黄瓜属Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列的克隆及分析

根据Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物,通过PCR扩增,从黄瓜属野生种酸黄瓜（Cucumis hystrix Chakr.）和栽培黄瓜（Cucumis sativus L.）中均扩增出260 bp左右的目标条带。扩增产物经纯化后克隆于pGEM-T Easy质粒载体,选择阳性克隆,再经菌落PCR鉴定,然后进行测序及序列分析。本文获得了21条来源于酸黄瓜和栽培黄瓜的逆转录酶序列,通过核苷酸聚类分为5个家族。这些核苷酸序列具有较高的异质性,主要表现为缺失突变,序列长度变化范围为255～272 bp,同源性范围为27.0%～98.1%。翻译成氨基酸后,有4条序列出现终止密码子突变,6条序列表现出移框突变。将这些逆转录酶的氨基酸序列与已登陆的不同物种同一类型逆转录酶的氨基酸序列进行聚类分析,表明它们可能有共同的起源。     

组织培养条件下苹果Ty1-copia类逆转座子的转录活性

研究了苹果基因组中Tyl—copia类逆转座子的转录活性、多样性及其甲基化水平。在培养基MS＋2，4-D2mg／L＋BA0．2mg／L＋NAA0．5mg／L上诱导了1个月的愈伤组织中用RT—PCR方法检测到了270bp的目的条带，而对照、继代组培苗和不含2，4-D的愈伤中均没有目的条带的扩增，说明一定浓度的2，4-D可以诱导苹果中Tyl—copia类逆转座子的表达活性。将目的条带回收、克隆和测序后进行分析：所克隆的21条序列虽都为Tyl-copia类逆转座子逆转录酶保守序列，但存在很大的异质性，21个克隆的核甘酸序列变化范围为196—290bp；翻译成氨基酸后存在缺失、插入、移框和终止密码子突变，7个克隆在氨基酸保守序列‘SLYGLKQ’处有1—2氨基酸位点的突变，说明这些序列对应的逆转录酶多数可能已失去了其原有功能。将21条序列进行聚类分析，除ART20外，其它克隆可聚为3类，并分别与GenBank上某些物种的相应序列同源性很高，表明在不同物种间可能存在逆转座子的横向传递作用。甲基化试验表明苹果基因组内Tyl-copia类逆转座子甲基化水平高。这些都表明Tyl-copia类逆转座子对苹果基因型的多样性及基因组的进化具有重要意义。     

罗田甜柿Ty1-copia类逆转座子RNaseH-LTR序列的分离和特性分析

逆转座子序列信息的获得,对了解其在基因组中的行为及系统学研究有重要价值。本试验从罗田甜柿（Diospyros kaki Thunb. 'Luotian-tianshi'）基因组中分离31个RNaseH-LTR（Long Terminal Repeat,长末端重复）序列,并利用IRAP（Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism,逆转座子间扩增多态性）技术对部分序列相应的逆转座子家族在柿属植物中的转座活性及分布情况进行初步探讨。序列分析结果表明,至少有10个Ty1-copia类逆转座子家族得到扩增;其家族间普遍表现高度异质,碱基替换、插入或缺失突变,以及翻译成氨基酸后发生不同程度的终止密码子突变、氨基酸取代和移框突变等,是产生高异质性的原因;此外,其家族内部某些序列间的相似性极高,可能是寄主基因组与逆转座子间互惠关系的体现。应用部分逆转座子引物的IRAP分析结果表明,相应的逆转座子家族在柿属植物中普遍存在,其分布广泛,拷贝数高,转座活性强,具有进一步开发为多种逆转座子分子标记的潜力。     

组织培养条件下苹果Ty1-copia类逆转座子的转录活性(英文)

研究了苹果基因组中Ty1-copia类逆转座子的转录活性、多样性及其甲基化水平。在培养基MS+2,4-D2mg/L+BA0.2mg/L+NAA0.5mg/L上诱导了1个月的愈伤组织中用RT-PCR方法检测到了270bp的目的条带,而对照、继代组培苗和不含2,4-D的愈伤中均没有目的条带的扩增,说明一定浓度的2,4-D可以诱导苹果中Ty1-copia类逆转座子的表达活性。将目的条带回收、克隆和测序后进行分析:所克隆的21条序列虽都为Ty1-copia类逆转座子逆转录酶保守序列,但存在很大的异质性,21个克隆的核甘酸序列变化范围为196-290bp;翻译成氨基酸后存在缺失、插入、移框和终止密码子突变,7个克隆在氨基酸保守序列‘SLYGLKQ’处有1-2氨基酸位点的突变,说明这些序列对应的逆转录酶多数可能已失去了其原有功能。将21条序列进行聚类分析,除ART20外,其它克隆可聚为3类,并分别与GenBank上某些物种的相应序列同源性很高,表明在不同物种间可能存在逆转座子的横向传递作用。甲基化试验表明苹果基因组内Ty1-copia类逆转座子甲基化水平高。这些都表明Ty1-copia类逆转座子对苹果基因型的多样性及基因组的进化具有重要意义。     

大兴安岭野生笃斯越桔逆转座子逆转录酶的多样性分析

以大兴安岭野生笃斯越桔为试材,采用同源克隆技术分离了Ty3-Gypsy类逆转座子逆转录酶序列,研究了其同源性及系统进化关系,以期为分析笃斯越桔的遗传多样性,开发可靠的分子标记提供参考依据。结果表明:分离的19条序列(分别命名为VuGRE1~19)长度范围为376~418bp,同源性范围为23.3%~97.8%,显示出较高的异质性。氨基酸序列分析结果显示,分离的19条序列中有8条序列发生了不同程度的变异,其中终止密码子突变的频率最高;因此推测终止密码子突变可能是导致笃斯越桔逆转座子异质性的主要原因。系统进化分析结果显示,VuGRE1~19隶属于2个不同的基因家族。Family I仅包含3条序列,序列间的同源性较低,且与其它物种逆转录酶的遗传距离较远;说明Family I的起源较为古老,种的特异性较强。Family II包含16条序列,由3个Subfamily组成;各亚家族成员间的同源性较高,亲缘关系较近;说明该基因家族的活性较高。另外,Family II基因家族成员与其它物种的Ty3-Gypsy类逆转座子逆转录酶序列具有较高的同源性,特别是Subfamily 3与兴安落叶松、苹果、银杏、绿豆、荸荠等植物的逆转录酶具有较近的亲缘关系;说明这些成员在物种间存在广泛的横向交流。以上结果说明,Family II是笃斯越桔中广泛存在的逆转座子基因家族,并在笃斯越桔适应性遗传进化中发挥了重要作用。     

‘元帅’苹果短枝变异逆转座子插入位点临近基因Md RDACO1的表达及功能分析

前期研究发现在‘元帅’苹果短枝突变体4号染色体约3 768 578 bp处存在一个2 190 bp的逆转座子Mdsolo-LTR1及其插入位点3’端约50 kb处有一乙烯合成限速酶基因ACO1。以‘元帅’及其短枝突变品种‘奥勒冈矮生’为试材,研究逆转座子Mdsolo-LTR1对其临近基因MdRDACO1表达活性的影响。荧光定量PCR结果表明,MdRDACO1的表达量在新梢发育至9节和12节时的顶芽和新梢半木质化前各阶段的茎段中均是‘元帅’显著高于‘奥勒冈矮生’。拟南芥异源转化结果显示,播种后7 d时,转Md RDACO1基因株系下胚轴长度和45d时株高显著高于野生型和转空载株系;进一步分析发现,转Md RDACO1株系中古巴焦磷酸合成酶基因AtCPS1的表达量显著高于野生型和转空载株系。试验结果暗示‘奥勒冈矮生’等短枝突变体中,逆转座子Mdsolo-LTR1可能通过抑制其临近的乙烯合成限速酶基因Md RDACO1的表达活性,从而抑制受乙烯正调控的赤霉素合成关键基因Md CPS活性,进而导致短枝突变。     

火龙果Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列的克隆及分析

 根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物,通过PCR扩增,从火龙果基因组中扩增出260 bp左右的目标条带,经回收、克隆、测序及序列分析,获得了23条来源于火龙果试管苗变异和非变异材料的反转录酶序列。通过系统演化分析,所得序列可分为5类,存在较高的异质性;与母株相比,变异植株的反转录酶序列存在缺失、移码和终止密码子突变。经反转录酶氨基酸序列对比,火龙果与其它物种间具有较高的同源性,表明在不同物种间可能存在反转录转座子的横向传递作用。     

苹果IRAP技术体系的建立及优化

通过苹果逆转座子长末端重复序列(LTR)保守区域设计引物,对影响苹果IRAP反应的重要因素进行了研究,建立并优化了苹果IRAP分子标记技术体系。优化的苹果IRAP分子标记体系为:25μL反应体系中,模板DNA50ng、Mg2+2.5mmol·L-1、dNTPs0.2mmol·L-1、10×buffer2.5mmol·L-1、TaqDNA聚合酶1.0U、引物0.4μmol·L-1。该体系在所试苹果品种中均获得了较理想的扩增效果,并能鉴定部分芽变品种。     

牡丹Ty3-gypsy 类反转录转座子反转录酶序列的克隆及分析

 根据Ty3-gypsy反转录转座子反转录酶的保守序列设计简并引物,从中原牡丹（Paeonia suffruticosa Andrews）品种‘洛阳红’和野生种卵叶牡丹（Paeonia qiui Y. L. Pei et D. Y. Hong）中扩增出430 bp左右的目标片段。目的条带经回收、克隆、测序及相关生物信息学软件进行序列分析后,获得了13条来自牡丹的Ty3-gypsy反转录转座子反转录酶序列。这些核苷酸序列具有较高的异质性,主要表现为缺失突变,序列长度变化范围为412 ~ 446 bp,同源性范围为71.5% ~ 94.8%。翻译成氨基酸后,有12条序列出现1 ~ 9个不同程度的终止密码子突变,3条序列出现移框突变。其核苷酸序列经过系统聚类后可分为6个家族。将其氨基酸序列与已登录的不同物种Ty3-gypsy反转录转座子反转录酶的氨基酸序列进行聚类分析,结果表明与其他植物具有较高的同源性,表明它们间可能存在着Ty3-gypsy反转录转座子的横向传递。     

菊花Ty1-copia类反转录转座子RT基因的分离与序列分析

以菊花品种‘秋水长流’DNA为试材,利用简并引物对菊花品种‘秋水长流’的DNA进行PCR扩增,对条带进行回收、克隆、测序,并通过生物信息学方法对获得的序列进行了碱基序列分析、同源性分析及聚类分析,以期为进一步探索反转录转座子在菊花遗传多样性形成中的作用奠定基础。结果表明:得到了一条230bp左右的目的条带。28条来自菊花的Ty1-copia反转录转座子反转录酶序列长度变化范围为207～232bp,GC与AT比例为1.06～1.63,同源性范围为25.3%～99.1%。其核苷酸序列经过系统聚类分析后可分为4个家族。所有氨基酸序列出现2～13个不同程度的终止密码子突变。并且将核苷酸序列与NCBI中已登录的不同物种Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的核苷酸序列进行聚类分析。在菊花中得到4个家族的Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列在长度、碱基变化上的表现是不完全一致的,且序列同源性上存在多态性。系统进化树分析的结果表明,获得序列与其它植物中的Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列具有较高的同源性。菊花中的Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列间具有较高的异质性。     

枇杷LTR类反转录转座子RT序列的克隆及分析

[目的]揭示枇杷LTR类反转录转子座RT序列在枇杷基因组中的异质性,为枇杷转座子进化和多样性研究提供依据.[方法]以普通枇杷野生种质的叶片为材料,通过简并引物从枇杷基因组中扩增得到Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶序列,并对其序列变化特点进行生物信息学分析.[结果]最终获得38条Ty1-cop...     

采后热空气处理对嘎拉苹果质地的影响及其作用机理

应用整果穿刺(Puncture)和质地多面分析(TPA)的方法研究采后热处理(38℃4d)对嘎拉苹果质地的影响,同时研究热处理对果实不同溶解性果胶含量的影响,建立不同溶解性果胶含量与果肉硬度之间的相关性。研究发现,2种测试方法都能较好的反映苹果质地特点;嘎拉苹果的果肉硬度与水溶性果胶含量呈极显著的负相关,与碳酸钠溶性果胶呈极显著的正相关,而与CDTA(环乙二胺四乙酸)溶性果胶、硫酸溶性果胶、总果胶含量没有显著的相关性。采后热处理能显著提高贮藏后期嘎拉苹果的果皮和果肉硬度、果肉的凝聚性、咀嚼性和回复性,这主要是由于热处理显著减少了嘎拉苹果水溶性果胶含量的上升,并维持较高的碳酸钠溶性果胶,但对CDTA溶性果胶、硫酸溶性果胶和总果胶没有显著的影响。     

An intact mitochondrial cox1 gene and a pseudogene with different genomic configurations are present in apple cultivars ‘Golden Delicious’ and ‘Delicious’: Evolutionary aspects

We have characterized the mitochondrial cox1 gene copies in two apple cultivars ‘Golden Delicious’ and ‘Delicious’. Both the cultivars contained an intact copy and a truncated copy of cox1. The intact ‘Golden Delicious’ and ‘Delicious’ cox1 genes, designated G-cox1 and D-cox1, respectively, were both found to be actually transcribed to give an RNA of approximately 1.7 kb. The two intact cox1 and two truncated copies (G-φcox1 and D-φcox1) shared a common 1115-bp segment flanked by four combinations of two different 5′- and 3′-sequences. PCR assay demonstrated that the configurations bearing G-cox1 and G-φcox1 existed in substoichiometric amounts within the mitochondrial genome of ‘Delicious’ whereas substoichiometric molecules carrying D-φcox1 were present in the ‘Golden Delicious’ mitochondrial genome. Although ancestor/descendant relationships cannot be inferred between the G-cox1 and D-cox1 arrangements, the results led us to hypothesize that (1) the 1115-bp segment containing part of the progenitor cox1 was duplicated, thereby generating a pseudo-cox1 copy, and (2) this was followed by homologous recombination across a portion of the 1115-bp repeats which gave rise to the descendant cox1 and pseudo-cox1 arrangements.     

苹果抗轮纹病新砧木-烟砧一号的选育

烟砧一号是从鸡冠自然杂交实生苗中选育出的实生种.经过14 a田间调查和区试鉴定,以其作中间砧的富士枝干和果实的苹果轮纹病的发病率比没有嫁接中间砧的富士降低59.3%和12.77%.而且可显著提高富士果实的可溶性固形物.与基砧八棱海棠、平邑甜茶和生产上主栽的富士系亲和性良好,无大小脚现象,适宜在富士产区推广应用.     

关于我国苹果育种研究工作的几点想法

概述了世界上一些主要苹果生产国家,包括美国、加拿大、日本、英国、法国、荷兰、德国、新西兰、澳大利亚等的苹果育种概况和取得的成就,并回顾了我国苹果育种的成就。作者根据自己对国际上目前盛行栽培和发展的苹果品种以及我国培育的苹果新品种的了解,认为我国近些年来发表的一些品种,如华冠、华帅、华红、寒富、新帅、新苹等,都具有优质、丰产、耐贮、适应性广的特点,并且有的在品质上并不比现在国际上盛行发展的富士,布瑞拜,乔纳金,新红星差。对于这些品种,作者认为应积极开展品种区域试验,与这些国际上的热门品种进行较量,以确定它们在国内和国际上的推广价值。为了尽快培育出我国超国际水平的苹果新品种,建议扩大全国苹果育种中心机构,统一制定育种计划,利用我国已培育出的前述的几个优质品种与一些国外的实践证明为优良杂交亲本的品种进行重复杂交,加速我国苹果育种步伐。     

苹果起源演化的考察研究

苹果是栽培种。塞威士苹果Ｍａｌｕｓｓｉｅｖｅｒｉｓｉｉ（Ｌｅｄ．）Ｒｏｅｍ。是苹果的野生种。中国苹果和西洋苹果皆起源于塞威士苹果。西洋苹果（苹果）起源于中亚的威士苹果,但杂有高加索东方苹果Ｍ．ｏｒｅｉｎｔａｌｉｓＵｇｌｉｔｚ．和欧洲森林苹果Ｍ．ＳｙｌｖｅｒｓｔｒｉｓＭｉｌｌ的基因,而中国苹果则是从新疆塞威士苹果的纯系驯化而来的栽培种。;现代苹果果产的大小、色泽、品质及成熟期等性状的多样性,是祖先种