA基因测序对腹泻试验兔和健康试验兔的粪便菌群组成及丰度进行了研究。结果显示：共测得369 888条有效序列,得到1 738个OTUs,隶属于14个门、21个纲、53个目、97个科及217个属。腹泻晚期试验兔的粪便菌群α多样性指数显著降低（P<0.05）,微生物丰富度显著下降（P<0.05）。腹泻粪便中厚壁菌门（Firmicutes）、梭状芽孢杆菌纲（Clostridia）、颤螺目（Oscillospirales）、毛螺目（Lachnospirales）、毛螺旋菌科（Lachnospiraceae）、瘤胃球菌科（Ruminococcaceae）及瘤胃球菌属（Ruminococcus）丰度明显下降,变形菌门（Proteobacteria）、γ变形杆菌纲（Gammaproteobacteria）、拟杆菌目（Bacteroidales）、肠杆菌科（Enterobacteriaceae）及埃希氏-志贺氏菌属（Escherichia-Shigella）丰度明显升高。腹泻兔和健康兔粪便中有309个OTUs存在显著差异（P<...     

新疆某奶牛场犊牛腹泻病原菌检测及鉴定

为诊断奶牛场中犊牛腹泻病的病因,对粪样进行病原菌的分离鉴定,采用PCR方法检测16S rRNA基因并测序比对,用纸片扩散法对病原菌株进行耐药性检测,通过小白鼠动物试验观察菌株的致病性。结果表明,在49份腹泻粪样中,检测出8株病原菌,其中1株为都柏林沙门菌,1株为阴沟肠杆菌,6株为奇异变形杆菌。耐药结果显示阴沟肠杆菌和奇异变形杆菌的耐药性较强,柏林沙门菌对大部分药物是敏感的,其中柏林沙门菌和奇异变形杆菌H150对小白鼠具有致病性。     

健康与腹泻梅山仔猪粪便微生物变化分析

试验研究比较健康与腹泻梅山仔猪的粪便微生物的多样性和物种结构组成.选取54份健康和12份腹泻梅山仔猪的粪便样本进行16S rDNA测序,分析比较健康和腹泻仔猪中粪便微生物变化特征.结果 显示,健康仔猪粪便微生物多样性随着出生天数增加而变丰富,出生10d的健康仔猪粪便微生物多样性显著高于出生3d的仔猪(P＜0.05),出...     

犊牛腹泻大肠杆菌的分离鉴定及系统进化树分析

为犊牛腹泻病的预防提供理论依据,试验无菌采取犊牛腹泻病牛粪便,进行细菌的纯培养及动物试验筛选致病菌株,利用16S rRNA基因测序,建立病原菌系统进化树,结合致病菌O抗原检测和BD Phoenix~(TM )100全自动微生物鉴定及药敏系统对病原菌进行分析鉴定,最终确定该致病菌的种类并进行治疗与后期防控。结果显示,根据致病茵的O抗原单因子血清检测、 16S rRNA基因测序,构建的系统进化树以及BD Phoenix~(TM )100全自动微生物鉴定及药敏系统鉴定,确定该致病菌株为大肠杆菌O132型并命名为DG;药敏结果显示,该大肠杆菌对阿米卡星、亚胺培南、美洛培能、哌拉西林4种药物敏感,对庆大霉素、头孢唑肟和头孢他啶等13种药物耐药;进化树分析显示该菌与人腹泻的肠膜分离(CP024978.1)、患者粪便分离(CP024992.1)大肠杆菌的亲源性达100%。结果表明,该例犊牛腹泻是由大肠杆菌O132型导致。     

基于16S rRNA测序分析高低饲料转化率猪粪便微生物的组成差异

提高猪饲料转化率是目前猪育种工作的重点,本研究对384头三元杂交母猪的FCR值进行排序,从中选取两端高饲料转化率(HFCR组)和低饲料转化率(LFCR组)猪各10头,采集粪便进行微生物16S rRNA基因测序分析。结果表明,LFCR组的Richness指数、Chao1指数、ACE指数均极显著高于HFCR组(P<0.01)。通过LEfSe分析,在属水平上筛选两组间具有显著差异的微生物,其中,在LFCR组筛选LDA>3的微生物主要是Prevotella＿1、Treponema＿2、Prevotellaceae＿NK3B31＿group、Eubacterium＿coprostanoligenes＿group、p-1088-a5＿gut＿group、Prevotella＿9、阿克曼菌属、Prevotellaceae＿UCG＿009、Ruminococcaceae＿UCG-014、Ruminococcaceae＿NK4A214＿group,在HFCR组LDA>3的微生物主要是巨球藻属、小类杆菌属、链型杆菌属、假丁酸弧菌属、柯林斯氏菌、Solobacterium、罕见小球菌属、链...     

使用酵母培养物AYC-X6防治犊牛腹泻效果

[目的]犊牛腹泻是犊牛最常见的消化道疾病,是由饲养管理和多种感染性病原微生物共同作用引起。为研究在犊牛日粮中添加酵母培养物防治犊牛腹泻效果。[方法]在宁夏固原现代农业园区肉牛繁育基地随机选取120头2.5月以下犊牛作为试验牛群,对照组和试验组各60头,试验组犊牛每头每天添加30 g酵母培养物AYC-X6,对照组不添加。[结果]结果表明,试验组犊牛腹泻发病率减少35%,死亡率减少8%;平均每头治疗成本节省8.4元/头。[结论]犊牛日粮中添加酵母培养物AYC-X6,有利于建立健康稳定的瘤胃微生物菌群,对犊牛腹泻有很好的防治效果。     

粪菌移植法治疗非特异病原性羔羊腹泻的效果初报

羔羊腹泻是一种常发生于新生和断奶阶段,且能够导致羔羊生长迟滞甚至死亡的消化道疾病。粪菌移植（fecal microbiota transplantation,FMT）技术在反刍幼畜消化道疾病防治上鲜有研究。本研究采用FMT对腹泻羔羊进行治疗并与不同抗生素药物治疗进行对比,探索FMT对吮乳期羔羊腹泻的治疗效果。试验选择日龄（24±2）d、体重（6.12±1.01）kg、临床散发的具有典型腹泻症状的吮乳期羔羊60只（公母各半）以及健康羔羊10只（公母各半）,分为健康对照组（HC）、腹泻对照组（SC）、粪菌移植治疗组（FMT）、庆大霉素治疗组（GM）、恩诺沙星治疗组（ENR）、庆大霉素+粪菌移植治疗组（GM+FMT）以及恩诺沙星+粪菌移植治疗组（ENR+FMT）,测定腹泻羔羊腹泻治愈天数、日增重以及羔羊生理生化指标及相关炎性因子指标。结果表明：1）腹泻羔羊平均日增重、红细胞数量、血红蛋白含量、淋巴细胞比例和肌酐浓度均显著低于健康对照组羔羊（P<0.05）,而平均血红蛋白浓度和炎性因子均显著高于健康对照组（P<0.05）;2）与SC组相比,经过5种方法治疗,除GM+FMT组外,FMT、ENR、ENR+FMT和GM组均显著降低治愈天数（P<0.05）。ENR组还显著提高腹泻羔羊日增重（P<0.05）;3）与SC组相比,FMT治疗可显著提升腹泻羔羊血液中血红蛋白含量和血液淋巴细胞数量（P<0.05）;4）经FMT、ENR和GM+FMT治疗后,各种炎性因子均显著下降到健康组羔羊水平。结果表明,FMT能够有效治愈羔羊腹泻症状,血液生理生化功能得到改善,抑制了炎性反应,显著降低腹泻率。FMT有望作为一种抗生素替代方法应用于羔羊腹泻防治实践。     

溶菌酶对犊牛腹泻和生长性能的影响

[目的]本试验研究溶菌酶在使用量不同情况下,对犊牛腹泻和生长性能的影响。[方法]选择无病、健康、体型近似的犊牛100 头,随机分为4 组,每组25 头,分别为对照组、低剂量组（Ⅰ组、1 g/头·天）、中剂量组（Ⅱ组、3 g/头·天）、高剂量组（Ⅲ组、5 g/头·天）,试验期30 天。在试验开始和结束时,观察犊牛粪便、腹泻、体重、体尺变化,并记录。[结果]试验期溶菌酶对犊牛的粪便评分有影响,1~30 天的粪便评分Ⅲ组显著低于对照组（P<0.05）,且Ⅲ组比对照组降低12.5%;1~15 天时腹泻率差异显著（P<0.05）,Ⅰ组、Ⅱ组、Ⅲ组与对照组相比分别降低23.02%、41.81%、53.64%,表明溶菌酶使用量多,腹泻效果更加明显;添加溶菌酶的Ⅱ组和Ⅲ组犊牛的平均日增重均显著高于对照组（P<0.05）,分别提高9.6%、12.0%;Ⅲ组胸围显著高于对照组,高3.0%。[结论]溶菌酶使用到合适剂量,不仅能降低犊牛腹泻率,还能促进犊牛的生长性能。     

牛病毒性腹泻病毒、大肠杆菌和奇异变形杆菌混合感染致犊牛腹泻的研究

为确定甘肃省临夏州某奶牛场犊牛腹泻的病因,并提供合适的治疗方案和防控措施,试验采集该牛场13头腹泻犊牛的粪便和血清,通过胶体金技术、ELISA方法、细菌分离鉴定、Kirby-Bauer法分别进行病毒病原学检测、病毒血清学抗体检测、病原菌鉴定和药物敏感性试验。病毒学检测结果显示,13份粪样中未检测出牛轮状病毒（BRV）、牛冠状病毒（BCV）的抗原,牛病毒性腹泻病毒（BVDV）抗原阳性率为23.08%（3/13）;未检出BRV和BCV的抗体,BVDV血清学抗体阳性率为38.46%（5/13）。病原菌检测结果显示,13份粪便样品中,分离出13株大肠杆菌和7株奇异变形杆菌。药敏试验表明,分离的大肠杆菌和奇异变形杆菌对20种常规药物均产生了不同程度的耐药,且无对两种细菌均有效的药物。此次犊牛腹泻是由BVDV、大肠杆菌、奇异变形杆菌混合感染引起的,且大肠杆菌和奇异变形杆菌的耐药现象严重,本试验结果为该牛场进一步治疗此次的犊牛腹泻病提供了合理有效的依据。     

鸭不同肠段内菌群结构分析与拟杆菌分布研究

旨在分析健康鸭十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物菌群组成、多样性特征以及拟杆菌分布。本研究选择健康高邮鸭20只,公母各半,70日龄时无菌采集十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物,提取肠道内容物细菌基因组,利用IonS5TMXL平台进行高通量测序,分析肠道内容物菌群结构与丰度特征以及拟杆菌的分布。结果表明,十二指肠、空肠内容物菌群丰度显著高于回肠和盲肠内容物（P<0.05）,回肠内容物菌群多样性最低;十二指肠和空肠内菌群群落结构较为相似,与回肠,特别是盲肠的相似度较小。健康鸭肠内优势菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和梭杆菌门（Fusobacteria）,上述菌门在各肠段内容物中相对丰度不同;不同肠段内容物中定植了不同差异微生物物种,十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物中差异菌门分别是变形菌门、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门和拟杆菌门。鸭肠道中共分析到28种拟杆菌种,其中B.acidifaciens、B.barnesiae、B.caccae、B.caecicola、B.coprocola、B.sp和B.luti在盲肠内容物中显著聚类,且B.caecigallinarum、B.plebeius和B.barnesiae在鸭盲肠中优势定植。结果显示,鸭肠段空间显著影响了其内容物中菌群丰度与多样性,不同肠段内定植了差异的优势微生物物种,这可能与肠段小环境以及功能一致,在盲肠内容物中优势定植拟杆菌,推测可能与鸭盲肠生理生化功能相关。     

Analysis of Microbiota Structure and Bacteroides Distribution in Different Intestinal Segments in Duck

This study aimed to analyze the microbiota composition and diversity and the distribution of Bacteroides in duodenal, jejunal, ileal and caecal contents in healthy ducks. The contents of duodenum, jejunum, ileum and cecum were collected aseptically from 20 healthy adult Gaoyou ducks (70-day-old, half male and female), and the bacterial DNA of intestinal contents were extracted. The IonS5TMXL platform was used for 16S rRNA high-throughput sequencing, the microbiota structure and abundance, as well as the distribution of Bacteroides were analyzed. The results showed that the microbiota abundance in duodenal and jejunal contents was significantly higher than that in ileal and caecal contents (P<0.05), the microbiota diversity in ileal contents was the lowest. The microbiota structure in duodenal and jejunal contents was similar, they were different from that in ileum, and especially cecum. The dominant phyla in the intestinal contents of healthy duck were Bacteroidetes, Firmicutes, Proteobacteria and Fusobacteria. The relative abundance of these phyla were different in different intestinal segment contents. The different microbial species were colonized in different intestinal segments, and the differential phyla in duodenum, jejunum, ileum and cecum were Proteobacteria, Actinobacteria, Firmicutes and Bacteroidetes, respectively. There were 28 kinds of Bacteroides species in duck intestine, among them, B. acidifaciens, B. barnesiae, B. caccae, B. caecicola, B. coprocola, B. sp and B. luti were significantly clustered in the cecum, and B. caecigallinarum, B. plebeius and B. barnesiae were dominantly colonized in duck cecum. The results indicate that intestinal space significantly affects the microbiota abundance and diversity, and different intestinal segments were colonized by differential microorganism, which is consistent with the intestinal segment niche and function. In the cecum, the dominant colonization of Bacteroides may be related to its physiological and biochemical functions.