分子标记在茶树种质资源遗传多样性分析中的应用研究

随着现代生物技术的发展,DNA分子标记技术在茶树研究领域的应用越来越多,本文综述了RFLP、RAPD、AFLP、SSR、ISSR在茶树种质资源遗传多样性分析中的应用现状,探讨了分子标记在茶树遗传多样性中应用存在的问题,并提出建议,为分子标记技术更好的应用于茶树种质资源遗传多样性提供参考。     

基于ISSR标记的韭菜种质资源遗传多样性初探

为深化韭菜种质资源遗传多样性研究,应用ISSR分子标记方法,进行韭菜资源遗传多样性和亲缘关系分析。筛选15条多态性好的ISSR引物,对36份韭菜种质资源建立起DNA指纹库,扩增指纹多态性比率达96.3%,是韭菜种质资源研究的一种有效分子标记;应用Nei-li相似系数法估算出36份材料间的遗传相似系数(genetic similarity)为0.60～0.82,遗传多样性比较丰富。可见,ISSR分子标记是进一步开展韭菜种质资源DNA指纹库构建与分子标记辅助育种技术研究的有效手段。     

利用ISSR分子标记分析44份红麻种质资源的遗传多样性

1材料与方法1．1材料征集并选取红麻材料44份,分别来自11个国家和地区,其中包括野生种及半野生种12份,栽培品种32份．品种来源及类型见表1。     

基于ISSR标记的杜鹃花种质资源遗传多样性分析

采用ISSR分子标记对25份杜鹃花种质的遗传多样性进行了分析。用筛选出的15条引物扩增得到210条多态性条带,多态性位点百分比为100%。杜鹃花在物种水平上表现出较高的遗传多样性,其Nei’s基因多样性指数为0.4096,Shannon’s多样性指数为0.5932,遗传相似系数为0.467~0.810。用NTSYS软件对样品进行UPGMA聚类分析,将25份杜鹃花样品聚为2大类群,其中睫毛萼杜鹃单独为一类,其他杜鹃样品为另一类。杜鹃花突变体‘胭脂蜜’与‘大鸳鸯锦’间的遗传相似系数最高。     

利用ISSR与SRAP分子标记分析金线莲种质资源遗传多样性

  目的  研究浙江与福建等地引种、杂交与野生的金线莲Anoectochilus roxburghii样品间遗传多样性和亲缘关系,为金线莲种质资源鉴定及优良新品种(系)选育提供科学依据。  方法  以48份新鲜金线莲叶片为材料,分别采用简单重复序列扩增多态性(ISSR)与序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记技术,各挑选11条(对)多态性好、扩增条带清晰的引物。经琼脂糖凝胶电泳成像后,统计其扩增条带数,运用NTSYS-PC 2.1和POPGENE 32软件进行非加权组平均法(UPGMA)聚类分析。  结果  ISSR分子标记技术共扩增出86条条带,其中多态性条带84条,多态位点百分率为97.67%;SRAP分子标记技术共扩增出88条条带,其中多态性条带86条,多态位点百分率为97.73%,ISSR和SRAP标记均表现出较高的多态性。不同样本间的遗传距离和遗传一致度表明:浙江省与福建省的金线莲种质混杂严重,而遗传多样性结果显示:福建省的金线莲种群遗传多样性更高。此外,基于ISSR和SRAP标记的UPGMA聚类结果显示:48份不同种源的金线莲依亲缘关系的远近可分为四大类,聚类的划分受到一定地域性的影响,但各地域的金线莲品种在这四大类中均互有混杂。  结论  金线莲在物种水平上遗传多样性较高,在各地区、各品种(系)间遗传交流频繁,ISSR与SRAP分子标记技术可以从分子水平上揭示浙江与福建等地金线莲的遗传多样性,且结合ISSR标记与SRAP标记的分析结果要优于单一的分子标记结果。图4表3参24     

基于ISSR标记的杜鹃花种质资源遗传多样性分析

采用ISSR分子标记对25份杜鹃花种质的遗传多样性进行了分析。用筛选出的15条引物扩增得到210条多态性条带,多态性位点百分比为100%。杜鹃花在物种水平上表现出较高的遗传多样性,其Nei’s基因多样性指数为0.4096,Shannon’s多样性指数为0.5932,遗传相似系数为0.467⁰.810。用NTSYS软件对样品进行UPGMA聚类分析,将25份杜鹃花样品聚为2大类群,其中睫毛萼杜鹃单独为一类,其他杜鹃样品为另一类。杜鹃花突变体‘胭脂蜜’与‘大鸳鸯锦’间的遗传相似系数最高。     

基于ISSR分子标记的广西香蕉种质资源遗传多样性分析

[目的]采用ISSR分子标记对13份广西收集引进和选育的香蕉种质资源进行遗传多样性分析,为广西香蕉品种改良及枯萎病抗性育种提供参考依据.[方法]从100条ISSR引物中筛选出多态性引物进行PCR扩增,利用PoPgen 1.32计算遗传多样性指数,DICE法计算遗传相似系数.利用非加权平均距离法(UPGMA)进行聚类分析.[结果]共筛选出8条扩增产物条带清晰、多态性好的ISSR引物,利用其从13份香蕉种质材料中扩增出234条条带,平均每条引物扩增出29.25条条带,其中多态性条带229条,多态性比率97.86%,平均观察等位基因数(Na)1.9786、有效等位基因数(Ne)1.4023、Shannon多样性信息指数(I)0.2603、Nei's基因多样性指数(H′)0.4135.13份香蕉种质材料的遗传相似系数为0.50~0.90,其中,巴贝多与GK1的遗传相似系数最小,为0.50,抗枯1号与抗枯5号的遗传相似系数最大,为0.90.在遗传相似系数0.59处可将13份香蕉种质资源聚成四大组,其中第Ⅱ组在相似系数0.74处被分为a和b亚组.在遗传相似系数0.90处可将13份香蕉种质材料完全区分开.[结论]广西香蕉种质资源的遗传多样性非常丰富.利用ISSR分子标记可将遗传背景及形态特征不同的香蕉种质资源进行有效分类,可用于香蕉种质资源分类、亲缘关系鉴定及辅助育种等研究.     

应用ISSR分子标记对茶树种质资源进行分子鉴定

ISSR标记是一种基于微卫星序列发展起来的十分有效的分子标记,已在植物种质鉴定和遗传多样性等方面广泛应用。本文采用ISSR分子标记法对分布于重庆、四川的14份茶树种质资源进行了分子鉴定,通过构建指纹图谱、特殊标记的存在或缺失和标记组合来可将它们区别开。结果显示ISSR分子标记在鉴定茶树种质资源方面非常快捷和有效。     

应用ISSR分子标记评价我国丝瓜种质资源遗传多样性

应用简单重复序列间扩增(ISSR)对73份丝瓜种质资源进行遗传多样性分析,从60条ISSR引物中筛选获得多态性引物15条,共扩增出99条DNA条带,平均每条引物扩增6.6条,多态性条带92条,非多态性条带7条,多态性比例在66.67%～100%,平均多态性比例为92.90%,种质间具有较高的遗传多样性,种质间遗传相似系数在0.454 5～0.959 6。通过UPGMA聚类分析可知,0.59为阈值时,分为2类,有棱丝瓜和普通丝瓜;0.66为阈值时,分为4类,分别是常山花斑普通丝瓜、绿色或淡绿色普通丝瓜、来源于浙西地区的短棍棒有棱丝瓜和来自两广地区的长棍棒有棱丝瓜。     

基于ISSR分子标记的44种山药种质资源遗传多样性分析

为探讨不同地区山药种质资源类型及遗传多样性亲缘关系,为山药品种选育、种质资源的保护利用提供参考。采用ISSR标记技术对44份山药种质资源进行遗传多样性及聚类分析。结果表明：从100条随机引物中筛选出8条随机引物,8条引物扩增获得的总谱带数为87条,多态性谱带数为87条,多态性谱带比例为100%。聚类分析将44份种质资源分成4个类群,从结果看ISSR标记技术聚类分析与植物分类学进行的基原分类结果基本一致,44份山药种质资源的遗传距离在0.0313～0.7216,以遗传距离为0.5618进行划分,可以将44份山药种质资源划分为5类,其中薯蓣与褐苞薯蓣亲缘关系最近,与山薯较远,与参薯距离最远。     

24份古荔枝种质资源ISSR遗传多样性分析

[目的]了解广西古荔枝种质资源的遗传多样性及其亲缘关系,为其种质资源利用和品种选育等提供参考.[方法]采用ISSR分子标记技术对24份古荔枝种质资源的遗传多性及亲缘关系进行分析.[结果]从100条ISSR引物中筛选出13条带形清晰、重复性好的引物,共扩增出96条条带,其中有43条为多态性条带,多态性比例为44.79%,平均每条引物扩增的条带数为7.4条.供试古荔枝种质资源间的遗传相似系数范围为0.43~1.00,平均相对遗传相似系数为0.61.UPGMA法聚类分析结果表明,在遗传相似系为0.66处供试的24份古荔枝种质资源被分为三大类群.类群Ⅰ均来自广西灵山县,类群Ⅱ来自广西桂平市、北流市、玉林市、灵山县和大新县,类群Ⅲ来自广西北流市和灵山县.[结论]24个广西古荔枝品种资源间的遗传基础宽,可作为今后荔枝杂交选育的优良种质资源.     

基于STR分型检测技术的89份茶树种质资源遗传多样性分析

【目的】正确评价茶树种质资源的遗传多样性,为有效保护和利用茶树种质资源奠定基础。【方法】利用10对STR引物,对来自中国华南、江南、江北和西南4大茶区的87份茶树种质,以及来自日本的"薮北种"及来源不详的"箫"茶树品种共计89份茶树种质进行遗传多样性和亲缘关系分析。【结果】10对STR引物共检测到124个等位位点,平均每个引物检测到等位位点12.4个,扩增位点期望杂合度的平均值高于观察杂合度的平均值。等位位点的观察杂合度平均为0.771 1,Shannon指数平均为1.978 0,多态信息含量平均为0.81。聚类结果表明,89份茶树种质资源遗传相似系数为0.77~0.98,平均为0.80,主要分成4个大类。【结论】89份茶树种质资源并未按地域严格分开,通过茶树种质资源所在不同茶区进行聚类分析发现,江北茶区茶资源与其他3大茶区亲缘关系较远。     

青花菜种质资源遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对来自国内外的33个青花菜(Brassica oleracea var. italica)材料进行遗传多样性研究。从100条通用ISSR引物中筛选出15条用于PCR扩增,共得到可重复的211条清晰谱带,其中多态性谱带180条,多态性条带比率(PPB)为8531%,平均Neis基因多样性指数与Shannons信息指数为0332 7和0487 7;材料间遗传距离范围为009～045,平均028;聚类分析表明,33份青花菜种质可分为4组,没有明显的地域分布规律。结果表明,ISSR标记可用于青花菜种质的分子鉴定;青花菜供试材料具有一定的遗传多样性。     

基于ISSR标记的不同体色瓯江彩鲤种质鉴定

应用ISSR分子标记技术对5种体色瓯江彩鲤(Cyprinus carpio var.color)("全红"、"粉玉"、"粉花"、"麻花"和"大花")进行遗传多样性分析,筛选出的14条引物在5种体色瓯江彩鲤中共检测到125个位点,多态位点比率达68%,有效等位基因数为1.479 3,期望杂合度为0.273 9,Shannon多样性指数为0.401 0;5种不同体色瓯江彩鲤间的平均遗传距离为0.342 4,NJ法和UPMGA法对它们进行聚类分析显示"粉玉"、"粉花"和"全红"为一支,"麻花"和"大花"为另一支。应用引物848扩增的3个多态性位点构建了这5种不同体色瓯江彩鲤的DNA指纹图谱,可为不同体色瓯江彩鲤种质鉴定提供快捷、准确的鉴定结果。     

陕西茶树种质资源表型性状的遗传多样性研究

对陕西安康市、汉中市12个地点的88份茶树种质资源主要表型性状的遗传多样性进行研究。结果表明,陕西茶树种质资源具有丰富的表型遗传多样性,不同茶树种质资源表型性状的差异较大,6个描述型表型性状(叶片大小、叶形、叶色、叶面隆起性、叶身及叶片着生状态)的遗传多样性指数在0.835 1~1.037 0之间,平均为0.972 8,以叶色最高,叶形最低;变异系数在20.85%~48.52%之间,平均为35.50%,以叶色最大,叶形最小。基于6个描述型表型性状将88份茶树资源聚为4类,无独立组存在,存在丰富的变异程度和遗传多样性。     

甘蔗种质遗传基础的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对96份甘蔗种质(39份祖亲种、57份栽培品种或品系)的遗传基础进行了分析.利用筛选出的7对多态性较强的引物,构建了甘蔗96份种质的ISSR指纹图谱,这7对引物组合共扩增出85条谱带,其多态性为100%.96份种质的遗传相似系数变化范围在0.459～0.918,平均0.656.聚类分析表明,随着相似系数结合线的不同,可分别将参试的甘蔗种质从属间(甘蔗属与斑茅种)、野生种(割手密种、大茎野生种、印度种、中国种)与栽培种(热带种)间、栽培种与杂交栽培品种(或品系)间区别开来.各祖亲种与杂交栽培品种(或品系)的遗传相似性由大到小依次为热带种、印度种和中国种、大茎野生种、云南割手密种,其他割手密种,斑茅.多数品种(品系)的ISSR聚类结果与系谱基本相符,某一品种常与其父代或其祖代的某一亲本聚在同一组中.     

不同类型甘薯品种遗传多样性的ISSR分析

为了丰富甘薯育成品种的遗传背景,筛选优良亲本,对来自全国各地的37份不同类型（鲜食型,淀粉型和兼用型等）的甘薯品种进行遗传多样性分析,选取的品种在薯皮、薯肉颜色方面有较大差异,采用ISSR分子标记对其多样性及亲缘关系进行分析。结果表明：100条引物中共筛选出19条ISSR多态性引物,共扩增出118条带,其中多态性条带115条,多态性位点频率为97.50%,供试甘薯品种的遗传距离介于0.04~0.36之间。台薯66和红东的遗传距离最近（0.04）,观赏型甘薯紫罗兰与花青素加工型徐紫薯8号聚为一类。花青素加工型与菜用型和水果型的遗传距离较远,分别为0.43和0.40,与观赏型遗传关系最近（0.08）;水果型与其他8种类型遗传距离较远,均大于0.30,而鲜食型与其他类型的遗传距离均较近。分析了不同类型甘薯品种的遗传关系,相对于形态学标记,ISSR能较好地区分37份甘薯种质资源,其聚类分析结果能更客观地反映不同甘薯类型之间的遗传关系,可为不同用途品种选育的亲本选配提供参考。     

利用ISSR标记对恩施州茶树种质资源亲缘关系鉴定的研究

为更好地收集、保存和研究茶树品种资源,从2008年开始应用ISSR分子标记技术,对恩施州茶树资源的亲缘关系和遗传多样性进行了研究。结果表明：采用CTAB法提取DNA,探索出茶树PCR扩增效果较好的反应体系及反应程序,筛选出28条左右多态性较高的ISSR引物,用类平均法进行聚类分析,得出供试品种遗传关系树状图。基于遗传相...     

应用ISSR技术分析苦瓜种质资源的多态性

运用ISSR分子标记,对48个苦瓜样品的遗传多样性进行研究。从96条随机引物中筛选出14条ISSR引物,共扩增出181条带,其中多态性谱带为113条,多态性比率为60.32%。聚类分析结果表明:48个苦瓜品种之间的遗传相似系数在0.685～0.865。