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为了得到驯鹿Ghrelin基因组DNA的全序列,试验根据驯鹿Ghrelin DNA外显子1~4序列设计特异性引物,利用PCR技术对驯鹿的Ghrelin基因进行扩增,经基因组染色体步移和克隆技术获得Ghrelin基因组DNA全序列,并分析其序列结构特点。结果表明:成功克隆出全长为4 076 bp的驯鹿Ghrelin基因组DNA全序列(GenBank accession No.KX857495),其由4个外显子和3个内含子构成,4个外显子片段大小分别为154,114,109,148 bp,3个内含子片段大小分别为198,2 868,485 bp。 相似文献
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为获得鲤鱼白细胞介素10(interleukin 10,IL-10)全长基因组序列,本研究利用鲤鱼IL-10全长cDNA序列(GenBank登录号:JX524550),通过在两端非编码区设计引物,以提取的鲤鱼脾脏基因组为模板,使用PCR方法成功获得鲤鱼IL-10全长基因组序列。鲤鱼IL-10基因组全长2176 bp,GenBank登录号为JX524551。将所获得的序列与其他物种IL-10基因组序列相比,结果发现都含有5个外显子,4个内含子,外显子在进化上相对保守,剪切位点都符合"gt......ag"规则;序列包含540 bp的开放阅读框,编码179个氨基酸,有2段典型的IL-10氨基酸信号基序。 相似文献
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根据GenBank中收录的鸡白细胞介素-17(ChIL-17)基因的cDNA序列设计了1对特异性引物,以经ConA刺激3h的鸡脾淋巴细胞总RNA为模板,用RT-PCR方法成功克隆了ChIL-17的cDNA。该cDNA全长725bp,其中第2~508位是该基因的阅读框(ORF),共编码169个氨基酸。与已报道的序列相比较,二者核苷酸序列的同源性为99.6%(722/725),共有3个碱基发生变异,其中有2个变异位于阅读框之内。DNAssit软件分析表明,二者推导的氨基酸序列同源性为100%。同时,以鸡脾淋巴细胞DNA为模板,用PCR方法首次扩增获得了ChIL-17的基因组DNA序列,经序列分析,其序列全长1934bp,由2个内含子和3个外显子组成,3个外显子分别位于第2~27、569~815和1484~1720bp处。 相似文献
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依据鸡白细胞介素2(chIL-2)全基因组序列设计引物探针,以简易基因组抽提法获得的鸭外周血单核细胞基因组DNA为模板,用长距离聚合酶链式反应(LD-PCR)扩增出鸭白细胞介素2(duIL-2)全基因片段。经序列测定,得到的duIL-2基因组DNA序列全长为3528bp。运用生物信息学方法对duIL-2的基因、启动子结构和cDNA序列编码的成熟蛋白进行系统分析,结果表明,duIL-2基因具有典型的4个外显子和3个内含子结构,和已知禽类及哺乳类同系物基因总体结构具有明显的相似性。鸭和鸡及其他哺乳动物IL-2基因的启动子序列具有显著的保守性,都具有AP-1、NF-AT、CD28RE、OCT、TATAbox转录起始因子结合位点和预测的转录起始位点。duIL-2cDNA序列编码的成熟蛋白进化分析表明,鸭和鹅的亲缘关系最近,和哺乳动物的亲缘关系较远,显示出明显的种属差异。 相似文献
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《中国畜牧兽医》2017,(12)
试验旨在从驯鹿鹿茸顶端组织中克隆干扰素β1(interferon beta 1,IFNβ1)基因全长序列,分析其分子特性,为研究其生物学活性及实际应用奠定基础。根据GenBank数据库中牛、羊等近缘物种IFNβ1基因的保守序列设计1对引物,以驯鹿鹿茸顶端间充质层组织基因组DNA为模板,采用PCR技术扩增得到驯鹿IFNβ1基因并克隆、测序,利用相关生物信息学软件对该序列进行分析。结果发现,驯鹿IFNβ1基因全长561bp,共编码186个氨基酸,含有3个糖基化位点;其编码蛋白含有4个α螺旋、4个β折叠区、7个β转角。将驯鹿IFNβ1基因推导的氨基酸序列与其他14种哺乳动物进行遗传进化分析发现,其同源性为45.1%~92.0%;驯鹿与其他动物IFNβ1基因序列分析和系统进化树分析表明,IFNβ1基因存在种属差异性,亲缘关系越近,同源性越高。本研究结果为驯鹿IFNβ1基因的进一步研究和应用提供了基础试验数据。 相似文献
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本文通过设计特异引物,克隆到全长为5774bp的蜜蜂(Apis mellifera)腺苷酸转移载体基因(ant)基因组序列(GenBank登录号为AY568009)。利用GeneFinder软件分析发现,蜜蜂ant基因组序列内有3个内含子,分别位于第1717-3078位、第3341-3442位和第3678-3760位,且剪切位置均符合“GT—AG法则”。大小分别为1362bp、102bp和83bp;4个外显子分别位于第1525-1716位、第3079-3340位、第3443~3677位和第3761-4322位,大小分别为192bp、261bp、235bp和562bp,其ORF横跨全部4个外显子。分析蜜蜂ant基因ORF上游1553bp基因组DNA序列的启动子区域,结果发现存在2个启动子,分别位于第1076~1126位和第1242~1292位。 相似文献
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为明确沙葱萤叶甲Galeruca daurica热激蛋白70 (Heat shock protein 70,Hsp70)基因的序列结构及其系统进化关系,本研究通过PCR技术克隆沙葱萤叶甲Hsp70基因cDNA全长序列与基因组序列,并进行生物信息学与表达谱分析。结果显示,克隆获得了沙葱萤叶甲2条Hsp70基因GdHsp70-2(GenBank登录号:MZ853083)和GdHsp70-3(Genbank登录号:OK585088),基因全长分别为2 410 bp和2 242 bp,各自编码657和646个氨基酸,均含有3个保守的HSP70家族特征序列,预测蛋白三维结构均由N-端ATPase功能域和C-端底物结合功能域所组成;系统发育分析表明GdHSP70-2,GdHSP70-3分别与松墨天牛(Monochamus alternatus)MaltHSC70-1、玉米根萤叶甲(Diabrotica virgifera virgifera) DvirHSP70-2的亲缘关系最近;基因组DNA克隆获得GdHsp70-2的两段内含子序列,GdHsp70-3则不含有内含子;表达谱分析结果表明GdHsp... 相似文献
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以丝羽乌骨鸡和白洛克肉鸡的基因组DNA为模板,采用PCR产物直接测序的方法进行鸡lmbr1基因部分内含子的克隆、单核苷酸多态性检测。结果表明,试验克隆了鸡lmbr1基因的10~14及16内含子序列,共计4 610 kb,从丝羽乌骨鸡和白洛克肉鸡中检测到67个单核苷酸多态位点(SNPs)。将提交序列与NCBI上公布的红色原鸡基因组序列比较,在这6个内含子内发现40个变异位点,其中20个为新的SNPs。基因组结构分析表明,鸡lmbr1基因约60 kb,为人类lmbr1基因的28%,内含子外显子的剪接方式符合GT-AG法则。 相似文献
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利用家鹅Myostatin基因第1外显子设计上游引物,第2外显子设计下游引物,两两配对形成4对引物,PCR法首次获得家鹅该基因内含子1全长2106bpDNA序列。该序列碱基组成中,A+T含量为61.21%,G+C为38.60%,另有4个碱基的序列未检出;比对发现其与家鸡的同源性高达82.7%。利用10个物种Myostatin内含子1构建的基因进化树表明,功能基因的非编码区能够为物种进化提供一定信息。 相似文献
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沙打旺埃里砖格孢(Embellisia astragali)引起的黄矮根腐病是造成沙打旺(Astragalus adsurgens)草地退化最严重的病害之一。钙调素是Ca2+介导的信号通路中重要的分子。本研究旨在从沙打旺埃里砖格孢中克隆钙调素编码基因序列。以基因组DNA为模板,采用简并引物CAL-228F和CAL-737R扩增得539bp的同源片段;采用Hi-TAIL PCR分别获得344bp的5′侧翼序列和729bp的3′侧翼序列,拼接获得基因的1 290bp的全长DNA序列;利用全长引物CaMF和CaMR,得到840bp的DNA全长序列和450bp的cDNA全长序列,DNA全长序列中有4个内含子,均具有典型的AT-AG特征,cDNA全长序列翻译出149氨基酸多肽。 相似文献
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《中国草食动物科学》2016,(6)
胰岛素样生长因子1(IGF1)是动物生长发育等生命过程中的重要调节因子,目前关于家兔IGF1基因序列扩增和多态性的研究还很少。该研究以安徽皖南黄兔为试验动物,通过PCR方法扩增其IGF1基因编码区全序列,利用混合DNA池测序和生物信息学方法分析了IGF1基因扩增区域的遗传变异特性。结果获得皖南黄兔IGF1基因包含第1~5外显子的基因组序列5条,长度分别为316、657、691、757和403 bp,与种子序列一致性分别为100%、99.5%、99.9%、99.7%和99.8%;5个外显子组成432 bp的CDS序列,编码143个氨基酸残基组成的蛋白质。测序和生物信息学分析结果则表明,在皖南黄兔IGF1基因内含子1中存在3个多态位点(3056GA、3107TC和3164 GA),3个位点并不位于剪接位点,但分别位于MZF1、ATF4、CEBPA、HLF和NKX2-8顺式作用元件位置,因而可能影响基因表达。该研究成功扩增获得皖南黄兔IGF1基因全部5个外显子序列,拼接获得基因编码区全序列,并利用混合DNA池测序法发现了内含子3个新的SNP位点,研究结果为揭示肉兔IGF1基因功能奠定了基础。 相似文献
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本研究旨在分离苜蓿多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白2(MsPGIP2)基因的基因组序列全长,分析序列变异。首先采用引物热不对称PCR的基因组DNA步移法分离其基因组序列全长,然后通过克隆测序分析了MsPGIP2基因在3个苜蓿品种(‘润布勒’、‘苏普斯坦’与‘公农1号’)中的多态性。结果显示,MsPGIP2基因的基因组DNA序列全长1 126 bp,可分为信号肽、内含子和LRR区3部分。MsPGIP2基因的基因组序列中共有46个变异位点(频率>0.02)。在信号肽区,没有变异位点;在内含子区,有5个SNP位点和2个InDel变异位点;而在LRR区,共发现了39个SNP位点,其中非同义突变占61.5%。在3个苜蓿品种中共发现了15个等位基因(即单倍型),通过对LRR区核苷酸的系统发育分析将他们分成3类。结论认为,MsPGIP2基因具有较大的变异,各等位基因间发生了频繁的重组交换,是一个为适应病原微生物PG的进化而快速进化的基因。 相似文献
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猪肌生成抑制素基因的克隆和序列测定 总被引:18,自引:0,他引:18
根据文献报道的猪肌生成抑制素基因cDNA序列,分别从第1、第2和第3外显子中设计引物,以大约克猪染色体DNA为模板,分段扩增出含内含子和外显子的序列。将所得各序列回收、克隆到pGEM-easyT载体中,然后进行序列测定。合并所有测得的猪肌生成抑制素因序列,共获得6kb连续序列。分析结果表明,猪肌生成抑制素基因第1内含子长1809bp,第2外显子长374bp,第2内含子长1978bp。所测得的外显子序列与已发表的cDNA序列同源分析比较,没有出现引起氨基酸改变的突变。表明瘦肉型猪(大约克猪)肌生成抑制素基因仍很完整,可通过改变基因结构等降低肌生成抑制素活性的方法提高瘦肉率。 相似文献