基于SSR与AFLP指纹的4个鸡品种及其杂交后代的遗传特征分析

利用20对微卫星引物和6种AFLP引物组合对狄高黄鸡(T1、T2)、安卡红鸡(A)、石岐杂鸡(S)、隐性白羽鸡(D1、D2)4个鸡品种及其F1代、F2代计9个群体进行遗传特征分析,研究4个鸡种亲本间及其与F1代、F2代不同群体间的遗传关系.结果显示20个微卫星座位在9个鸡群体中共检测到126个等位基因,等位基因数最多达9个,最少为4个,获得的平均等位基因数为6.3个.9个群体平均杂合度在0.281～0.695之间,多态信息含量在0.245～0.664之间;亲本4个品种6个群体平均杂合度在0.281～0.391之间,多态信息含量在0.245～0.367之间;F1代与F2代的平均杂合度在0.601～0.695之间,多态信息含量在0.553～0.664之间;4个亲本之间的遗传距离为0.4882～0.6230,亲本与F1代的遗传距离在0.1238～0.1714,亲本与F2代的遗传距离在0.2631～0.3104, F1与F2的遗传距离为0.1322和0.1442;6种AFLP引物组合在9个鸡群体中检测到了数量不等的特异性条带,其中F2最多,为5条,亲本隐性白羽鸡最少,为1条.表明分子遗传检测结果与鸡品种(群体)的选育状况基本一致,为预测品种(系)之间的杂种优势,配套系的培育提供了科学依据,同时为从分子水平鉴定鸡品种奠定了研究基础.     

奶山羊经济性状分子标记研究进展

本文综述了采用RAPD、微卫星、PCR-RFLP、RMAPD、PCR-SSCP等技术分析奶山羊重要经济性状分子标记的研究进展,这些研究为奶山羊经济性状的高效选育、遗传资源的改良、开发和标记辅助选择的利用提供了理论依据。     

紫花苜蓿杂交后代遗传变异的AFLP分析

利用扩增片段长度多态性(AFLP)标记对德钦苜蓿♀×Acrora♂杂交组合的杂交亲本与杂交F1代、F2代的遗传变异进行分析,结果如下:(1)36对引物中筛选出4对引物,共检测到199个扩增片段,其中,有172个多态性位点,多态性位点比率为90.5%,可以用于杂种后代遗传变异分析;(2)与杂交亲本比较,杂交F1和杂交F2代的Nei基因多样性指数(H)、Shannon多样性信息指数和有效等位基因数(Ne)发生了显著的变化,遗传多样性增大,杂交F2代遗传变异程度最高,说明F2代发生了较大的性状分离;(3)杂交后代的基因分化系数(Gst)为0.218,基因流(Nm)为0.874,表明杂交子代出现了较高的遗传分化;(4)杂交亲本及杂交后代遗传距离分布在0.128～0.284,其中,F1代与亲本的遗传距离最小,为0.128,而F2代与亲本之间的遗传距离最大,为0.284。表明F1群体变异较小,F2群变异较大。依据Nei′s遗传距离系统树图可以看出,在杂交子代中,F1代群体与亲本的系统发育关系更为接近。     

TGFβ3基因多态位点及其与猪脊椎数性状的关联分析

本研究旨在探索转化生长因子β3(transforming growth factor beta 3,TGFβ3)基因在大白猪×民猪构建的F2代资源群体内的多态性,并分析其多态性与猪脊椎数性状的关系。试验采用PCR技术,以F0代个体的DNA为模板,筛选TGFβ3基因外显子区的SNP,并将筛选到的SNP在F2代群体中进行验证,进而分析SNP与猪脊椎数性状的关联性。结果发现,TGFβ3基因在F0代个体中仅筛选到1个SNP位点,即SSC7:105179474GA,表现为两种基因型GG和GA。TGFβ3基因不同基因型与F2代个体脊椎数性状的关联分析表明,SSC7:105179474GA与猪肋骨数、胸腰椎数之和呈极显著相关(P0.01),与猪腰椎数无显著相关(P0.05)。χ2适合性检验发现,该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。综上所述,TGFβ3基因可能是影响猪脊椎数性状的主效基因或与主效基因连锁,SSC7:105179474GA位点有望作为提高猪脊椎数性状的分子遗传标记。     

MUC13基因第2内含子插入/缺失突变对基因表达和经济性状的影响

研究报道MUC13基因第2内含子的插入/缺失突变与ETEC F4导致的仔猪腹泻病密切相关,但该突变位点是否会对基因表达和经济性状(如一般抗病力、生产性状及繁殖性能等)造成影响还有待评估。本试验通过PCR方法检测大白猪群体中该突变位点的多态性,并分析其对大白猪MUC13基因mRNA表达水平、部分重要细胞因子水平(IL-1β、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、IFN-γ、TGF-β及TNF-α)、生产性状及繁殖性能的影响,以探究将该位点作为抗性遗传标记应用于抗病育种实践的可行性。结果表明:该位点在大白猪群体中存在3种基因型;不同基因型个体间组织mRNA表达水平、重要细胞因子水平、生产性状及1~4胎繁殖性能(总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数)差异均不显著(P0.05)。综上所述,将MUC13基因第2内含子插入/缺失突变作为大白猪抗性遗传标记进行分子选育时,不会对机体基因表达和重要经济性状造成显著影响。本研究为将该突变位点作为大白猪抗仔猪腹泻分子选育遗传标记的可靠性提供了一定的理论依据。     

应用REML方法评估蛋鸡哈氏单位遗传参数

试验旨在评估蛋鸡群体哈氏单位遗传潜力,比较分析不同动物模型获得的遗传参数、育种值排序。以东乡绿壳蛋鸡与白莱航鸡构建F2资源群体,采集哈氏单位数据18 401条,应用约束最大似然法(REML)解析方差参数、遗传力和遗传相关系数。结果表明:蛋鸡资源群体32～60周龄哈氏单位遗传力为0.14～0.30;遗传相关系数为0.54～0.96,表型相关系数为0.16～0.38;多性状动物模型与单性状动物模型预测的育种值排序相关系数较低。结果显示蛋鸡选育群体哈氏单位遗传力属于中等偏下,若想获取遗传进展需要长期选择;多性状动物模型能够获得性状间遗传相关信息,估计的遗传参数误差较小,提示选育哈氏单位时宜选择多性状动物模型。     

家鸡豆冠基因定位的研究

构建家鸡1号染色体短臂部分连锁图谱及豆冠冠型基因的定位。通过测交选择豆冠冠型基因型纯合的2只吐鲁番斗鸡(♂)和6只玫瑰冠鸡(♀)为亲本,采用F2代试验设计建立F2代494只,依据己公布的家鸡遗传连锁图谱,分别在1号染色体上筛选了13对微卫星标记,运用MapMaker/EXP 3.0和MapDraw 2.1软件绘制遗传连锁图谱,并结合记录的表型性状值对冠型性状进行定位分析。经卡方检验F2代冠型符合9∶3∶3∶1的遗传定律。在连锁分析中除MCW0007位外,其余12个微卫星座位在试验群体中均表现较高的基因杂合度和多态信息含量。对冠型性状进行初步的分析,结果显示,MCW0428、ADL0319、LEI0174和MCW0058标记位点LOD值＞3,表明这4个微卫星位点与豆冠冠型基因存在连锁关系,其中LEI0174与豆冠基因遗传距离最近为0.12 cM。     

青稞籽粒饲草性状遗传特征

为了解青稞(Hordeum vulgare var.nudum Hook.f.)的饲草性状的遗传特征并选育具有优质饲草品质和高产的青稞新品种,对60份来源于中国青藏高原的青稞籽粒饲草性状进行研究,利用TASSEL软件的混合线性模型对其进行非条件和条件关联分析,同时结合分离群体群分离法对影响籽粒饲草性状的分子标记进行检测。结果表明,青稞品种间存在丰富的籽粒饲草性状变异;群体结构分析显示该群体可以分成3个亚群,群体的分类结果与品种的来源地有密切的相关性;在非条件关联分析中共发现23个SRAP分子标记和籽粒饲草品质性状(包括粗蛋白含量、淀粉含量、灰分含量)显著关联,而在条件关联分析中20和24个SRAP分子标记分别和籽粒粗蛋白含量、淀粉含量显著关联。同时利用分离群体群分离法,检测到37个SRAP标记与籽粒的饲草性状相关,其中2个影响籽粒粗蛋白含量,4个影响淀粉含量SRAP标记在非条件关联分析中检测到。该研究结果为青稞的籽粒饲草品质性状的改良和高产优质饲草青稞育种提供依据。     

雪峰乌骨鸡外观性状相关突变的鉴定以及频率分布

为了更好地利用雪峰乌骨鸡,本文分析了雪峰乌骨鸡群体的隐性白羽等位基因(C,TYR)、显性白羽等位基因(I,PMEL)、扩展等位基因(e,MC1R)、乌肤等位基因(FM,EDN3)、绿壳蛋等位基因(O,SLCO1B3)、羽速等位基因(K,PRLR)的基因型分布情况。结果显示雪峰乌骨鸡群体主要是快羽类型的品种,其中白色羽雪峰乌骨鸡群体中存在隐性白羽和显性白羽两种突变类型。雪峰乌骨鸡乌肤性状的形成与丝羽乌骨鸡的遗传基础一致,绿壳蛋性状的形成同样是由于EAV-HP的插入导致,但是其插入位置与前人研究结果稍有不同。上述结果为雪峰乌骨鸡相关性状的分子标记辅助选育提供了基础,可以加速雪峰乌骨鸡上述性状的选育进程。     

基于高通量测序技术挖掘分子遗传标记及其在蛋鸡生产中的精准应用

高通量测序技术是研究物种复杂生物性状遗传机制的基础,随着高通量测序技术的不断优化提升,一些与生物表型性状密切相关的基因组变异被精准地挖掘出来,其中包括单核苷酸多态位点(SNP)、小片段的插入或缺失(Indel)、拷贝数变异(CNV)以及结构变异(SV)为代表的分子标记。与传统遗传标记相比较,分子遗传标记具有多态性高、遍布整个基因组、检测手段简单快捷以及成本低廉的特点。通过检测覆盖全基因组范围内的分子标记,利用基因组水平的遗传信息对个体或群体遗传资源进行评估,能够缩短世代间隔、提高选种的准确性,进而在短期内取得较大的遗传进展。作者从高通量测序技术挖掘分子遗传标记角度入手,综述了三代测序技术发展历程和应用领域以及三代分子遗传标记检测技术在蛋鸡种业创新中的应用,并详细阐述了高通量测序技术与分子遗传标记相结合在蛋鸡群体遗传多样性及进化分类、群体遗传图谱的构建和功能基因定位、数量性状形成的遗传机制解析和质量性状形成的遗传机制解析等4个方面的精准应用,以期为蛋鸡基因组选择进入实质应用阶段提供科学依据和指导。     

β-catenin基因26 bp插入/缺失对陕北白绒山羊生长性状的遗传效应分析

旨在研究β-连环蛋白(CTNNB1)基因上的多态性位点,并与陕北白绒山羊生长性状进行关联分析,寻找与生长性状相关的遗传标记,为山羊高生产力的标记辅助选择提供科学依据。以陕北白绒山羊(n=848)为研究对象,PCR大样本扩增检测β-catenin基因的插入/缺失(InDel)突变,并评估该位点与生长性状的相关性。结果发现,在848只陕北白绒山羊中β-catenin基因的第10内含子上存在一个26bp InDel的位点;该群体中共出现3种基因型,分别为II、ID和DD。关联性分析结果表明,该突变位点与陕北白绒山羊胸深显著相关(P<0.05),其中杂合型ID为优势基因型。因此,β-catenin基因可作为陕北白绒山羊生长性状选育的候选基因,为陕北白绒山羊选育工作提供理论依据。     

鸡F_2群体的蛋品质性状与4号染色体微卫星标记的关联分析

从鸡的4号染色体上选取6个与蛋品质性状相关的微卫星标记,对以中国泰和丝羽乌骨鸡与农大褐为亲本建立的CAU-BC F_2资源群体373只鸡进行了遗传检测,计算出这些微卫星标记座位的等位基因频率、多态信息含量、群体杂合度。通过统计软件,对各蛋品质性状与各标记间进行了关联分析,筛选出了与蛋重、蛋壳重、蛋黄颜色和蛋白重有关的分子遗传标记。结果表明:标记ADL0317与蛋重、蛋黄颜色和蛋白重呈极显著相关(P<0.01);标记LEI0094和标记LEI0063分别与蛋壳重和蛋黄颜色呈极显著相关(P<0.01)。本研究结果为蛋重、蛋壳重、蛋黄颜色和蛋白重的QTL定位和标记辅助选择提供理论依据。     

鸭胸肌肉色性状全基因组关联分析

试验旨在利用全基因组关联分析(GWAS)定位影响鸭胸肌肉色性状的候选基因及分子标记,探究肉色性状的遗传基础。本研究中,共测定了555只北京鸭×野鸭F2代资源群体的3种胸肌肉色性状(包括红度a~*、黄度b~*、亮度L~*)。利用北京鸭×野鸭F2代资源群体胸肌肉色性状数据并结合全基因组重测序数据进行全基因组关联分析,检测影响胸肌肉色性状的相关基因及可能的因果变异位点。结果显示,肌肉亮度L~*、红度a~*、黄度b~*均属于低遗传力性状,遗传力分别为0.23、0.12、0.13,且肌肉黄度b~*变异系数较大(26.18%)。通过相关性分析可知,肌肉黄度与红度存在较强正表型相关(r=0.52),肌纤维直径与肌肉黄度存在弱负相关性(r=-0.16)。利用混合线性模型进行GWAS,发现了1个SNP与肌肉黄度b~*潜在显著关联(-log_(10)P=8.28)。对最高效应SNP进行连锁不平衡检验,发现42个SNPs与最高点SNP存在高相关性(r~20.4),这些SNPs位于9号染色体0.37～0.43 Mb之间,区间中共包含7个基因。通过转录组测序数据分析,发现只有5个基因在胸肌组织中表达。对这5个基因进行功能注释,确定硒蛋白T(SELENOT)基因为影响肌肉黄度的候选基因。该结果为解析鸭胸肌肉色性状和提高鸭肉品质的遗传改良提供重要参考。     

基于线粒体控制区的鸡不同杂交组合遗传多样性研究

旨在探讨鸡不同杂交组合线粒体控制区（mtDNA D-loop区）的遗传多样性和单倍型特性。选取固始鸡和隐性白羽鸡及其正、反交F1代、藏鸡以及F2代等6个群体共387个个体的mtDNA D-loop区进行测序,分析其遗传规律和单倍型特性,并与不同红色原鸡亚种进行聚类,分析其母系起源。结果显示,6个群体D-loop区全序列大小为1 231 bp,共检测到28个多态位点和1个C碱基缺失,共构成19种单倍型,分为A、B、C和E 4个单倍型群,其中,固始鸡和反交F1代主要为A、C单倍型,固始鸡A、C单倍型比例分别为53.42%和46.58%,反交F1代A、C单倍型比例分别为50.75%和49.25%;隐性白羽鸡、正交F1代和F2代优势单倍型均为E单倍型,占比分别为48.89%、48.84%和50.00%。6个鸡群体单倍型多样度（Hd）在0.496~0.729之间,核苷酸多样度（Pi）在0.003 40~0.005 41之间,Hd值和Pi值最大的均为正交F1代,其次为隐性白羽鸡和F2代,固始鸡和反交F1代群体遗传多样性接近。聚类分析显示,A、B单倍型群与滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型群与印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与印度亚种、指名亚种、印尼亚种以及滇南亚种聚为一枝。结果提示,mtDNA D-loop区遵循严格的母系遗传,后代的遗传多样性和单倍型比例与其母本基本一致;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,且主要起源于原鸡滇南亚种。     

不同性状蜂群群势增殖和蜂蜜产量比较研究

为了弄清不同性状蜂群群势的增殖效果和蜂蜜产量。从2014年2月14日到5月21日用测子框对美意为父本与蜜浆高产为母本F1代蜂群和蜜粉高产F1代蜂群、东北黑蜂F1代蜂群测定群势,比较蜂蜜产量。结果表明:3个不同性状蜂群在卵虫、蛹和成蜂脾数上增殖明显,但三者之间增殖情况差异不显著(p0.05)。东北黑蜂F1代蜂群产量较高,显著高于蜜粉高产F1代蜂群(P=0.039),但美意为父本与蜜浆高产为母本F1代蜂群和蜜粉高产F1代蜂群之间差异不显著(P=0.460)。由此可知3种不同性状的蜂群增殖较明显,但东北黑蜂在生产蜂蜜时有着不对称优势,结果可为蜜蜂育种提供理论依据。     

多叶型和三叶型苜蓿杂交F1代遗传关系的SSR分析

为了分析苜蓿(Medicago sativa)多叶性状的遗传规律,以及多叶苜蓿和三叶苜蓿杂交F1代性状分离特性和群体结构特点,本试验以淮阴苜蓿和多叶苜蓿品系PL34HQ为亲本,人工杂交获得F1群体。对F1群体180株苜蓿材料进行农艺性状和经济性状的差异分析,并从分子水平上进行遗传多样性和群体结构的分析。结果表明,F1群体春季多叶率达到91.11%,单株多叶率最高为93.33%,最低1.64%,平均为39.8%,春秋季节的群体多叶率高于夏冬季节;F1群体中紫色茎、绿色茎和紫绿色茎的植株出现的比例近乎1:1:1,株型的分离比接近9:7:2。SSR标记共检测到79个等位变异,平均每对引物检测到4.16个,19对引物的平均多态性比率是61.58%。群体结构分析将F1分为4个类群,类群2的遗传多样性最高,其次是类群1和类群4,类群3的遗传多样性水平最低。     

柞蚕茧质性状的遗传效应与杂种优势分析

为了解柞蚕茧质性状的遗传规律和群体杂种优势的表现,对柞蚕3个品种采用完全双列杂交试验设计,利用加性-显性遗传模型(AD模型)和MINQUE(1)统计分析方法分析柞蚕茧质性状的遗传表现。结果表明:全茧量和茧层量同时受加性基因和显性基因的控制,茧层率则主要受显性基因的控制;遗传率的大小顺序为全茧量>茧层量>茧层率;3个茧质性状均表现为正向的群体平均优势,且F2代的优势减半;全茧量表现为负向的群体超亲优势,茧层量F1代的群体超亲优势不明显,F2代表现为负向的群体超亲优势,茧层率则表现为正向的群体超亲优势。3个供试柞蚕品种中,582的全茧量和茧层量具有较高的基因加性效应值,适合作为高全茧量和茧层量育种的杂交亲本。     

西北地区和尚头小麦遗传多样性及农艺性状的关联分析

为了解西北地区和尚头小麦种质资源的遗传特性及主要农艺性状特征,采用43份不同来源的和尚头小麦种质材料,在均匀分布于小麦21条染色体上的150个SSR(simple sequence repeats)位点上检测遗传多样性,同时对19个农艺性状在两个试验点进行表型鉴定,并采用GLM(general linear model)模型进行分子标记与表型性状的关联分析。结果表明,19个农艺性状中数量性状遗传多样性明显高于质量性状,除壳色外,其他性状之间均存在不同程度的相关性。利用45对具有多态性的SSR标记共检测出151个等位变异,各标记等位位点变化范围为2～6,平均为3.36个,PIC(polymorphism information content)值变异范围为0.044～0.771。群体遗传结构分析将43份材料划分为8个亚群。关联分析发现11个SSR标记与农艺性状显著关联,单个标记对表型变异的解释率为8.89%～24.74%,这些标记可为特色小麦分子标记辅助选择育种提供理论参考。     

西北地区和尚头小麦遗传多样性及农艺性状的关联分析

为了解西北地区和尚头小麦种质资源的遗传特性及主要农艺性状特征,采用43份不同来源的和尚头小麦种质材料,在均匀分布于小麦21条染色体上的150个SSR(simple sequence repeats)位点上检测遗传多样性,同时对19个农艺性状在两个试验点进行表型鉴定,并采用GLM(general linear model)模型进行分子标记与表型性状的关联分析。结果表明,19个农艺性状中数量性状遗传多样性明显高于质量性状,除壳色外,其他性状之间均存在不同程度的相关性。利用45对具有多态性的SSR标记共检测出151个等位变异,各标记等位位点变化范围为2～6,平均为3.36个,PIC(polymorphism information content)值变异范围为0.044～0.771。群体遗传结构分析将43份材料划分为8个亚群。关联分析发现11个SSR标记与农艺性状显著关联,单个标记对表型变异的解释率为8.89%～24.74%,这些标记可为特色小麦分子标记辅助选择育种提供理论参考。     

分子标记技术在兰州大尾羊育种中的应用及相关生长性状候选基因的研究进展

兰州大尾羊是我国特有的肉脂兼用型地方绵羊品种，也是珍贵的地方畜禽遗传资源，受诸多因素的影响，曾一度濒临灭绝。生长性状是绵羊重要的经济性状，通过分子标记辅助保种和选育是兰州大尾羊遗传资源保护和利用的有效技术手段。本文对兰州大尾羊分子标记辅助育种的研究进展以及与生长性状相关的候选基因MYLK4、MSTN、MTPN进行综述，以期为兰州大尾羊种质资源的保护和生长性能的提升提供参考。