猫冠状病毒荧光RT-RAA检测方法的建立

根据猫冠状病毒(FCoV)7 b基因序列,设计引物及探针,建立了FCoV荧光RT-RAA检测方法.该方法能够在39℃恒温条件下,20 min内对病原进行快速检测,与猫疱疹病毒、猫杯状病毒、猫细小病毒均无交叉反应;对病毒核酸的最低检测限为1.97×101 fg/μL.用套式PCR与建立的荧光RT-RAA对30份疑似FCo...     

猪德尔塔冠状病毒重组聚合酶扩增检测方法的建立与应用

为了快速检测猪德尔塔冠状病毒(PDCoV),针对PDCoV N基因设计特异的引物,建立了猪德尔塔冠状病毒重组聚合酶扩增(RPA)方法。特异性试验中以PPRSV、PEDV、PKV、TGEV和FMDV为模板时均未产生任何条带,特异性较好。该检测方法的灵敏度为103 copies/μL,敏感性较好。用该方法检测194份仔猪腹泻样品,PDCoV阳性率为14.4%,较常规RT-PCR阳性率为11.9%更高。研究所建立的猪德尔塔冠状病毒RPA检测方法具有反应快速、操作简单、结果可靠、设备要求低等优点,可为基层简易实验室提供一种方便适用的快速检测方法。     

猪德尔塔冠状病毒荧光定量PCR检测方法的建立

根据GenBank登录的猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)毒株序列设计特异性引物,建立了检测PDCoV的实时荧光PCR方法。该方法在标准品浓度2.49×10~8~2.49×10~2 copies/μL范围内线性关系良好;特异性试验显示,其他几种常见猪病病毒未见典型扩增曲线;敏感性试验显示,最低检测下限为24.9 copies/μL;重复性试验显示,批内和批间变异系数小于3%。用该方法检测62份猪腹泻粪便样品,相比常规PCR方法,前者的检出率更高;两种方法检测1 168份进境活猪粪便拭子样品,结果均为阴性。结果表明,本研究所建立的方法适用于国内猪场的PDCoV的检测和进境活猪的监控检测,也可作为PDCoV的诊断及分子流行病学调查的技术手段。     

猪德尔塔冠状病毒荧光定量PCR检测方法的建立与应用

猪德尔塔冠状病毒(porcine delta coronavirus,PDCoV)是2012年中国香港首次发现的冠状病毒,能引起感染仔猪水样腹泻,最终脱水死亡。研究根据PDCoV保守的衣壳蛋白基因(N)序列设计特异性引物,建立荧光定量PCR检测方法。结果表明,该方法在6.31×10~6～6.31×10~1copies/μL,Ct与模板浓度之间具有良好的线性关系,斜率为-4.90,相关系数为0.999。所有标准品模板出现唯一熔解峰,敏感性下限为6.31×10~(1 )copies/μL,PEDV和TGEV等均没有检测信号。对60份临床样品检测,PDCoV阳性率为5.0%,表明本研究建立的方法可以快速灵敏地检测PDCoV,从而为PDCoV的预防和疫苗研制奠定基础。     

猪德尔塔冠状病毒纳米PCR检测方法的建立

根据Gen Bank登录的猪德尔塔冠状病毒(PDCo V)毒株M基因设计特异性引物,建立了PDCo V纳米PCR检测方法并进行了临床样品检测。结果显示:该方法对标准品检测的最低浓度可达102 copies/μL,与其他几种常见猪病病毒无交叉反应;用该方法检测国内猪场62份腹泻粪便样品,相比常规PCR方法,该纳米PCR方法的检出率更高,而两种方法对268份进境活猪粪拭子样品检测均为阴性。结果表明,本研究所建立的纳米PCR检测方法适用于国内猪场的PDCo V检测和进境活猪的监控检测,可作为PDCo V实验室检测的有力技术手段。     

猪德尔塔冠状病毒抗体间接ELISA检测方法的建立及初步应用

通过DNAStar Protean软件对猪德尔塔冠状病毒(porcine Deltacoronavirus,PDCoV)N蛋白氨基酸序列进行分析,选取抗原性较强的区段(265～342 aa),根据大肠杆菌密码子使用的偏嗜性进行优化设计并人工合成了对应的基因片段N-Opti.利用融合表达载体pET-32a进行原核表达,获...     

我国猪德尔塔冠状病毒病的流行情况及分子生物学检测方法研究进展

猪德尔塔冠状病毒主要引起猪的腹泻,各阶段猪均可感染发病,哺乳仔猪受到的危害最严重,易与其他猪病混感或继发多种疾病,致猪死亡率增加,给养猪业造成巨大的经济损失。文章就我国猪德尔塔冠状病毒病的流行情况及分子生物学检测方法研究进展进行综述,希望对该病的诊断和防控工作提供参考。     

猪德尔塔冠状病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法的建立及应用

为建立一种猪德尔塔病毒(PDCoV)的快速检测方法,本研究根据NCBI公布的PDCoV序列设计了1对特异性引物,利用RT-PCR方法扩增PDCoV的S基因,将其连接至pMD 19-T载体上,以构建正确的重组质粒作为标准品,建立SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法,并对该方法的敏感性、特异性及重复性进行了验...     

PDCoV与TGEV双重实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

试验旨在建立快捷、高效而准确的鉴别诊断猪德尔塔冠状病毒（Porcine deltacoronavirus,PDCoV）与传染性胃肠炎病毒（Transmissible gastroenteritis virus,TGEV）的双重实时荧光定量PCR方法。通过绘制双重实时荧光定量PCR的标准曲线,检验该方法的特异性、敏感性和重复性,并对临床样品进行检测。结果显示,双重实时荧光定量PCR方法的循环阈值与PDCoV和TGEV质粒拷贝数的对数之间存在良好的线性关系,且对应的相关系数分别为R_（P）²=0.9994和R_（T）²=0.996;能特异性地检测PDCoV和TGEV,而与PEDV、PRV、PRRSV、CSFV和RV无交叉反应,具有较强的特异性;检验PDCoV与TGEV质粒标准品的最低检测限度分别达到2和20拷贝/μL,且分别比常规RT-PCR高1 000和100倍,具有较高的敏感度;PDCoV与TGEV的批内和批间重复性检测的Ct均值基本相同,且变异系数（CV）均<2%,具有较好的重复性。用该方法对114份仔猪腹泻样品检测结果显示,PDCoV和TGEV的阳性率分别为5.6%（6/114）和8.8%（10/114）,混合感染检出率为4.6%（5/114）,比常规RT-PCR具有更高的检出率和敏感性。结果表明,本试验建立的双重实时荧光定量PCR方法具有特异性强、灵敏度高、重复性和稳定性好等优点,适用于病毒早期诊断和批量临床样品检测,为疾病防控、流行病学调查及相关性研究提供了技术支持及数据参考。     

大肠埃希菌PCR检测方法的建立及应用

本研究建立了一种快速诊断动物大肠杆菌病的PCR检测方法,与传统的细菌分离培养、生化鉴定方法相比较有效缩短了检测时间,提高了检测效率,同时为大肠杆菌病的快速诊断和流行病学调查提供了有效的技术手段。通过对大肠埃希菌ECs1048基因序列分析,利用Premier5.0软件设计并合成了1对特异性引物,建立了检测大肠埃希菌ECs1048基因的PCR检测方法。通过反复试验确定本方法的最佳退火温度为56℃。灵敏性试验和特异性试验表明本方法能够检测出的最低菌悬液浓度为1.5×10~2 CFU/mL,并具有较高的特异性。稳定性与重复性试验表明本方法具有良好的稳定性。利用本方法对临床样品的检测结果与生化试验鉴定结果的符合率为100%。本研究建立的检测方法灵敏性高、特异性强、稳定性好,可应用于动物大肠杆菌病的诊断。     

不同品种猪肠道拟杆菌属-普雷沃氏菌属群实时荧光定量分析

对猪肠道30种细菌的16SrDNA序列进行比对分析,设计拟杆菌属-普雷沃氏菌属荧光定量的特异引物。以多形拟杆菌菌株(CDC1404-A)基因组的DNA为模板,以常规PCR引物扩增16SrDNA靶片断,将PCR产物纯化后作为DNA标准品,将梯度稀释的标准品作模板,建立定量标准曲线。以TaqMan探针建立25μL反应体系,对不同浓度的多形拟杆菌DNA样品进行检测,并以乳酸杆菌、大肠杆菌和双歧杆菌的基因组DNA模板作阴性对照,验证此方法检测拟杆菌属-普雷沃氏菌属的特异性。结果表明:设计的荧光定量引物和探针,仅对拟杆菌和普雷沃氏菌有很强的特异性,该方法的灵敏度可3.73个/μL的基因组DNA。将PCR方法用于5月龄长白和太湖猪回肠内容物检测,其拟杆菌属-普雷沃氏菌属的检测结果呈阳性,每克回肠内容物拟杆菌属-普雷沃氏菌属数量的拷贝数对数值太湖猪比长白猪高38.5%(P<0.10),而且发现拟杆菌属-普雷沃氏菌属数量与背膘厚度、脂肪率之间有正相关关系。     

鸡白痢沙门菌套式PCR检测方法的建立及初步应用

为了建立一种快速、高效和简便的鸡白痢沙门菌套式PCR检测方法,根据沙门菌侵袭蛋白基因invA的高度保守区域,利用Primmer 5.0软件设计2对特异性的套式引物,以提取的沙门菌DNA为模板克隆invA基因,将其连入T载体并计算拷贝数作为套式PCR的模板,在对反应条件进行优化的基础上,建立最佳的套式PCR反应条件,确定其上、下游引物用量分别为0.3μL,套式PCR的第1次退火温度为57.4℃,第2次为53.5℃。应用该方法对已构建好的不同浓度的标准阳性质粒作为模板进行检测,其灵敏度为102拷贝数/20μL,远高于常规PCR的106拷贝数/20μL。用建立的套式PCR方法对从新疆石河子某鸡场采集的25样品进行检测,与传统的诊断方法比较符合率达95.00%。建立的鸡白痢沙门菌套式PCR检测方法具有快速、可行、特异性强、准确率高等特点,为鸡沙门菌病的早期诊断和研究提供了技术支撑。     

鸭星状病毒3型RT-RAA快速检测方法的建立

鸭星状病毒是近年来危害我国鸭业发展的新发病原之一,给养鸭业造成了较大的经济损失,其中鸭星状病毒3型(DAstV-3)是近年来感染率较高的星状病毒。为实现DAstV-3的快速检测,根据DAstV-3的RNA依赖性核糖核酸聚合酶基因(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)设计特异性探针与引物,建立了DAstV-3的荧光RT-RAA检测方法,并对该方法的特异性、灵敏性、重复性和临床适用性进行了评估。结果显示:建立的RT-RAA方法能够在39℃恒温条件下,在20 min内实现对DAstV-3的快速检测,与H9亚型禽流感病毒、新城疫病毒、鹅星状病毒、禽呼肠孤病毒等常见病毒均无交叉反应,最低检测限为10¹ copies/μL;临床样本检测发现RT-RAA方法阳性检出率高于常规RT-PCR方法,且检测时间较RT-PCR更短。结果表明,本研究建立的RT-RAA方法灵敏度高,特异性强,操作简便,临床适用性好,适合DAstV-3的现场快速检测。     

检测鱼传染性造血器官坏死病毒重组酶聚合酶扩增方法的建立及初步应用

为建立鱼类传染性造血器官坏死病毒(IHNV)的快速检测方法,根据IHNV的G基因保守序列设计特异性引物,建立了基于重组酶聚合酶扩增(RPA)的IHNV检测方法。该方法在30℃20min即可完成,对IHNV具有良好的特异性和敏感性,最低检出限为156ng/mL;用建立的RPA和RT-PCR对实验室保存的50份样品进行检测,结果显示,RPA的阳性检出率为14.00%,RT-PCR的阳性检出率为12.00%,说明RPA比RT-PCR具有更高的灵敏度。建立的RPA方法为IHNV的实验室检测提供了更多选择。     

鸡传染性支气管炎病毒实时荧光RT-PCR检测方法的建立与初步应用

为建立一种快速准确检测鸡传染性支气管炎病毒的方法,根据鸡传染性支气管炎病毒的核衣壳蛋白基因进行引物和探针设计,建立了一种能够检测鸡传染性支气管炎病毒的实时荧光RT-PCR方法,并对该方法进行特异性和灵敏度检测,同时与国家标准检测方法进行对比。结果显示,本检测方法特异性好,不与其他相关病毒发生交叉反应,灵敏度可达到10-4 ng/μL,与国标检测方法的符合率达100%。结果表明,本研究建立的检测方法可以准确鉴定鸡传染性支气管炎病毒,具有良好的应用前景。     

流产衣原体TaqMan实时荧光定量PCR 检测方法的建立及初步应用

流产衣原体是导致绵羊地方性流产的主要病原体,给全球畜牧业经济发展构成了巨大威胁。为建立一种灵敏、特异且快速的检测流产衣原体的实时荧光定量PCR方法,依据衣原体蛋白酶样活性因子的基因组序列设计了针对检测流产衣原体的引物和TaqMan探针,对反应体系和反应条件进行了优化,对方法的灵敏度、特异性及重复性进行了评价,并初步应用于临床样本检测。结果显示,该方法的最低检测限为26 copies/μL,灵敏度是普通PCR的10倍;与其他可以引起类似症状的病原体无交叉反应;组内和组间变异系数均小于3%;对156份流产羊拭子的基因组进行检测,检出率为78.21%。研究表明,该方法可以很好的应用于流产衣原体的大规模临床样本检测,为流产衣原体病的高通量检测和流行病学调查提供技术手段。     

牛副流感病毒3型抗体间接ELISA检测方法的建立与初步应用

旨在建立牛副流感病毒3型(BPIV3)抗体间接ELISA检测方法。克隆NP-HN截短串联基因并构建原核表达载体pET28a(+)-NP-HN,诱导纯化NP-HN重组蛋白作为包被抗原,优化ELISA反应条件,建立BPIV3抗体间接ELISA检测方法,进一步与病毒中和试验和进口ELISA试剂盒进行比较,应用本方法对270份临床血清样本进行了检测。结果表明,表达的NP-HN重组蛋白大小为44ku,具有良好的反应原性,建立的ELISA检测方法特异性强,与牛的主要呼吸道病原如牛病毒性腹泻病毒、牛传染性鼻气管炎病毒等均无交叉反应,批内和批间重复性试验的变异系数小于8%,与病毒中和试验和进口商品化ELISA试剂盒的总符合率分别为96.67%和98.89%。对采自山东、辽宁和天津的270份临床血清样本检测后总的阳性率为82.59%(223/270)。建立的BPIV3抗体间接ELISA方法具有较好的特异性和敏感性,可应用于BPIV3的流行病学调查和抗体检测研究。     

新孢子虫二温式PCR检测方法的建立及应用

根据新孢子虫Nc2基因保守区设计特异性引物,应用均匀设计法优化反应中Taq DNA聚合酶、引物浓度和退火温度等,建立新孢子虫二温式PCR检测方法。结果显示,扩增条带与预期目的片段大小(266bp)相符,未扩增出弓形虫等虫种的阳性DNA片段;扩增片段经克隆、测序发现与引物基因序列的同源性为100%;最低检出量为32.5fg/μL,是三步法PCR的10-1倍,但循环时间缩短了38min;重复3次对10-4、10-5、10-6和10-7稀释的阳性质粒进行二温扩增,10-7稀释均未出现扩增条带。同时对156份牛全血DNA进行检测,检出率为10.90%(17/156),与《新孢子虫病检疫技术规范》(SN/T 3499—2013)的检出符合率为83.33%(30/36),二者检测结果差异性不显著(P0.05)。由此可见,建立的二温式PCR检测方法可用于临床诊断和日常监测新孢子虫,为监控"带虫宿主"提供技术支撑。