鸡传染性支气管炎病毒H120疫苗株全长cDNA感染性克隆的构建

根据鸡传染性支气管炎病毒(IBV)H120疫苗株的全基因组序列设计引物,采用RT-PCR方法对其基因组分10个片段进行扩增,并克隆至pMD19-T载体中进行测序。经BsaⅠ限制性内切酶酶切后,采用优化的连接策略将各DNA片段进行连接,获取H120株的基因组全长cDNA,其5′端具有完整的T7RNA聚合酶启动子的核心序列,3′端具有polyA尾巴结构。通过T7RNA聚合酶体外转录系统合成病毒基因组RNA,转染BHK-21细胞并进行病毒拯救。采用RT-PCR、测序及鸡胚传代对拯救出的病毒株进行鉴定。结果表明成功地从H120株的基因组全长cDNA拯救出病毒H120-R株,为进一步开展该病毒的分子致病机理研究、新型疫苗的研制等奠定了基础。     

BVDV Singer＿Arg株全基因组克隆及其感染性RNA制备

克隆牛病毒性腹泻病毒Singer＿Arg株全长cDNA,并获得其感染性RNA。将病毒基因组分段克隆后再拼接成全长cDNA;通过巨细胞病毒即早期启动子控制病毒cDNA转录,5’-UTR上游的锤头状核酶和3’-UTR下游的丁肝病毒核酶控制转录产物5’-UTR和3’-UTR的完整性和准确性,以获得不经体外转录,直接转染细胞产生病毒感染性RNA的反向遗传操作系统;并通过Western blot、RT-PCR技术、免疫荧光等方法对子代病毒进行了一系列鉴定与遗传稳定性分析。获得了Singer＿Arg株全基因组序列并通过反向遗传拯救出该毒株。成功构建了基于Singer＿Arg株的BVDV反向遗传操作系统,为BVDV疫苗研发和基础研究提供了技术平台。     

1株HoBi样瘟病毒的分离与序列分析

本研究在MDBK细胞培养物中发现并分离出1株HoBi样瘟病毒,将该毒株命名为JS12/01。应用RT-PCR方法分段扩增该毒株的全基因组序列,并对其基因组序列进行分析。结果显示,该毒株基因序列2端分别为5′端非编码区(5′untranslated region,5′-UTR)和3′端非编码区(3′untranslated region,3′-UTR),编码区为11 700nt。与GenBank中登录的部分瘟病毒属代表毒株5′-UTR区序列进行进化分析,结果表明,该毒株属于HoBi样瘟病毒巴西源亚型。本研究中的HoBi样瘟病毒JS12/01株为国内首次分离鉴定,证实了该病毒在中国的存在,需要对该病毒的扩散与流行采取预防措施。     

编码EIAV核输出因子蛋白Rev的cDNA克隆和序列测定

ＥＩＡＶ在繁殖过程中涉及到多种转录因子的调节,其中Ｒｅｖ蛋白是病毒编码的转录后调节因子,决定了病毒复制由早期到晚期的过渡。Ｒｅｖ是非结构蛋白,由病毒基因组全长转录产物经多次拼接而成。本研究使用ＥＩＡＶ疫苗毒感染驴巨噬细胞培养物,在病毒繁殖早期提取细胞总ＲＮＡ,反转录后使用中国ＥＩＡＶ毒株特异引物扩增病毒基因组拼接产物。将扩增产物克隆后经过核苷酸序列分析,和与基因组全序列的比较,确定了编码Ｒｅｖ蛋白的病毒基因组转录产物的编码序列和拼接位点。     

编码EIAV核输出因子蛋白Rev的cDNA克隆和序列测定

EIAV在繁殖过程中涉及到多种转录因子的调节，其中Rev蛋白是病毒编码的转录后调节因子，决定了病毒复制由早期到晚期的过渡，Rev是非结构蛋白，由病毒基因组全长转录产物经多次拼接而成。本研究使用EIAV疫苗毒感染驴巨噬细胞培养物，在病毒增殖早期提取总RNA，反转录后使用EIAV特异引物扩增病毒基因组拼接产物，将扩增产物克隆后经过核苷酸序列分析，通过与基因组全序列的比较，确定了编码Rev蛋白的病毒基因组转录产物的编码序列和拼接位点。     

编码EIAV反式激活蛋白Tat的cDNA克隆和序列测定

ＥＩＡＶ在繁殖过程中的转录涉及到多种因子的调节,其中ＴＡＴ蛋白是病毒编码的反式激活因子,是病毒复制必须成分。ＴＡＴ是非结构蛋白,由病毒基因组全长转录产物经多次拼接而成。本研究使用ＥＩＡＶ疫苗毒感染驴巨噬细胞培养物,在病毒增殖早期提取细胞总ＲＮＡ,反转录后使用中国ＥＩＡＶ毒株特异引物扩增病毒基因组拼接产物。将扩增产物克隆后经过核苷酸序列分析,和与基因组全序列的比较。确定了编码ＥＩＡＶ反式激活蛋白的转录产物及阅读框架及转录后拼接位点,研究发现至少有两种拼接产物编码ＴＡＴ。     

福建省一株猪瘟病毒流行毒株全基因组序列测定与分析

根据GenBank公布的猪瘟病毒(CSFV)标准参考毒株全基因组序列,设计11对引物,应用RTPCR方法分别对11个片段进行福建流行毒株CN-FJLY的全基因组扩增,与参考毒株进行序列分析比较。结果表明,福建流行毒株CN-FJLY基因组全长为12 296bp,与参考毒株SXCDK、HEBZ、GXWZ02、HNLY-2011和Zj0801的全基因组核苷酸同源性为93.0%～97.0%,而与1.1亚群的中国强毒Shimen、疫苗株HCLV全基因组核苷酸同源性为84.4%～85.3%。基于全基因组及E2基因构建的遗传进化树分析结果表明福建流行毒株CN-FJLY属于2.1b亚群,与Shimen株、HCLV疫苗株亲缘关系较远。与HCLV相比较CN-FJLY基因组变异较大的是5′UTR、Ems、E2、p7、NS2、NS5A、NS5B和3′UTR。综上说明福建省猪瘟病毒流行毒株正在向远离疫苗株的方向变异。     

猪圆环病毒2型湖南株的分离与序列分析

为了解湖南省猪群中猪猪圆环病毒2型(PCV-2)的流行变异情况,从2003年-2008年湖南省疑似PMWS病死猪组织中分离获得7株PCV-2流行毒株,分别命名为HuN-03、HuN-05、HuN-0601、HuN-0602、HuN-0701 HuN-0702、HuN-08。用PCR方法对这7株病毒进行全基因扩增及测序分析。结果显示,7株PCV-2分离株基因组全长均为1 767 bp,有典型的PCV-2基因组结构;病毒毒株间同源性在94.9%~99.3%之间,与GenBank中的13株PCV-2基因组同源性在93.6%~99.7%之间,与2株PCV-1亲缘关系较远,同源性只有75.7%~76.5%;在遗传演化关系上,7株分离株分属4个进化方向,HuN-0601可能是外来毒株,HuN-03在一个独立的进化方向内,可能是其他5株病毒的母源性毒株,其他5株病毒可能代表了两个遗传种群,一个是国际流行稳定毒株,一个是国内地域性流行毒株。     

传染性法氏囊病病毒BC6/85株全基因组克隆及其序列分析

以传染性法氏囊病病毒（IBDV）BC6／85株基因组RNA为模板,采用RT—PCR方法扩增并克隆了IBDVBC6／85株基因组全长eDNA。序列测定结果表明：A节段全长共3260个核苷酸,与IM株的同源性最高为97．4％,与其他血清I型毒株的核苷酸同源性介于91．2％～97．1％;B节段有2827个核苷酸,与IM株同源性最高为98．6％,与其他毒株的核苷酸同源性为88．7％～98．6％。通过对编码的氨基酸序列进行分析,发现BC6／85株有21个特有氨基酸,其中15个位于多聚蛋白VP2—4—3。系统进化树分析表明,BC6／85株与经典毒株、弱毒株和变异株的关系较近,而与超强毒株相对较远。     

基因重组型番鸭细小病毒FJM3的全基因组特征

从1例未免疫雏番鸭细小病毒活疫苗与鹅细小病毒活疫苗的临床病死雏番鸭脏器中成功分离到1株番鸭细小病毒(FJM3株)。为明确其基因组特征,运用PCR方法,扩增出番鸭细小病毒FJM3株全基因组。结果表明,FJM3株基因组全长为5017nt,其基因组结构和经典番鸭细小病毒参考毒株一致。序列比对结果表明,FJM3株全基因组序列与GenBank中登录的经典MDPV参考株(FM株)核苷酸序列同源性为94.0%,与番鸭源GPV参考株(Y株)核苷酸序列同源性为85.6%。全基因组遗传进化分析表明,FJM3株处于MDPV遗传进化分支;VP1基因遗传分析表明,FJM3株处于经典MDPV遗传进化分支;VP3遗传进化表明,FJM3株处于GPV遗传进化分支。对FJM3株和参考株(FM株、Y株和SYG61v)进行遗传重组分析表明,该毒株于存在2处MDPV与GPV的基因重组现象。     

O型口蹄疫病毒O/LZ株拯救

以构建的口蹄疫病毒O／LZ株全长cDNA为模板,使用T7RNA聚合酶系统在体外进行转录,得到病毒RNA。用脂质体转染法将转录物RNA导入BHK细胞,可观察到典型的口蹄疫病毒致细胞病变效应。对收获的病毒分别用RT—PCR、免疫荧光以及免疫电子显微镜观察等方法进行鉴定,结果表明拯救到特定的口蹄疫病毒。同时用空斑试验法观察了拯救病毒及其母本毒株的生长特性,结果表明二者没有明显差异,这将为进一步探索猪口蹄疫病毒致病的分子机制及研制新型口蹄疫疫苗奠定良好的基础。     

内源性绵羊肺腺瘤病毒全基因组序列测定与序列分析

参照内源性绵羊肺腺瘤病毒株enJSRV-20全基因组序列设计合成3对引物,应用PCR技术扩增内源性绵羊肺腺瘤病毒基因片段分别连接pMD-18T载体并测序,完成了内源性绵羊反转录病毒基因组序列测定。分析结果显示,测定序列全长7519bp,与内源性绵羊肺腺瘤病毒代表株enJSRV-20核苷酸同源性为99．4％,与外源性绵羊肺腺瘤病毒代表株AF357971．1的核苷酸同源性为90．4％。基于全基因组序列核苷酸的系统进化发生树分析结果显示,扩增序列与enJSRV-20的亲缘关系最近。     

EIAV反式激活蛋白(TAT)基因的分子克隆与序列测定

以马传染性贫血病毒 (EIAV)疫苗毒感染驴巨噬细胞培养物 ,在病毒繁殖期提取细胞总 RNA,反转录后使用特异引物扩增病毒基因组拼接产物。将扩增产物克隆、测序并与基因组全序列比较 ,确定了编码 EIAV反式激活蛋白(TAT)的转录产物及阅读框架 ,发现至少有 2种拼接产物编码 TAT。比较 2种阅读框架 ,以保守序列作为模板扩增得到完整的编码 EIAV反式激活蛋白的基因。     

口蹄疫病毒O型OHM/02株全长cDNA感染性克隆的构建

为构建O型口蹄疫病毒(FMDV)的感染性克隆,采用RT-PCR将O型FMDV OHM/02株全长基因组分为5个重叠的片段进行扩增,克隆至载体pUC57中,获得全长cDNA克隆pPO-1。将线性化的pPO-1与含有编码T7 RNA聚合酶的真核表达重组质粒共转染BHK-21细胞,出现致细胞病变效应(CPE)。对拯救的病毒进行RT-PCR扩增、酶切、测序,表明人工设计的分子标记Bam HⅠ酶切位点消失,排除了亲本毒株污染的可能性。间接免疫荧光试验可以检测到绿色荧光,电镜观察可观察到病毒粒子,表明构建了具有感染性的OHM/02毒株全长cDNA克隆。病毒生长曲线表明,拯救病毒与亲本病毒的复制能力和增殖特性相似。OHM/02株全长cDNA感染性克隆的构建及拯救可为FMDV致病机理的研究提供一种重要工具,可促进疫苗的研发。     

坦布苏病毒MM1775株反向遗传操作系统的建立

本研究将坦布苏病毒MM1775株全基因组分3段克隆,获得3个重组质粒,利用融合PCR方法扩增得到5'端含有T 7启动子的病毒全长c DNA,经体外转录得到感染性的RNA,将RNA转染DF-1细胞,48 h后出现细胞病变。当细胞病变达到90%,将细胞上清接种DF-1细胞,72 h后进行间接免疫荧光(indirect immunofulorescence,IFA)和RT-PCR鉴定,结果表明拯救病毒成功。序列测定结果显示,拯救毒的全基因组序列与亲本毒完全一致,表明MM1775反向遗传操作系统构建成功,为进一步研究坦布苏病毒致病性等相关分子机制奠定了基础。     

鸡传染性支气管炎病毒ck/CH/LHB/100801株的分离鉴定及分子特征研究

本研究于2010年8月从河北省某鸡场鸡群中分离一株病毒,通过对分离株进行电子显微镜观察、鸡胚致病性试验、血凝特性试验等生物学特性及鸡传染性支气管炎病毒(IBV)核蛋白基因RT-PCR方法鉴定,结果表明分离株为IBV,命名为ck/CH/LHB/100801.根据GenBank中登录的IBV基因组序列,设计扩增病毒全基因组的19对引物,并扩增病毒基因组,采用3-RACE和5-RACE技术,扩增得到该病毒全部基因组序列.通过与已发表的参考病毒株全基因组序列比较表明,该分离株基因组全长为27 675bp,共有10个开放阅读框,其基因排序为:5'-cap-Replicase-S-3a-3b-3c-M-5a-5b-N-poly(A)-3',纤突蛋白裂解位点为534RRFRR538.序列分析表明ck/CH/LHB/100801与台湾分离株TW2296/95的结构蛋白序列相似性高达99.8%,进化亲缘关系最近,推测两分离株间可能具有相同的进化来源.     

猫杯状病毒2280株反向遗传系统的构建

为构建猫杯状病毒(FCV)2280株感染性克隆,本研究在FCV 2280株基因组5'末端和3'末端分别引入T7 RNA聚合酶启动子和丁型肝炎核酶(Hdv Rz)序列;并将FCV基因组中唯一的XbaⅠ限制性酶切位点序列进行同义突变作为遗传标记;将基因组分为3段分别进行RT-PCR扩增,通过酶切依次克隆于pOK-12载体中,构建FCV基因组全长cDNA重组质粒。以其为模板经体外转录制备其全长基因组RNA,并在5'末端加帽,转染CRFK细胞,24 h后出现典型的细胞病变。提取出现细胞病变的病毒液的总RNA制备cDNA模板,PCR扩增FCV遗传标记片段并进行XbaⅠ酶切鉴定分析,表明拯救的病毒为FCV重组病毒。而且拯救的病毒生长动力学与亲本病毒无明显差异。本实验为进一步研究FCV的生物学特性和致病机制奠定了基础。     

犬瘟热病毒NT株分离鉴定、全基因测序与分析

为分析我国犬瘟热病毒的流行性特点及阐明该毒株的基因特征与遗传进化情况。本研究用表达SLAM受体的犬源Vero细胞系对犬瘟热病毒分离培养,并从南通、安徽两地收集的疑似犬瘟热病料(肺,脾)中分离出一株犬瘟热病毒,运用RT-PCR、病毒的半数感染量(TCID₅₀)等方法对分离株进行鉴定,从而确定分离株为犬瘟热毒株,命名为CDV-NT-1。利用RT-PCR方法分段扩增此分离株的全基因组cDNA,用DNAStar软件比较CDV-NT-1分离株与GenBank上其他典型CDV毒株的同源性,并用Mega7.0软件进行系统进化分析。结果显示：CDV-NT-1株全基因组序列长度为15 544 bp;CDV-NT-1与野毒株的同源性在97.6%～98.5%,而与疫苗株Snyder Hill、Phoca、Onderstepoort的同源性只有92.1%,CDV-NT-1与Asia-I位于同一分支,与疫苗株处于不同的分支,属于Asia-1型。本研究结果为CDV的研究奠定了基础。