猪瘟病毒石门株NS4B基因的序列测定及分析

采用ＲＴ－ＰＣＲ技术,利用２对引物,从猪瘟病毒（ＣＳＦＶ）强毒石门株感染的猪血中成功扩增了ＮＳ４Ｂ基因,片段大小分别为７５７ｂｐ和７７４ｂｐ。克隆后经酶切鉴定,自动测序和序列分析,结果显示该基因较为保守,与其他猪瘟病毒毒株均有很高的同源性,与同属的ＢＶＤＶＳＤ－１株和ＮＡＤＬ株也有较高的同源性。     

猪瘟病毒石站株NS4B基因的序列测定及分析

采用ＲＴ－ＰＣＲ技术，利用２对此物，从猪瘟病毒（ＣＳＦＶ）强毒石门株感染的猪血中成功扩增了ＮＳ４Ｂ基因，片段大小分别为７５７ｂｐ和７７４ｂｐ。克隆后经酶切鉴定，自动测序和序列分析，结果显示该基因较保守，与其他猪瘟病毒毒株均有很同的同源性，与同 ＢＶＤＶＳＤ－１株和ＮＡＤＬ株也有较高的同源性。     

猪瘟病毒石门株E2基因序列分析

经非猪瘟免疫猪增殖猪瘟病毒石门株,从抗凝血中直接提取病毒RNA进行RT-PCR,获得了猪瘟病毒石门株E2基因片段。克隆后测序,结果表明石门株的E2囊膜糖蛋白与国外报道的5株猪瘟病毒的E2囊膜糖蛋白具有相同的骨架结构,即均具有15个半胱氨酸残基和5个潜在糖基化位点,此外石门株也具有保守序列RYLASLH。同源性比较表明,石门株与日本的ALD株和GPE#+-株同源性最高,而与欧洲的Alfort株同源性最低。与国内的疫苗种毒（482代）、疫苗毒以及国外使用的中国猪瘟兔化弱毒株同源性比较表明,石门株与种毒(482代)同源性最高,其次为国外使用的中国猪瘟兔化弱毒株,而与国内使用的疫苗毒同源性最低。本研究提示国内疫苗毒的E2基因在生产中有较大变异,可能导致抗原漂移。     

猪瘟病毒石门株NS3基因在大肠杆菌中的表达

采用PCR技术,扩增了猪瘟病毒石门株NS3基因的丝氨酸蛋白酶、NTPase、RNA解螺旋酶活性功能区长度为2 000 bp的片段,将其克隆到pET-32a中,构建了原核表达载体pET-NS3,并将其在大肠杆菌Rosetta(DE3)中进行了表达,同时对表达产物进行了SDS-PAGE和Western blotting检测。结果表明,IPTG诱导表达得到的pET-NS3融合蛋白的相对分子质量约为97 ku,与预期结果一致,且该重组蛋白能被CSFV阳性血清所识别。     

猪瘟病毒流行株与疫苗株E~(rns)基因的序列分析

 采用RT-PCR技术扩增了HCV 10个野毒株、4批不同厂家生产的兔化弱毒疫苗株和1个标准SM株Erns基因的cDNA片段并对其进行了序列测定。应用DNAstar序列分析软件对所测的15个HCV毒株与国内外6个参考毒株Alfort、Ald、Brescia、Gpe、C、CW株的相应片段进行了同源性比较分析。15株HCV Erns基因长度均为696 bp,其核苷酸及氨基酸的同源性分别为83.0%~100.0%和87.9%~100.0%。系统发生分析可将这些毒株分为Ⅰ和Ⅱ两大基因群及4个亚群,Erns基因与E2、     

猪细小病毒HNZM01株NS1基因的克隆及序列分析

为加强猪细小病毒病的监控,对分离的猪细小病毒(PPV)HNZM-01株NS1基因的序列进行了分析。设计一对特异性引物,以抽提的PPV HNZM-01株的DNA为模板,通过PCR反应扩增出大小约2.27kb的目的片段,并将其插入克隆载体pGEM-T Easy上,构建了重组质粒并测序。结果表明,NS1基因全长1 989bp,与预期目的片段大小一致。序列分析结果表明,PPV HNZM-01株的NS1基因与其他PPV毒株同源性在98.2%～99.8%,说明NS1基因具有高度保守性。同时应用ANTHEPROT软件分析了HNZM-01株NS1基因编码蛋白质的氨基酸组成和二级结构的含量、分布。结果表明,由于HNZM-01株中碱基的突变,造成其氨基酸序列与NADL-2株有所不同,形成的二级结构略有差异,但二级结构元件分布大致与NADL-2株相同。     

猪瘟病毒E2基因的克隆及原核表达

利用RT-PCR技术扩增出不含信号肽的猪瘟病毒石门株的E2基因,将其克隆到PGEX-T-Easy 载体上,用BamH Ⅰ和HindⅢ进行双酶切,回收目的基因。将目的基因克隆到表达载体质粒pPROEX-HTb中,获得 重组质粒PPRO,EXE2,用pPROEXE2转化大肠杆菌,诱导含重组质粒PPROEXE2的大肠杆菌BL21表达E2基因蛋 白,研究E2蛋白与猪瘟阳性血清反应的特异性。结果表明,受体菌诱导后能表达E2基因蛋白,所表达的E2蛋白能 与猪瘟阳性血清发生特异性很强的反应。     

番鸭呼肠孤病毒YB株σNS基因的克隆和序列分析

参考GenBank鸡正呼肠孤病毒(Avian reovirus,ARV)和番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck reovirns,DRV)σ非结构蛋白(σNS)基因序列设计合成1对引物,对番鸭呼肠孤病毒YB(DRV-YB)株σNS基因进行RT-PCR扩增,克隆到pMD18-T载体中,并对克隆产物进行PCR鉴定和测序...     

猪繁殖与呼吸综合征病毒YA株ORF5基因的克隆与序列分析

以猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）YA株为材料，采用RT－PCR扩增其ORF5基因全长cDNA并进行序列测定和比较分析。结果YA株ORF5基因cDNA编码区长603bp，可编码200个氨基酸残基。与欧洲型代表株LV株、美洲型代表株VR－2332株在氨基酸水平上的同尖性分别为58％和90％，与国内首株分离株(CH－1a)的同源性高达95％，推测YA株属于美洲型。根据YA株ORF5基因编码的氨基酸序列，与具有代表性的12株美洲型毒株和2株欧洲型毒株绘制进化系统树，结果也显示YA株与美洲型分离毒株的遗传关系较近，而与欧洲毒株的遗传关系较远。进一步采用序列分析软件对推导的氨基酸进行比较分析，发现YA株ORF5编码的E蛋白存在5个潜在的N－糖基化位点，6个抗原位点，其糖基化位点的数目及抗原位点的分布与其它美洲毒株均存在一定程度的差异，但3个最主要的抗原表位相对保守。     

靶向猪瘟病毒NS3基因shRNA干扰载体的构建与鉴定

利用RNA干扰在线生物学软件分析猪瘟病毒NS3基因,设计针对NS3基因不同位置的小发卡RNA(short hairpin RNA,shRNA)干扰序列(其结构特征为正链(19nt)-环(9nt)-负链(19nt))。化学合成这些序列,并退火连接为双链干扰片段,将双链干扰片段定向克隆到干扰载体中,构建重组载体pGene-NS3-1,pGene-NS3-2和pGene-NS3-3,转化DH5α大肠杆菌感受态细胞,对转化产物进行kan+筛选,碱裂解法提取重组质粒,将酶切鉴定为阳性的质粒测序。结果显示,双链干扰片段克隆方向正确,序列中未出现核苷酸的插入,缺失等突变现象。表明靶向猪瘟病毒NS3基因shRNA干扰载体构建成功。     

非洲猪瘟病毒(Malawi LIL 20/1株)k8R基因的表达与鉴定

蛋白多肽二级结构的电脑预测表明,非洲猪瘟病毒（ＭａｌａｗｉＬＩＬ２０／１株）ｋ８Ｒ基因编码带有多个疏水氨基酸小区的２７ｋＤａ蛋白质。该基因的ＰＣＲ产物克隆入质粒ｐＧＥＸ－２Ｔ后,在大肠杆菌中表达４２～５４ｋＤａ不溶性ＧＳＴ－ｋ８Ｒ融合蛋白。此表达蛋白能被针对不同非洲猪瘟病毒株的猪免疫血清识别。在非洲猪瘟病毒细胞适应株感染的细胞中,针对ｋ８Ｒ大肠杆菌表达产物的单抗能检测出２７ｋＤａ特异病毒蛋白。进一步鉴定表明,ｋ８Ｒ基因编码的蛋白质为病毒非结构蛋白,不发生糖基化,出现于病毒感染周期的晚期,主要集中于靠近细胞核的病毒复制部位。用大肠杆菌表达的ＧＳＴ－ｋ８Ｒ融合蛋白免疫猪未能抵抗ＭａｌａｗｉＬＩＬ２０／１强毒株攻击。     

内蒙古猪瘟流行病学调查及猪瘟病毒的分离

对内蒙古部分地区猪场进行了猪瘟流行病学调查，发现我区在较大范围内以非典型的猪瘟为主，发病多见于3月龄以下的仔猪，且以局部流行为主，母猪多呈隐性感染，部分母猪表现出繁殖障碍；个别地区仍有发病率和致死率较高的急性典型猪瘟，发病猪场不同程度上存在免疫程序不合理和免疫抑制性疾病。在此基础上对疑似病例进行了病理学检测和兔体交互免疫试验进行确诊，并对猪瘟野毒进行了分离。本研究不仅为内蒙古地区进一步作好猪瘟的防制提供了理论依据，而且为猪瘟野毒分子生物学的研究打下了基础。     

狂犬病毒CTN株核蛋白基因的克隆与序列分析

本研究克隆了我国狂犬病毒CTN株的N基因，序列分析表明其开放阅读框由1353个核苷酸组成，与我国狂犬病毒疫苗及国外一些固定株进行N基因同源性比较，结果核苷酸序列及其推导的氨基酸序列保守性很高。磷酸化分析表明CTN株N蛋白具有狂犬病毒共有的389位丝氨酸磷酸化位点。本研究还对N蛋白的抗原位点进行了详细分析和讨论。     

猪瘟病毒RT-LAMP-LFD检测方法的建立与应用

【目的】建立一种新型的、能在基层场地进行实时便捷诊断的猪瘟病毒检测方法。【方法】环介导等温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)-横向流动试纸条技术(Lateral flow dipstick,LFD)相结合,针对猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)NS5B基因设计一套特异性引物及生物素标记探针,结合异硫氰酸荧光素标记的扩增产物,建立RT-LAMP-LFD检测方法。【结果】所建立的方法能够特异地检测出CSFV的存在,检测PRRSV、JEV、PCV-2等其他病毒均为阴性;所建立的CSFV-RT-LAMP方法对RNA的最低检测限为50 pg;反应快速,整个扩增反应可在1 h内完成;操作简单,不需要PCR仪等复杂的仪器,结果可经肉眼观察。【结论】应用RTLAMP-LFD检测CSFV特异性强、灵敏度高,并且操作安全、简便、快捷,可以满足基层检疫的需要。     

REV分离株囊膜糖蛋白基因的克隆及序列分析

根据网状内皮组织增生症病毒（REV）SNV株env基因的序列，设计并合成了2对引物，利用该引物，以中国地方分离株SD9901、HA9901前病毒基因组cDNA为模板，通过PCR技术，成功地从国内分离的2株REV毒株中扩增出env基因，并将其克隆到pUCm-T载体中测序。将所得序列与SNV株进行比较，分析其同源性。结果表明：在核苷酸水平上，参考株SNV株的env基因与2株中国分离株的同源性分别为97.7%和95.0%；在氨基酸水平上，其同源性分别为96.9%和92.7%。分析进化关系，HA9901变异较大。     

AIV F株HA和NA全基因的扩增及序列比较

根据禽流感病毒（AIV）各基因片段两端保守区序列设计锚引物,应用cDNA末端快速扩增法获得了AIV分离株A/Chichen/Shanghai/F/98(N9N2)的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）全长基因。15个毒株的HA和NA序列比较结果表明：F株与Chicken/Beijing/1/94、Duck/HongKong/Y280/97同源率较高,为94.4%～97.4%,但与香港人流感病毒HongKong/1073/99、HongKong/1074/99及Quail/HongKong/G1/97同源率较低,为90.3%～91.9%。F株与Duck/HongKong/Y280/97的NA基因不但同源率高达97.4%,而且均在205位核苷酸之后缺失9个核苷酸。另外,30个毒株的HA基因cDNA比较结果显示,最后46个氨基酸的编码序列高度保守。     

大肠杆菌F18菌毛A亚单位基因(fedA)的克隆与序列测定

利用PCR技术 ,分别从产F18ab菌毛的猪水肿病大肠杆菌分离株G及产F18ac菌毛的大肠杆菌 8813株中扩增出 5 10bp左右的F18菌毛A亚单位基因 (fedA)。将这 2个PCR扩增产物按预定阅读框架克隆入pGEX 6p 1载体的谷胱甘肽S 转移酶 (GST)基因的下游 ,筛选获得阳性重组质粒 ,并对质粒中的插入序列进行测定。序列分析表明 :F18ab与F18ac的fedA基因的核苷酸序列同源性为 97.6 % ,推导的氨基酸序列同源性为 94.7% ,两者的主要区别在于F18acfedA基因的第 36 3bp处比F18ab多 3个核苷酸 ,并出现一个新的酶切位点 (NgoMI)