鸡源株与人源株H9N2流感病毒血凝素受体结合位点氨基酸比较与分析

H19N2病毒可以感染多种禽类和哺乳动物，包括人类。流感病毒血凝素受体结合位点的氨基酸可以影响受体结合特性。为了解鸡源株与人源株H19N2病毒受体结合部氨基酸的差异，作者对二者进行了比较与分析，结果表明，鸡源株与人源株血凝素受体结合部位氨基酸的第137、183、190、226位点存在差异，鸡源株在这些位点分别为K、N、AorVorT、LorQ而人源株则分别为R、H、E、L。虽然尚不清楚这些位点的改变对病毒与细胞亲和力及宿主范围的影响，但由于H9N2在我国养鸡业的普遍存在，加强H9N2病毒的分子流行病学监测有重要意义。     

H9N2亚型AIV福建分离株血凝素蛋白的特征

H9N2亚型禽流感病毒(AIV)已在多个国家多种禽类中检测到,由于H9N2亚型AIV的低致病力特征,导致其在疫病防控中不被重视,目前该病在全世界范围内不断进化和流行。为明确H9N2亚型禽流感病毒(AIV)福建分离株血凝素基因编码蛋白的特征,丰富福建省H9N2亚型AIV分子流行病学信息。本研究通过选取NCBI数据库流感病毒资源库(influenza virus resource)中所有28株H9N2亚型AIV血凝素基因编码蛋白(仅选择有完整ORF毒株),其中鸡源22株和鸭源6株,通过分析其左侧结合域、右侧结合域和血凝素蛋白裂解位点的氨基酸特征,并通过和H9N2亚型AIV代表株来绘制相互之间遗传进化树。分析发现,28株H9N2亚型AIV福建株相互之间氨基酸同源性在90.5%~99.5%之间。从血凝素蛋白切割位点的氨基酸序列特征来看,所有H9N2亚型AIV血凝素裂解位点氨基酸序列均为非连续碱性氨基酸。血凝素蛋白切割位点为PARSSR↓GLF的毒株均处于H9N2亚型AIV的H9.4分支上H9 Y280分支的下部(H9.4.0分支、H9.4.1分支和H9.4.2分支),而血凝素蛋白切割位点为PSRSSR↓GLF的毒株均处于H9N2亚型AIV的H9.4分支上H9 Y280分支的上部(H9.4.3分支、H9.4.4分支、H9.4.5分支和H9.4.6分支),提示我们可根据H9N2亚型AIV血凝素裂解位点氨基酸序列特征,将我国H9N2亚型AIV分为2个大的基因亚群。对226位氨基酸位点研究发现,除5株鸭源H9N2亚型AIV早期分离株(A/Muscovy duck/Fujian/CL/1997、A/duck/Fujian/MH/2003、A/duck/Fujian/FQ107/2007、A/duck/Fujian/T7/2007和A/duck/Fujian/T14/2007)此处为Q,其他所有毒株均为L。该结果说明,鸡源H9N2亚型AIV在进化的过程中也可直接获得和人源受体结合位点能力,具有直接跨种感染的潜力。通过分析研究发现,福建地区H9N2亚型AIV基因亚群复杂,应加强对该区域H9N2亚型AIV的分子流行病学调查和生物学特性研究。     

H9N2亚型流感病毒血凝素受体结合区定点突变株拯救及其受体亲和性鉴定

利用重叠PCR技术对H9N2亚型流感病毒Y280亚系毒株A/Chicken/Jilin/DH102/2012(H9N2)的血凝素受体结合区220-loop中相对保守的226位和227位进行了氨基酸置换,并通过反向遗传技术拯救了定点突变病毒。固相酶联试验结果显示:226位为L时,病毒偏嗜结合人型受体;226位为Q时,病毒偏嗜结合禽型受体;226位为M时,病毒同时具有与2种类型受体结合的能力,但偏嗜结合人型受体;227位为Q或M时,病毒均偏嗜结合人型受体。因此,相比于227位,Q226L突变足以改变病毒的受体偏嗜性。由于近年来90%以上的H9N2病毒分离株HA226位氨基酸都是L,推测226L是H9N2病毒感染哺乳动物的重要位点。     

5株H9N2亚型禽流感病毒血凝素蛋白分子特征分析和豚鼠间传播能力的评估

为研究H9N2亚型禽流感病毒(AIV)在哺乳动物间的传播能力,本研究以豚鼠为模型评价了5株H9N2亚型AIV在豚鼠体内的复制能力和水平传播能力,并分析了5株病毒血凝素(HA)蛋白的分子特征。结果表明,5株病毒均属于CK/Beijing谱系,其中2株病毒的HA具有人样受体特征(Lys226),2株病毒具有禽样受体特征(Gln226),而A/Chicken/JN/Li-2/2010(H9N2)株在该位点的氨基酸残基为苯丙氨酸(Phe226)。裂解位点分析表明,5株病毒均具有低致病性AIV特征。个别病毒的潜在糖基化位点存在增加或缺失现象。感染试验表明,5株病毒均能够在豚鼠呼吸道复制。并且在鼻甲骨处复制稳定,平均病毒滴度为2.01 Log EID50/mL～4.5 Log EID50/mL。传播试验表明,所有病毒株的人工接种豚鼠的鼻洗液中均能够检测到病毒,最长排毒期为接毒后第8 d,而接触组豚鼠鼻洗液中未检测到病毒。本研究表明,5株H9N2亚型AIV均属于CK/Beijing谱系,部分病毒株的HA蛋白已具备人样受体结合特征,并且关键氨基酸位点(226位)处出现新的突变。5株病毒均能够在豚鼠呼吸道复制并通过上呼吸道排毒,但不能在豚鼠间同群传播。     

H9N2亚型猪流感病毒山东分离株的分离鉴定及其HA、NP、NS基因序列分析

从山东地区疑似流感发病猪分离到 10株流感病毒 ,经国家流感中心鉴定均为 A型流感病毒 H9N2亚型。将其中 1株 Sw/ SD/ 1/ 2 0 0 3(H9N2 )的血凝素基因 (HA)、核蛋白基因 (NP)和非结构蛋白基因 (NS)进行克隆与测序 ,与Gen Bank收录的其他猪流感和禽流感 H9N2亚型的相关基因进行比较 ,推测 Sw/ SD/ 1/ 2 0 0 3(H9N2 )可能源于禽流感病毒 H9N2亚型和 H5 N1亚型的重组病毒 ;Sw/ SD/ 1/ 2 0 0 3的 HA氨基酸裂解位点与其他 H9N2亚型不同 ,Sw/ SD/1/ 2 0 0 3的 HA氨基酸裂解位点是 R- S- L- R- G,而其他猪流感和禽流感 H9N2亚型都是 R- S- S- R- G。     

吉林省长春市城乡活禽市场H9N2亚型禽流感病毒的检测与分子遗传进化分析

H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza virus, AIV)通过为其他流感病毒提供内部基因或直接跨越种间屏障感染人，而活禽市场是H9N2亚型AIV传播的主要传播途径之一。为了解吉林省长春地区城乡活禽市场H9N2亚型AIV流行特点和趋势，对2021年9月至2023年4月在4个城乡活禽市场分离到3株代表性H9N2亚型AIV进行了分子遗传进化分析。结果显示3株毒株HA蛋白裂解位点均为PSKSSR↓GLF,其受体结合位点的第226位氨基酸由Q突变为L,可与α,2-6唾液酸受体结合，具有感染人的特性。分子遗传进化分析显示3株毒株的HA基因归属于BJ-94谱系中h9.4.2.5亚分支；NA基因归属Y280谱系；PB2、M基因均属于G1谱系；剩余内部基因均属于F-98谱系。研究结论丰富当前国内H9N2亚型AIV的流行病学研究，提示需加强病毒变异监控和新疫苗研发。     

H9N2亚型猪流感病毒A／Swine／Shandong／1／02分离株的基因序列分析

从有肺炎症状的病猪中分离到1株H9N2亚型猪流感病毒（SIV）A／Swine／Shandong／1／02，对其进行了全病毒基因序列分析。结果表明，该毒株8个基因片段的核苷酸序列均来自禽流感病毒（AIV），与我国目前家禽中流行的H9N2亚型AIV毒株具有很高的同源性，与A／Duck／Hong Kong／Y280／97（H9N2）的同源性为94．1％～98．9％，与A／Chicken／Beijing／1／94（H9N2）的同源性为94．5％～98．2％；推导的其血凝素（HA）裂解位点处的氨基酸序列为P—A-R—S-S-R，完全符合H9亚型AIV欧亚分支中的类A／Chicken／Beijing／1／94亚分支的特征；基因分析结果表明，该分离株的所有基因片段均来源于H9N2亚型AIV，它可直接感染猪，并导致发病，但它并未在猪体内发生重组。     

14株H9N2亚型禽流感病毒分离株的HA和NA基因序列分析

为了解浙江省H9N2亚型禽流感病毒(AIV)血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因的分子特征和遗传变异情况，本试验对2012—2021年分离到的14株H9N2亚型AIV分离株进行HA和NA基因序列测定和分析。结果显示：14株分离株的HA和NA基因均属于Y280分支，HA核苷酸同源性为91.5%～99.4%,NA核苷酸同源性为89.0%～98.7%,其与疫苗株CK/SS/94、CK/F/98、CK/6/96和CK/1/00的HA核苷酸同源性为86.0%～91.1%。14株分离株HA蛋白裂解位点氨基酸组成均为RSSR↓GLF;受体结合位点主要表现为K141N、A142T、T155N、H183N和V190T突变，其中第226位和第228位全部为L和G,可与α-2,6唾液酸受体结合，具有感染人的特性；蛋白潜在糖基化位点均为6个，主要变异表现在第200～202位1个位点缺失和第295～297位1个位点增加；抗原相关位点主要表现为G82E、S137D、D145G、N159G、A160D、T192R和N193D突变，此外，有5株出现D160N突变。14株分离株NA蛋白存在6个潜在糖基化位点，其中1株...     

2011年中国北方H9N2亚型禽流感病毒分离株HA基因进化分析及受体结合性检测

为了解近期中国北方禽源H9N2亚型禽流感病毒(AIV)流行规律及分子遗传进化特征,本实验对2011年在中国北方家禽中分离到的11株H9N2亚型AIV通过RT-PCR扩增病毒的HA基因片段,进行测序及遗传进化分析,并对这些病毒的受体结合性进行了检测.结果表明:11株H9N2亚型AIV分离株的HA基因在HA1和HA2的氨基酸裂解位点均为PSRSSR/GLF基序,符合低致病性病毒株氨基酸序列特征.多数病毒HA潜在糖基化位点为8个,所有分离株病毒的受体结合位点226位均为L,经红细胞受体结合性试验验证表明这些病毒均同时具有α-2,3和α-2,6受体结合特性,表明目前北方地区流行的H9N2亚型AIV具有感染哺乳动物的潜在威胁.本研究结果对加强H9N2病毒的分子流行病学监测具有重要意义.     

一株禽源高致病性H7N9亚型流感病毒分子特性研究

为了研究一株禽源高致病性H7N9亚型流感病毒,分析其变异进化及部分生物学特性,试验以从H7N9亚型流感病毒阳性病死鸡的肺脏组织中提取的总RNA为模板,利用特异性引物扩增出全基因序列,分析其核苷酸和氨基酸序列,利用同源建模在线服务软件SWISS-MODEL对突变位点附近的氨基酸序列空间结构进行研究。结果表明:PCR扩增出H7N9亚型流感病毒8个基因片段,即HA、NA、PA、PB1、PB2、NP、NS、M,这8个基因片段均与A/Chicken/Heinan/ZZ01/2017(H7N9)的相应片段具有较高的同源性; HA的第135,226位和NA第401,429位氨基酸存在突变;除A135V突变外,L226Q、A401T、K429R突变均能导致受体结合位点或唾液酸结合位点体积的改变。说明根据基因同源性分析结果,黑龙江省的H7N9流感疫情可能是从中国中部地区传播而来;根据受体结合位点的分析结果,L226Q、A401T和K429R突变可能影响病毒与宿主细胞间的相互作用。     

Sequence and phylogenetic analysis of the haemagglutinin genes of H9N2 avian influenza viruses isolated from commercial chickens in Iran

To determine the genetic relationship of Iranian viruses, the haemagglutinin (HA) genes from ten isolates of H9N2 viruses isolated from commercial chickens in Iran during 1998–2002 were amplified and sequenced. Sequence analysis and phylogenetic studies were conducted by comparing each isolate with those of the available H9N2 strains at GenBank. All these ten isolates had the same sequence –R-S-S-R/G-L– of proteolytic cleavage site of the HA. Nucleotide sequence comparisons of HA gene from Iranian isolates showed 95.2–99.1% identity within the group. Five isolates had leucine (L) at position 226 instead of glutamine (Q). Phylogenetic analysis showed that all our isolates belonged to the G1-like sublineage. Also these isolates showed some degree of homology with other H9N2 isolates e.g., 94.3–96.9% with qu/HK/G1/97, 96.1–98.6% with pa/Chiba/1/97, 95.6–98.2% with pa/Narita/92A/98, and 94.0–96.3% with HK/1073/99. On the basis of phylogenetic and molecular characterization evidence, we concluded that the H9N2 subtype influenza viruses circulating in chicken flocks in Iran since 1998–2002 had a common origin. The results of this study indicated that all Iranian viruses have the potential to emerge as highly pathogenic influenza virus, and considering the homology of these isolates with human H9N2 strains, it seems that the potential of these avian influenza isolates to infect human should not be overlooked.     

H9N2禽流感病毒中国分离株血凝素基因序列的初步分析

10株中国H9N2禽流感病毒分离株的血凝素基因分析表明，这些分离株间的亲缘关系较近，推测它们可能来源于同一种系，H9亚型分离株的HA1亚单位系统发育分析表明中国AIV分离株与97香港禽类市场上分离到的毒株不同，中国分离株中在HA切割位点上均未见到典型的高致病力毒株H5、H7所具有的一系列碱性氨基酸，其排列均为－PARSSGLF－，系统发育分析表明该10株属欧亚种系。     

Genetic characterization of the H9N2 influenza viruses circulated in the poultry population in Israel

The partial nucleotide sequences of the hemagglutinin (HA) genes of 72 H9N2 influenza viruses isolated from chickens and turkeys in Israel during the period 2000-2005 were genetically analyzed. The isolates possessed the three types of amino acid motif -R-S-S-R/G-L-, -R-S-N-R/G-L-, and -R-S-K-R/G-L- at the cleavage site of HA. Phylogenetic analyses showed that all Israeli isolates belonged to the same group which further divided into three closely related sub-groups. The HA genes of these isolates were related to the HA gene of A/chicken/Germany/R45/98 isolated from chicken in Germany in 1998.     

H9N2亚型禽流感病毒血凝素和神经氨酸酶基因的遗传分析

H9N2亚型禽流感病毒自1994年在中国首次发现以来,一直在家禽中流行,其导致的产蛋下降和发病死亡给养禽业发展带来严重危害。以前的研究发现中国的H9N2亚型禽流感病毒在进化过程中形成多个基因型,其表面抗原蛋白血凝素基因(HA)可被划分为以A/chicken/Beijing/1/94、A/quail/Hong Kong/G1/97(G1)和A/chicken/Heilongjiang/35/01等为代表的3个亚群,神经氨酸酶基因(NA)可被划分为以A/chicken/Beijing/1/94、A/quail/Hong Kong/G1/97(G1)和A/chicken/Hong Kong/G9/97(G9)等为代表的3个亚群。其中类G1病毒的HA基因只在香港分离株中出现。本研究对我国2003年～2004年从禽类中分离的H9N2亚型禽流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因进行测定和遗传演化分析,结果表明其中11株病毒的HA基因属于CK/BJ/1/94群系,NA基因属于CK/BJ/1/94或DK/HK/G9/97群系,并首次发现两株病毒含有类G1病毒HA和NA基因,而且这些类G1病毒具有不同的抗原性以及人流感病毒的受体结合位点。本研究结果提示应对H9N2病毒的防治及其公共卫生意义予以高度重视。     

H9N2亚型禽流感病毒的遗传进化分析及F株灭活疫苗的免疫效果评价

为了解H9N2亚型禽流感病毒(AIV)变异情况及评价作为H9亚型F株禽流感灭活疫苗的免疫效果,本研究对2009年～2010年期间从免疫鸡群中分离的9个H9N2亚型AIV株进行血凝素(HA)基因序列测定和分析。这9个病毒株HA基因编码区长度均为1 683 nt,HA基因核苷酸序列同源性为90.7%～98.9%,其推导氨基酸序列同源性为92.2%～98.8%;分离株与F株的HA基因之间的核苷酸序列同源性为91.6%～99.6%,氨基酸序列同源性为92.9%～99.3%;9个分离株与F株均属于Beijing/1/94-like进化分支,但分别属于3个不同的基因亚型。免疫试验结果显示:3周龄SPF鸡接种F株灭活疫苗21 d后,产生的HI抗体效价在log2 9以上;而且免疫鸡对分离株及F株攻毒后的喉头和泄殖腔排毒产生明显的抑制作用。本研究数据表明,F株灭活疫苗可以提供对这些分离株的有效免疫保护。     

两广地区2011--2012年H9N2亚型禽流感病毒的HA基因进化分析

为探究两广地区H9N2亚型禽流感病毒（avianinfluenzavirus,AIV）的变异情况及分子流行规律,于2011-2012年从该地区发病鸡群中共分离到16株H9N2亚型A1V,并对分离株HA基因进行测序与进化分析。结果表明,分离株HA基因开放阅读框全长均为1683bp,编码560个氨基酸;HA基因核苷酸同源性为88．7％～99．6％,编码氨基酸同源性为91．8％～99．5％。本试验分离毒株与国内疫苗株（GD-SS、SH—F和SD-6）的核苷酸同源性在90．1％～92．6％之间,推导的氨基酸序列同源性在91．6％～94．8％之间。进化分析显示分离株可分为Group1和Group2两个亚分支,与疫苗株均属于欧亚谱系的Y280分支,但亲缘关系较远。分离株HA蛋白裂解位点附近序列有3种形式：PARSSR＋GLF、PSRSSR＋GLF和PARLSR0GLF,均无连续碱性氨基酸的插A,符合低致病性AIv的特征。本试验发现分离株GD4、GX2在HA1的127、295位分别增加一个潜在的糖基化位点;除分离株GD5和GD6外,其余分离株在HAl的216位发生Q216L氨基酸突变,表明其存在感染人的可能性。     

2019年上海地区H9N2禽流感病毒分子特征及演化分析

为了解上海市活禽市场H9N2亚型禽流感病毒(AIV)分离株的遗传变异情况,本研究对2019年分离的4株H9N2AIV的8个基因节段进行PCR扩增、克隆和测序,并对获得的8个基因序列进行同源性以及基因进化分析,对与病毒适应性增加的关键氨基酸位点进行了分析,并和目前我国使用的H9N2流感疫苗毒株HA上的抗原位点进行了比较....     

Genomic characterization of H1N2 swine influenza viruses in Italy

Three subtypes (H1N1, H1N2, and H3N2) are currently diffused worldwide in pigs. The H1N2 subtype was detected for the first time in Italian pigs in 1998. To investigate the genetic characteristics and the molecular evolution of this subtype in Italy, we conducted a phylogenetic analysis of whole genome sequences of 26 strains isolated from 1998 to 2010. Phylogenetic analysis of HA and NA genes showed differences between the older (1998-2003) and the more recent strains (2003-2010). The older isolates were closely related to the established European H1N2 lineage, whereas the more recent isolates possessed a different NA deriving from recent human H3N2 viruses. Two other reassortant H1N2 strains have been detected: A/sw/It/22530/02 has the HA gene that is closely related to H1N1 viruses; A/sw/It/58769/10 is an uncommon strain with an HA that is closely related to H1N1 and an NA similar to H3N2 SIVs. Amino acid analysis revealed interesting features: a deletion of two amino acids (146-147) in the HA gene of the recent isolates and two strains isolated in 1998; the presence of the uncommon aa change (N66S), in the PB1-F2 protein in strains isolated from 2009 to 2010, which is said to have contributed to the increased virulence. These results demonstrate the importance of pigs as mixing vessels for animal and human influenza and show the presence and establishment of reassortant strains involving human viruses in pigs in Italy. These findings also highlighted different genomic characteristics of the NA gene the recent Italian strains compared to circulating European viruses.