海雀稗SRAP-PCR分子标记体系优化及引物筛选

以4个代表性海雀稗（Paspalum vaginatum）种质的叶片DNA为模板,采用L₉（3⁴）正交试验设计,对影响海雀稗SRAP-PCR反应的Mg²⁺、dNTP、引物和TaqDNA聚合酶的用量进行了优化,并比较了不同浓度模板DNA对扩增的影响,以确定适合海雀稗的SRAP-PCR最佳反应体系。结果表明：海雀稗SRAP-PCR最佳反应体系为10×PCR buffer 1 μL、模板DNA50 ng、Mg²⁺2.5 mmol·L^-1、dNTP150 μmol·L^-1、引物0.4 μmol·L^-1、TaqDNA聚合酶1.0 U,总体积10 μL。利用该反应体系从100对引物中筛选出可扩增清晰条带的引物83对,在83对引物中选出多态性丰富的引物44对。SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选,为今后利用SRAP标记技术进行海雀稗遗传多样性研究、基因定位、遗传图谱的构建以及分子标记辅助育种提供技术支持。     

红毛丹ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选

红毛丹ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选     

正交设计优化假俭草SRAP-PCR反应体系及引物筛选

以假俭草叶片DNA为模板,采用正交试验设计,以Mg2 、dNTP、引物和Taq DNA聚合酶4种因素3个水平,对假俭草SRAP反应体系进行研究,并比较了不同浓度模板DNA对扩增效果的影响,建立了假俭草的SRAP最佳反应体系.结果表明,假俭草SRAP-PCR最佳反应体系为:2 μL 10譖CR buffer、60 ng模板DNA、Mg2 1.50 mmol/L、dNTP 260 μmol/L、引物0.25 μmol/L、Taq DNA聚合酶0.5 U,总体积为20 μL.各因素对扩增反应结果均有不同影响,其中以Mg2 浓度影响最大,Taq DNA聚合酶的影响最小.运用该体系对4份假俭草种源进行验证,证明该体系稳定可靠,并从45个SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的26个引物组合.这一体系的建立及多态性引物组合的筛选为今后利用SRAP标记技术进行假俭草分子遗传学研究提供了科学依据.     

虉草ISSR-PCR反应体系优化与引物筛选

22个虉草基因组DNA为ISSR-PCR扩增模板,采用单因素试验方法,对影响PCR扩增体系中dNTP、引物浓度、Taq酶和模板DNA用量4个因素及引物退火温度进行梯度试验,优化得到最佳的ISSR-PCR反应体系,即20μL反应体系中分别加入0.3μL Taq DNA聚合酶(5U/μL),2μL 10×PCR Buffer(mg2+plus),1.5μL dNTP(2.5mmol/L),1.5μL引物(10pmol/μL),50ng模板DNA,ddH2O补足体积。以此体系对24条引物进行筛选,最终获得了多态性高,重复性好的引物12条。引物UBC808、809、811、815、818、820、826的适宜退火温度为55℃,引物835,841和842的适宜退火温度为56℃,而引物810和834的适且退火温度分别为52℃和54℃。12条引物共扩增总条带数192条,其中,多态性条带数173条,多态位点百分率89.81%。     

狗牙根SRAP-PCR反应体系优化及引物筛选

利用正交设计,从Mg2 、dNTP、引物浓度和DNA聚合酶4种因素3个水平以及不同的模板DNA浓度来优化狗牙根SRAP-PCR反应体系,并对引物进行了全面筛选。狗牙根SRAP-PCR优化反应体系结果为:2μL 10×buffer4、0 ng模板DNA、Mg2 1.25 mmol/Ld、NTP 260μmol/L、引物0.2μmol/L、Taq DNA聚合酶1.0 U,总体积20μL。运用该结果从90对引物中共筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物34对。优化体系的建立及其引物的筛选为今后利用SRAP标记技术进行狗牙根遗传分析、图谱构建、基因定位与种质资源鉴定奠定了技术基础。     

本氏针茅SRAP PCR反应体系的建立及引物筛选

以本氏针茅（Stipa bungeana）幼嫩叶片为材料,建立适合本氏针茅基因组DNA提取的改良CTAB法,在此基础上采用正交试验设计和单因素分析相结合的方法,对本氏针茅SRAP PCR反应体系中的5个主要因素（DNA、Taq酶、dNTPs、Mg2+和引物）进行优化,旨在建立适合本氏针茅SRAP分析的反应体系。结果表明,在20 μL总的反应体系中各组分的加入量分别为：DNA（20 ng·μL-1）3 μL、Taq DNA酶(5 U·μL-1)0.2 μL、dNTPs（2.5 mmol·L-1)1.4 μL、引物（10 μmol·L-1）1.0 μL、Mg2+ (25 mmol·L-1)2.0 μL、10×Buffer 2.5 μL、ddH2O 8.9 μL。体系验证和引物筛选试验表明,该体系适于本氏针茅遗传多样性分析,该体系的建立可为本氏针茅种质资源遗传多样性研究和黄土高原植被恢复及生态建设提供理论基础。     

柿属植物iPBS标记的建立及优化

试验建立并优化了柿属植物的iPBS(inter Primer Band Site)标记PCR反应体系。最佳反应体系为1x Es Taq MasterMix,60 ng DNA模板,10 μmol/l终引物浓度,总体积12 μL。共筛选出18个多态性较好的引物。基于iPBS标记的UPGMA分析结果与前人一致,iPBS标记更简单、经济,可以用于柿属植物种质资源的多样性评价和种质鉴定。     

鸭茅ISSR反应体系的建立及引物筛选

以鸭茅基因组DNA为模板，对ISSR反应体系中的一些重要参数进行摸索和优化实验，建立了一套鸭茅ISSR分子标记的最优化反应体系，同时筛选出了12个适于鸭茅基因组DNA且PCR扩增效果较好的ISSR引物。鸭茅ISSR分子标记的20μL最优化反应体系中，最终浓度：Mg^2＋为1．6mmol／L、dNTP为250mol／L、Taq酶为1．0 U、引物浓度为0．25μmol／L、模板DNA量为100ng。     

航天搭载紫花苜蓿SSR-PCR反应体系的优化以及引物的筛选

航天育种的变异频率高、变异幅度大、有益变异多、稳定性强,优势明显。依据正交试验设计原理,设计了用正交试验和细调正交试验来确定航天搭载紫花苜蓿SSR-PCR反应体系中各成分的浓度,从dNTP、Taq酶、Pri mers、Mg2+4种因素对航天搭载紫花苜蓿SSR-PCR反应体系进行了优化,得到适合航天搭载紫花苜蓿SSR-PCR最佳反应体系,即25μL的反应体系中含有dNTP 0.2 mmol/L、TaqDNA聚合酶2U、引物0.7μmol/L、Mg2+2.5 mmol/L、以及10×buffer和60 ng模板DNA。在试验确定最佳反应体系基础上,对17对SSR引物进行筛选,选出6对扩增条带信号强、背景清晰的引物。     

正交设计优化草地早熟禾SRAP-PCR反应体系及引物筛选

采用L9(34)正交试验设计方法,对草地早熟禾(Poa pratensis)基因组DNA SRAP PCR反应体系中的Taq DNA聚合酶、Mg2+、引物及dNTP四因素的用量进行优化,并比较不同模板DNA用量对扩增的影响,建立草地早熟禾SRAP PCR最佳反应体系,同时,利用该体系对SRAP引物进行筛选。结果表明,草地早熟禾SRAP PCR最佳反应体系为Taq DNA聚合酶1.0 U、Mg2+ 1.75 mmol·L-1、引物0.25 μmol·L-1、dNTP 220 μmol·L-1、40 ng模板DNA、2 μL 10×PCR buffer,总体积20 μL。运用该体系从100对SRAP引物中筛选出43对引物能够产生清晰稳定的扩增条带且多态性丰富。优化体系的建立及引物的筛选可为今后利用SRAP标记技术对草地早熟禾进行遗传多样性分析、图谱构建、种质资源鉴定奠定技术基础。     

8种柱花草属牧草SSR-PCR反应体系优化及引物筛选

柱花草(Stylosanthes)是优良的豆科牧草, 叶片中含有大量的多糖多酚, 本研究利用改良CTAB法抽提柱花草叶片中总DNA。通过正交试验设计L16(45), 确立了柱花草SSR-PCR最佳反应体系:20 μL体系中1 μL 50 ng·μL-1模板DNA, 1.6 μL 5 μmol·L-1引物, 1.6 μL 10 mol·L-1dNTPs, 1.2 μL 25 mol·L-1 Mg2+, 0.3 μL 5 U·μL-1Taq聚合酶, 2 μL 10×PCR Buffer(Mg2+ free), 剩余用ddH2O补足。扩增反应程序为94 ℃变性40 s, Tm(不同退火温度)退火时间40 s, 72 ℃延伸45 s, 循环数35个。利用优化体系对来自7种柱花草的123对SSR引物在8个不同种柱花草中进行转移, 共筛选出44对引物在8种柱花草中都能有效扩增, 并从中筛选出26对在8个不同种柱花草中富含多态性引物, 为今后利用SSR标记对柱花草属的指纹图谱构建、遗传多样性分析、分子育种和品种鉴定与保护等工作提供重要依据。     

三江白猪与5个品种猪RAPD分析引物的筛选

试验用100条引物对6个品种猪进行随机扩增，筛选出了25个多态性较好的引物，可产生遗传多样性，其中Q—13，Q—03，Q—01，K—07，K—19，G—13，A—09，C—19，C—5，C—11，K—09，E—03，E—15，S—17，S—13共15条引物的扩增结果稳定性好、多态性强。这些引物的RAPD扩增结果都可作为三江白猪品种的遗传多样性分析、基因定位及分子标记等。     

野牛草ISSR分子标记体系的优化及遗传多样性分析CSCD

本研究以L_(9)(3^(4))正交实验为基础,对野牛草(Buchloe dactyloides)的ISSR分子标记体系中各因素的最佳用量进行优化,主要包括Taq PCR Mix、引物、模板DNA及引物的退火温度。确定的最佳10μL体系为:5.0μL Mix、40 ng DNA模板、0.6μL引物(1.0μmol/L)及ddH_(2)O补齐。最佳扩增条件为94℃预变性3 min;94℃变性30 s,48℃退火30 s,72℃延伸10 min,共34个循环;72℃延伸10 min;4℃保存。对收集到的39份野牛草资源的遗传多样性进行分析,UPGMA聚类将所有材料分为两大类,其中21号材料和天津滨海国际机场候选雌性野牛草材料的亲缘关系最近,可以作为后续材料扩繁和生产的种质资源。本研究中ISSR体系的探索与优化、遗传多样性分析为野牛草遗传多样性分析工作提供了依据。     

正交设计优化山野豌豆ＳＲＡＰ－ＰＣＲ反应体系与引物筛选

 采用正交试验设计,以山野豌豆叶片ＤＮＡ 为模板,从Ｍｇ^２＋ 、ｄＮＴＰ、引物和ＴａｑＤＮＡ 聚合酶４种因素３个水平,对山野豌豆ＳＲＡＰ－ＰＣＲ 反应体系进行优化,并比较了不同浓度模板ＤＮＡ 对扩增效果的影响,建立了山野豌豆的ＳＲＡＰ－ＰＣＲ 最佳反应体系。结果表明,山野豌豆ＳＲＡＰ－ＰＣＲ 最佳反应体系为：２μＬ１０×ＰＣＲｂｕｆｆｅｒ（不含Ｍｇ^２＋ ）、３０ｎｇ的模板ＤＮＡ、引物２．０μｍｏｌ／Ｌ、Ｍｇ^２＋ ２．０ｍｍｏｌ／Ｌ、ＴａｑＤＮＡ 聚合酶１．５Ｕ、ｄＮＴＰ０．２ｍｍｏｌ／Ｌ,总体积为２５μＬ。各因素对扩增反应结果均有不同影响,其中以引物浓度影响最大,ｄＮＴＰ 浓度的影响最小。运用该体系对３份山野豌豆种源进行验证,证明该体系稳定可靠,并从９８对ＳＲＡＰ 引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的２０对引物组合。这一体系的建立及多态性引物组合的筛选为ＳＲＡＰ分子标记技术进行山野豌豆分子遗传学研究奠定了基础。     

红豆草ISSR体系优化及其在航天诱变种质鉴定中的应用

采用正交设计法优化适合于红豆草（Onobrychis viciaefolia）的ISSR体系,对影响ISSR PCR的多个因素,包括dNTP、引物浓度、Taq酶浓度、Mg2+浓度进行了4因素3水平的比较、优化,建立了红豆草的ISSR最佳反应体系。运用该体系进行引物及最佳退火温度的筛选,并应用ISSR分子标记技术初步分析红豆草航天搭载诱变效应。结果表明,红豆草ISSR PCR最佳反应体系为：2.5 μL 10×PCR buffer、50 ng模板DNA、dNTP 0.2 mmol/L、Taq DNA 聚合酶1.5 U、引物0.4 μmol/L、Mg2+2.0 mmol/L,总体积为25 μL。试验从53个ISSR引物中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的12个引物,并依次筛选出各引物的退火温度。12个引物标记结果显示共获得多态性位点142个,多态性比率为73.6%。地面对照的多态位点比率(P)、Nei基因多样度(h)和Shannon多样性指数(I)均低于航天诱变种,太空环境能够诱导红豆草发生基因变异。航天诱变可作为红豆草种质资源创新和品种选育的方法之一。     

等间隔低密度标记引物可准确用于肉鸡基因筛选

美国爱荷华州大学的研究人员评估了在商业肉鸡品系中使用等间隔低密度(ELD)标记引物以及设算高密度 SNP 基因型进行基因型筛选的准确性。共计 1 091 只来自三代的鸡使用高密度(HD)引物进行基因分型作为试验数据,168 只鸡用 HD 和 LD 引物作为验证数据。使用带重叠区的 Gibbs 取样器估计验证样本     

鉴别牛早期胚胎性别PCR方法引物的设计与筛选

根据牛Y-染色体特异重复序列、睾丸特异蛋白基因以及性别决定基因序列设计合成5对公牛Y-染色体特异引物，依据牛骨胳肌α肌动蛋白前体基因和微卫星DNA序列设计合成4对牛DNA特异引物(内标引物)。单重PcR扩增牛基因组DNA，筛选出4对牛Y-染色体特异引物和1对牛DNA特异内标引物。将不同的Y-染色体特异引物与内标引物组合，多重PCR扩增牛基因组DNA、已知性别的牛成纤维细胞和克隆胚胎，筛选出2个可用于牛早期胚胎性别鉴别的PCR引物组合：B34／A12和B78／A12。     

燕麦ISSR反应体系的建立与优化

以10个燕麦品种的基因组DNA为模板,从退火温度、TaqDNA聚合酶、Mg2+、dNTP、引物5个方面对ISSR分子标记体系进行摸索并设计优化试验,建立了一套燕麦ISSR优化反应体系,即:25μl反应体系中,18.3μlddH2O,2.5μl 10×buffer,2.0μmol/L Mg2+,250μmol/L dNTP,1.5 U Taq DNA聚合酶,0.3μmol/L引物,10ng DNA模板。反应程序为:94℃预变性3 min;94℃变性30s,55℃退火30s,72℃延伸1 min,34个循环;72℃延伸5 min,4℃保存。     

一种新型的分子标记-SCARs验证王浆高产蜜蜂的 RAPD分子标记-W316bp的研究

为了验证王浆高产蜜蜂的RAPD分子标记-W316bp正确性，采用了新型分子标记-SCARs，研究结果获得的SCARs分子标记与原来RAPD分子标记有一致的显性行为，从而完成了RAPD分子标记转变成SCARs分子标记技术。     

分子标记回归模型与显性分子标记资料

对以正交表形式表示的分子标记资料所配合的显性分子标记回归方程进行了探讨.结果表明,运用以正交表形式表现的显性基因显性分子标记资料,所配合的分子标记回归方程可以对基因的作用加以估计.而运用正交表中的资料的部分行作为自变量,则不能进行分子标记回归方程的配合.非标记DNA片段增加了分子标记资料的个体数与所需筛选的群体.如果将试验时筛选下的个体分子标记资料套入得到的回归方程得到的个体表型值超出了环境变异所允许的范围,需增加分子标记数,以增加预测效果.无多态性的基因座位不影响对其它基因座位相对值的估计.