柳枝稷种质资源遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记对138份柳枝稷种质的遗传多样性和遗传结构进行研究,为资源保护利用提供理论依据和技术支持。研究结果显示,1)从100个ISSR引物中筛选出16个条带清楚且稳定的引物,共扩增出220条谱带,其中,多态性谱带196条,多态性比率(PPB)为89.09%,平均每个引物扩增条带数为13.75条。2)POPGENE 1.32软件分析结果显示,138份柳枝稷基因多样性指数(H)为0.2498,Shannon指数(I)为0.3880,表明供试的种质间遗传多样性较丰富,遗传多样性水平较高。3)AMOVA 1.55软件方差分析结果显示,43.40%的遗传变异存在于生态型之间,56.60%遗传变异存在于生态型之内,说明遗传结构的变异主要存在于生态型之内。4)NTsys-pc 2.1软件进行UPGMA聚类分析和主成分分析(PCA),供试138份柳枝稷种质间Dice遗传相似系数(GS)值为0.4000~0.8818,平均值0.7237,结果表明,低地型材料聚为一大类,高地型材料聚为一大类。     

豌豆属种质资源遗传多样性的ISSR分析

用ISSR标记技术对来自国内外的73份豌豆材料进行遗传多样性分析,结果表明,100个ISSR引物中共筛选出11个多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物,73份材料DNA共扩增出91条条带,其中78条为多态性条带,平均每个引物扩增的条带数为8.2条,多态性比率为86.4%。Shannon多样性指数平均为0.420 2,每个位点的有效等位基因数为1.451 8,品种间遗传相似系数变幅为0.406 5～0.934 0,表现出丰富的遗传多样性。利用UPGMA聚类分析,以遗传相似系数0.52为界限,73份材料划分为5类,聚类基本符合地理来源相近的材料聚为一类,呈现出一定的地域性分布规律。     

SRAP与SSR分子标记在柳枝稷杂种鉴定中的比较分析

利用SRAP标记和SSR标记对柳枝稷杂交种进行鉴定,比较2种标记在柳枝稷杂种鉴定方面的效率和准确性,为柳枝稷乃至异花授粉多倍体植物的杂种真实性鉴定提供科学依据。分别利用SRAP与SSR标记技术对柳枝稷165个杂交种单株和亲本DNA进行扩增,分析杂交种与亲本扩增的多态性条带数,并鉴别真假杂交种。与SRAP标记相比,共显性的SSR标记具有高效性,本研究中仅用1对SSR引物就鉴别了所有杂交后代的真实性,多态性条带比率为100%。而显性SRAP标记用了6对才能鉴别所有杂交后代的真实性,多态性条带比率为40%,相对较低。     

基于SCoT分子标记的苇状羊茅品种遗传关系及指纹图谱分析

采用目标起始密码子多态性标记（SCoT）对13个苇状羊茅品种进行遗传多样性、遗传结构及指纹图谱分析,以期为苇状羊茅种质资源鉴定、野生种质资源驯化及新品种培育提供理论依据。从80个SCoT引物中筛选出多态性较好、条带清晰且重复性高的引物15个进行扩增,13个苇状羊茅品种共扩增出181条条带,平均每个引物扩增12.07条。其中,多态性条带共176条,不同引物扩增的多态性条带数在7～16条之间,平均每个引物扩增多态性条带为11.73条,多态性条带比率（PPB）为97.24%;有效等位基因数范围在1.311～1.642之间,平均为1.511;基因多样性指数范围在0.184～0.357之间,平均为0.294;Shannon指数范围在0.276～0.518之间,平均为0.435。供试的13个品种间的遗传距离在0.0444～0.1401之间,平均值为0.1003;基于遗传距离的UPGMA聚类分析可将13个品种分为两类,与遗传结构分析结果一致。分子方差分析结果表明,总的遗传变异中有14%发生在品种间,有86%发生在品种内。引物SCoT10、SCoT56、SCoT80可以完全区分供试苇状羊茅品种,采用S...     

应用RAMP标记分析长白山地区中国林蛙的遗传多样性

应用随机扩增徽卫星多态性DNA（RAMP）标记技术对长白山地区中国林蛙60个个体间遗传多样性进行了分析。以便为中国林蛙种质资源的保护和利用以及物种分化研究提供基础资料。结果表明：120个RAMP引物中。有14个引物组合可扩增出清晰且具多态性的条带。这14个引物组合共扩增出107条带,其中105条具有多态性,多态条带比率为98．13％。每个引物可扩增出3～10条多态性条带,平均7．5条。多态条带比率、Shannon多样性指数（I）以及Nei氏基因多样度（h）均显示长白山地区中国林蛙具有较为丰富的遗传多样性。RAMP标记遗传相似性系数（岱）变异范围为0．4860～0．8505,平均值为0．6634,以GS平均值0．6634为闻值,可将所有供试材料划分为10类,其中大部分个体归为同一类,群体内并没有形成较明显的遗传分化。     

应用RAMP标记分析水貂与彩貂种属间的遗传多样性

对标准黑褐色水貂、蓝宝石貂、咖啡色貂3个品种的89个个体进行了RAMP分析。结果表明,品种间遗传差异明显,多态性高。14个引物组合扩增出的81条DNA片段中,75条具有多态性,多态比例为92.59%,每个引物组合可扩增4～8条多态性条带,平均5.78条。多态条带比率、Shannon多样性指数以及Nei氏基因多样度（h）均显示水貂与彩貂品种较〖JP2〗为丰富的遗传多样性。Nei遗传距离、Gst基因分化系数显示水貂与彩貂品种间遗传分化程度不高,遗传变异主要来自种群内。     

基于iPBS的巨峰系葡萄品种遗传多样性分析及MCID法快速鉴定

为探讨巨峰系葡萄种质的遗传关系,利用iPBS标记对24个巨峰系葡萄品种进行遗传多样性分析,并应用人工绘制品种鉴别示意图法(%20MCID法)建立品种鉴定图(CID)%20。筛选出13个引物对24个巨峰系葡萄品种进行PCR扩增,共扩增出136条带,其中多态性条带99条,多态性比率为72.79%。各引物观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)的平均值分别为1.7206、1.2971、0.1874和0.2972。24个巨峰系葡萄品种的遗传相似系数(GS)在0.6618~0.9485之间,变幅为0.2867。上述结果表明：24个巨峰系葡萄品种间的遗传差异较小。利用UPGMA构建24个巨峰系葡萄种质资源的聚类树状图,在遗传相似系数为0.74处可将24个巨峰系葡萄品种分为2组,其中第Ⅰ组有22个品种,均为欧美杂交种;第Ⅱ组有2个品种,分别为山欧杂种和欧亚种。利用5条引物扩增的多态性谱带构建了24个巨峰系葡萄品种的CID图,利用此CID图可以找出区分任意2个品种的引物,为巨峰系葡萄品鉴定提供科学依据。     

12个无芒雀麦种群遗传多样性的RAPD分析

用RAPD分子标记对12个无芒雀麦种群进行遗传多样性分析,结果表明:选用的9条多态性引物共扩增出87个条带,平均每个引物扩增9.67条,其中多态性条带45个,多态性条带百分率为51.72%.无芒雀麦物种水平上的多态性条带数为76个,多态性条带百分率为87.36%,Shannon信息指数为0.2933,Nei s基因多样性指数为0.1843.种群间遗传分化系数为0.2735,说明无芒雀麦的遗传分化主要发生在种群内.聚类结果显示,部分种群间的遗传距离与地理距离有一定的相关性,但也有例外,这可能与人类的广泛栽培加大了种群间的基因交流有关.     

基于SCoT标记的饲用燕麦品种遗传结构及指纹图谱分析

采用目标起始密码子多态性标记（SCoT）对目前国内种植利用的36个饲用燕麦品种进行了遗传变异结构及指纹图谱分析。结果显示,从80个SCoT引物中筛选出多态性较好、条带清晰且重复性高的引物15个,共扩增出146条条带,不同引物扩增出的多态性条带数为3~9条,平均为6.4条,多态性比率为65.75%,平均有效等位基因数（Ne）为1.46,平均Nei’s基因多样性指数为0.27,平均Shannon’s多样性指数为0.38。基于4个多态性较高的核心引物组扩增的14个位点,构建了36个燕麦品种的DNA指纹图谱,其能够将供试燕麦品种区分并准确鉴定。供试品种的DICE遗传相似性系数为0.7596~0.9507,平均值为0.8473;基于遗传相似系数的非加权组平均法（UPGMA）聚类分析结果显示,可将36个品种分为四大类,聚类与其来源的关联性不高。群体遗传结构分析表明,国外引进品种遗传组成分布均匀,有32.1%的品种具有混合来源,而国内品种分布相对集中且仅有25.0%的品种有混合来源,表明供试的国内种植利用的燕麦品种遗传基础较狭窄,来源相对单一。结果为燕麦品种的鉴定、新品种的选育等提供了理论参考。     

基于EST-SSR及SRAP标记构建苦荬菜品种(系)DNA指纹图谱

苦荬菜是优良的一年生菊科青饲牧草,为构建苦荬菜品种(系)DNA指纹图谱,筛选出24对EST-SSR引物、32对SRAP引物组合构建指纹图谱。24对EST-SSR多态性引物对收集的14份苦荬菜品种(系)共扩增出270个清晰条带,多态性条带223个, PIC均值0.834,基因多样性指数变幅为0.2464~0.4288,Shannon指数变幅为0.3597~0.6148,可区分品种3~14个;32对SRAP引物检测到多态性条带367个,PIC均值0.826,基因多样性指数变幅为0.2006~0.3898,Shannon指数为0.3167~0.5716,可区分品种2~12个。7个引物在9个品种(系)上能扩增出特征谱带,综合各项遗传多样性指标筛选出IpSSR102、IpSSR80、IpSSR91、Me10+Em5、Me9+Em17,共5个核心引物的40个多态性条带构建苦荬菜品种(系)DNA指纹图谱,每个品种(系)都有一个特异分子身份指纹编码。     

磁珠富集法开发蕨麻SSR标记引物

微卫星序列(SSR)因具有分布广、共显性遗传、稳定、多态性丰富等优点而被广泛应用于动植物遗传研究中。利用EcoRⅠ,MseⅠ2 种内切酶酶切蕨麻基因组,酶切片段与用生物素标记的探针(AG)₁₅、(GT)₁₅杂交,然后通过链霉亲和素磁珠富集、含有SSR片段的基因组片段被吸附,再经洗脱、PCR扩增、克隆和测序,完成微卫星序列的收集。共获得有效克隆236个,随机挑选其中80个进行测序,结果显示68条序列(85%)为唯一序列,挑选出其中40条含有SSR位点的序列,用引物设计软件Primer 5 成功设计出 40 对引物,经初步筛选,最终获得多态性丰富,可稳定扩增的SSR引物20对,扩增成功率达50%。对20对引物扩增结果做了初步分析,扩增出多态性位点共338个,平均每对引物扩增出17个,平均有效等位基因数(Ne)、多态性信息含量(PIC)、Nei’s 基因多样性指数(H)和Shannon’s 信息指数(I)平均值分别为1.2440、0.8996、0.1768和0.3078。20对SSR引物为蕨麻遗传变异研究提供了新的分子标记工具。     

内蒙古地区草地螟白僵菌不同地区遗传多样性分析

应用ISSR(简单重复序列间隔区)标记对采集自内蒙古3个地区的17株白僵菌(Beauveria Bassiana(Bals.)Vuill.)菌株进行遗传多样性分析,探讨了白僵菌在不同地区之间和地区内部的遗传多样性。结果表明:从21个引物中筛选出15个多态性高、稳定性好的ISSR引物,建立了ISSR的最佳反应体系。在ISSR试验中,15个ISSR引物共扩增出90条带,其中87条为多态性条带,群体多态位点百分率(PPL)为96.67%,Nei’s基因多样性指数(H)为0.4309,Shannon’s信息多样性指数(I)为0.6106。在群体间的遗传相似度聚类分析中,内蒙古中部和西部地区的遗传一致度最高为0.9897,兴安盟地区和鄂尔多斯市地区的遗传一致度最高为0.9621。     

利用ISSR分子标记检测老化扁蓿豆种质遗传完整性的变化

采用ISSR分子标记,对经老化处理的不同发芽率水平扁蓿豆种质进行遗传完整性分析。结果表明:用10个有效引物对4个不同发芽率居群进行PCR扩增,共检测到48个等位基因,每个位点的等位基因数为3～8个,平均为4.8个;老化处理群体的多态性位点百分率(PPB)、等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、基因多样性指数(H)、Shannon指数(I)等遗传参数,与对照群体的遗传参数相比都有所下降,表明老化处理后群体内的遗传多样性低于对照群体的遗传多样性;与对照群体相比,发芽率为20%时,各遗传参数呈极显著性差异,说明扁蓿豆种质更新发芽率临界值在20%～40%;ISSR分子标记可以作为老化扁蓿豆种子遗传完整性变化的检测方法,同时认为对于异质种质资源材料,低发芽率更新标准不利于种质资源遗传完整性的保持。     

国审苏丹草和高丹草品种SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

利用SSR分子标记技术,从108对引物中筛选出20对在国审10个苏丹草(Sorghum Sudanense)和7个高丹草(Sorghum bicolor×Sorghum sudanense)品种中进行了指纹图谱构建及遗传多样性分析。结果表明:20对引物在17个品种中共扩增出121条谱带,其中多态性条带有117条,多态性信息含量(PIC)平均为0.703;单对引物能将17个品种区分为2~14个类型,2~5对引物指纹图谱可以将17个品种区分开,可作为鉴别高丹草和苏丹草品种的分子依据;17个品种材料的平均Nei's基因多样性指数(H)为0.480,平均Shannon多样性信息指数(I)为0.820,品种间的相似系数介于0.58~0.96之间,可见,国审苏丹草和高丹草品种具有丰富的遗传多样性。     

扁蓿豆不同品系ISSR标记遗传差异和遗传多样性

采用ISSR分子标记技术对扁蓿豆4个品系的遗传多样性、遗传差异和遗传结构进行了研究。用7个有效引物对4个品系进行PCR扩增,共获得73个等位基因位点,每条引物平均检测出10.4个位点,其中多态性位点69个,多态位点百分率为94.5%。各品系的Nei’s遗传多样性为0.2569,Shannon’s信息指数为0.4046。Nei’s指数估算和分子方差分析均表明,扁蓿豆4个品系的遗传多样性主要存在于品系内,4个品系间亦出现了较大的遗传分化(Gst=0.1324)。品系00-61、90-36、00-81和93-21的多态位点百分率分别为73.97%、79.45%、82.19%和83.56%;Nei’s遗传多样性(H)分别为0.2050、0.2153、0.2264和0.2474;Shannon’s信息指数(I)分别为0.3222、0.3396、0.3538和0.3821。各品系的遗传参数大小排序均为品系93-21品系00-81品系90-36品系00-61。采用系统聚类和主坐标分析(PCA)两种方法所获得的聚类结果一致,即品系00-61和00-81遗传差异相对较小,其次是品系90-36,品系93-21与各品系的遗传差异较大。     

利用SSR分子标记构建四倍体杂交冰草的遗传连锁图谱

为构建四倍体杂交冰草分子遗传连锁图谱,对深入开展冰草产量、抗性等重要性状的QTL定位及分子标记辅助育种提供依据,以四倍体杂种F₂分离群体的347个单株及亲本蒙古冰草和航道冰草为材料,采用SSR分子标记技术和Joinmap 4.0软件进行了遗传作图研究。试验从256对SSR引物中筛选出条带清晰稳定、多态性丰富的适宜引物30对,PCR扩增得到224个SSR标记位点,平均每对引物扩增出7.47个位点,其中多态性标记位点185个,占82.6%。偏分离分析显示,在185个SSR多态性标记位点中有24个标记产生偏分离,占13.0%,符合植物遗传作图时通常偏分离标记比率<30%的要求,可用于遗传作图。构建了1张四倍体杂交冰草的分子遗传连锁框架图谱,该图谱包含14个连锁群、185个标记,其长度范围在123.0~202.6 cM之间,连锁群LG4最长、LG12最短,各连锁群的平均长度167.32 cM,覆盖基因组总长度2342.5 cM,标记间的平均距离12.66 cM。     

西藏光核桃自然居群遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记对来自西藏境内的4个光核桃自然居群的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析和评价。选用20对引物对4个居群的70份材料进行扩增,检测到338个多态位点。在居群水平上,多态位点百分率为63.96%,Nei’s基因多样性和Shannon’s信息指数分别为0.194 3和0.295 5。在物种水平上,多态位点百分率为89.89%,Nei’s基因多样性和Shannon’s信息指数分别为0.246 0和0.383 9。居群间的遗传分化系数为0.170 9,居群间的基因流为1.213 0。UPGMA聚类图中,70个个体未按4个居群各自聚在一起。结果表明,光核桃遗传多样性水平较高,居群间遗传分化较小,居群间的基因交流程度较高。     

甘肃红砂不同种群遗传多样性的ISSR分析

本实验采用ISSR分子标记技术,对甘肃地区5个种群共50个单株的红砂遗传多样性水平和遗传结构进行了研究。通过实验,从50个引物中筛选出12个重复性高,条带清晰的引物。12条引物共检测到69个位点,其中多态位点有60个,多态位点比率(P)为86.96%。用MarkerⅢ作为分子量标准,检测到甘肃红砂PCR产物的分子量在500～3 000 bp。应用遗传多样性分析软件Popgen 32 进行分析计算得出:在物种水平上,Shannon多样性指数(I)为0.542 9,Nei基因多样性指数(H)为0.379 0;基因分化系数G_st为0.096 4,基因流N_m为4.685 1,表明甘肃红砂种群遗传分化大部分存在于种群内。在种群水平上, I为0.489 3,H为0.342 4。P、H及I都表明甘肃红砂种群具有较高的遗传多样性。聚类分析还表明甘肃红砂种群的遗传距离与地理距离之间无显著的相关性;甘肃红砂遗传多样性与其本身特性和所处不同种群有关。     

羊草叶绿体非编码区多态性标记筛选及群体遗传多样性

为筛选多态性丰富的羊草叶绿体非编码区片段,本研究以9个不同地理位置的羊草居群为材料,通过对12个叶绿体非编码区DNA片段测序及其序列间变异分析试图从中找出有遗传差异的叶绿体DNA(cpDNA)片段,并利用有多态性的cpDNA片段进行遗传多样性分析。结果表明,序列ndhF-rpl32、trnL-trnF、trnC-ycf6、aptI-aptH具有比较丰富的变异,可作为下一步研究野生羊草群体遗传学和谱系地理学较为理想的分子标记。在37个羊草个体4条非编码区片段的合并序列中,共检测到15种单倍型,单倍型多态性(Hd)为0.928,核苷酸多态性(Pi)为0.00101;遗传分化指数(Fst)为0.58884,基因流(Nm)为0.17,基因流较小;中性检验Tajima’s D(-1.08542)和Fu’s Fs(-5.301)均为负值,且差异不显著(P>0.10),推测羊草遵循中性进化理论,可能经历过种群扩张;AMOVA结果显示,65%的分子变异出现在居群间,35%出现在居群内;Mantel检验得到,遗传距离与地理距离具有显著相关性(r=0.449,P<0.05);居群分化值Nst 0.386(0.1865)大于Gst 0.234(0.1506),差异显著(P<0.05),表明羊草居群存在分子谱系地理结构。通过系统发育树分析得到,羊草15个单倍型分为两大分支,H2和H10聚为一支,它们与别的居群个体亲缘关系较远,其余单倍型聚为另一支;单倍型网络图显示,H2和H12、H10和H12亲缘关系较远,与系统发育树分析结果基本一致。本研究为羊草的种质资源保护、谱系地理学研究等工作奠定了基础。     

东方蜜蜂DNA随机扩增多态及其遗传分化研究

本研究对云南及马来西亚的37个东方蜜蜂样本进行随机增多态DNA分析，从20个引物中筛选出11个引物，其中9个引物扩增出多态带。共检测到66条扩增片段，其中56条为多态带。用UPGMA聚类方法构建的分子系统树显示，云南的样本、马来西亚的样本各自分别聚在一起，说明两个样本间遗传差异较大，群体之间存在着遗传分化。但就云南的32个个体而言，虽然聚类图中大多数采用自同一地区的样本聚在一起，但也存在一定交叉，提示云南地理群体间近期可能存在一定的基因流。