PCR扩增法检测江苏省5大淡水湖泊产毒微囊藻的空间分布

微囊藻毒素(Microcystin,MC)的产生受微囊藻毒素合成酶基因簇(microcystin biosynthesis gene,mcy)调控,常用PCR扩增mcy基因检测产毒微囊藻.采集江苏省5大淡水湖泊——太湖、滆湖、高宝-邵伯湖、洪泽湖和骆马湖的水样,测定水体营养盐浓度和叶绿素a浓度,根据叶绿素a浓度计算5个湖泊的富营养化指数(Trophic state index,TSI),同时应用单一和多重PCR扩增mcy基因.结果表明,太湖和滆湖处于富营养和超富营养化水平,洪泽湖和骆马湖处于中营养和富营养化水平,高宝-邵伯湖处于寡营养水平.太湖、滆湖、洪泽湖和骆马湖的所有水样均检出mcy基因,4个湖泊水体受到微囊藻毒素的潜在威胁,高宝-邵伯湖没有检测出mcy基因的存在,尚未受微囊藻毒素的污染.     

不同培养基及振荡对微囊藻生长和产毒的影响

通过研究三种培养基及震荡或静置的条件对微囊藻生长和产毒的影响,得到微囊藻在M-11培养基静置条件下有较大的X_(max)和μ_(max),总的来说微囊藻更适于在静置条件下生长。微囊藻在M-11(静)的条件下MC-LR产量最多。总体上,微囊藻在HGZ培养基中的MC-LR的产量较其他两种培养基要好。     

鸡毒霉形体感染的PCR检测方法的建立及应用

用多聚酶链反应检测了鸡毒霉形体种内菌株的特异性ＤＮＡ片段,并用该法对人工感染鸡及野外野群进行了ＭＧ感染的分子流行病学调查。结果表明,通过基因扩增及电泳,仅ＭＧ出现特生扩增条带,最低能检出１８ｐｇＭＧＤＮＡ,说明该方法具有很高的特异性和敏感性。人工感染６０只鸡,３ｄ后即可用ＰＣＲ查出ＭＧ阳性,６ｄ后１００％为阳性,对照鸡全部为阴性。与分离培养的结果完全一致。ＰＣＲ对野外鸡群的ＭＧ检出率为１０．５－３     

产毒真菌的分子生物学鉴定方法研究进展

真菌毒素污染日益受到关注,其中受污染的包括食品、谷物、饲料等。真菌毒素是丝状真菌产生的次级代谢产物,如黄曲霉毒素、单端孢霉烯族毒素、伏马菌素、棒曲霉素等。人或动物摄取后,会对身体造成严重的损害。对近年来应用在真菌种类检测和鉴定方面的常规PCR、多重PCR(Multiplex PCR)技术、PCR-DGGE技术、实时定量PCR(Real-time Quantitative PCR,RQ-PCR)技术、DNA微阵列(DNA microarray)技术、分子标记技术等分子生物学新技术和新方法进行了综述。     

铁、锰对微囊藻生长及产毒的影响

通过研究Fe3 和Mn2 对微囊藻生长和产毒影响得到,Fe3 含量为1～6 mg/L时,适于微囊藻的生长,6 mg/L时,MC-LR产量最多;微囊藻在Mn2 含量为0.055～0.55 mg/L时,长势较好,在0.055 mg/L时MC-LR产量最高,其他条件的产毒量差异不大.Fe3 和Mn2 影响微囊藻生长的总的趋势是低质量浓度促进,高质量浓度抑制.     

番茄环斑病毒的普通RT-PCR和巢式PCR检测方法

根据番茄环斑病毒（ToRSV）外壳蛋白（CP）基因的保守序列设计了2对引物（引物对Ⅰ和Ⅱ）,利用RT—PCR分别扩增出预期大小的800bp和580bp的条带,其中引物对Ⅱ扩增效率较高、特异性较好。以引物对Ⅰ和Ⅱ进行2轮PCR扩增,建立了巢式PCR检测方法,其灵敏度比普通RT-PCR提高100～200倍。序列测定和分析表明所测定的序列为ToRSVCP基因的部分序列,在系统关系树上与ToRSV的其他分离物形成一簇,亲缘关系很近。     

犬博卡病毒PCR检测方法的建立及其应用

[目的]建立犬博卡病毒(Canine bocavirus,CBo V)的PCR检测方法,了解其流行情况。[方法]根据Gen Bank数据库上CBo V的VP2基因序列合成1对引物,建立PCR检测方法,并运用该方法对临床样品进行检测。[结果]特异性试验中,除CBo V有目的条带出现外,犬细小病毒(CPV)、犬瘟热病毒(CDV)、犬传染性肝炎(ICHV)、犬副流感病毒(CPIV)、猫瘟热(FDV)等均无条带出现。敏感性试验表明,此检测方法对CBo V的最低检测量为4.806 2 pg/μL。重复性试验表明,多次重复试验结果一致,表明此方法重复性好。425份样品中仅有1份样品扩增出目的条带,经测序比对鉴定为CBo V。初步的流行病学调查结果表明,CBo V在犬中的流行率与感染率极低。[结论]建立的PCR检测方法具有特异性强、敏感性高、可重复性强等特点。     

应用可视芯片技术检测食品中常见产毒微生物的方法研究

为建立一种运用可视芯片技术快速、准确检测食品中肠出血性大肠埃希菌Escherichia coli O157:H7、志贺菌Shigella、沙门菌Salmonella、单核细胞增生李斯特菌Listeria monocytogenes的方法.分别选取肠出血性大肠埃希菌O157:H7中编码脂多糖O157抗原的基因(rfbE)...     

鸡毒支原体实时荧光定量PCR检测方法的建立

 【目的】建立基于鸡毒支原体种特异性粘附蛋白编码基因pvpA的实时荧光定量PCR检测方法。【方法】根据GenBank公布的不同国家和地区鸡毒支原体pvpA基因序列,在高度保守区域设计一对引物。以临床分离鸡毒支原体RC1为模板扩增pvpA基因,将其连接到PMD19-T载体,转化至大肠杆菌DH5α中,经PCR和酶切鉴定并测序验证后得到阳性重组质粒rPvpA90。以rPvpA90为模板建立SYBR Green I荧光定量的标准曲线和溶点曲线,并进行特异性,灵敏性,重复性及临床样本检测试验,评价该方法的可行性。【结果】所建立的荧光定量PCR标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,溶点曲线特异,相关系数为0.990。最低检测限为72拷贝/20 μL ,其敏感性比常规PCR至少高100倍;无论是对不同病原DNA单模板还是几种病原DNA混合模板进行扩增,该方法都呈现很好的特异性;重复性试验中,批内和批间变异系数均小于2%,表明该方法重现性好;临床样本的检测结果表明所建立的荧光定量PCR检测方法的检测率明显高于常规PCR方法。【结论】本研究初步建立了基于种特异性基因pvpA的鸡毒支原体荧光定量PCR方法,为养禽场诊断和监测鸡毒支原体病原提供一种新的特异、灵敏的方法。     

微囊藻毒素检测方法研究进展

水体富营养化导致蓝藻疯长,其释放的微囊藻毒素对人体健康造成极大威胁。综述了近年来水中微囊藻毒素检测方法的研究进展,并提出了未来研究的方向,旨在为人体健康与环境管理服务。     

猪圆环病毒多重PCR检测方法的建立

为建立PCV1和PCV2混合感染快速检测的PCR方法,根据GenBank已发表PCV1和PCV2全基因组序列,设计合成4条引物,通过PCV1和PCV2阳性质粒的构建、反应条件的优化、敏感性试验和特异性试验,建立了PCV多重PCR检测方法,可扩增出PCV1和PCV2长度分别为726 bp和433 bp特异性目的基因片段。结果显示,建立的PCV多重PCR可检测到5×101个拷贝的PCV1和PCV2目的基因,HCV、PRV、PPV核酸扩增均为阴性,具有良好的特异性和敏感性。并初步应用建立的方法对42份采自四川省部分地区的样品进行检测,结果表明,PCV1阳性率为33.3%,PCV2阳性率为45.2%,其中PCV1和PCV2混合感染阳性率为16.6%。     

转基因抗草甘膦油菜的实用PCR检测方法

 利用定性PCR技术 ,建立了检测孟山都公司培育的转基因抗草甘膦油菜中的epsps、gox和fmv35s的方法 ,同时设立了阳性内对照napin。该方法的检测灵敏度为 0 .0 5 %。利用复合PCR可以在一个PCR反应中同时检测出epsps、gox、fmv35s和napin基因。这种方法可以有效地用于转基因抗草甘膦油菜中的外源基因的检测。     

鸭疫里默氏杆菌PCR快速检测方法的建立与应用

根据GenBank中16株鸭疫里默氏杆菌(RA)的外膜蛋白A(OmpA)基因序列,在其保守区设计了一对特异性引物,建立了PCR方法,并对已有5个血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌和6株临床分离未定型的里默氏杆菌菌株,及病死鸭病料组织进行了检测。结果表明,5个血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌和6个未定型的里默氏杆菌的DNA都可扩增出592 bp的特异目的条带,而对鸭源大肠杆菌、鸭源多杀性巴氏杆菌、鸭源沙门氏菌的扩增结果均为阴性,在对11只不同鸭场病死鸭各种组织的检测中,脑的检出率为5/11(高于细菌分离的3/11),肝脏的检出率为4/11(高于细菌分离的3/11),心血的分离率为3/11(等于细菌分离的3/11),其它脏器未检测到里默氏杆菌。分别将鸭疫里默氏菌基因组DNA和菌落提取液进行10倍梯度稀释,基因组DNA的最小检出量为10 pg,菌落最小检出量为10 CFU/m l。此法可用于快速鉴定鸭疫里默氏杆菌,也适用于病料的直接检测。     

Detection of Herbicide-tolerant Canola by Multiplex PCR

[Objective]This study aimed to establish a multiplex PCR detection method of herbicide-tolerant canola.[Method] An endogenous reference gene(CruA) and three exogenous genes(T-CaMV 35 S, P-CaMV 35 S and pat) were selected for multiplex PCR. Specific primers were designed based on national standards or related literature. The annealing temperature, ratio of primer concentration and sensitivity of the established multiplex PCR system were optimized. The optimal multiplex PCR system was verified with known samples. [Result] The experimental results showed that the optimal annealing temperature of multiplex PCR was 58 ℃; the optimal ratio of primer concentration(μmol/L) was T-CaMV 35S: CruA: P-CaMV 35S: pat=0.1: 0.2: 0.2: 0.2;the detection sensitivity of the established multiplex PCR method was 0.3 ng. The amplified bands of known samples were completely consistent with the molecular characteristics. [Conclusion] This study provided a rapid, accurate and effective multiplex PCR technique for detection of herbicide-tolerant canola.     

牛源环孢子虫套式PCR检测方法的建立及初步应用

 【目的】 建立牛源环孢子虫套式PCR检测方法并初步应用于临床检测。【方法】根据牛源环孢子虫18S rDNA序列，设计1对保守引物和1对特异性引物，建立牛源环孢子虫套式PCR检测方法。通过阳性参照摸索出该检测方法的最佳反应条件，进行特异性和敏感性试验。并对168份临床样品进行了检测。【结果】该套式PCR能特异性地扩增出牛源环孢子虫基因组DNA中相应片段，与艾美耳球虫、隐孢子虫、贾第虫等10种相关原虫基因组DNA无交叉反应；最低能检测到2.85×10-2 fg的阳性参照DNA；对临床样品检测结果表明PCR技术检查阳性者显微镜检查都为阳性。【结论】建立的套式PCR方法具有高度的特异性和敏感性，有较好的临床应用价值。     

检测猪圆环病毒2型PCR方法的建立

[目的]为快速诊断猪圆环病毒病提供参考。[方法]根据GenBank中猪圆环病毒2型(PCV-2)的核苷酸序列设计并合成1对特异性引物,建立诊断PCV-2地方分离株的PCR方法。[结果]各物质在PCR反应中最佳浓度分别为:dNTP 220 pmol/ml,Taq酶0.1 U/μl,引物20 pmol/μl。从PCV-2阳性病料中提取DNA,在优化条件下进行PCR扩增,获得预期的494 bp特异性条带。用该PCR方法对PCV-2、PRRSV、HCVS、IV、PPV进行检测,PCV-2为阳性,而PRRSV、HCV、SIV、PPV检测均为阴性,未出现交叉反应,说明该PCR方法对PCV-2具有良好的特异性。该PCR方法可检出1.25 ng模板DNA,具备较高的敏感性。[结论]使用该PCR方法检测PCV-2是切实可行的。     

鹦鹉热衣原体real-time quantitative PCR检测方法的研究

[目的]为鹦鹉热衣原体的快速、准确检测奠定基础。[方法]根据鹦鹉热衣原体主要外膜蛋白(MOMP)基因序列设计一对特异性引物,以SYBR GreenⅠ为荧光染料,建立了鹦鹉热衣原体Real-time quantitative PCR检测方法。根据检测结果,计算样品的批内和批间变异系数(CV)。[结果]以提取的鹦鹉热衣原体DNA为模板,用引物Cps-1和Cps-2进行PCR扩增,得到长100 bp的片段。扩增产物回收纯化后,连接到pGEM-T Easy载体上并转化到大肠杆菌DH5α,菌落PCR检测筛选阳性克隆,培养后提取质粒DNA。当模板浓度范围为1.78×102~1.78×108拷贝/μl时,标准曲线相关系数达0.998;批内和批间变异系数(CV%)分别为1.30%~4.59%和5.72%~9.87%。[结论]为鹦鹉热衣原体的感染、流行调查等提供了重要的技术参考。     

奶牛隐性乳房炎多重PCR检测方法研究

[目的]建立一种快速、准确和特异性强的奶牛隐性乳房炎检测方法。[方法]采用多重PCR从基因水平上对70份临床疑似奶牛隐性乳房炎感染样本进行检测。[结果]多重PCR方法检测隐性乳房炎阳性样品数为58份,阳性检出率为82.5%;传统生化方法检测阳性样品数为53份,阳性检出率为75.5%,两者的阳性符合率为92%。[结论]成功地建立了一种快速、特异性强的奶牛隐性乳房炎多重PCR检测方法。     

鹅细小病毒PCR诊断方法的初步建立

根据GeneBank上已发表的鹅细小病毒(GPV)基因序列,设计合成1对引物,以GPV阳性毒株鹅胚尿囊液及攻毒后死亡的雏鹅组织,提取DNA并进行PCR,结果产物扩增出的片段与预期片段440 bp大小相符,测定序列与GeneBank上GPV B株同源性达99%。试验结果显示用该方法可以特异性地诊断出GPV,比琼脂扩散试验(AGP)敏感性高,可检测最低浓度为102.5GELD50/0.2mL;检测攻毒后死亡的雏鹅组织,在脑、肝、肺、肾、肠等组织中均有GPV的存在,可以用于临床可疑病毒的分离鉴定。所建立的PCR方法具有高度的特异性、敏感性和可重复性。     

应用PCR检测猪伪狂犬病毒野毒的研究

[目的]对猪伪狂犬病毒野毒进行检测.[方法]根据已发表的猪伪狂犬病病毒gE基因核苷酸序列,设计合成1对引物,扩增片段长度为276 bp,优化PCR反应条件,建立检测PRV野毒的PCR方法.[结果]利用建立的PCR方法检测疑似PRV野毒感染的临床送检组织病料34份,阳性样品18份,阳性率达52.94％（18/34）,选取6份阳性病料PCR产物送生工生物工程（上海）股份有限公司进行序列鉴定,测序结果表明均为PRV gE基因特异性序列.[结论]该方法敏感、特异、可靠,可用于PRV野毒感染的快速诊断和流行病学调查.