山核桃RAPD反应体系的优化

建立山核桃RAPD反应优化体系是进行山核桃遗传多样性分析的前提。通过对影响PCR扩增结果的主要因子的组合研究,确定了山核桃Caryacathayensis的最适反应体系和扩增程序,即在20μL反应体系中,含2 5mg·L-1(50ng)模板,2 0μL10×Buffer,16 67pmol·s-1TaqDNA聚合酶;各0 2mmol·L-1dNTPs,3 0mmol·L-1MgCl2,0 3μmol·L-1引物。扩增程序为:94℃预变性300s,94℃变性30s,38℃退火30s,72℃链延伸90s,38次循环,72℃后延伸420s。图5表2参6     

ISSR、RAPD和SRAP分子标记技术在姬松茸菌株鉴定上的应用比较

利用ISSR、RAPD和SRAP3种分子标记法对16株姬松茸菌株进行比较分析。结果表明其中8条RAPD、4条ISSR和2对SRAP引物适合姬松茸菌株鉴定分析,3种标记方法均将16个菌株分为3大类群,A0011+1和A0013为1类,A0009单独为1类,其余菌株为1类。3种分子标记法对姬松茸菌株鉴别的结果存在着一定差别。SRAP反应的遗传信息较丰富,比ISSR、RAPD检测到更大的遗传差异;RAPD引物扩增到的多态性条带数较多。     

山核桃RAPD 反应体系的优化

建立山核桃RAPD 反应优化体系是进行山核桃遗传多样性分析的前提。通过对影响PCR 扩增结果的主要因子的组合研究, 确定了山核桃Carya cathayensis 的最适反应体系和扩增程序, 即在20 L 反应体系中, 含2.5 mgL-1 (50 ng)模板, 2.0 L 10 Buffer , 16.67pmols-1Taq DNA 聚合酶;各0.2 mmolL-1dNTPs , 3.0 mmolL-1MgCl2 , 0.3 molL-1引物。扩增程序为:94 ℃预变性300 s , 94 ℃变性30 s , 38 ℃退火30 s , 72 ℃链延伸90 s , 38 次循环, 72 ℃后延伸420 s 。图5 表2 参6     

四川不同地区硬头黄竹RAPD和ISSR分析

以四川不同地区硬头黄竹为研究对象.通过随机扩增多态性DNA标记(RAPD)和简单序列重复区间(ISSR)标记进行扩增,探讨硬头黄竹的遗传多样性.研究表明,6个RAPD引物扩增出了42条条带,多态性高达69.05%;5个ISSR引物扩增出了47条条带,多态性为61.70%.利用Popgen32进行聚类分析,聚类结果可将不同地区的硬头黄竹类型区分开来.其遗传距离分别为0.182 3～0.602 2和0.043 5～0.672 1,说明RAPD和ISSR分子标记为硬头黄竹的遗传改良提供了理论依据.     

旱柳SRAP－PCR体系的建立与优化

为了丰富柳树分子标记的手段,以旱柳Salix matsudana为材料,通过正交实验设计法,获得适于旱柳的相关序列扩增多态性（sequence-related amplified polymorphism,SRAP）-聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）体系;对SRAP-PCR扩增过程中的2次退火温度进行优化。结果如下：优化反应体系,25.00 μL反应液中,含20.84 nkat的Taq酶,2.00 μL Mg²⁺（25 .00 mmol·L^－1）,2.50 μL 碱基混合物（脱氧核糖核苷酸dNTPs,各2.50 mmol·L^－1）,1.50 μL引物（20.00 μmol·L^－1）,100.00 ng DNA模板,2.50 μL 10 × Taq酶缓冲液。扩增程序,94 ℃ 2.0 min;94 ℃ 1.0 min,38 ℃ 1.0 min,72 ℃ 1.5 min,5个循环;94 ℃ 1.0min,54 ℃ 1.0 min,72 ℃ 1.5 min,30个循环;72 ℃ 10.0 min。经聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）检测,特征性条带清晰,信息量大,完全可以用于旱柳基因组的研究分析。图4表2参12     

A Genetic Linkage Map of Kenaf （Hibiscus cannabinus L.） Based on SRAP,ISSR and RAPD Markers

Kenaf (Hibiscus cannabinus L.) is one of the most economically important crops for non-wood fiber production. The objective of this study was to establish a genetic linkage map of kenaf with higher density of molecular markers. A semi-wild variety Ga42 and a cultivar Alain kenaf were used as parents to construct an F₂ population consisting of 155 plants. The genetic linkage map comprising 134 marker loci was constructed, including 65 sequence-related amplified polymorphism (SRAP), 56 inter-simple sequence repeat (ISSR), and 13 randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. This map spans 2 108.9 cM and contains 20 linkage groups with an average marker density of 15.7 cM between the adjacent markers.     

应用 SRAP 分子标记构建黄麻遗传资源 DNA 指纹图谱

以36个黄麻野生种和栽培种为材料,对其基因组DNA进行相关序列扩增多态性（SRAP）分子标记分析．结果表明：从50对引物中筛选出扩增带型好、品种间带型差异明显、易于识别的34对多态性引物,共扩增出1845条多态性条带,平均每对引物扩增出51．25条,最后从中筛选出14对核心引物构建了36个黄麻品种的DNA指纹图谱,每个品种均有各自特异的DNA指纹,可为黄麻种质资源分子身份证绘制提供依据．     

基于RAPD和SRAP分子标记的柑桔大实蝇种群多态性及其亲缘关系研究

目的:利用RAPD(Random AmplifiedpolymorphicDNA)和SRAP(Sequence-RelatedAmplifiedPolymorphism) 分子标记技术,研究来自重庆、湖北、四川和陕西4省市10个地理种群柑桔大实蝇的亲缘关系.方法:利用 10条RAPD引物和5对SRAP引物对10个不同地理种群柑桔大实蝇的基因组DNA 进行扩增,统计多态性谱带, 然后运用DPS统计分析软件进行遗传多态性及聚类分析.结果:10条RAPD 引物扩增产生152条清晰稳定的谱 带,其中多态性谱带132条,多态性谱带的比例为86.84%;不同地理种群间的遗传距离在0.2500~0.6250之间, 10个地理种群的柑桔大实蝇被划分为4个大类群.5对SRAP引物扩增共获得66条重复性好的清晰谱带,其中多 态性谱带60条,多态性谱带比例为90.91%,不同地理种群间的遗传距离在0.2000~0.7895之间,10个地理种 群的柑桔大实蝇被分为5个大的类群.将RAPD和SRAP两种标记的数据整合,聚类结果显示,10个地理种群的 柑桔大实蝇被划分为6个大类群.结论:柑桔大实蝇不同地理种群间具有丰富的遗传多样性,两种方法结合分析更 能准确地反映不同地理种群间的亲缘关系.     

12份白花泡桐材料亲缘关系的ISSR分析

以‘福桐’、‘绿桐’2个无性系与10个不同种源的白花泡桐个体为研究对象,采用ISSR分子标记对12份白花泡桐材料的亲缘关系进行研究,并利用DPSv3.01进行聚类分析。结果表明:10条引物共扩增出66条条带,其中有37条多态带,多态性比例为56.1%。根据ISSR聚类分析结果,在遗传距离为0.35时,12份白花泡桐材料可分为5类,第1类为‘福桐’无性系与河南、河北种源个体;第2类为‘绿桐’无性系与湖南、湖北、江苏种源个体;第3类为浙江、广东种源个体;第4类为江西、福建种源个体;第5类为广西种源个体。此结果可确定‘福桐’与‘绿桐’为2个不同的无性系。     

濒危树种金钱松RAPD体系的建立和遗传多样性分析

通过优化随机扩增多态性DNA（RAPD） 反应体系,对浙江省不同来源的金钱松Pseudolarix amabilis进行遗传多样性分析。结果表明：18条随机引物在62个样品中可检测到172个可重复位点,其中多态性位点有170个,多态性比率为99.2%。聚类分析的结果表明：同一来源金钱松材料聚为一类,说明金钱松天然群体的RAPD多态性分类和其地理分布有一定的关系,但也有特殊个体不一致,表明金钱松天然种群体存在较高的遗传多样性,并建议对金钱松进行就地保存和迁地保存。图2表3参31     

基于ISSR分子标记技术的山核桃幼胚DNA甲基化初步研究

用简单序列重复区间扩增(inter-simple sequence repeat,ISSR)DNA分子标记技术对山核桃Carya cathayensis不同发育阶段幼胚(第9周至13周)的DNA进行甲基化状态检测。结果表明:17个引物在各个发育时期山核桃幼胚样品中共扩增检测到的128个甲基化位点。甲基化比例随着幼胚的发育逐渐升高,5个时期幼胚甲基化比例依次为23.44%,25.78%,28.90%,40.62%和42.19%。进一步研究表明:5个时期均存在全甲基化位点和半甲基化位点,其中,全甲基化位点所占比例分别为7.81%,8.59%,16.40%,24.22%和25.00%;半甲基化位点所占分别为15.62%,17.19%,12.50%,16.41%,17.19%。因此,山核桃幼胚5个发育时期在基因组DNA甲基化水平上存在着较大差异(P<0.01)。     

山核桃基因组DNA提取及RAPD引物筛选

分别用SDS法、CTAB法、简易CTAB法及高盐低pH法提取山核桃干叶的基因组DNA并进行了检测比较.结果显示,SDS法更适合于山核桃基因组DNA的提取;对600条10碱基的随机引物进行了初筛和复筛,结果筛选出了20条扩增多态性强、稳定性好的引物,作为全部基因纽的扩增引物.     

四川省不同地区梁山慈竹RAPD与ISSR遗传多样性研究

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)和简单重复序列区间(ISSR)对四川省6个不同地区梁山慈竹进行遗传多样性分析。研究表明,筛选出的6个RAPD引物扩增出多态性条带57条,多态性高达95%;筛选出的6个ISSR引物扩增出多态性条带34条,多态性为58.64%。利用Popgen32软件进行聚类分析,结果表明,聚类结果可区分不同地区的梁山慈竹,其遗传距离分别为0.2657-0.9589和0.1092-0.5639,且树状聚类图分类总体趋势一致,表明RAPD和ISSR分子标记结合是一种在DNA水平上有效地检测梁山慈竹遗传结构的优良方法。     

山核桃COP1E3连接酶的全长克隆及表达分析

COP1 E3连接酶是一个光形态建成的抑制子和光调控植物发育的分子开关.对山核桃Carya cathayensis花芽454测序获得CcCOP1 E3连接酶的片段,通过cDNA末端快速扩增技术（RACE）,分别获得该基因的全长,大小为2 331 bp,它由2个特殊的结构域组成即环形锌指结合域和WD-40重复序列,其编码的蛋白质有较强的亲水性,在氨基端主要是亲水性氨基酸,而羧基端主要是疏水性氨基酸.CeCOP1 E3连接酶与毛果杨Populus trichocarpa等的COP1 E3连接酶同源基因相似度较高,总体高达77.80％.实时荧光定量聚合酶链式反应（real-timePCR）结果显示：CcCOP1 E3连接酶的表达贯穿于在山核桃雌雄花的发育过程,CcCOP1 E3连接酶在山核桃的茎、叶、果实、花芽中均有表达,但在花芽中表达量最高,3月中旬表达量最高,在5月中旬雄花表达量相对较高.CcCOP1 E3连接酶与山核桃雌雄花分化有关.     

长果种黄麻DNA的提取及SRAP分子标记体系的建立

以宽叶长果和甜麻杂交产生的F2代为材料,研究长果种黄麻DNA的提取方法和SRAP分子标记技术中的主要影响因素(包括模板DNA浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶浓度、dNTPs浓度及上下游引物浓度).最终建立了适于长果种黄麻DNA提取的CTAB法与SRAP-PCR反应体系(25 μL):模板DNA 100 ng,引...     

圆果黄麻成熟叶片总DNA提取及SRAP扩增体系的建立与优化

采用改良的CTAB法从圆果黄麻成熟叶片中提取基因组DNA,对DNA进行电泳检测、含量测定和SRAP分析,并对黄麻SRAP-PCR反应体系中主要影响因子进行了优化,建立了最佳反应体系.结果表明,改良的CTAB法能够提取高质量的DNA,DNA纯度和完整性都较好,经紫外分光光度计测定,D260nm/D280nm均在1.7-1...     

RAPD分子标记方法及在蔬菜研究中的应用

总结了RAPD（random amplified polymorphic DNA)标记技术的原理、特点及在使用过程中的注意事项。综述了目前蔬菜研究、生产在品种(杂种)鉴定、分子标记辅助育种、亲缘关系和遗传多样性方面的研究,以及在遗传图谱构建等方面的应用情况及其前景。     

棕包梨的RAPD分析

通过建立梨RAPD反应的优化体系对棕包梨和其他梨品种进行聚类分析,探讨了它们之间的亲缘关系.结果表明:西洋梨(Pyrus communis L.)与东方梨[(砂梨(P.pyrifdia Burn)和白梨(P.bretschneideri Rehd)]品种之间亲缘关系较远;而砂梨与白梨品种之间亲缘关系较近;棕包梨与砂梨、日本梨品种之间的亲缘关系较远;而棕包梨与蜜雪梨间的亲缘关系很近,而蜜雪梨为我国台湾横山梨和日本水晶梨的杂交品种.表明我国台湾的横山梨和福建的棕包梨可能是同一品种类型.     

一种适于杉科植物遗传多样性分析的RAPD体系的建立初探

以墨西哥落羽杉、中国柳杉及日本柳杉为代表样品，摸索出一套适于杉科植物遗传分析的RAPD方法，通过大量的引物筛选和扩大所用引物数量，将能从理论上筛选出特定的引物对，用于杉科植物的真假杂种鉴定、亲本确认以及分类学的研究。