中国红、绿茶适制品种(系)遗传多样性与亲缘关系的SSR分析

[目的]探讨中国红、绿茶适制品种(系)的遗传多样性和亲缘关系,了解遗传背景对于品种适制性差异的影响与作用,为茶树育种研究提供分子生物学方面的参考.[方法]利用自主开发的具有多态性的39对SSR引物对中国157份红、绿茶适制品种(系)进行遗传多样性评价和亲缘关系分析.[结果]引物在供试材料中平均可检测4.90个等位基因,...     

不同核桃品种的SSR分析

应用SSR技术对21个核桃品种和1个枫杨品种的基因组DNA进行遗传多样性的研究。用筛选出的10对引物对供试材料进行SSR分析,共扩增出67条清晰的谱带,不同引物扩增出的DNA条带数量在4～24条之间,分子量大小在85～300 bp之间,依据特征谱带,可直接鉴别出供试品种,其中引物WGA32的鉴别效率最高。对扩增出的67条带进行聚类分析,结果表明,普通核桃和枫杨亲缘关系较远,不同地域起源的品种界限不明显。     

茶树新品种(系)SRAP亲缘关系分析

本研究通过对山东茶区的20个茶树无性系品种(系)进行SRAP亲缘关系分析发现:新选育品种碧霞春与农抗早有极高的遗传相似性。引进品系毛头种,虽然由浙江地方选育,但其与乌龙茶系列品种亲缘关系较近。舒茶早、平阳特早、金萱与其它品种的亲缘关系较远,形成单独的各类。     

基于SSR和SRAP标记的苹果品种亲缘关系分析

【目的】用SSR和SRAP分子标记技术,分析苹果(Malus domestica Borkh.)重要栽培品种的亲缘关系,为苹果杂交育种亲本及组合的选配提供参考。【方法】用亲缘关系较近的金冠和秦冠筛选SSR和SRAP多态性引物,利用SSR和SRAP分子标记技术对37个苹果栽培品种进行遗传多样性和亲缘关系分析。【结果】筛选出了用于37个苹果主栽品种亲缘关系分析的10对SSR和10对SRAP引物,其分别产生56和64条扩增带,平均多态性比率分别为61.09%和70.8%。根据SSR+SRAP分析结果,37个苹果品种被聚为6大类。【结论】所选取的引物能够有效地揭示供试苹果品种的遗传多样性,并且苹果品种分类与传统系谱基本一致。     

甜樱桃品种遗传多样性的SSR分析

采用核果类的20对SSR引物对近20年来从国外引种及我国选育的共29个甜樱桃品种进行了PCR扩增,并利用SSR标记分析了甜樱桃品种的遗传多样性。结果表明:在20对SSR引物中,UDP98-409引物等9对引物多态性较高。聚类结果表明,29个品种分成5个大组,遗传多样性较为丰富。依据SSR标记的聚类结果,基本反映了这些甜樱桃品种间的系谱关系,可为甜樱桃的品种育种提供理论参考。     

咸宁部分桂花品种亲缘关系的SRAP分析

利用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记,对咸宁地区的32个桂花(Osmanthus fragrans)品种进行了亲缘关系研究.15对引物共扩增出210个谱带,其中182个为多态性谱带,多态性比率达86.67％;其中银桂品种群的Shannon's信息指数(0.339 3)和遗传多样性指数(0.2164)最高.遗传多样性分析表明供试桂花品种群间的遗传分化系数为57.89％,说明品种群间遗传分化高.根据扩增结果进行聚类分析,在遗传相似系数0.644水平上可将32个桂花品种分为5个类群.供试品种的地理分布与其分类学地位具一定的相关性.     

利用SSR标记分析部分烟草种质的遗传多样性

应用SSR分子标记技术,分析了32份代表性烟草种质的遗传多样性.从38对SSR引物中筛选出8对多态性引物,并对32份烟草材料的基因组DNA进行扩增,共获得93条DNA扩增片断带,其中,多态性带70条,平均多态检出率为75.27%.运用DPS软件进行聚类分析,32个烟草品种被分为4类;其遗传距离变幅在0.31551～1.51978,聚类结果与理论上所期望的结果基本一致,SSR分子标记技术能较好地从分子水平上揭示烟草种质资源遗传背景和亲缘关系.     

核桃属材用核桃SSR标记的遗传多样性分析

以美国黑核桃、核桃楸、青林核桃实生子代及部分普通品种共86份种质资源为试验材料,利用8对SSR引物进行遗传多样性分析及聚类分析。结果表明,8对黑核桃引物共扩增出48条带,其中多态性带44条,占总扩增带的91.67%;遗传多样性指数为0.197 2～0.473 4,Shannon指数为0.304 3～0.666 3。说明黑核桃微卫星在核桃近缘种中能得到有效扩增,可以用于近缘种遗传多样性分析和核桃属种间关系研究。聚类结果表明,青林实生子代具有丰富的遗传多样性,与核桃楸及黑核桃具有明显差异,但与其他普通品种界限不明显。     

甘肃黄河沿岸39份枣品种亲缘关系的SSR分析

为了解甘肃黄河沿岸枣品种的遗传多样性,用SSR分子标记对39份枣品种进行遗传分析。20对SSR引物共扩增出142个条带,多态性条带百分率达100%。每对引物扩增的条带数为3～13个,平均每对引物扩增的条带数为7.10个,扩增片段大小为70～300 bp。引物BFU0308扩增的条带数最多,为13条,扩增条带最少的引物为JSSR198和JSSR289,各有3条。用NTSYS-pc V2.10软件计算的39份枣品种的遗传距离（GS）为0.000 0～0.993 8,平均遗传距离为0.558 7。结果表明,39份枣品种间遗传差异较大,遗传多样性丰富。UPGMA聚类图将39份枣品种分为两大类群Ⅰ和Ⅱ,第Ⅱ类群又分为4个亚群。结果表明,枣品种间的亲缘关系与品种原产地有一定相关性。亲缘关系近的品种有晋矮4号和晋矮3号、鸣山大枣、敦煌大枣、小口枣和开口酥等。SSR聚类分析结果也证实“大王枣”是与晋矮4号、晋矮3号起源相同的品种,“冷白玉2”是芒果冬枣类品种,“晋赞大枣”是壶瓶枣的同源品种。SSR分子标记技术揭示了甘肃黄河沿岸枣品种具有丰富的遗传多样性和复杂的亲缘关系,为有效解决枣品种命名混乱问题提供了依据,也为进一步研究和利用这些枣种质资源提供了依据。     

利用欧榛SSR标记分析榛属亲缘关系的研究

利用54对欧榛SSR引物,对榛属12个种、平欧杂交榛及平平欧杂交榛共64份榛属资源进行了遗传多样性及亲缘关系分析。结果表明,欧榛遗传变异丰富,64份榛属资源18对SSR引物在欧榛10个样本中共检测到95个等位基因,每个位点的等位基因数2～10个,观测杂合度值(Ho)和期望杂合度值(He)的变化范围分别为0.214～0.816和0.348～0.800。聚类分析结果显示,64份榛属种质可划分为6组,平榛与欧榛亲缘关系最近。由此可知,欧榛SSR标记是榛属植物资源遗传分析的有力工具,为平榛资源的遗传改良在分子水平上提供了理论依据和基础。     

西双版纳地区糯玉米品种四路糯、小黄糯的遗传多样性分析

【目的】研究西双版纳地区四路糯、小黄糯的遗传多样性和遗传结构。【方法】利用SSR标记，对来自西双版纳地区不同来源的四路糯、小黄糯3个地方糯玉米品种7个亚居群及1个地方爆裂玉米和1个薏苡居群进行遗传多样性分析，并以黄早四和Mo17为对照，进行聚类分析。【结果】（1）用21对玉米核心SSR引物，在7个糯玉米亚居群中总共扩增出201个等位基因，平均多态信息量PIC值为0.82，标记索引系数MI值7.92，Shannon多样性指数I为0.4094。(2) 品种内的遗传分化系数在0.0968～0.2216之间，品种间的遗传分化系数为0.3409。 (3) 遗传相似度和聚类分析的结果表明：7个糯玉米亚居群被划分为3组；与地方爆裂玉米及2个自交系的亲缘关系较远。【结论】四路糯和小黄糯均具有丰富的遗传多样性；不同品种间具有较大的遗传分化；品种内居群间也存在一定程度的遗传分化。     

小麦抗蚜品种的遗传多样性SSR标记分析

分析小麦抗蚜品种（系）的遗传多样性,为进一步培育和推广抗蚜品种提供依据。在田间对956份小麦品种(系)损失率鉴定结果的基础上,取47份年度间鉴定抗性结果较为一致的材料,按损失率大小,由小到大排列起来,利用筛选的18对多态性SSR标记检测了参试材料的遗传多态性。结果表明,18对SSR标记在47份不同抗性品种中检测到99个等位基因,能够将所有品种区分开来,每对引物可以检测到1~10个等位基因,平均为5.21个。47个小麦品种间的相对遗传距离在0.33~0.94之间,平均为0.65。高抗品种间相对遗传距离平均为0.59（0.39~0.77）;中抗品种间的相对遗传距离平均为0.62（0.39~0.83）;感虫品种间的相对遗传距离平均为0.62（0.37~0.83）;高感品种间的相对遗传距离平均为0.64（0.37~0.84）。SSR标记聚类分析在相对遗传距离为0.67处将供试材料分为7大类群。选育和推广抗虫品种时尽可能选择聚类图中亲缘关系较远的材料。抗虫品种‘临远95-5322’单独聚为一类,同其余品种具有较远的亲缘关系,可作为新的抗源用于抗虫育种。     

小麦抗蚜品种的遗传多样性SSR标记分析

分析小麦抗蚜品种(系)的遗传多样性,为进一步培育和推广抗蚜品种提供依据。在田间对956份小麦品种(系)损失率鉴定结果的基础上,取47份年度间鉴定抗性结果较为一致的材料,按损失率大小,由小到大排列起来,利用筛选的18对多态性SSR标记检测了参试材料的遗传多态性。结果表明,18对SSR标记在47份不同抗性品种中检测到99个等位基因,能够将所有品种区分开来,每对引物可以检测到1~10个等位基因,平均为5.21个。47个小麦品种间的相对遗传距离在0.33~0.94之间,平均为0.65。高抗品种间相对遗传距离平均为0.59(0.39~0.77);中抗品种间的相对遗传距离平均为0.62(0.39~0.83);感虫品种间的相对遗传距离平均为0.62(0.37~0.83);高感品种间的相对遗传距离平均为0.64(0.37~0.84)。SSR标记聚类分析在相对遗传距离为0.67处将供试材料分为7大类群。选育和推广抗虫品种时尽可能选择聚类图中亲缘关系较远的材料。抗虫品种‘临远95-5322’单独聚为一类,同其余品种具有较远的亲缘关系,可作为新的抗源用于抗虫育种。     

中国8个地方驴种遗传多样性和系统发生关系的微卫星分析

 【目的】为分析我国驴品种的遗传多样性和系统发生关系。【方法】利用24对微卫星标记，采用PCR扩增，用非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳、银染法显色，对中国8个大、中型驴品种遗传多样性进行了检测，统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数（E），利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（h）、多态信息含量（PIC）和群体间的遗传距离（DA）。利用DISPAN软件，采用邻接法构建系统发生树，并进行了系统发生分析。【结果】结果表明，24对微卫星座位在8个驴品种中的多态信息含量除NVHEQ18为中度多态外，其余23对微卫星均为高度多态；8个驴种的平均PIC（0.6940）、h(0.7119)和E（3.94），基因多态性和遗传多样性相对较高；大型品种关中驴、晋南驴、广灵驴、德州驴和中型品种庆阳驴聚为一类，中型品种泌阳驴、淮阳驴和佳米驴聚为另一类，各驴种的分子系统发生关系与其育成史和地理分布基本一致。【结论】24对微卫星座位可作为有效的遗传标记用于各个驴品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。     

SSR技术在遗传多样性研究中的应用

遗传多样性可用来描述种群遗传变异和研究维持变异的机制,是生物多样性的基础。综述了SSR技术的原理及其在遗传多样性研究中的应用。     

微卫星标记对籼稻品种遗传多样性分析

从水稻全基因组12条染色体上的439对SSR引物中选取30对,对国内外的12个籼稻品种进行遗传多样性研究。结果显示,试验选取的30对SSR引物中有29对具有多态性,多态性位点百分率为96.7%。这些多态性引物在12个材料中共扩增出137条多态性条带,平均每对SSR引物可检测到2～8个等位基因,平均4.7/位点。等位基因有效数(Ae)变幅为1～5.539,平均为3.47。多样性指数中,香浓多样性指数(I)为0～0.819,平均0.651;而Nei基因多样性指数变幅为0～1.907,平均1.3。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,利用SSR标记可将12份材料分为2个类群,国内和国外两个群体。说明SSR标记在区分水稻品种的生态型及遗传多样性研究方面具有重要作用,进一步证实了SSR标记是研究水稻种质资源分类、地理分布、生态类型的有效手段     

利用SSR标记进行粳稻品种的遗传多样性研究

水稻育成品种遗传基础的宽窄及品种间遗传距离的大小是品种能否在当地有效推广种植的关键因素。为了扩大水稻杂交育种中亲本的选择,选用分布于水稻基因组的12条染色体上的30对SSR引物,对国内外的18个粳稻品种进行遗传多样性研究。结果显示,选取的30对SSR引物有28对具有多态性,多态性位点百分率为93%。这些多态性引物在18个材料中共扩增出144条多态性条带,平均每对SSR引物可检测到2~8个等位基因,平均5.14/位点。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,利用SSR标记可将18份材料分为4个类群,同一生态型的稻种基本聚为一类,部分不同生态型的稻种聚在一起,说明这几个品种之间有了一定的基因交流,具有相对较近的亲缘关系。育种亲本的选择不能单单考虑生态型。     

甘肃地方杏品种资源的SSR遗传多样性分析

为了探明甘肃地方杏品种资源的遗传多样性,以甘肃省农科院林果花卉所杏品种资源圃保存的18个地方品种为试材,采用SSR分子标记技术开展研究。结果表明,利用来自杏和桃上的10对引物共扩增出76条谱带,其中多态性条带54条,占总扩增谱带的71.05%。观察杂和度(H₀)、香农指数(I)和遗传相似系数的平均值分别为0.589、1.334和0.402,在相似系数为0.720处将18个品种分为7个大组：第1、2、4组分别由兰州麦杏、临夏早杏和甜馍馍杏独立成组,第3组由兰州虎爪杏、唐汪杏等3个品种组成,第5组由小曹杏和大曹杏2个品种组成,第6组由兰州大屁眼杏等6个品种组成,第7组由临夏泉眼口杏等4个品种组成。可见,甘肃地方杏品种具有丰富的遗传多样性,采用SSR特异性引物可以鉴别甘肃地方杏品种。     

淮麦系列品种/系与澳大利亚资源的SSR遗传差异分析

利用26对SSR引物,对本所通过轮回选择选育的淮麦系列品种/系以及引进的澳大利亚小麦种质资源共48份材料进行了遗传差异分析。结果表明:26对引物共检测到154个等位变异,每个引物检测到的等位变异数量为2～11个,平均5.92个;26对SSR位点的遗传多态性信息含量(PIC)在0.040～0.881;品种/系间的遗传相似系数(GS)为0.64～1.00。聚类分析结果把这些品种/系分为4大类。