多年生黑麦草种质SSR分子标记遗传多样性分析

多年生黑麦草(Lolium perenne)是广泛栽培利用的优质牧草、草坪草.为研究多年生黑麦草种质资源的遗传多样性,选用简单重复序列(SSR)分子标记技术对10份多年生黑麦草自主选育品系和75份来自于23个不同国家的种质资源进行了分析.结果表明,26对引物扩增出的多态性条带有91条,占总条带数的69.5％.每个SSR...     

基于SSR标记的木豆种质资源遗传多样性与群体结构分析

种质资源遗传多样性和群体结构分析是作物种质资源保护和作物遗传育种的前提条件.本研究从96对简单序列重复(Simple sequence repeat,SSR)标记中筛选出42对多态性标记,对不同地理来源的72份木豆(Caj anus caj an)种质资源遗传多样性和群体结构进行了分析.结果表明:42对SSR标记在72...     

基于SSR标记的苜蓿种质资源遗传多样性与群体结构分析

种质资源遗传多样性和群体结构的分析是进行复杂性状关联分析的前提条件.从140对SSR引物中筛选到16对多态性引物,对82份苜蓿(Medicago spp.)材料进行遗传多样性与群体结构分析.结果表明;16对SSR引物共检测出190个等位变异,平均11.88个;多态性比率66.67％～100％,平均为83.05％;基因多样性为0.1447～0.3637,平均为0.2577;PIC为0.0079～0.9432,平均为0.5501.群体结构分析表明,当K=5时△K最大,即82份苜蓿材料可划分为5个类群,其中75.61％的种质遗传组分相对比较单一,24.39％的种质遗传背景比较复杂.苜蓿种质资源遗传多样性丰富,群体结构的划分与种质的来源不完全相关.     

基于SSR标记的柱花草种质资源遗传多样性与群体结构分析

种质资源遗传多样性和群体结构分析为复杂性状关联分析提供基础。本研究通过SSR分子标记技术,对68份柱花草(Stylosanthes spp.)种质资源的遗传多样性与群体结构进行分析。结果表明,30个多态性SSR标记在68份柱花草种质中共检测到146个等位基因,平均为4.867个,每个SSR标记的Shannon信息指数(I)和多态性信息含量(PIC)分别为0.676～1.690和0.363～0.764,平均为1.195和0.577。根据SSR标记数据进行遗传多样性分析,可将68份柱花草种质资源分为6类,群体结构分析中在ΔK达到最大时,K=6,因此将68份柱花草材料划分为6个群体,与遗传多样性分析结果基本一致。本研究将为柱花草遗传背景研究、种质资源评价和优良种质筛选提供依据。     

基于SSR分子标记的药用黄芪遗传多样性与遗传结构分析

为了能更好的了解药用黄芪（Astragali Radix）遗传多样性及遗传结构,本试验利用10对SSR引物对来自17个产地共380个样本的蒙古黄芪、膜荚黄芪进行遗传多样性及结构分析,结果显示药用黄芪具有较高程度的遗传多样性水平（I=2.112,H=0.781）,其中蒙古黄芪遗传多样性水平（I=2.241,H=0.804）要高于膜荚黄芪（I=1.982,H=0.757）,且两种黄芪的遗传变异主要发生在居群内;UPGMA聚类分析及STRUCTURE居群遗传结构分析可将其分为3组,即膜荚黄芪为单独一组,蒙古黄芪分为两组,其中来自山西产区的大部分居群分为一组,来自内蒙产区及部分山西产区的居群分为另一组。本研究结果对药用黄芪种质资源的有效利用、遗传多样性的保护、育种及开发优质黄芪种质资源提供一定的理论基础。     

基于SSR分子标记的早熟杨梅优株遗传多样性分析

基于SSR分子标记技术探讨22份杨梅早熟优株与35份国内杨梅主栽品种的遗传多样性。结果表明,12对多态性SSR分子标记共扩增获得139个条带,平均每对引物可扩增12个条带,平均每对引物的有效等位基因数为4.3262,Shannon信息指数范围为0.9469-2.1570;使用UPGMA法构建所有试材的系统聚类树,结果共分为3个组及3个亚组,聚类结果与试材地域来源关系密切,而与果实成熟期没有明显的关联。另外,大部分早熟杨梅优株亲缘关系倾向于‘荸荠’和‘硬丝’等早熟品种。     

五节芒表型性状和SSR标记遗传多样性分析

本研究利用25个表型性状和33对SSR标记,对53份五节芒种质资源的遗传多样性进行了评价。表型性状分析结果表明,25个表型性状在不同五节芒种质间表现出较大差异,变异系数的变化范围为6.53%～69.82%,其中整株干重、三级花序数、二级花序数等性状变异较大,是造成表型差异的主要因素。表型聚类将53份供试材料划分为3个类群,大部分材料聚在第Ⅲ类群内,但仍有部分材料独立成群。SSR标记分析结果表明, 26对SSR引物在53份五节芒中表现出多态性,这些多态性引物共产生81条DNA带,其中多态性条带为74条,占91.36%。多态性信息含量(PIC)为0.086～0.374,平均为0.245。53份五节芒遗传相似性系数在0.693 2～0.965 9,平均遗传多样性指数(H)为0.258 7,Shannon信息指数(I)为0.400 4。基于SSR分子标记的聚类分析表明,种质资源与其地理分布并不存在明显的相关性。表型性状和SSR分子标记结果均表明五节芒种质具有丰富的遗传多样性。     

基于SSR分子标记对蒙古韭遗传多样性的研究

蒙古韭不仅是荒漠草原上较好的饲草之一,而且其特殊气味和丰富的营养也可以作为野生蔬菜开发利用。为了能够保护且合理利用这一资源,试验采用SSR分子标记法,对来自内蒙古自治区和甘肃省的8个地理居群蒙古韭材料进行遗传多样性分析。研究结果表明:通过SSR分子标记共检测出112条多态性位点,每个SSR位点的多态性信息含量(PIC)平均为0.3228,变幅在0.20840~0.4076之间。种间Nei’s基因多样性指数(He)变幅为0.1588~0.3956,Shannon信息指数(Ⅰ)介于0.2637~0.5790之间;8个居群种内Nei’s基因多样性指数(He)变幅为0.0926~0.1743,Shannon信息指数(I)在0.1394~0.2657之间,体现出较为丰富的遗传多样性,且种内遗传多样性水平差异较大。遗传基因分化系数(Gst)平均为0.5532,说明种群间存在丰富的遗传变异。UPGMA聚类分析法将8个居群分为2个大类群,综合地理分布及距离分析得出遗传距离与地理生境有关,特别是与年均温和纬度关系比较明显。其研究结果可为蒙古韭引种驯化及遗传育种提供依据。     

基于表型性状和SSR分子标记的草地早熟禾遗传多样性分析和分子身份证构建

为明确草地早熟禾种质资源的遗传背景,选择26份本土资源和54份国外引进种质进行表型特征和遗传多样性分析,结果表明：叶宽、株高和绿度3个表型性状存在一定变异,但仍有部分种质差异不显著,仅利用表型性状很难进行准确的种质鉴定。采用40对SSR引物序列筛选出多态性扩增效果好的16对引物,对80份草地早熟禾种质资源进行PCR扩增,共扩增出127条带。SSR标记数据显示,16对引物共检测到123个多态性位点,多态性比率96.85%,Nei’s基因多样性指数和Shannon’s多态性信息指数合度的平均值分别为0.34和0.52。遗传相关系数和聚类、主坐标分析结果表明,80份草地早熟禾种质可分为两大类7个亚类。结合表型性状和分子标记结果,构建了80份草地早熟禾种质的字符串、条形码和二维码分子身份证,可为草地早熟禾种质资源的鉴定、合理利用和有效保护提供参考。     

基于SSR标记分析四川省桑树种质资源的群体结构和遗传多样性

利用14对SSR引物对四川省89份桑树种质资源的基因组DNA进行PCR,分析种质资源间的群体结构和遗传多样性。共扩增出迁移率不同的条带65条,多态性条带65条,多态性条带比率达100%;Structure群体结构分析将89份桑树种质资源划分为4个群体,4个群体的多态性信息含量在0.552 0~0.599 8之间,总体为0.657 7;基因多样度在0.554 8~0.600 3之间,总体为0.579 0;等位基因数目在66~76个之间,总体为134个;等位基因丰富度在3.327 2~3.549 1之间,总体为3.983 1;遗传多样性主要来源于品种内,属中等偏高水平;14对SSR引物位点的总基因多样度Ht在0.291~0.931之间,整体为0.699;Nei’s种群内基因多样度Hs为0.287~0.910,整体为0.662;种群间基因多样度为0.003~0.098,整体为0.037;种群间基因分化系数为0.008~0.047,整体为0.053;基因流为2.901~62.000,整体为8.934,遗传变异主要发生在群体内,群体间分化程度低,基因流大。UPGMA聚类分析与群体结构分析结果大致相同,2种分析结果都显示分群无地理迁移规律。     

基于ISSR分子标记分析陆川猪种群遗传差异

试验旨在探究陆川猪种群之间的遗传差异,对陆川猪种群进行遗传多样性分析,为种质改良与创新提供参考。以29份陆川猪种及部分广西地方猪种样品为试验材料,采用了3条带型清晰、重复性好的ISSR引物,通过对PCR扩增及电泳得到的DNA片段条带进行聚类分析并构建聚类树状图,并对陆川猪种群进行遗传差异分析。结果显示,ISSR分子标记上共发现182条条带,其中84条多态性条带,3条ISSR引物扩增出来的总DNA片段条带与多态性DNA片段条带差异较大且分布不均匀,表明所选择的3个ISSR分子标记在陆川猪种群中具有丰富的多态性;陆川猪种群之间遗传相似系数变异范围为0.43~1.00,表明种群间的遗传差异变化较大,遗传背景丰富;UPGMA聚类分析表明,陆川猪与长陆二元杂猪、巴马香猪、环江香猪均可聚为一类,大陆二元杂猪、三元杂猪和龙宝猪聚为一类。本研究证实了所选的3条ISSR引物可作为有效的遗传标记用于陆川猪种群间的遗传差异分析,丰富了当前的陆川猪ISSR分子标记资源,同时也表明陆川猪种群具有丰富的遗传多样性。     

河西走廊14种锦鸡儿遗传多样性SSR分析

选用9对细胞核SSR(nSSR)和10对叶绿体SSR(cpSSR)标记,对来源于甘肃省民勤沙生植物园的14种锦鸡儿(Caragana Fabr.)进行遗传多样性分析.9对nSSR引物共检测到109个多态位点,引物的多态性信息量(PIC)变动在0.320~0.921之间,平均0.738;10对cpSSR引物共检测到92个多态性位点,PIC变动在0.512~0.865之间,平均0.671;14种锦鸡儿种间遗传相似系数在0.60~0.92之间,平均0.76;聚类分析将14种锦鸡儿划分为5大类群6个亚类,nSSR和cpSSR所分析的种间遗传关系与传统的分类结果基本一致;分子标记结果表明,锦鸡儿属植物具有丰富的遗传多样性,为锦鸡儿属植物种质资源及育种利用提供理论依据.     

基于AFLP分子标记分析陕西省保存主要家蚕品种的遗传多样性及亲缘关系

采用AFLP分子标记技术分析陕西省保存的53个代表性家蚕品种的遗传多样性,为合理利用品种资源,选育适合西北蚕区饲养的优良家蚕品种提供理论依据。用供试品种滞育期的蚕卵提取基因组DNA,选用重复性较好的14对引物组合进行AFLP扩增,共获得535个条带,其中有472个条带呈多态性,多态性比率为88.22%。采用UPGMA方法对供试品种间的亲缘关系进行聚类分析,53个品种间的遗传距离为0.072 8～0.601 9,主要分为中系、日系和欧系3大类群,其中:日系和欧系品种遗传距离较近,与传统的家蚕系统按来源地分类的结果吻合;4个陕西地方一化三眠蚕品种明显有别于其它家蚕品种而归为一个特殊类群,提示其具有独特的种质特性。此外,采用滞育期的蚕卵提取家蚕基因组DNA,可以克服取样的时间限制,满足实验需要。     

贵州野生枇杷资源遗传多样性的ISSR分析

本文采用ISSR标记,构建了贵州39份野生枇杷种质的DNA指纹图谱,并对其遗传多样性进行了评价。结果表明,以筛选出的15条引物进行PCR扩增,获得清晰、重复性好的谱带125条,其中多态性谱带108条,多态性比例为86.4%;应用引物815、825和841的组合,构建了39份枇杷种质的ISSR指纹图谱,可以有效区分所有供试材料;15条引物的谱带数据聚类分析表明,供试种质的遗传相似性系数为0.40~0.98,在相似性系数为0.70时,可将供试种质分成五大类。聚类结果与种质表型相关,与地理分布的相关性不明显。     

SSR荧光标记秋子梨种质分子身份证构建及亲缘关系分析

以“国家果树种质兴城梨、苹果圃”保存的53份秋子梨种质为试材,利用位于梨基因组17条染色体上多态性好的17对SSR荧光引物构建秋子梨种质分子身份证,建立每份种质的条形码标识,并探讨种质之间的亲缘关系。17对SSR引物在53份秋子梨材料中共检测到268个等位基因,平均每对引物检测到15.7个;NAUpy45b检测到的等位基因数最多为23个,NAUpy54b检测到的等位基因数最少为10个;所有引物的香农信息指数平均为2.311,其中NAUpy45b的香农信息指数最高,为2.673;NAUpy54b的香农信息指数最低,为1.672。聚类分析53份秋子梨可以划分成2个组,与地理相关;长白山及小兴安岭的秋子梨野生资源单独聚类,与栽培品种亲缘关系较远。热梨和白八里香为同物异名品种。SSR标记可以区分梨的芽变品种,可用于梨种质资源鉴别和保护。     

对家蚕多星纹基因ms的SSR标记定位分析

对家蚕幼虫斑纹突变多星纹基因ms进行分子标记定位,有益于对多星纹性状的分子标记辅助选择和对该基因的定位克隆研究。利用家蚕雌性染色体在减数分裂过程中不发生交换的特点,采用幼虫斑纹为素斑(p)的家蚕品系C108,幼虫斑纹为多星纹(ms)的家蚕品系g02,组配正反交群体(g02×C108)F1♀×g02♂和g02♀×(g02×C108)F1♂,分别记作BC1F和BC1M,利用已经构建的家蚕SSR分子标记连锁图谱中第12连锁群上的18对SSR标记引物在亲本间进行多态性筛选。BC1F群体中的普通斑个体均表现出与(g02×C108)F1相同的杂合型带型;而所有多星纹个体的带型与亲本g02一致,为纯合型。结果筛选出S1206、S1208、S1210、C5553S3共4个与家蚕ms连锁的SSR标记。利用BC1M群体构建家蚕ms及其连锁的SSR标记遗传连锁图,连锁图的图距为34.5 cM,4个SSR标记及ms的排列次序为S1206—S1208—S1210—C5553S3—ms,ms位于34.5 cM处,与ms最近的标记为C5553S3,遗传距离为12.4 cM。依据该SSR标记遗传连锁图谱可对ms进一步精确定位。     

5个黑山羊品种(群体)微卫星标记的遗传多样性研究

利用14个微卫星标记分析了攀枝花地方黑山羊、建昌黑山羊、云岭黑山羊、金堂黑山羊、乐至黑山羊5个品种(群体)的遗传多样性及亲缘关系。结果显示,14个微卫星座位多态信息含量(PIC)在0.5129~0.7646之间,均为高度多态位点;5个黑山羊品种(群体)的平均多态信息含量(PIC)为0.6405~0.6856,平均杂合度(H)在0.6985~0.7371之间,说明遗传多样性丰富;群体间平均遗传分化系数(Fst)为0.0296,说明群体间的变异仅为2.96%,群体间存在基因交流;攀枝花黑山羊和金堂黑山羊2个群体之间的Nei氏遗传距离最大(D=0.1286),金堂黑山羊和乐至黑山羊之间的遗传距离最小(D=0.0365);NJ聚类图中,攀枝花黑山羊、建昌黑山羊和云岭黑山羊聚为一类,金堂黑山羊和乐至黑山羊聚为一类,聚类结果与群体的地理分布较为一致。