大肠杆菌多重耐药株与敏感株蛋白质组差异分析

【目的】研究临床分离的大肠杆菌多重耐药株(R)与大肠杆菌标准株ATCC 25922(S)蛋白质差异表达情况,为进一步研究大肠杆菌耐药机理奠定基础。【方法】采用串联质谱标签(tandem mass tag,TMT)法结合平行反应监测(parallel reaction monitoring,PRM)技术,对大肠杆菌R和S株的全菌体蛋白进行定量蛋白质组学研究,筛选大肠杆菌多重耐药株(S)与敏感株(R)之间的差异表达蛋白,并对其生物信息学进行分析。【结果】共筛选出300个差异表达蛋白(Fold change≥1.3,P0.05),其中上调167个,下调133个,涉及的耐药相关通路主要包括细菌趋药性、ABC转运蛋白、β-内酰胺抗性等;PRM成功定量到13个差异蛋白,且PRM验证结果与TMT定量结果一致。【结论】筛选出多个与大肠杆菌耐药性相关的差异表达蛋白和通路。     

西花蓟马几丁质合成酶UAP基因克隆及功能分析

【目的】阐明几丁质合成通路中的关键基因UDP-N-乙酰氨基葡萄糖焦磷酸化酶(UDP N-acetylglucosamine pyrophosphorylases, UAP)对西花蓟马Frankliniella occidentalis生长发育的影响。【方法】基于西花蓟马转录组数据,克隆验证了UAP基因的开放阅读框(Open Reading Frame, ORF)全长序列,命名为FoccUAP。利用RT-qPCR方法分析FoccUAP在各个组织和不同龄期的表达情况。最后通过向西花蓟马蜕皮24 h的2龄若虫显微注射ds UAP,检测沉默效率,观察其对西花蓟马生长发育的影响。【结果】FoccUAP基因开放阅读框全长1 545 bp,编码514个氨基酸,预测蛋白分子量为56.738 kDa,具有Glyco-tranf-GTA-type Super family家族的保守结构域,与等翅目、蜚蠊目、直翅目和半翅目昆虫的UAP基因亲缘关系较近。FoccUAP基因在西花蓟马各个组织都有表达,在头部和腹部相对表达量最高,触角、胸部和足相对表达量较低。该基因在虫体生长发育的各个阶段均有表达,其中2龄幼虫、蛹以及羽化后24、48、168、240 h的成虫表达量分别是1龄幼虫的1.30、2.50、1.56、2.0、2.43和2.56倍。RNAi结果表明,注射ds UAP的西花蓟马羽化率(36.3%)和注射后120 h的存活率(5.0%)均显著低于ds GFP对照组,且注射ds UAP的西花蓟马成虫出现翅膀发育不完整、胸腹部皱缩不规则等畸形现象。【结论】FoccUAP基因对西花蓟马生长发育具有重要的作用。     

西花蓟马不同RNA干扰技术比较研究

【目的】西花蓟马Frankliniella occidentalis (Pergande)是一种重要的外来入侵害虫,其繁殖能力强、寄主范围广、抗药性强,给我国蔬菜、花卉等经济作物造成了严重危害。本研究旨在评估膜饲喂和显微注射dsActin对西花蓟马Actin基因的沉默效率,以期为蓟马类等小型昆虫基因功能的研究提供方法和依据。【方法】通过膜饲喂和显微注射的方法将体外合成的dsActin导入西花蓟马二龄若虫体内,用RT-qPCR方法检测Actin基因的mRNA表达;通过单头饲养方法观察统计西花蓟马成虫体长、成虫翅膀或胸腹部畸形率及死亡率。【结果】dsActin膜饲喂后24、48、72 h,Actin基因的相对表达量分别为对照组的97%、91%和98%;通过显微注射将dsActin注入西花蓟马体腔,在注射后24、48、72 h,Actin基因的表达量分别为对照组的68%、56%和53%。注射dsActin的西花蓟马在第24～120 h死亡率为44%～98%,显著高于ds GFP对照组;此外,dsActin组个体体长仅为ds GFP对照组的90%,且翅膀或胸腹部出现畸形率为41%。【结论】显微注射dsActin能显著沉默西花蓟马Actin基因mRNA水平的表达,并引起西花蓟马个体不正常发育和死亡,从而建立蓟马类小型昆虫RNAi体系。     

西花蓟马与烟蓟马在紫甘蓝上的种间竞争

 【目的】研究外来入侵物种西花蓟马与本地物种烟蓟马的种间竞争。【方法】在实验室条件下,将西花蓟马与烟蓟马的紫甘蓝种群作为研究对象,以不同的种群数量混合或单独饲养,繁殖1代或多代后检查并比较2种蓟马的产卵数量、种群数量及后代性比的变化情况,分析2种蓟马的种群增长竞争和生殖能力竞争。【结果】当烟蓟马与西花蓟马个体数分别以40﹕20、30﹕30、20﹕40的种群比例在紫甘蓝上共存竞争时,西花蓟马分别在4代、4代和5代后被烟蓟马完全取代,并且在竞争过程中伴随着西花蓟马种群雌虫比例的逐代下降。生殖能力竞争的结果表明烟蓟马可以显著降低西花蓟马的产卵量和后代的雌雄比例。当1对西花蓟马分别与1、2、3头烟蓟马雌虫共存时,西花蓟马的日均产卵量由5.7粒分别下降到2.6、1.9和0.8粒;1头西花蓟马雌虫分别与1、2、3头烟蓟马雌虫共存时,西花蓟马的日均产卵量由7.6粒分别下降到3.6、2.5和1.4 粒;而当1对西花蓟马分别与3头和5头烟蓟马雌虫共存时,西花蓟马后代的雌雄比例由3.1分别下降到2.4和1.3。【结论】在以紫甘蓝为寄主植物的竞争体系中,烟蓟马试验种群在短时间内取代了西花蓟马试验种群。烟蓟马除自身具有更强的繁殖力,其对西花蓟马生殖的抑制作用也是产生这一现象的重要原因。     

基于Label free定量蛋白质组学技术对马铃薯晚疫病菌氮饥饿条件下分泌蛋白组初步分析

【目的】探讨氮源是否影响马铃薯晚疫病菌分泌蛋白的致病性。【方法】应用蛋白质组学Label-free技术,对受氮饥饿处理24 h和未处理的马铃薯晚疫病菌分泌蛋白进行鉴定,并对其鉴定蛋白进行生物信息学分析。【结果】共发现61个蛋白质的表达量存在显著差异,其中41个蛋白质表达量上调,20个蛋白质表达量下调。经生物信息学分析表明它们95%定位于细胞核、细胞质、线粒体和分泌型,主要参与碳代谢、氨基酸的生物合成和核糖体代谢,参与的生物过程主要是细胞过程、代谢过程和细胞成分组织或生物起源。【结论】氮源提高致病性蛋白的分泌,影响马铃薯晚疫病菌的致病性。     

恒温和波动温度下西花蓟马的实验种群生命表

【目的】对西花蓟马（Frankliniella occidentalis）实验种群生命表的研究大多在恒温条件下进行,研究结果可用于田间自然条件下种群发生的预测。然而,西花蓟马在自然界中接触的不是恒温,而是昼夜波动的温度。论文旨在比较恒温和昼夜波动温度下西花蓟马实验种群的生命表参数,探讨用恒温构建的西花蓟马生命表结果来预测自然条件下蓟马种群发生动态的准确性。【方法】分别在恒温（26℃）和均温相同的昼夜波动温度（20-32℃）条件下,构建西花蓟马实验种群在菜豆豆荚上的年龄-阶段特异生命表,比较2种温度条件下西花蓟马的生活史和种群参数。因为卵的孵化率随着成虫年龄变化,所以根据孵化卵的数量来计算年龄-特异繁殖率,以准确揭示西花蓟马的生物学特性。用bootstrap方法来计算种群生长参数的平均数和标准误;用U检验（Mann-Whitney test）（Sigmaplot 12.0）估计恒温和波动温度下西花蓟马种群参数、发育历期和繁殖力间的差异。【结果】恒温和波动温度对西花蓟马的成虫前期发育历期、总产卵前期、成虫前期存活率以及生命表参数等有明显影响（P<0.05）,而对成虫寿命和繁殖力等影响不显著。西花蓟马成虫前期发育历期在恒温（11.86 d）下显著长于在波动温度（11.36 d）下。总产卵前期在恒温与波动温度下分别为12.50和11.37 d,达到显著差异水平。成虫前期在恒温下存活率（0.48）显著高于波动温度下存活率（0.44）。西花蓟马成虫寿命在恒温（雌虫13.56 d,雄虫10.15 d）和波动温度（雌虫11.37 d,雄虫9.71 d）下无显著差异。西花蓟马繁殖力在恒温（35.38卵/雌）和波动温度（34.74卵/雌）下无显著差异。内禀增长率（r）、周限增长率（λ）和净增殖率（R0）在恒温下分别为0.121/d、1.129/d和7.538,在波动温度下分别为0.127/d、1.135/d和8.831。西花蓟马在波动温度下的种群增长要比在恒温下快。【结论】与自然的昼夜波动温度条件相比,恒温可能过高或过低的估计了许多生命表参数,从而影响种群动态监测结果及其在害虫综合治理中的应用。     

家蚕中肠组织感染质型多角体病毒的应答基因分析

 【目的】筛选家蚕（Bombyx mori）中肠感染质型多角体病毒的应答基因,为阐明家蚕感染质型多角体病的分子机制奠定基础。【方法】 应用含有约23 000个家蚕基因组寡核苷酸芯片比较分析感染家蚕质型多角体病毒24、48及72 h的中肠试验组与中肠对照组的差异表达基因;结合生物信息学工具对差异表达基因的功能注释、分类及涉及的信号通路等进行分析;应用实时荧光定量PCR验证17个基因的差异表达。【结果】 在感染24、48及72 h后,分别得到了9、51及258个差异表达基因。KEGG通路分析表明,在感染48及72 h后,大多数涉及到代谢通路的基因的表达水平下调,所有涉及到核糖体通路和蛋白酶体通路的基因的表达水平上调。一些免疫相关基因如丝氨酸蛋白酶抑制剂、脂酶、热激蛋白、细胞色素P450、核糖体P0蛋白等基因的表达水平上调。【结论】经荧光定量PCR验证的差异表达基因可能与家蚕感染质型多角体病毒的应答机制相关,研究结果为从分子水平上阐明家蚕感染质型多角体病毒的致病机理提供了新的研究方向。     

不同培养基继代培养球孢白僵菌对西花蓟马毒力和产孢量的影响

【目的】通过开展连续继代培养对高毒菌株产孢和毒力的影响研究,获得对西花蓟马(Frankliniella occidentalis)毒力和产孢量均高且稳定的球孢白僵菌（Beauveria bassiana）菌株,进一步提出有效防止菌株退化、优良菌株保存和改良的方法与措施,为高效菌株的规模化生产提供参考。【方法】室内条件下,采用浸虫法,用浓度为1×107个孢子/mL球孢白僵菌悬浮液处理西花蓟马初羽化成虫,分别测定28株不同来源的菌株对西花蓟马的毒力;并将筛选出的4株高毒力菌株的分生孢子分别涂布于玉米琼脂（CMA）培养基与SDAY培养基上,比较不同菌株以及不同培养基之间产孢量的差异,筛选出高产孢菌株与产孢培养基,以筛选得到的白僵菌菌株为初始菌株F0,把F0代球孢白僵菌分别接种于CMA培养基、添加蝉蜕的CMA培养基和添加西花蓟马虫尸粉的CMA培养基,分别测定经过不同培养基连续5代继代培养得到的球孢白僵菌对西花蓟马成虫的毒力,并测定产孢量。使用模型模拟分析球孢白僵菌菌株经过不同培养基继代培养后培养代数与产孢量的关系,并对不同培养基培养得到的不同培养代数的白僵菌菌株的产孢量与其对西花蓟马的致死中时（LT₅₀）进行回归分析,研究毒力与产孢量的相关关系。【结果】经过室内毒力测定,处理5 d后,菌株DZDC-9、GZGY-5、WLMQ1-8、SZ-26对西花蓟马成虫的校正累积死亡率均高于90%,LT₅₀均在3 d内,毒力显著高于其他菌株;比较高毒力菌株在两种产孢培养基上的产孢量,发现4株球孢白僵菌的产孢量存在显著差异,菌株DZDC-9的产孢量显著高于其他3株,4株菌株在CMA培养基中的产孢量均明显高于SDAY培养基。随着白僵菌菌株在CMA培养基上连续5代的继代培养,菌株对西花蓟马成虫的致病力呈现下降趋势,从第3代开始致病力显著降低,而添加蝉蜕的CMA培养基培养得到的不同培养代数的分生孢子对西花蓟马致病力则没有显著差异,添加西花蓟马虫尸粉的CMA 培养基培养得到的不同代数的分生孢子对西花蓟马致病力有一定的增强趋势;通过模型可以发现单纯以CMA培养基继代培养白僵菌的产孢量随培养代数呈现指数下降,而在培养基中添加蝉蜕或西花蓟马虫尸粉白僵菌产孢量则随培养代数呈现指数上升,蝉蜕或西花蓟马虫尸粉的添加对产孢量有一定的增强作用。白僵菌菌株产孢量与毒力存在一定正相关关系,产孢量相对较高的菌株对西花蓟马成虫的致病力相对较高,致死中时短。【结论】筛选得到一株对西花蓟马高效的白僵菌菌株DZDC-9,产孢培养基中加入蝉蜕和西花蓟马虫尸可以维持菌株生长特性,延缓毒力退化趋势;同一菌株的产孢量可以作为菌株毒力评价的一个指标。     

宁夏辣椒花期西花蓟马的空间分布特征研究

【目的】研究西花蓟马在宁夏设施蔬菜辣椒花期的空间分布特征,为进一步了解该虫的发生、危害、扩散行为及探讨西花蓟马的监测、诱杀和综合防治奠定基础。【方法】采用空间分布型适合度卡方拟合、聚集度指标检验等方法,对宁夏设施蔬菜辣椒花期西花蓟马的空间分布特征进行统计分析。【结果】频次分布统计结果表明,西花蓟马在宁夏设施蔬菜辣椒花期的分布数量为0~7头/朵,其中0和1头/朵的频次较高,随着虫口密度的增加,频次明显递减。空间分布型适合度卡方拟合结果表明,西花蓟马在设施蔬菜辣椒花期的空间分布符合奈曼分布和负二项分布,进一步分析表明更符合奈曼分布。聚集度指标检验结果表明,西花蓟马在设施蔬菜辣椒花期属于聚集分布,聚集度较大,聚集原因是环境异质性所致。【结论】明确了西花蓟马在宁夏设施蔬菜辣椒花期的空间分布特征,为研发更有效的西花蓟马防控技术提供了理论依据。     

氯虫苯甲酰胺干扰桃小食心虫交配的转录组分析

【目的】探明氯虫苯甲酰胺处理后桃小食心虫(Carposina sasakii)成虫的转录组差异,了解该药剂影响桃小食心虫交配的基因在功能分类和代谢通路等方面的生物学特征,挖掘与交配相关的功能基因。【方法】通过生物学实验观察氯虫苯甲酰胺干扰桃小食心虫成虫交配及繁殖情况。采用Illumina Hi SeqTM2500高通量测序技术对刚羽化的桃小食心虫雌雄成虫、羽化后4—6 h进入交配高峰期的雌雄成虫和经氯虫苯甲酰胺处理4—6 h的雌雄成虫进行转录组测序,利用Trinity软件对所得序列进行de novo组装及评估,之后对获得的有效序列进行功能注释,并利用q RT-PCR技术分析氯虫苯甲酰胺处理后相关基因的时空表达变化。【结果】氯虫苯甲酰胺处理后,桃小食心虫的交配率显著降低,寿命缩短,产卵量减少。通过合并组装桃小食心虫转录组有效序列共获得102 831条unigene,其中34 526个有注释信息。根据筛选标准,氯虫苯甲酰胺处理过程中,雌雄虫中分别有122个和147个基因发生变化,其中相同差异基因31个。对所存在的234个差异基因进行GO功能注释和富集分析结果显示,分子功能过程中的催化活性和结合活性及生物学过程中与代谢过程、单一生物体过程和细胞过程相关的5类基因占主导地位。KEGG分类结果显示,富集到代谢通路的最多,有25个,包括昆虫激素合成、药物代谢等。通过比对分析,鉴定c64662.graph_c0为桃小食心虫鱼尼丁受体基因,其长度为15 637 bp,与已报道Cs Ry R的一致性为99.0%。此外,在234个差异基因中,鉴别羧酸酯酶unigene 3个、细胞色素P450 unigene 4个、肌钙蛋白unigene3个、气味结合蛋白unigene 1个和生物钟unigene 1个。细胞色素P450 c40709.graph_c0参与昆虫激素生物合成。根据转录组中基因表达分析,12个基因在雌雄虫中的表达均出现不同变化趋势。q RT-PCR结果显示,氯虫苯甲酰胺诱导羧酸酯酶c51998.graph_c0基因上调表达;药剂处理后,雌雄虫的c57480.graph_c0和c53794.graph_c0的表达分别呈现显著的上调和下调变化,而c40709.graph_c0基因仅在雄虫中显著下调,处理6 h后c53281.graph_c0只在雌虫中上调表达;氯虫苯甲酰胺处理后3个肌钙蛋白基因在整个试验阶段均表现明显的下调趋势;雄虫中的生物钟unigene c60883.graph_c0和气味结合蛋白unigene c45675.graph_c0的变化趋势较为一致,进入暗期后立即上调,但均受氯虫苯甲酰胺的抑制。雌虫体内Ry R的表达量显著上调,而雄虫初次到达求偶高峰期前Ry R的表达量与对照差异不显著,到第2个求偶高峰期时,Ry R表达显著下调。除细胞色素P450c57480.graph_c0、c40709.graph_c0和c53281.graph_c0外,其余基因在雄虫中的表达均高于雌虫。且触角酯酶基因c54944.graph_c0、生物钟基因c60883.graph_c0和气味结合蛋白基因c45675.graph_c0在黑暗光照交替变化时,表达发生明显地上调或下调。【结论】通过转录组测序发现氯虫苯甲酰胺干扰桃小交配的作用机制是由靶标基因、嗅觉相关基因、代谢基因、生物钟基因等相互作用引起的。     

基于两性生命表和年龄-阶段捕食率的南方小花蝽对西花蓟马的控制作用

[目的]西花蓟马(Frankliniella occidentalis)是我国重要农业入侵害虫,南方小花蝽(Orius similis)是其优势捕食性天敌.论文旨在系统评价南方小花蝽对西花蓟马的控制作用以及同一地区两个种群的生物学差异.[方法]采集露地辣椒上的南方小花蝽和西花蓟马在室内条件下饲养2-3代后,用带花的辣椒...     

单头饲养和群体饲养的西花蓟马实验种群生命表比较

[目的]对西花蓟马(Frankliniella occidentalis)实验种群生命表的研究大多采用单头饲养(individual-rearing,IR)的方式,研究结果可用于田间自然情况下种群发生的预测.然而西花蓟马在自然情况下常常是群聚发生,而非单头发生.论文旨在比较单头饲养和群体饲养(group-rearing...     

基于种特异性COI标记的西花蓟马温室品系和羽扇豆品系一步双重快速鉴定技术

【背景】西花蓟马（Frankliniella occidentalis）是世界性农业和园艺作物害虫,也是我国重要的对外对内检疫对象。西花蓟马具有两个品系,即温室品系（greenhouse race,GR）和羽扇豆品系（lupin race,LR）,二者在寄主范围、抗药性、生存环境等方面均具有明显差异,但外部形态相似,无法准确鉴别。【目的】以西花蓟马温室品系和羽扇豆品系为靶标,以田间常见的其他14种蓟马为参照,采用基于线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基I（mitochondrial DNA cytochrome c oxidase subunit I,mtDNA COI）基因的种特异性（species-specific COI,SS-COI）PCR法,研究一步双重品系快速检测技术。【方法】采用mtDNA COI基因通用引物获得西花蓟马温室品系和羽扇豆品系以及其他常见蓟马的COI序列,根据测序结果以及数据库已公开数据,设计筛选获得可同时扩增两个品系的特异性组合引物（TF6/GR32/LR12）,其中TF6为品系通用上游引物,GR32为温室品系特异性下游引物,LR12为羽扇豆品系特异性下游引物,其扩增片段大小分别为温室品系362 bp、羽扇豆品系541 bp;对组合引物比例和退火温度进行优化;同时,对组合引物的种/品系特异性和灵敏性/检测阈值进行检验。【结果】当组合引物TF6/GR32/LR12比例为1.0/0.2/0.8、退火温度为44℃时,扩增效果最好。种/品系特异性检测结果证实,该检测技术仅对西花蓟马温室品系和羽扇豆品系具有扩增能力,对田间常见的其他14种蓟马包括花蓟马（Frankliniella intonsa）、禾花蓟马（Frankliniella tenuicornis）、黄胸蓟马（Thrips hawaiiensis）、大蓟马（Thrips major）、棕榈蓟马（Thrips palmi）、烟蓟马（Thrips tabaci）、普通大蓟马（Megalurothrips usitatus）、豆喙蓟马（Mycterothrips glycines）、草木樨近绢蓟马（Sussericothrips melilotus）、蔗腹齿蓟马（Fulmekiola serrata）、稻简管蓟马（Haplothrips aculeatus）、榕端宽管蓟马（Mesothrips jordani）、榕母管蓟马（Gynaikothrips ficorum）和横纹蓟马（Aeolothrips fasciatus）等不具有扩增能力。灵敏性检测结果显示,该组合引物不仅对单一品系或混合品系的成虫具有良好的扩增效果,对单粒卵、1龄和2龄幼虫以及预蛹和蛹均具有同样的扩增效能;对温室品系的最低检测阈值为35.90 pg·μL ^-1,相当于1/10 240头雌成虫,对羽扇豆品系的最低检测阈值为146.95 pg·μL ^-1,相当于1/2 560头雌成虫;同时,对来自不同地域的同一品系不同单倍型的成虫亦具有良好的扩增效能。【结论】建立的技术体系完全可以用于西花蓟马品系的快速鉴定及检疫监管,对有效阻截其进一步传播扩散及靶向防控措施制定意义重大。     

拟轮枝镰孢与玉米籽粒互作的差异基因筛选及代谢通路分析

【目的】拟轮枝镰孢(Fusarium verticillioides)引起的玉米穗腐病是我国玉米产区发生严重的病害之一，论文旨在了解病原菌与玉米籽粒互作过程中的基因表达差异，为揭示病原菌的致病机制和玉米抗病机制提供依据。【方法】对拟轮枝镰孢侵染玉米籽粒0、4、12和72 h的样品进行转录组测序，之后采用生物信息学分析，分别以玉米和拟轮枝镰孢基因组为参考，以|log₂FC|≥1,P-adjust<0.05为阈值筛选互作过程中玉米和拟轮枝镰孢的差异表达基因，利用GO和KEGG对其进行功能注释及富集分析。Goatools软件分析植物-病原互作、MAPK途径和植物激素信号转导通路相关差异基因的表达变化，采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法对测序差异基因进行验证。【结果】在互作4、12和72 h后拟轮枝镰孢分别有140、400和1 945个基因上调表达，有9、302和1 784个基因下调表达；玉米分别有293、692和1 426个基因上调表达，320、482和153个基因下调表达。GO和KEGG富集分析显示，侵染早期拟轮枝镰孢在细胞间隙生长，差异基因主要富集在...     

云南省马铃薯病毒及蓟马优势种发生趋势

【目的】明确云南省马铃薯病毒的优势种及马铃薯新病毒的发生变化,为马铃薯种苗、种薯的生产提供早期预警监测,并为防止新的病毒病害暴发流行提供依据。【方法】采用随机五点取样法,从云南马铃薯春作区和冬作区的不同田块采集各地主栽马铃薯品种的叶片,共采集到510份植株叶片,采用酶联免疫吸附测定(ELISA)方法中的双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)和间接ELISA(I-ELISA)两种方法进行病毒检测。进行蓟马采集时,同样采用随机五点取样法,从云南马铃薯春作区和冬作区采集各地主栽马铃薯品种的花和叶片,将样品放入采集罐后带回实验室,对罐中的蓟马进行整理,共采集到8 953头蓟马。将蓟马制作为临时玻片标本,参考中国蓟马属蓟马检索表及Oz Thrips(http://www.ozthrips.org/),通过形态学特征对蓟马进行种类鉴定。【结果】从510份马铃薯样品中,共检测出6种常见病毒和2种新兴病毒。马铃薯病毒的优势种为马铃薯S病毒(Potato virus S,PVS),检出率高达63.53%,其次是马铃薯X病毒(Potato virus X,PVX)和马铃薯卷叶病毒(Potato lea...     

新疆野苹果幼苗叶片响应NaCl胁迫的miRNAs及靶基因筛选

【目的】 筛选新疆野苹果响应NaCl胁迫相关差异miRNA及靶基因。【方法】 以新疆野苹果组培苗为材料,对150 mmol/L NaCl处理6和48 h时的新疆野苹果幼苗叶片进行small RNA测序。【结果】 NaCl处理6 h时3个miRNA差异表达,其中2个上调表达,1个下调表达,miRNA对应的靶基因数目为64个;NaCl处理48 h时13个miRNA差异表达,其中4个上调表达,9个下调表达,miRNA对应的靶基因数目为108个。对差异靶基因进行GO和KEGG分类注释,NaCl处理6 h时,GO主要富集包括:肌醇磷酸2激酶活性、寡糖基转移酶活性、蛋白丝氨酸/苏氨酸磷酸酶抑制剂活性、木聚糖生物合成过程等;NaCl处理48 h时,GO主要富集包括:氧氧化还原酶活性、DNA结合、质外体、次生代谢过程等。KEGG共同富集在N-glycan生物合成通路。【结论】 mdm-miR168b、mdm-miR159c、mdm-miR827、mdm-miR390f、mdm-miR171i、mdm-miR399j基因在NaCl处理6和48 h时表达量存在差异,其中mdm-miR390f及其靶基因HF10976、mdm-miR171i及其靶基因HF33844、mdm-miR399j及其靶基因HF11095表达量呈负相关,3个miRNA参与了新疆野苹果对NaCl胁迫的响应过程。     

家蚕感染质型多角体病毒（BmCPV）后中肠组织 差异蛋白质分析

【目的】分析家蚕感染质型多角体病毒（Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus,BmCPV）后中肠组织中蛋白质的差异表达,为从蛋白质分子水平上探索家蚕感染BmCPV后的分子应答机制奠定基础。【方法】通过蛋白质双向凝胶电泳技术（two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis,2-DE）对BmCPV病毒感染组和灭菌水对照组家蚕p50的中肠组织蛋白进行比较,通过基质辅助质量飞行时间质谱技术（MALDI-TOF MS）和家蚕蛋白质数据库检索对所得到的差异蛋白点进行鉴定与分析。【结果】2-DE电泳结果比较分析表明,BmCPV感染组和对照组家蚕的中肠组织有8个差异蛋白斑点,其中对照中肠有3个,感染中肠有5个。经MALDI-TOF MS鉴定结果显示对照家蚕中肠中的3个差异蛋白斑点分别为家蚕的类固醇脱氢酶（Hydroxysteroid dehydrogenase）、线粒体电压依赖的阴离子通道孔蛋白（Voltage-dependent anion-selective channel,VDAC）和1个未知新型蛋白;感染家蚕中肠的5个差异蛋白点分别是家蚕的Ras-鸟嘌呤核苷酸释放因子1（Ras-specific guanine nucleotide- releasing factor 1-like,RASGRF1）、H+转运ATP合成酶亚基、候选肿瘤抑制因子（Putative tumor suppressor protein,PDSS2）、多药耐药蛋白（Multidrug resistance-associated protein,MRP4/ABCC4）、冻坏B样蛋白（Nipped-B-like protein- like,NIPBL）。【结论】BmCPV感染可导致家蚕中肠组织多种蛋白的差异表达,提示家蚕可能通过启动不同的机制来应答病毒的感染,其中VDAC的下调表达以及PDSS2、MRP4/ABCC4和NIPBL的上调表达均与诱导细胞凋亡相关,推测家蚕在BmCPV感染的过程中可能启动了细胞凋亡的抗病毒机制。     

基于转录组测序筛选鸡蛋绿壳性状相关基因

【背景】绿壳蛋深受消费者喜爱，蛋壳绿色的深浅在市场上是影响绿壳蛋定价销售的重要参考指标。绿壳蛋的形成受多基因共同调控，蛋壳绿色深浅不一，其分子机理尚不清楚。通过对赤水乌骨鸡蛋壳腺组织进行转录组测序，挖掘其调控绿壳蛋蛋壳颜色深浅的候选基因以及关键信号通路，探究影响蛋壳颜色遗传性，以期发展绿壳蛋的选种选育和提高经济效益。【目的】探讨赤水乌骨鸡的遗传基础，并通过SLCO1B3基因分型对其进行鉴定和筛选，以期通过分子标记在青壳鸡育种规划中提供新的见解，并在后期的选择策略中帮助控制和提高赤水乌骨鸡蛋壳品质的同质性。【方法】以纯系的280日龄赤水乌骨鸡为研究对象，屠宰产浅绿色蛋（QL）和深绿色蛋（SL）的母鸡各3只，采集蛋壳腺以RNA-seq技术检测分析，筛选与蛋壳颜色密切相关的差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs），并对这些DEGs进行GO和KEGG富集分析。利用qRT-PCR技术检测与蛋壳颜色相关的6个候选基因的转录水平变化以验证转录组数据可靠性。【结果】在深绿组与浅绿组中共筛选到93个显著DEGs，有59个基因在深绿组中显著上调，34个显著下...