鸡RB1基因的生物信息学分析

以鸡的RB1基因为研究对象,运用生物信息学的方法对鸡等15种动物的RB1蛋白进行了多序列比对分析、分子进化分析及蛋白质结构分析,同时还比较了鸡、人及鼠的RB1基因结构、启动子结构以及3'端非编码区结构。结果表明:鸡和人RB1基因的进化关系较近,但是,从启动子结构、3'端非编码区结构来看,鸡RB1基因与人和小鼠的同源性很低。研究结果可以为下一步鸡RB1基因的功能研究提供参考依据。     

山羊BMPR-IB基因编码蛋白结构及功能的生物信息学分析

试验旨在利用生物信息学方法分析山羊骨形态发生蛋白受体IB（bone morphogenetic protein receptor IB,BMPR-IB）基因编码蛋白的结构及功能。本研究通过在线软件预测和分析山羊BMPR-IB基因编码蛋白的一级结构、二级结构、亚细胞定位、三级结构、重要的功能基序及其分类,通过最大似然法对不同物种BMPR-IB基因编码蛋白序列构建系统发育树,进行系统发育分析。结果发现,山羊BMPR-IB基因共编码502个氨基酸,其编码蛋白属于不稳定的亲水性蛋白质。二级结构以β折叠为主,比例为63.5%,主要存在于细胞核中,在线粒体、细胞质、囊泡分泌系统和质膜中也有少量分布。该蛋白主要发挥嘌呤和嘧啶、监管、运输和结合、信号转导等功能。在127-149氨基酸位置存在1个跨膜结构域;在174-203、204-494氨基酸位置存在2个高度保守的基序,分别为GS结构域和蛋白激酶结构域。三级结构由sheet片段结构富集域和helix螺旋结构富集域组成。不同物种BMPR-IB基因系统发育分析结果与动物学分类结果一致,提示BMPR-IB基因与繁殖力性状存在联系。通过不同的在线预测软件分析了山羊BMPR-IB基因编码蛋白的结构及功能,为深入研究BMPR-IB基因提供理论指导。     

KISS基因的研究进展

KISS-1基因与GPR54基因一起组成KISS-1/GPR54系统,参与动物下丘脑-垂体-性腺轴功能的调节；KISS-2基因也参与动物性腺轴调控,而且作用比KISS-1基因强.研究经济动物KISS基因与繁殖性状的相关有非常重大的意义.本文主要论述了KISS-1基因的结构、组织分布、产物结构和功能,对KISS-2基因的研究进展也作了简单综述.     

AsiaⅠ型口蹄疫病毒VP1基因结构预测及亚细胞定位

利用PCR方法扩增到VP1基因，序列测定后利用Mega4．0、swiss—model、GOR4和RasMol软件预测了VP1基因的二、三级结构。将VP1基因融合EGFP基因后定向克隆入PcDNA3．1（＋）真核表达载体，构建正确的重组质粒命名为PVP1E，在脂质体介导下将PVP1E质粒转染BHK-21细胞，WesternBlotting试验证实VP1基因成功表达，经DAPI细胞核染色后在共聚焦显微镜下观察VP1亚细胞定位。结果表明本研究预测了VP1基因的二、三级结构，其在BHK-21细胞中呈现以细胞核为主的弥散性分布，VP1基因亚细胞定位及结构预测为进一步深入探究AsiaI型FMDVVP1结构和功能提供丰富的资料。     

转基因家畜研究的评述(三)

1.8 基因构件的设计转基因动物研究项目中最关键的步骤是设计基因构件。基因构件一般由来自一种基因的调节部分(启动子、增强子,或两者)与来自另一种基因的结构序列结合而成。从理论上讲,通过选择适宜的调节部分就可以诱导结构基因在特定组织中的表达,决定基因的表达时间,并调节基因产品的产量。但在这方面并无很多参考资料,一般是从选择结构基因部分开始。由于目前对生理过程的遗传调节知识甚少,所以即使选择适宜的结构基因序列也不是轻而易举的。究竟应该在生理控制过程的上段、中段还是下段(应作用到的组     

牦牛GPX基因家族生物信息学及表达分析

本研究旨在筛选F1代雄性不育犏牛与正常牦牛谷胱甘肽过氧化酶家族（GPXs）差异表达基因（DEGs）,探索在牦牛附睾精子成熟过程中可能发挥重要作用的调控基因和生物学功能。从转录组测序数据库中筛选并鉴定得到牦牛GPXs基因,利用生物信息学方法分析GPXs基因理化性质、基因结构、系统进化关系、表达情况以及GPXs蛋白多序列比对、二级结构、三级结构。结果显示：共鉴定了8个牦牛GPXs基因（GPX1～GPX8）,分子量为22.60～56.31 ku,等电点为5.09～5.32,包含4～8个保守元件;GPXs蛋白具有共同保守氨基酸序列,在蛋白二、三级结构分析中显示都存在反向平行的β-折叠结构,并与ALOX5、GSS、GSTM3蛋白均存在相互作用;系统进化树显示,GPX基因家族在反刍动物的同源性最高;牦牛和犏牛附睾组织检测到GPX2、GPX3、GPX5、GPX8基因表达存在显著性差异。研究表明,牦牛GPXs基因家族结构高度保守,功能上可能参与调控牦牛附睾精子抗氧化等过程。     

骨形态发生蛋白15基因的研究进展

作者主要介绍了骨形态发生蛋白15的结构、功能与调控;骨形态发生蛋白15基因的结构、染色体定位,并讨论了该基因与哺乳动物繁殖性能的关系。     

家蚕基因组中G四链体特征序列分布及关联基因的功能分析

G-四链体(G-quadruplex,G4)是一种不同于双螺旋的特殊结构,由富含鸟嘌呤的DNA链在阳离子的参与下形成的四链DNA螺旋高级结构,在哺乳动物中被证明是具有重要生物学功能的表观遗传学元件。以鳞翅目模式昆虫家蚕(Bombyx mori)为对象,利用Quadparser程序,在家蚕全基因组范围预测G4结构,对其分布特征以及对其潜在调控基因的表达特性和功能的影响进行初步分析。在家蚕全基因组共预测到6 278个G4结构,其中有63.5%位于转座子区,35.3%分布在编码基因区。在基因的5'端侧翼序列转录起始位点和3'端转录终止位点附近都有相对明显的G4结构富集,暗示G4结构可能对于基因表达具有一定的调控作用。相对于基因组背景,上游含有G4结构的基因其编码区长度偏短,下游含有G4结构的基因其编码区则显著加长。上游含有G4结构的基因主要富集于核酸结合活性尤其是转录因子活性分子功能上,主要参与核酸代谢相关的调控过程,G4结构主要位于编码链;下游含G4结构的基因则主要富集于激酶和转移酶活性以及受体活性分子功能上,主要参与蛋白质加工及信号转导过程,G4结构主要位于模板链。上述结果提示G4结构位于基因上、下游所调控的靶基因有所分歧,作用机制可能也有所差异。结合家蚕基因组芯片数据分析发现,含有G4结构的基因没有明显的组织表达特异性,提示该类基因在广泛的生物学过程中均发挥作用。以上结果为后续深入研究该类表观遗传学结构在家蚕中的生物学功能提供了重要线索和参考依据。     

牦牛IL-4基因的生物信息学分析

本研究旨在探索牦牛IL-4基因的结构及其功能,应用生物学软件对IL-4基因进行生物信息学分析预测.结果发现牦牛IL-4基因长度为571 bp,共编码135个氨基酸,其基因编码的产物呈亲水性,存在信号肽与跨膜结构域,二级结构以α-螺旋和随机卷曲为主,三级结构以α-螺旋结构单元为主.研究结果对牦牛IL-4基因的结构和功能提供了理论依据.     

促性腺激素释放激素基因及其受体基因的研究进展

作者简要介绍了促性腺激素释放激素基因及其受体基因的位置、结构、表达、调控机理,并初步探讨了这两个基因与繁殖性能的关系。     

褪黑激素受体1B及其基因的研究进展

褪黑激素通过与药理学特异性的高亲和性G-蛋白耦联受体相结合来发挥其生物学功能。作者介绍了褪黑激素受体1B的结构和功能,褪黑激素受体1B基因的克隆及基因结构、发育性表达与作用、定位与多态性,并讨论了该基因与繁殖季节性的关系。     

催乳素受体的研究进展

介绍催乳素受体的结构、功能,催乳素受体基因的定位、表达及调节,催乳素受体基因的多态性与生产性状和疾病的关系等。提示催乳素受体基因可作为生产性状及疾病的一个候选基因。     

莱芜猪PID1基因的功能分析及表达谱研究

为进一步了解莱芜猪PID1基因的结构和功能,本研究以莱芜猪为试验对象,分析PID1基因的结构和功能,并利用SYBR-Green实时荧光定量PCR方法,分析该基因在莱芜猪10个不同组织(心脏、背最长肌、脾脏、肝脏、肺脏、小肠、大肠、脑、脂肪、脊髓)的表达谱信息.生物信息学分析表明:PID1基因编码含217个氨基酸的蛋白,...     

催乳素受体的研究进展

介绍催乳素受体的结构、功能,催乳素受体基因的定位、表达及调节,催乳素受体基因的多态性与生产性状和疾病的关系等.提示催乳素受体基因可作为生产性状及疾病的一个候选基因.     

荷斯坦牛免疫抗病相关Nramp1基因生物信息学分析

为研究牛的抗病能力,探究荷斯坦牛Nramp1基因所编码蛋白的结构与功能,本研究采用生物信息学分析的方法对荷斯坦牛Nramp1基因编码蛋白质的理化性质、疏水性/亲水性、信号肽跨膜区、跨膜结构域、N-糖基化位点和磷酸化位点、蛋白质二级结构、三级结构及蛋白质互作进行分析和预测.结果表明,荷斯坦牛Nramp1基因所编码蛋白全长...     

猪DECR1基因的研究进展及其对猪肉品质的影响

为认识猪DECR1基因的研究进展,从猪DECR1基因的结构与定位、差异化表达、基因多态性与肉质性状和脂肪沉积的关系等方面进行了阐述。     

猪源肠球菌中氟苯尼考耐药性调查及fexA基因环境研究

本研究旨在调查猪场中肠球菌对氟苯尼考的耐药性,检测氟苯尼考耐药基因,并测定肠球菌中氟苯尼考耐药基因fexA的基因环境,从而分析其可能的传播机理。以四川某猪场分离鉴定的50株肠球菌为研究材料,开展分离株对氟苯尼考的药物敏感性试验。运用PCR技术检测分离株中氟苯尼考耐药基因cfr、fexB、fexA、floR和estDL136。运用热不对称性PCR（TAIL-PCR）技术获得fexA基因周围序列信息,分析其基因环境。运用反向PCR技术验证序列中环化结构的存在,同时运用交叉PCR技术检测20株猪源肠球菌fexA基因的基因环境。结果显示,在分离出的50株肠球菌中,有34株对氟苯尼考耐药（MIC ≥ 16 mg/L）,耐药率为68%。PCR结果显示,20株含有fexA基因,28株含有fexB基因,14株同时含有这两种基因。TAIL-PCR和测序结果显示,分离株DKC5中fexA基因存在于12 945 bp的Tn554转座子中。Tn554转座子可形成环化结构,其中的重复序列可形成含有2 395 bp的环化结构。本试验结果表明,猪源肠球菌对氟苯尼考耐药率较高,主要由fexA和fexB基因介导,fexA基因存在于Tn554结构中。预测fexA基因是经两次插入整合后进入DKC5分离株基因组序列的,这为fexA基因的水平传播提供了遗传依据。     

美洲水貂TYR基因编码蛋白结构及功能的生物信息学分析

为进一步探明美洲水貂酪氨酸酶(TYR)基因的结构和功能信息,对美洲水貂TYR基因编码蛋白进行生物信息学分析,同时构建TYR基因的系统发育树。结果表明:美洲水貂TYR基因共编码531个氨基酸,其编码产物为不稳定的亲水蛋白;二级结构主要以α-螺旋和无规卷曲为主,含有1个酪氨酸酶超家族结构域,存在信号肽、跨膜结构域和二硫键;该蛋白主要在内质网中发挥细胞被膜、运输和结合的作用,同时还通过信号转导在细胞内发挥其生物学作用;系统进化情况和动物分类学基本一致,美洲水貂TYR基因与雪貂、家犬的亲缘关系最近。美洲水貂TYR基因编码蛋白在生物进化中具有较强保守性,该基因结构和功能的分析为水貂TYR基因遗传特性的进一步研究奠定了基础。     

角蛋白家族基因及其与动物毛发性状关系的研究进展

角蛋白基因家族由众多结构和功能相似的基因组成,分为角蛋白中间丝蛋白(KIF)和角蛋白关联蛋白(KAP)2个基因家族.角蛋白是动物毛发的结构蛋白,决定毛发纤维的基本特征,是在寻找控制毛皮性状主效基因时的首选候选基因.角蛋白基因的表达与遗传多样性有关,角蛋白的多态性与毛皮动物的毛发性状具有相关性.本文从角蛋白基因的结构与定...     

牛TLR4基因生物信息学分析

为了更加深入地了解牛TLR4基因的功能、结构及与该基因有关联的疾病识别及其致病机理,利用牛TLR4基因的氨基酸序列对其编码蛋白的基本理化性质、蛋白质译后的磷酸化位点和糖基化位点以及跨膜结构域和蛋白质结构进行预测。结果显示,牛TLR4基因一共编码841个氨基酸,负电荷残基总和(Asp+Glu)为84,正电荷残基总和(Arg+Lys)为76,不稳定指数小于40,表明该基因编码产物稳定性较好。在该基因整个编码产物中,亲水氨基酸占比较多,平均分值为-0.011,由此得知TLR4基因编码的蛋白质是一种易溶蛋白。有9个潜在的N-糖基化位点;78个磷酸化位点以及存在一个跨膜蛋白和存在信号肽,其切割位点在第25和第26个氨基酸之间。蛋白质的二、三级结构预测结果显示,二级结构和三级结构均由α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲组成,其在生物合成、基因表达与调控等方面有重要作用。本研究结果可为牛TLR4基因深入研究提供理论基础。