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1.
槟榔江水牛群体遗传结构的RAPD分析 总被引:2,自引:2,他引:2
为探讨RAPD标记在水牛遗传多样性方面检测的应用价值,以及了解槟榔江水牛的群体遗传结构状况,研究采用随机扩增多态性DNA标记技术对槟榔江水牛20个个体进行了遗传变异分析,从70个随机引物中筛选出15个多态性丰富的引物对其所有个体的总基因组DNA进行了PCR扩增,结果15条引物共产生105种扩增片段,多态片段95条,平均每条引物的扩增带数为7,各引物多态性片段范围在2~12之间,多态频率在40%~100%之间,多态座位平均为90.48%。表明槟榔江水牛的遗传多样性较丰富。 相似文献
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为研究浙江省温州水牛的遗传多样性,采用ISSR分子标记技术,分析了采自浙江平阳、瑞安、永嘉、乐清、温州等地温州水牛血液样本。从22条引物中筛选出9条多态性引物,9条ISSR引物共获得ISSR位点186个,其中多态性位点154个,多态位点百分率(PPL) 为82.80%,等位基因数(Na)为1.8420,有效等位基因数(Ne)为1.5702,Neis基因多样性(H)为0.3108,Shannons指数(I)为0.4687,均高于个体水平;种群内和种群间Neis基因多样性计算遗传分化水平(Gst)为0.1840,表明温州水牛种群间存在着较高的遗传多样性,遗传变异中有1840%发生于群体间。UPGMA聚类分析结果同样也表明温州水牛种群间的遗传分化水平较低,遗传变异主要存在于种群的个体间。 相似文献
3.
利用微卫星标记分析滩羊群体的遗传多样性及遗传分化 总被引:1,自引:0,他引:1
利用10对微卫星标记对小尾寒羊、宁夏牧区园区白滩羊、保种场滩羊和黑滩羊的遗传多样性和遗传分化进行分析,根据DC和DA遗传距离构建系统树。结果表明:10个微卫星座位中共检测到167个等位基因,每个座位在每个群体均检测到5个以上的等位基因。座位和群体期望杂合度均在0.8左右;座位平均多态信息含量为0.722 3~0.838 5;园区白滩羊平均多态信息含量为0.794 6,保种场白滩羊平均多态信息含量为0.778 4,黑滩羊平均多态信息含量为0.772 3,群体平均多态信息含量为0.772 3~0.794 6。群体间表型分化系数为0.089 3,总群体近交系数为0.674 0,群体内近交系数为0.642 0。运用DC和DA遗传距离,分别采用UPGMA和NJ法构建的系统聚类图基本一致。综合遗传分化系数、遗传距离及聚类图,结果提示,滩羊与小尾寒羊群体间遗传分化程度最大,黑滩羊与白滩羊群体间存在一定的遗传分化,2个白滩羊群体间遗传分化程度相对最小。 相似文献
4.
【目的】了解西林水牛群体的遗传变异和遗传结构,为其辅助标记育种、遗传资源保护及利用提供参考依据。【方法】从广西西林县的8个乡(镇)采集184份西林水牛血样,采用优化后的RAPD技术检测其多态性DNA,统计多态性条带数,并应用Popgene32软件对西林水牛群体的有效等位基因数、Nei氏基因多样性指数及Shannon多样性指数进行分析。【结果】从18条RAPD引物中筛选出8条扩增产物稳定、条带清晰可辨的引物,扩增出的DNA片段分子量为100-1000 bp;从184个样本中共扩增出4968个多态性条带,平均每条引物可扩增出621个多态性条带,多态性频率达60.0%-100.0%,平均为89.7%。西林水牛群体的平均有效等位基因数为1.6745,平均Nei氏基因多样度指数为0.3583,平均Shannon多样性指数为0.5510。【结论】西林水牛群体的遗传变异、遗传分化及遗传多样性均较高,但选育程度较低,育种潜力较大,有待进一步保种和开发利用。 相似文献
5.
利用26对黄牛微卫星引物,对分别来自云南省泸水县凤凰山大额牛保种区和贡山县独龙野牛种源保护基地的2个大额牛群体进行遗传变异分析,研究其群体内的遗传变异和群体间的遗传分化。结果共检测到105个等位基因,每个座位的等位基因数从2~6不等,所有座位平均等位基因数、平均有效等位基因数、平均期望杂合度、平均多态信息含量分别为4.0385±0.9999,3.1393±0.9507,0.6490±0.1246和0.5904±0.1334,表明大额牛群遗传多样性比较丰富。F统计量、基因流、Nei氏遗传距离和遗传相似系数等值反映出两个群体遗传差异较小,遗传分化不明显,遗传一致性较大。 相似文献
6.
【目的】对中国河西绒山羊、内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊和陇东绒山羊4个绒山羊群体KAP13-1基因的遗传特征进行分析,为揭示绒山羊遗传特征和生产利用提供基础数据。【方法】采用PCR-SSCP方法,检测河西绒山羊、内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊及陇东绒山羊(共721只)KAP13-1基因的多态性。同时基于DA遗传距离用UP-GMA法进行聚类分析,以明确各群体间的遗传关系。【结果】基因组DNA扩增后得到491bp的扩增产物,经SSCP分析,从4个绒山羊群体KAP13-1基因中共发现6种基因型,4个等位基因中存在5个变异位点,这些多态位点主要为点突变,且均处于编码区,其中转换位点3个(占60%),颠换位点2个(占40%)。在170和197位分别发生了T→G、C→G的错义突变,导致氨基酸分别由Leu、Thr变为Arg、Ser。该基因在河西绒山羊与陇东绒山羊中均存在4个等位基因,而内蒙古绒山羊未检测到C和D等位基因,辽宁绒山羊未检测到D等位基因。聚类结果显示,河西绒山羊与陇东绒山羊之间的遗传距离较小,在系统发生树中聚为一支,辽宁绒山羊与内蒙古绒山羊聚为一支。【结论】KAP13-1基因在4个绒山羊群体中呈中度多态,群体间存在差异。生态学作用对4个绒山羊品种的进化过程有一定的影响。 相似文献
7.
水牛α-乳清蛋白基因的克隆及序列分析 总被引:1,自引:0,他引:1
根据报道的奶牛α-乳清蛋白基因核苷酸序列设计和合成4对引物,采用PCR扩增的方法克隆并测定了水牛α-乳清蛋白全基因的核苷酸序列.结果表明,克隆的水牛α-乳清蛋白基因全长3 038 bp,包括5′侧翼区,3′侧翼区,3个内含子和4个外显子(该序列已被成功提交到GenBank,序列接收号为EU422984).核苷酸序列比对结果表明,水牛α-乳清蛋白基因与报道的奶牛该基因的核苷酸序列同源性为97.53 %.水牛α-乳清蛋白成熟肽的氨基酸序列与奶牛相比有两个氨基酸的差异.与奶牛相比,水牛α-乳清蛋白基因5′调控区发生了多处插入突变和碱基替换突变,这些插入和替换突变可能与水牛乳汁中α-乳清蛋白的高水平表达有关. 相似文献
8.
利用微卫星标记分析云南省6个东方蜜蜂(Apis cerena)群体遗传多样性及遗传分化 总被引:2,自引:0,他引:2
利用21对微卫星标记对来自于腾冲、无量山、迪庆、武定、泸水、西双版纳6个云南东方蜜蜂Apis cerana群体进行遗传多样性及遗传分化分析.通过计算多态信息含量、平均杂合度、等位基因数、遗传距离、基因流、F-统计量等参数,评估各东方蜜蜂群体遗传多样性和各群体间遗传分化.各座位的等位基因数为4(AP313)至18(AT003).除迪庆群体外,其余群体均显示较高水平的期望杂合度,其中,武定群体最高,为0.696;迪庆群体最低,为0.367.各东方蜜蜂群体间存在极显著的遗传分化,平均分化系数Fst为0.264.云南6个东方蜜蜂群体的遗传分化显著,除迪庆群体外,其余5个群体遗传多样性较高;分析遗传分化与地理距离的关系发现,云南6个东方蜜蜂群体间的遗传分化与地理距离不存在显著相关. 相似文献
9.
3 个中华鳖群体遗传多样性的微卫星标记分析 总被引:1,自引:0,他引:1
为了给武昌湖中华鳖的遗传资源保护和利用提供较为准确的基础数据,利用微卫星标记技术,对中华鳖武昌湖野生群体和2个养殖群体进行遗传多样性分析。结果显示:武昌湖鳖群体、日本鳖群体、黄沙鳖群体的平均等位基因数(Na)分别为11.5、9.1、7.9,平均有效等位基因数(Ne)分别为6.3、3.7、3.1,平均观测杂合度(Ho)分别为0.5667、0.5222、0.4462,平均期望杂合度(He)分别为0.6987、0.5953、0.5648,多态信息含量(PIC)分别为0.6672、0.5551、0.5303,武昌湖群体遗传多样性较高。基于Nei's遗传距离和遗传分化指数显示,目前武昌湖群体中华鳖种质资源保存较好。 相似文献
10.
对水牛α-乳清蛋白基因的3’端调控区进行了PCR扩增及重组质粒的酶切鉴定,比较了水牛和牦牛该基因的核苷酸序列同源性。序列分析结果表明:水牛α-乳清蛋白基因3’端序列与牦牛该基因在641bp的序列中存在34bp的差异,同源性为94.69%。 相似文献
11.
基于微卫星标记的东北黑蜂群体遗传多态性分析 总被引:1,自引:1,他引:1
【目的】探讨东北黑蜂(Apis mellifera ssp.)国家级自然保护区内的蜜蜂群体遗传多态性情况。 【方法】采用16个微卫星位点对来自中国黑龙江省饶河县7个不同区域的东北黑蜂样本进行遗传多样性检测。【结果】245只东北黑蜂个体在16个微卫星座位上共发现725个等位基因;除A028、A024和A088外,其余的13个微卫星座位均表现出高度多态性;东北黑蜂7组样本的平均多态信息含量(PIC)为0.60±0.05,平均观察杂合度(Ho)为0.62±0.21,平均期望杂合度(He)为0.65±0.19;除第2组样本外,其它样本的近交系数(Fis)均为正值,表明这些样本内存在不同程度的近交现象;7组样本间的分化系数(Fst)为0.03―0.14,遗传距离(DA)为0.08―0.35;群体的总基因流(Nm)为1.59,总分化系数(Fst)为0.14。聚类分析结果表明东北黑蜂具有2个不同的进化分支。【结论】东北黑蜂群体朝着2个不同的方向进化;总体遗传多态性程度较高;由于群体间的基因交流程度比较频繁,因此目前仅产生了中等程度的遗传分化。本研究结果对东北黑蜂的选育和保护具有重要的指导意义。 相似文献
12.
对水牛α-乳清蛋白基因的3′端调控区进行了PCR扩增及重组质粒的酶切鉴定,比较了水牛和牦牛该基因的核苷酸序列同源性.序列分析结果表明:水牛α-乳清蛋白基因3′端序列与牦牛该基因在641 bp的序列中存在34 bp的差异,同源性为94.69%. 相似文献
13.
福建沿海葡萄牙牡蛎养殖群体遗传多样性的AFLP分析 总被引:1,自引:0,他引:1
应用AFLP方法对福建沿海葡萄牙牡蛎自然苗群体(福清、莆田、石狮、厦门)和人工苗群体(宁德、连江、石狮、诏安)进行了遗传多样性分析。采用4对选择性引物组合对8个养殖群体239个个体进行扩增,共得到331个位点,多态位点233个。8个养殖群体的多态位点比例、Nei’s基因多样性指数和Shannon遗传多〖JP2〗样性指数分别为57.10%~69.54%,0.196 7~0.249 2,0.290 2~0.362 6。其中4个自然苗群体的多态位点比例、Nei’s基因多样性指数和Shannon遗传多样性指数均高于4个人工苗群体。遗传分化系数Gst及AMOVA分析表明,8个养殖群体的遗传变异主要来源于群体内个体间。UPGMA聚类图及PCA聚类图分析表明,人工苗群体和自然苗群体之间及人工苗群体内都存在一定的遗传分化,而自然苗群体内所有个体基本是随机交叉聚类,没有形成明显的类群分支。以上结果表明,自然苗群体的遗传多样性高于人工苗群体,群体间存在一定的遗传分化。 相似文献
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对日本囊对虾的3个养殖群体即浙江舟山群体(ZJ)、福建群体(FJ)和台湾群体(TW)的线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅲ基因进行PCR扩增,得到577 bp的核苷酸分析序列,AT含量高于GC含量,发现51个变异位点,其中包括18个简约信息位点,共有31种单倍型。福建群体的核苷酸多样性最高。用MEGA软件中的NJ法构建日本囊对虾3群体与另外5种对虾的系统进化关系,日本囊对虾的3个群体首先聚在一起,再与亲缘关系较近的中国明对虾聚在一起。 相似文献
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利用AFLP标记分析云南红花优异种质资源的遗传多样性 总被引:2,自引:0,他引:2
在云南红花优异种质筛选研究基础上,从DNA水平分析和探讨云南优异红花种质的遗传多样性,为云南红花种质资源的保护、评价和红花新品种选育提供理论依据。利用108对AFLP标记引物及POPGENE 3.2,NTsys2.2软件对50份云南优异的红花种质资源材料,通过多态性检测、聚类分析,计算遗传距离、遗传一致度及Nei指数,揭示云南红花种质资源的遗传分化和遗传多样性。结果表明,利用AFLP标记筛选出8对引物,共扩增331条带,142条多态性带,多态位点百分率为33.42%~55.80%,平均多态性为42.42%。根据UPGMA聚类分析,在遗传相似系数0.64~0.66,把50份红花材料分为4个组,与传统形态学分类相似,但略有不同。在群体遗传分化研究中,群体总基因多态性为0.283 3,群体内基因多态性为0.157 4,其中,群体间遗传分化系数为0.444 5,总基因流为0.624 8;6个群体间的遗传一致度为0.747 9~0.909 0,条纹壳群体和抗锈病群体间的一致度最高,为0.909 0,而黄花群体和大粒群体的遗传一致度最低,为0.747 9,说明50份云南优异红花种质资源在种内遗传变异丰富。这6个群体得到的等位基因观察数分布在1.250 0~1.675 0,全部群体则达到了1.800 0。有效等位基因数分布在1.120 4~1.426 9,全部群体则达到了1.4334。Nei指数分布在0.077 1~0.251 3,其值由大到小顺序为条纹壳群体>高亚油酸群体>抗锈病群体>无刺群体>大粒群体>黄花群体。Shannon指数分布在0.120 0~0.373 8,其值由大到小为条纹壳群体>抗锈病群体>高亚油酸群体>无刺群体>大粒群体>黄花群体。说明云南红花群体具有复杂的遗传分化和丰富的遗传多样性,遗传变异主要在群体间,应注重群体保护,同时AFLP标记技术能有效地揭示红花种质资源的遗传多样性,为红花种质资源保护、品种选育及分子进化研究提供依据。 相似文献
16.
为从分子水平上对青海省果洛藏族自治州牦牛遗传资源进行系统评估,分析其母系遗传多样性、群体遗传结构和群体遗传分化,本研究对甘德、班玛、久治和玛多牦牛群体共152头个体进行线粒体DNA(mtDNA)D-loop区测序,并从GenBank下载已公布的37条达日牦牛和32条玛沁牦牛的相应序列,对这6个牦牛群体mtDNA D-loop序列进行综合分析。结果表明:1)221条牦牛mtDNA D-loop序列(636~638 bp)比对分析共检测出57个变异位点,包括8个单一多态位点和49个简约信息位点。根据D-loop序列间核苷酸变异共确定了45种单倍型,其中班玛、达日、甘德、久治、玛多、玛沁牦牛群体分别拥有1、6、5、4、7、6种特有单倍型。2)6个牦牛群体总的单倍型多样度和核苷酸多样度为0.901和0.014,表明其母系遗传多样性丰富。其中,甘德牦牛的单倍型多样度最高(Hd=0.951),久治牦牛的单倍型多样度最低(Hd=0.818)。3)遗传分化和基因流分析表明,除久治牦牛与班玛、甘德、玛沁牦牛群体间分化程度均呈中等遗传分化水平(0.05≤FST<0.15),基因交流相对贫乏外,其他牦牛群体间FST值较小(0<FST<0.05),分化程度弱,基因交流相对频繁。4)聚类分析表明久治、甘德、班玛3个牦牛群体间亲缘关系较近,而玛多、玛沁、达日3个牦牛群体间亲缘关系较近。5)系统发育分析显示6个牦牛群体中除久治牦牛由3个母系遗传支系(即Mt-Ⅰ、Mt-Ⅱ和Mt-Ⅲ)组成外,其他群体均由Mt-Ⅰ和Mt-Ⅱ 2个母系支系组成,推测果洛藏族自治州中久治牦牛群体有3个母系起源,其他牦牛群体均有2个母系起源。综上,青海省果洛藏族自治州6个牦牛群体均拥有特殊的母系遗传信息且母系遗传多样性较为丰富;各牦牛群体间遗传分化程度整体较弱;久治、甘德和班玛3个牦牛群体间亲缘关系较近,而玛多、玛沁和达日3个牦牛群体间亲缘关系较近;除久治牦牛群体有3个母系起源外,其他牦牛群体均有2个母系起源。本研究为青海省果洛藏族自治州牦牛遗传资源的合理保护和开发利用提供了理论基础。 相似文献
17.
利用相关序列扩增多态性SRAP分子标记对3个河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)自然群体[安徽省当涂(DT)群体、浙江省余姚(YY)群体、江苏省太湖东西山(DXS)群体]进行了遗传多样性分析。从196对引物组合中筛选出11对扩增条带清晰、稳定的引物组合对3个群体进行扩增,共获得71个位点;3个群体内多态位点占比为6.90%~24.14%,其中DT群体多态位点占比为6.90%,YY群体多态位点占比为24.14%、DXS群体多态位点占比为24.14%;群体的Nei's基因多样性指数(H)为0.033 0~0.093 9[DT(0.033 0)YY(0.078 4)DXS(0.093 9)],群体Shannon's多样性指数(I)为0.046 3~0.136 8[DT(0.046 3YY(0.120 6)DXS(0.136 8)]。可见DXS群体、YY群体的多态位点占比、Nei's基因多样性、Shannon's多样性指数均稍高于DT群体。研究还发现,3个群体间的Nei's无偏遗传距离为0.036 3~0.286 7,遗传相似度为0.750 7~0.964 4,DXS群体与YY群体的遗传距离最小(0.036 3),遗传相似度最大(0.964 4),亲缘关系最近。采用UPGMA法对3个群体进行聚类分析显示,YY群体和DXS群体聚为1支,DT群体聚为单独的1支。综合试验结果表明,3个河川沙塘鳢自然群体的遗传多样性较低。 相似文献
18.
利用TRAP标记分析8个福瑞鲤家系的遗传多样性 总被引:1,自引:0,他引:1
为了研究福瑞鲤不同家系的遗传多样性,利用TRAP分子标记对生长速度有差异的家系(4个生长速度快,4个生长速度慢)进行了遗传分析。结果显示:8个家系的多态性条带数在9.41至12.00之间,多态性比率范围为52.04%~66.02%,多态信息含量为0.185 3~0.243 0,Nei遗传多样指数和Shannon信息指数分别为0.187 5~0.241 0和0.278 0~0.351 0,其中家系85#的各遗传参数值最高,而家系74#的最低。家系间的遗传分化指数(Fst)及分子变异方差(AMOVA)分析结果显示,除了家系56#与92#(Fst=0.051 6)及51#与89#(Fst=0.095 6)这2对家系间处于中等程度的遗传分化(0.05≤Fst≤0.15)之外,其他家系间遗传分化水平均较低(Fst0.05),群体的总遗传变异主要来源于家系内个体间的遗传差异,其方差分量的贡献率达98.3%。遗传距离分析结果表明,家系26#与92#的遗传距离最大,家系85#与89#的遗传距离最小;基于此的UPGMA聚类分析结果显示,家系56#与74#以及家系85#与89#的亲缘关系比较近,聚类在同一分支上,而其他家系亲缘关系相对较远。研究结果说明8个福瑞鲤家系内遗传变异较大,遗传多样性水平较高,具有一定的育种潜力,可扩大福瑞鲤的选育空间。 相似文献
19.
利用SRAP标记分析3个团头鲂群体的遗传多样性 总被引:3,自引:1,他引:3
采用SRAP(sequence-related amplified polymorphism)分子标记,对长江中下游地区淤泥湖、梁子湖、鄱阳湖的3个团头鲂自然群体的遗传多样性进行了分析。从88对引物组合中筛选出13对条带清晰、多态性丰富的引物组合,每对引物组合检测到的位点数为8~21个,在3个团头鲂群体中共检测到172个位点。鄱阳湖群体的多态位点百分率(58.14%)、Nei's基因多样性(0.1849)和Shannon's信息指数(0.2799)最高,梁子湖群体的多态位点百分率(51.16%)、Nei's基因多样性(0.1524)和Shannon's信息指数(0.2347)次之,淤泥湖群体的多态位点百分率(29.07%)、Nei's基因多样性(0.0904)和Shannon's信息指数(0.1371)最低。3个团头鲂群体中,鄱阳湖群体遗传多样性最高,淤泥湖群体最低。3个群体间的Nei's无偏遗传距离为0.0866~0.2207,遗传相似度为0.8020~0.9170;鄱阳湖和淤泥湖群体间遗传距离最大(0.2207),亲缘关系较远,鄱阳湖和梁子湖群体间遗传距离最小(0.0866),亲缘关系较近。 相似文献
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以97014,BR—S-10和sGK321等14份不同类型的抗虫棉花品种(系沩试验材料,利用SSR分子标记技术,对这些棉花品种(系)的遗传多样性进行了研究.结果表明,从126对SSR引物筛选出的22对引物均能在14份抗虫棉品种(系)中产生明显的扩增差异带,共检测出97个等位基因位点,其中多态性位点69个,多态性比率达71.1%.引物等位位点数在2~7个,平均每对引物为4.4个.利用Jaccard遗传相似系数计算了14份抗虫棉品种(系)的SSR数据的距离矩阵,按UPGMA方法进行聚类,发现14个品种(系)间的遗传距离在0.035~1.056.聚类分析表明,14份棉花品种(系)可分为2大类4亚类,其中,第1大类是以转基因的抗虫棉为主,第Ⅱ大类包括3个品种(系),分别是中棉所的ISA4ne,BR—S-10和湖南农业大学的97014,这3个品种都为无蜜腺的形态抗虫棉品种,故较早的聚为一类.本研究表明,用SSR分子标记技术分析棉花不同品种间的遗传多样性是町靠的,揭示了抗虫棉花品种种质资源的多样性,大多数品种的遗传基础比较狭窄. 相似文献