圈养与散放、野生鸟类肠道菌群差异的Meta分析

圈养是濒危野生动物重引入的重要措施之一,为了阐明圈养与野生、散放与圈养条件下鸟类肠道菌群的差异,在Web of Science和CNKI数据库中检索已发表的中英文文献,提取肠道微生物群落数据并使用R(Meta)进行分析。结果表明:圈养与野生相比,鸟类肠道厚壁菌门(Firmicutes)的丰度显著增加,拟杆菌门(Bacteroidetes)和绿弯菌门(Chloroflexi)的丰度显著下降,梭菌属(Clostridium)、拟杆菌属(Bacteroides)和双歧杆菌属(Bifidobacterium)的丰度显著下降,而粪球菌属(Coprococcus)和布劳特氏菌属(Blautia)的丰度显著增加;散放与圈养相比,鸟类肠道拟杆菌门和放线菌门(Actinobacteria)的丰度显著增加,Olsenella的丰度显著下降。圈养对鸟类肠道菌群组成产生影响,散放会减轻一部分圈养的影响使其更接近野生鸟类。     

野生和室内饲养高原鼠兔肠道菌群多样性的比较

肠道微生物在宿主的生理活动、免疫调节以及健康方面均有重要的作用。尽管已有报道表明高原鼠兔肠道菌群和食物、环境有关,但对于野生和室内饲养条件下,取食不同食物的高原鼠兔肠道菌群是否存在差异尚不清楚。本研究利用16S rRNA基因高通量测序技术比较夏季野生和室内饲养高原鼠兔的肠道菌群发现,与野生鼠兔相比,室内鼠兔有更高丰度的拟杆菌门(Bacteroidetes)和螺旋体门(Spirochetes),更低丰度的变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)。野生和室内饲养的鼠兔肠道共有的操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)有50.1%是重叠的,而49.9%的OTUs是各自特有的。野生和室内饲养肠道菌群的组成和群落结构(β多样性)有显著性差异。因此,室内饲养鼠兔不能有效反映野生状态下高原鼠兔肠道菌群的情况。     

肠道微生物群变异调节膳食纤维对宿主代谢的影响

人们普遍认为,食用可发酵纤维可以改善机体代谢并维持健康。部分原因是通过促进互惠微生物和增加远端肠道中有益代谢物的产生来实现。然而,在人上的研究报告称,在食用相同纤维的个体中,观察到的益处存在差异。有几个因素可能导致了这种变异,包括宿主遗传和肠道微生物的差异。我们假设,肠道微生物对膳食纤维的代谢是调节膳食纤维影响宿主的一个重要的差异因子。我们采用了具有相同遗传背景的小鼠,使他们接受两个不同的复杂肠道微生物群落,同时暴露在四种等热量的饮食中。配方中分别含有不同的纤维来源:(Ⅰ)纤维素,(Ⅱ)菊粉,(Ⅲ)果胶,(Ⅳ)5种可发酵纤维(混合纤维)。肠道微生物组分析表明,每一个移植的群落都保留了一个核心的共同分类群,使其区别于其他群落。但在不同的饮食处理中,每一个群落的丰富度和细菌分类群的丰富度都有所不同。宿主表观遗传学、转录和代谢组学分析揭示了在这两个群落中定居的动物之间与饮食有关的差异,包括氨基酸和脂质途径的变化,这些变化与不同的健康结果相关。本研究表明肠道微生物菌群的个体间差异与膳食纤维对宿主代谢表型的不同影响有因果关系,并表明一刀切补充纤维以促进健康的方法不太可能在个体之间引起一致的影响。总体而言,提出的结果强调了微生物-饮食相互作用对宿主代谢的重要性,并表明肠道微生物调节膳食纤维的功效。     

云南圈养亚洲象肠道菌群特征初探

为揭示云南亚洲象的肠道微生物组成以及两地不同圈养方式对其肠道微生物的影响,于2022年9—11月采集昆明市圆通山动物园（采用圈舍、纯人工饲养模式,n=2）和西双版纳勐海县勐阿镇管护站（采用自然地圈养模式,偶有人工投喂,n=3）的5头亚洲象粪便,提取DNA后,利用16S rDNA V3—V4区扩增子进行测序和分析。结果表明,从亚洲象粪便样本中共获得611 857条有效序列,聚类产生2 485个操作分类单元（OTU）,分属20个门和173个属,厚壁菌门和拟杆菌门是所有亚洲象粪便样本中的优势菌门,毛螺菌科、瘤胃球菌科、F082、Rikenellaceae为优势菌科。Ace指数（t=4.831,P=0.021）和Chao1指数（t=3.96,P=0.32）分析结果表明,勐海亚洲象粪便的菌群丰度显著高于圆通山组（P <0.05）;不同地区生活的亚洲象的粪便菌群结构和功能有所不同。综上,两地亚洲象的肠道菌群有一定的共性,同时也存在明显的差异。说明不同生活环境会导致亚洲象肠道的微生物菌群差异,野生模式的圈养方式会使亚洲象肠道微生物群落更加丰富。     

圈养与野外近人环境猕猴肠道菌群的比较分析

通过对来自北京动物园10只圈养猕猴（Macaca mulatta）和来自河南济源五龙口风景区10只处于野外近人环境中的猕猴的粪便微生物进行鸟枪法测序,分析两种不同环境下猕猴的肠道菌群组成和差异。结果表明：20份样品共检测出9个门、18个纲、22个目、31个科、46个属和226个种。通过分析发现,圈养和野外近人环境群体共享了绝大部分细菌（200种）,但是近人环境群体相比于圈养群体,独有更多种类的微生物。圈养猕猴肠道微生物主要由厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和绿弯菌门（Chloroflexi）组成。处于野外近人环境中的猕猴肠道微生物主要由厚壁菌门、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门组成。圈养猕猴和近人猕猴属水平上的肠道微生物结构存在显著差异（p=0.001）。圈养猕猴和野外近人环境猕猴肠道菌群组成的多样性与差异,可为猕猴的圈养以及景区野生动物管理提供指导和理论基础。     

环境温度对动物肠道微生物菌群影响的研究进展

温度是一个重要的非生物环境变量,能够驱动动物谱系的适应轨迹和动物群落的组成。环境温度作为影响动物肠道微生物菌群变化的众多因素之一,能够影响肠道微生物菌群的组成及丰度,进而调控宿主生长、发育、繁殖、免疫等生物学过程及功能。动物肠道核心菌群的组成及其代谢产物在不同温度下存在显著差异,在单胃动物、反刍动物等中都有相应的报道。极端温度主要通过诱导肠道微生物菌群产生结构和功能上的差异,进而对宿主表型产生影响。目前,对于温度如何影响动物肠道菌群的了解仍非常有限。本文针对不同环境温度条件下,肠道微生物菌群结构和功能的差异及相关研究进行了总结及综述。探讨由环境温度引起的肠道微生物菌群与宿主适应机制之间的关系,包括对宿主产热机制、消化系统和免疫系统等其他方面的影响并开展研究,将为肠道微生物对宿主健康的调节提供参考和思路。     

大熊猫粪便菌群ERIC-PCR指纹图谱的分析及优势菌群的鉴定

探讨1只野生大熊猫和不同年龄段圈养大熊猫粪便菌群的多样性和相似性,并鉴定野生大熊猫圈养之后,其粪便中的优势菌群.对来自3个年龄段9只(3只亚成体、3只成年体、3只老年体)圈养大熊猫及1只野生大熊猫圈养前、后的11份粪便细菌的DNA进行ERIC-PCR指纹图谱分析,并利用16S rRNA基因序列分析对优势菌条带进行鉴定.结果显示:该只野生大熊猫粪便菌群多样性比圈养大熊猫丰富;圈养大熊猫粪便菌群多样性:成年体＞亚成体＞老年体;16s rRNA和ERIC-PCR指纹图谱优势条带鉴定的优势菌结果有差异性.结果表明:大熊猫的肠道菌群多样性易受生长环境、年龄因素的影响;其次, 不同年龄段的圈养大熊猫,其肠道菌群的相似性与年龄因素不相关;利用ERIC-PCR指纹图谱优势条带鉴定优势菌的方法有一定的局限性.     

鸡肠道微生物组成及其影响因素

鸡的消化道内定植着数量庞大且种类丰富的微生物群落,其在饲料消化、营养物质吸收和肠道稳态维持等诸多方面发挥着重要作用。越来越多的研究表明,肠道微生物是一个动态发育的过程,并且不同区段之间的微生物多样性和群落组成也存在一定的差异。深入了解鸡肠道微生物群落的定植发育及其影响因素,将为制定相关措施合理调控肠道菌群、提高鸡生产性能奠定重要理论基础。因此,文章综述鸡肠道微生物的早期定植和演替规律,简述鸡消化道微生物的空间差异,并重点介绍各遗传因素和环境因素对鸡肠道微生物的影响及主要研究进展,以期为肠道微生物功能发掘、调控及其与宿主互作机制相关研究提供借鉴和参考。     

不同日龄家兔肠道微生物群落结构

采用Miseq2×300测序平台对29,45,60日龄3个阶段的断奶幼兔,共30个粪便样品中的菌群16S rDNA V3和V4可变区进行了高通量测序和分析。结果显示:在不同的日龄间ACE指数和Chao1指数差异显著(P<0.05),Shannon指数和Simpson指数差异不显著(P>0.05),说明随着日龄的增大断奶兔肠道中的微生物群落丰度大量增加,但是菌群多样性并没有显著增加,表明在幼兔断奶时肠道微生物已经完成了定植。在门水平上,肠道微生物群落主要由厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、疣微菌门和放线菌门组成,其中变形菌门、拟杆菌门和疣微菌门在幼兔的生长过程中丰度有显著性变化。聚类热图的结果显示断奶幼兔肠道微生物群落结构的变化是随着日龄的变化而逐渐变化。     

末端限制性片段长度多态性分析技术在鸭肠道微生物群落结构研究中的应用

本研究采用T-RFLP技术，基于末端限制性片段长度多态性分析，对鸭肠道微生物群落结构进行研究。结果表明，鸭肠道微生物群落具有较高的多样性和复杂性，其中包括了多种细菌和古菌。同时，不同饲养模式和饲料类型对鸭肠道微生物群落结构有一定影响，但这种影响并不明显。此外，本研究还发现鸭肠道微生物群落中存在着一些特定的菌群，这些菌群可能对鸭的生长和健康状态有一定的影响。本研究为深入了解鸭肠道微生物群落结构及其功能提供了重要参考。     

家禽肠道微生物稳定性影响因素及其生理功能研究进展

家禽肠道微生物可以参与宿主食物消化与营养吸收,刺激免疫系统的发育和成熟,抵抗病原菌。家禽肠道微生物易受到诸多因素的影响(遗传、环境、饮食与添加剂、日龄等)。维持肠道微生物群落状况与多样性是保证其发挥正常生理功能的前提。在前人研究的基础上,本文旨在概述家禽肠道微生物的优势菌群及其生理功能,并总结影响家禽肠道微生物组成的主要因素,以期为家禽肠道微生物的研究及家禽领域的遗传育种研究提供新思路。     

猪不同生长阶段肠道微生物组的变化及其影响因素

肠道是机体重要的消化与免疫器官,维持肠道健康对猪的生长发育和疾病预防具有十分重要的意义。高通量测序技术的发展极大地促进了人们对肠道微生物功能的认知,猪肠道微生物组的研究正逐步成为热点。目前,尽管对某一生长阶段猪的肠道微生物组已有较为深入的理解,但仍缺乏有关商品猪整个生命周期范围内肠道微生物组动态变化的全面纵向研究。而从出生到出栏,猪在整个生长周期内的肠道微生物组并不是一成不变的,是一个动态的发育过程。作者综述了猪哺乳期、断奶期、育肥期和妊娠期等从出生到育肥过程中不同阶段肠道微生物组的纵向变化及其主要影响因素：一方面,肠道微生物群落结构的显著变化主要发生在断奶期;另一方面,虽然肠道微生物组成随着时间始终在不断变化,但仍有一部分优势菌是一直存在的,这部分优势菌被称为核心菌群,而只在特定时期才出现的菌只是胃肠道中的"过客",也最易受外界因素影响。肠道微生物组与多种因素相关,如年龄、饮食、环境、抗生素使用等,其中饮食对塑造肠道微生物起到至关重要的作用。本文可为理解猪在不同生长发育阶段肠道微生物的动态变化规律及改善猪生长性能和健康水平的微生物技术手段提供理论参考。     

全球霉菌毒素的分布及其影响

1 影响鸡群肠道健康的因素 影响鸡群肠道健康的因素有以下方面:①新生雏鸡胃肠道缺乏微生物菌群;②研究表明仅有1～10种沙门氏菌可以寄居在新生雏鸡体内;③胃肠道微生物菌群建立时,有1 000～10 000沙门氏菌定植.     

肠道菌群对动物免疫系统早期发育的影响

肠道是动物机体最大的免疫器官,肠道菌群是定植在肠道内的微生物群落。最早定植在动物体内的细菌源于动物在环境中随机接触的第一类细菌,并结合其他环境因素影响后续微生物种类的进入。微生物与免疫的互作在免疫系统的早期发育中起着重要作用,一旦中断将导致潜在、持久的免疫异常,所以微生物的早期定植有助于提高机体的免疫力。本文主要综述了肠道菌群对畜禽免疫系统早期发育的影响,探讨在养殖业中如何促进畜禽健康、提高生产成绩。     

肠道共生微生物群落与家禽健康

作者综述了肠道微生物群落的产生、共生微生物群落与消化功能的关系、肠道微生物对抵抗外部病原体的作用，以及饲料中添加益生素对肠道微生物群落的调节作用。鸡肠道微生物随着年龄的增长而变得复杂，菌群的建立受饲料和鸡本身因素的影响。饲料益生素有利于肠道有益微生物生长的物质或者本身增加肠道有益微生物的数量，促进鸡的健康。肠道共生微生物通过竞争性排斥，对防止病原菌在肠道内的繁殖起着重要作用。     

益生元与鸡肠道微生物的关系和研究进展

益生元是非消化饲料原料由特定的肠道微生物菌群代谢为宿主提供能量,并通过调节肠道微生物菌群防止病原体黏附宿主细胞来影响肠道健康。对鸡只肠道微生物菌群和益生元调节肠道微生物菌群和免疫功能的研究现状进行综述,以便我们更好地了解家禽肠道微生物菌群,对动物健康和生产能力的提高提供理论指导。     

阿拉善马鹿冬季肠道菌群组成的性别差异

肠道菌群对于动物消化及健康有着至关重要的作用,但在性别差异上的研究仍然有限。本研究通过高通量测序技术对贺兰山阿拉善马鹿(Cervus elaphus alashanicus)的20个粪便样本进行多样性分析,雌雄各半,并讨论性别因素对肠道菌群的影响。结果表明,阿拉善马鹿雌雄肠道菌群的多样性及结构均存在差异,且雌性肠道菌群的多样性更高。菌群构成的门水平上,雄性肠道菌群的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes 49.47%)和疣微菌门(Verrucomicrobia 14.21%),雌性肠道优势菌门为厚壁菌门(54.47%)和变形菌门(Proteobacteria 54.41%)。在属水平上,雌雄肠道菌群的优势菌属都为孢杆菌属(Sporobacter),含量为(雌性:6.79%,雄性:7.97%),拟杆菌属(Bacteroides),含量为(雌性:3.87%,雄性:4.42%),NMDS分析及LEfSe分析表明,性别因素对阿拉善马鹿雌雄肠道菌群的影响存在显著差异(P<0.05)。本研究表明性别因素对阿拉善马鹿冬季肠道菌群的多样性及构成存在影响,可为深入研究性别因素对阿拉善马鹿肠道菌群的影响提供依据。     

腹泻羔羊与健康羔羊肠道微生物群落分析

羔羊腹泻与其肠道菌群的种类及比例密切关系。为了探索肠道菌群结构在腹泻病程的变化,采集同样饲养条件下20份1月龄~3月龄滩寒杂交羊粪便样本,通过Miseq测序技术并结合多变量统计学方法检测细菌16SrRNA基因V4-V5区的多样性,通过数据分析,比较了腹泻羊粪便与正常羊粪便中微生物的类别及数量。从门的水平分析,腹泻羔羊肠道中变形菌门显著高于健康羔羊。发现拟杆菌门、蓝细菌门、黏胶球形菌门和无壁细菌门在腹泻羔羊中的含量显著低于健康羔羊。从科水平分析2个样本优势菌具有显著差异,其中腹泻羔羊肠道放线菌乳杆菌科显著高于健康羔羊,而瘤胃球菌科显著低于健康羔羊。非优势菌也存在显著差异,如拟杆菌科、柔膜菌科和理研菌科。比较了滩寒杂交羊健康羔羊及腹泻羔羊肠道微生物的差异,发现其微生物丰度及优势微生物都具有显著的差异,因此,腹泻羔羊中的肠道微生物差异可能是羔羊腹泻的重要因素之一,研究结果为羔羊腹泻的研究及治疗提供了理论依据。     

肠道微生物与宿主膳食蛋白代谢的影响

文章综述了肠道微生物对宿主膳食蛋白代谢的影响,并分析了在高蛋白饮食时,肠道微生物在蛋白质发酵、氨基酸发酵过程中,所产生的物质对宿主健康的影响,旨在研究膳食蛋白与肠道宿主健康之间的关系以及肠道菌群氨基酸与宿主健康的关系,从而能更好地规划饮食。     

野生和家养鸿雁(Anser cygnoides)中特有的肠道微生物群落结构的变化

鸿雁(Anser cygnoides)是目前中国几个省份中最受欢迎的经济型野生珍禽之一。然而,养殖的鸿雁在人工环境中饲喂天然和人工饲料,其与野生型相比繁殖率降低。肠道微生物可以在营养和能量代谢,免疫稳态和繁殖方面发挥重要作用,而目前我们对这个物种的肠道微生物群知之甚少。因此,本研究旨在通过16S r RNA测序比较野生和养殖的鸿雁肠道微生物中主要特征的差异。结果表明,两组中的主要微生物组分包括厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌属和放线菌门。这四个门的丰度在组间没有统计学差异。在属水平上,与野生组相比,饲养组中的梭菌丰度显著降低,同时SMB53、肠球菌和类芽孢杆菌的丰度增加。属水平特异性微生物的显著差异为鸿雁微生物学的进一步研究奠定了基础,同时为研究肠道菌群和家禽繁殖之间的关系提供宝贵数据。