利用高密度基因芯片开展滩羊群体亲缘关系遗传分析

为了揭示不同群体滩羊种公羊个体之间的遗传距离,了解各群体之间的亲缘关系、遗传分化情况,试验采用Illumina Ovine SNP 600K基因芯片检测的方法对宁夏三个滩羊养殖场192个主配及选留滩羊种公羊的亲缘关系进行遗传分析,并对群体进行家系划分.结果 表明:三个养殖场的种公羊个体没有出现明显的分别聚类现象,而是随...     

滩羊种群亲缘关系的生化遗传学研究

采用垂直或水平板聚丙烯酰胺凝胶电泳技术，测定了甘肃滩羊２个种群的Ｈｂ，Ｔｆ，Ａｌｐ，Ａｍｙ－Ｉ，Ａｍｙ－Ⅱ五个位点的多态性，统计和估算了基因频率。通过过欧氏遗传距离、平均杂合度、有效基因数计算分析，应用类平均聚类描述了滩羊种群亲缘关系的生化遗传学规律及其遗传关系。     

滩羊对稻草的利用

<正> 滩羊是世界著名的裘皮羊品种,主要分布在我国宁夏、甘肃、陕西、内蒙古等省区广阔的半荒漠草场上。当地草层结构简单,植被稀疏,产草最低,超载现象严重。农业地区秸杆资源虽比较丰富,但大多数是稻草和麦秸,木质素多,含氮量少,适口性差,消化率低,营养价值不高,直接影响了滩羊数量的发展和质量的提高。如何结合当地实际情况,通过不同的处理,提高滩羊对稻草的利用率,为开辟饲草资源提供科学依据,是本课题的研究目的。     

利用高密度SNP芯片分析杭猪的群体遗传结构

旨在更好地了解杭猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构,有效保护和利用杭猪遗传资源。本研究使用50K SNP芯片对30头杭猪（4头公猪,26头母猪）保种个体进行了单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）测定,通过Plink软件对获得的基因型数据进行质控,用于最小等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量的计算,分析杭猪保种群的遗传多样性;使用Plink计算连续性纯合片段（runs of homozygosity,ROH）、构建状态同源（identity by state,IBS）距离矩阵,并计算得到基于连续性纯合片段的近交系数;采用Gmatrix软件构建G矩阵,分析杭猪保种群的亲缘关系;使用Mega X软件构建公猪进化树,分析保种群体的家系结构。结果表明,30头杭猪共得到57 466个SNPs标记,平均检出率为0.988 3±0.000 4,通过质检SNPs数为34 156;平均最小等位基因频率为0.228±0.137,平均多态信息含量为0.255±0.098;平均观察杂合度为0.359±0.181,平均期望杂合度为0.314±0.140。杭猪保种群体平均IBS遗传距离为0.241 7±0.033 6,公猪平均IBS遗传距离为0.178 3±0.025 5;G矩阵分析结果与IBS距离矩阵一致,两个结果均表明杭猪保种群部分个体之间亲缘关系较近。30头杭猪个体共检测到828个ROHs,83.33%的ROH长度在10 Mb以内,平均长度为（6.96±9.62） Mb,个体ROH平均总长度为（191.95±201.56） Mb。基于ROH的平均近交系数为0.078±0.082,其中公猪平均近交系数为0.219±0.082,说明杭猪保种群整体的近交程度不严重,但公猪存在近交。进化树结果表明,杭猪保种群体目前只有2个家系,其中1个家系包含4头公猪,另一个家系不含公猪。综上所述,杭猪保种场的保种群公猪的血缘数量少,母猪近交程度低,公猪存在近交,需要引入新血统或创建新血统来维持家系结构的平衡以利于杭猪遗传资源的长期保存,防止杭猪遗传多样性的丢失。     

枫泾猪群体繁殖性能遗传分析

利用枫泾猪现有母猪群体进行繁殖性能的遗传分析,以母猪个体间的亲缘程度和产仔主效基因为主的分析结果得到:1)现有母猪平均近交系数为0.089,近交程度的大小未能影晌枫泾猪的产仔数性能,并且随着近交系数的增加,产仔数反而呈上升趋势;2)繁殖性能主效基因在群体中的频率高达到0.72,基因型之间具有0.5头的产仔数差别,但在初产母猪间无该基因的效应存在;3)半同胞遗传力计算得到产仔数为0.08,产活数为0.044.     

滩羊对苦豆子废渣的利用

在能量、蛋白质水平相似的条件下，以不同比例的苦豆子草渣和籽渣代替苜蓿粉及胡麻饼肥育滩羊表明：草渣Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组体重比对照组分别提高２０．０９％、１１．３２％、３６．９５％，饲养料消耗分别降低１１．７３％、１６．５４％、２３．８７％，羊均收益分别增加１２．３０、１６．９８、２７．０６元。籽渣组则分别为２１．１９％、３４．４４％、４６．３６％、１６．１７％、２５．６２％、３０．４１％和１８．８４、３０．     

紫花苜蓿杂交群体产量相关性状的遗传分析

以产量和早熟性状差异明显的紫花苜蓿为亲本,通过杂交方法获得152个单株子代。进一步以亲本和F_1代单株群体为供试材料,对其干重、株高、茎粗、分枝数、茎叶比等5个农艺性状的2年数据进行遗传分析。结果表明:变异系数最大的是干重和分枝数,最小的是茎粗,不同性状平均变异系数值为22.8%;所有性状在后代群体中均存在双向超亲分离,除株高外,所有性状分布频率接近正态分布;干重的遗传率在两年分别为53%和71%,株高的遗传率在两年都大于80%,株高能解释46.4%的干重变异。干重和株高在不同年份遗传率稳定。干重的最佳遗传模型为一对加性-显性主基因遗传模型。逐步回归分析表明,株高、分枝数、茎叶比为干重主要构成因素,分别能解释46.4%、12.8%、2.5%的变异信息;通径分析结果与逐步回归分析结果一致,都显示茎粗主要是通过间接作用影响干重。     

利用微卫星DNA标记分析巴布亚新几内亚三个地方鸡群体的遗传多样性及亲缘关系

为了解巴布亚新几内亚地方鸡群体的遗传多样性和亲缘关系,本研究利用20个微卫星DNA遗传标记,对3个群体、96个个体的基因型进行了测定,估算了群体内的杂合度和近交系数(FIS)以及群体间的遗传分化系数(FST)等多样性参数;根据Nei氏标准遗传距离,构建群体水平的NJ树和个体水平上的无根UPGMA树。结果表明,3个群体内的平均期望(基因)杂合度介于0.665 9至0.680 6,平均FIS介于0.020至0.286,总群体水平上的遗传变异仅占5.5%;3个群体相互之间的遗传分化均达到显著水平,在个体水平的无根UPGMA树上,来源同一群体的个体会优先聚为一类。这说明巴布亚新几内亚的3个地方鸡群体的遗传多样性比较丰富,群体间的遗传分化显著,应该分别加以保护和利用。     

宁夏滩羊遗传资源保护利用情况调研

滩羊被列入国家畜禽遗传资源品种名录,是国家级畜禽遗传资源保护品种。 滩羊产业列入宁夏“六特”产业之一,对宁夏中南部地区促农增收、乡村产业振兴发挥了重要作用。笔者通过调查宁夏滩羊遗传资源保护利用现状,总结出宁夏探索滩羊种质资源保护和开发利用的有效途径,为资源优势向产业优势转变提供参考依据。     

鹅Myostatin基因单核苷酸多态性检测及群体遗传分析

肌肉生长抑制素是TGF-β超家族的新成员,其主要在骨骼肌中特异性表达,且对骨骼肌的生长发育起负调控作用。本研究采用PCR-SSCP和DNA测序的方法检测了鹅Myostatin基因的单核苷酸多态性,并对浙东白鹅、五龙鹅、扬州鹅、朗德鹅、莱茵鹅、豁眼鹅、吉林农大白鹅、狮头鹅、皖西白鹅、籽鹅等不同品种（系）鹅单核苷酸多态性进行了群体遗传分析。结果表明：（1）在检验的12对Myostatin基因的引物中,发现3对引物的扩增片段具有多态性,分别为启动子区域T769G、C543T的突变,内含子1的A1632G突变。（2）不同鹅品种（系）群体遗传学分析表明,启动子区域引物P3扩增片段多态性位点在各群体中等位基因A的频率均高于B,且等位基因频率均高于0．77,表现为优势等位基因;引物P4扩增片段多态性位点在扬州鹅、朗德鹅、狮头鹅群体中等位基因D的频率均高于C的频率,等位基因D的频率分别为0．6250、0．5488、0．6474,而在其余群体中均表现为等位基因C的频率高于D的频率。     

应用线粒体DNA指纹分析牛群体亲缘关系的研究

线粒体DNA指纹是指线粒体DNA控制区内的高变异区碱基突变导致的多态、重复序列数目的变异导致的异质型多态和分子长度多态。试验根据牛线粒体DNA非编码区D-loop环全长序列和编码区细胞色素B(Cyt B)基因部分序列,研究在日本黑牛和延边黄牛、鲁西黄牛群体中碱基由于发生倒换、颠换、插入、缺失形成的DNA多态性。结合生物信息学方法分析,发现在15头日本黑牛群体中489号个体D-loop全序列存在44处特异性位点,日本黑牛489号和120号Cyt B部分序列存在4处特异性位点。构建分子进化树结果表明:日本黑牛和延边黄牛存在较近的亲缘关系;日本黑牛489号、120号个体与鲁西黄牛中D-loop单倍型H18、H19、H21有较近的亲缘关系,120号Cyt B的单倍型又与鲁西黄牛共享1个单倍型Hap4,120号与鲁西黄牛存在更近的亲缘关系。     

基于SNP芯片分析瑶鸡2个群体亲缘关系

试验旨在揭示瑶鸡2个群体YA(贵州瑶山鸡)和YB(南丹瑶鸡)之间的遗传距离和亲缘关系,为培育市场需求的瑶鸡配套系提供参考和帮助。从YA和YB群体中分别随机抽取25只鸡,利用\"京芯一号\"鸡55K芯片对瑶鸡2个群体的亲缘关系进行遗传分析。通过主成分分析,瑶鸡2个群体个体随机聚在一起,没有出现明显的分别聚类现象,遗传背景相似。G矩阵和IBS矩阵表明瑶鸡2个群体大多数个体间亲缘关系较远。使用邻接(Neighbor-Joining,NJ),基于IBS遗传距离分析结果对2个群体样本进行聚类,结果表明YA和YB分别聚为一大类,说明两个群体遗传距离较远,群体间亲缘关系相对较远。瑶鸡2个群体基于长纯合片段(Runs of homozygosity,ROH)的平均近交系数(FROH)为0.031 21,YA和YB群体近交系数分别为0.032 75和0.029 66,近交系数都很低。瑶鸡YA、YB群体的期望杂合度(He)分别为0.388 9、0.388 3,YA和YB群体观察杂合度(Ho)分别为0.400 1、0.400 3,说明瑶鸡两个群体的遗传多样性较低,群体的选育程度较高,整齐度较好。综合分析表明,瑶鸡两个群体近交系数很低,亲缘关系较远,遗传多样性较低。     

猪的血型群体遗传及其亲缘关系(综述)

<正> 通过血型调查研究,可以摸清我国畜禽群体的遗传结构和基因流向,为发掘畜禽品种资源、客观划分品种群体、提高遗传育种水平,提供理论依据。猪血型研究在国外发展很快,积累了大量的资料,本文简介于下: 一、血型基因频率的群体间差异很早以前,Borbet(1899)就根据血清沉淀反应,研究畜禽品种的类缘关系;稍后,Uhlenlwth(1900)、Nuttall(1902)、Glock(1917)也进行过类似的工作。     

基于高密度SNP标记重构猪多品种群体系谱

系谱是动物育种的重要信息来源,本研究旨在探究高密度SNP标记重构系谱在生产群体中的效果,填补使用高密度SNP信息重构多品种、大规模真实生产猪群的空白。本研究利用Illumina GeneSeek GGP Porcine 50K芯片对四川某猪场2017—2021年出生的1 471头曾祖代纯种杜洛克猪(n=986)和长白猪(n=485)进行分型,通过共祖片段法(common ancestor fragment method)分析上述两个品种群体内基因组亲缘关系,由此分别重构两品种群体系谱。同时选取有个体芯片分型信息及系谱记录的115头种猪,通过严格控制生产操作流程保证其系谱记录准确无误,用以评价准确性。结果表明,基于共祖片段法利用基因组信息可以同时推断多代次、品种混合的真实生产群体内个体对间的共祖片段分布情况及比例,且较状态相同片段(identical by state, IBS)能更准确的区分个体间亲缘关系,借此判断个体间亲缘关系并进一步推断家系结构。同时该方法在115头种猪的验证群体中共推断出702对亲缘关系,包括系谱记录的全部亲子关系对(n=184)、全同胞对(n=175)、半同胞关...     

利用线粒体DNA COI基因对滩羊种属鉴别的研究

为建立一种快速鉴别滩羊与其他种品种羊的方法,试验采用PCR和DNA测序的方法对5个绵羊品种线粒体COI基因进行检测。结果显示:滩羊与特克塞尔、萨福克、蒙古羊、小尾寒羊在品种间出现3个变异位点,分别是在136位点G/A和1 179位点的C/T以及1 395位点的C/A,均发生了转换。结果表明:在136、1 179、1 395bp 3处变异位点可以用于滩羊与其他绵羊种的鉴别。     

6个鹅种GH基因单核苷酸多态性检测及群体遗传分析

确定鹅GH基因编码区是否存在单核苷酸多态性,并分析其在不同品种群体中的频率分布,为进一步探讨该基因与鹅生产性能关系而奠定基础.以太湖鹅、扬州鹅、豁眼鹅、浙东白鹅、皖西白鹅和四川白鹅6个鹅品种为试验材料,根据鸭、鹅GH基因序列设计了3对引物,分别扩增第3、4、5外显子,用PCR-SSCP方法进行单核苷酸多态性分析,并对不同品种群体进行群体遗传学分析.结果在引物2扩增片段上共检测到3个基因型(HH、HI和II),经过克隆测序比较发现2个单碱基突变,均为沉默突变,分别为编码区的T291C、G297A.统计结果发现3种基因型在6个鹅品种间分布存在极显著的差异(P<0.01).所有品种均处于Hardy-weinberg平衡状态.群体遗传分析表明豁眼鹩杂舍度、有效等位基因数、多态信息含量最低,浙东白鹩最高;所有鹅种均处于中度多态.表明鹅GH基因不同品种中具有丰富的单核苷酸多态性,可以进一步作为候选基因来分析其与产肉性状的相关性.     

利用SNP标记估计西门塔尔牛亲缘关系系数的准确性

本研究旨在利用SNP标记估计西门塔尔牛亲缘关系系数,以期准确确定估计个体间亲缘关系系数所需的SNPs数量。研究以1 059头出生于2008-2012年的西门塔尔牛为试验群体,利用Illumina bovineHD(770k)芯片,根据最小等位基因频率(MAF)区间,分别选择100、500、1 000、1 500、2 000、2 500和3 000个SNPs用于个体间亲缘关系系数的估计。结果显示,随着标记数目的增多,估计的亲缘关系系数准确性逐渐增加。且当SNP标记数目达到2 500时,所估计的亲缘关系系数与利用所有标记估计的个体间亲缘关系系数差异不显著,二者相关系数达到0.89以上。同时,利用不同等位基因频率区间内标记估计的个体间亲缘关系系数差异不显著。由此可以看出,当所选标记数目达到2 500以上时,可以得到较高的亲缘关系系数估计准确性。本研究为基于SNP标记信息估计亲缘关系系数的进一步研究提供了理论基础,同时为西门塔尔牛群体个体间亲缘关系的研究提供依据。     

利用微卫星遗传标记估计金华猪个体间的亲缘关系

本研究采用微卫星标记多重扩增结合荧光标记检测技术,对金华猪Ⅰ系保种群中的120头猪的29个微卫星位点的基因型进行了检测,由检测结果可见,金华猪的基因纯合率较高,用SPSS软件对其中的72头金华猪个体间的亲缘关系进行聚类,在距离系数为8．147的水平上将这些猪聚成10大类。个体间的亲缘关系清楚可见,除个别猪外,与系谱资料的记录结果基本相符。根据聚类结果对5头系谱不明的猪进行了亲缘关系分析,结果是97-288与 98-104接近全同胞。23与784、99-542、K89等4头猪间的亲缘关系接近半同胞,302、382这两只猪间及与其他猪间几乎无亲缘关系。