瘤胃微生物总DNA快速提取法研究

本文介绍了一种简便快速地提取瘤胃微生物细胞总DNA的方法,该法是对提取植物的CTAB法进行改进而成.与经典反复冻融＋SDS/蛋白酶K裂解法相比,该法可在数小时内高效地提取瘤胃内容物总DNA,经琼脂糖凝胶电泳对所提取瘤胃微生物总DNA进行检测,证明所获得的瘤胃总DNA符合分子生物学操作要求.     

瘤胃微生物总DNA快速提取法研究

本文介绍了一种简便快速地提取瘤胃微生物细胞总DNA的方法,该法是对提取植物的CTAB法进行改进而成。与经典反复冻融 SDS/蛋白酶K裂解法相比,该法可在数小时内高效地提取瘤胃内容物总DNA,经琼脂糖凝胶电泳对所提取瘤胃微生物总DNA进行检测,证明所获得的瘤胃总DNA符合分子生物学操作要求。     

绵羊瘤胃微生物基因组DNA提取方法的探讨

本研究针对瘤胃内容物成分复杂、微生物种类繁多,且难于培养和分离这一特点,本着为采用免培养技术研究瘤胃微生物提供前期样本这一目的,对现在常用的五种基因组DNA提取方法进行了比较。试验结果得出应用珠磨-SDS/CTAB/PVP法所提瘤胃微生物基因组DNA质量及纯度较好,总DNA长度大于20kb,OD260/OD280在1.7以上。同时对所提的DNA应用PCR方法进行了检测,可以成功扩增出瘤胃中的古细菌、真细菌和真菌16/18SrDNA片断,进一步证明了此方法的优越性及可行性,为后续一些分子生物学试验提供质量较高的DNA模板。     

秦川牛瘤胃微生物DNA提取方法的比较试验

[目的]本试验的目的是优化秦川牛瘤胃微生物DNA提取方法。[方法]针对秦川牛特有的生理及生物学特性,采取珠磨法、反复冻融法、液氮研磨法、超声波法提取微生物DNA,并获得一种提取秦川牛瘤胃胃微生物DNA的最佳方法。[结果]珠磨法、反复冻融法提取的DNA片段较完整,DNA含量较高。[结论]珠磨法和反复冻融法是较科学的提取方法。     

奶牛瘤胃微生物DNA提取法的研究与优化

试验通过对提取瘤胃微生物DNA常用的方法进行比较,优化出一种可以获得完整瘤胃微生物总DNA片段的方法,使其能进一步满足PCR的扩增要求以及后续的分子生物学研究。试验的瘤胃液样本取自3只装有瘘管的荷斯坦奶牛,将方法适当改进。结果表明:珠磨-CTAB法提取的总DNA片段长度大于20 kb,OD260/OD280在1.8以上,DNA的提取效果最稳定。同时对所提的DNA样本应用PCR方法进行了检测,成功扩增出长度分别为1 500 bp、1 000 bp左右的瘤胃细菌和古细菌的16S rDNA序列。结果证明了该方法所提取的瘤胃微生物DNA可以应用到后续的试验研究工作中。     

微生物总DNA的提取

目前,对微生物多样性的研究越来越多地从传统的培养方法转向分子生物学方法,现代分子生物学技术的蓬勃发展解决了不可培养微生物研究的难题,使肠道微生物的研究进入了一个新的发展阶段,而肠道微生物总DNA的提取是整个分子生物学方法的关键.主要总结了前人提取土壤、植物、粪便、瘤胃和肠道微生物DNA的试验方法,介绍了微生物总DNA的纯化方法,为用于分子生物学研究的肠道微生物总DNA的提取提供依据.     

鹌鹑肠道微生物总DNA的最佳提取方法

为了获取高质量、较完整的肠道菌群基因组DNA,试验采用常规的饱和苯酚/氯仿法(方法一)、牛瘤胃DNA的提取法(方法二)和对上述两种方法进行优化后得到的肠道微生物DNA的提取法(方法三)对鹌鹑肠道微生物总DNA进行了提取,并对结果进行了比较。结果表明:应用方法一和方法二提取的DNA浓度比较低,电泳显示样品DNA条带没有方法三明亮;以方法三提取的肠道总DNA为模板,采用细菌通用引物,对其16S rDNA V3可变区进行PCR扩增,得到较清晰的图谱,条带整齐。说明采用方法三提取鹌鹑肠道微生物DNA较完整,可用于后续的分子生物学试验研究。     

瘤胃微生物对纤维物质的粘附作用

论述了瘤胃微生物对纤维物质的粘附作用以及影响工矿企业占附的主要因素，近年来研究表明，只有与饲料颗粒相粘附的微生物才直接负责纤维物质的降解，可见，粘附对纤维物质的利用起着重要的作用。并且，植物表皮和细胞壁、木质素、酚类化合物、pH值、咀嚼和饲料加工都影响着瘤胃微生物的粘附，其他因素，如Na^ 、温度、膜上ATPase以及离子载体对粘附的影响，还有待进一步研究。     

家兔盲肠微生物总DNA的提取

为了全面了解家兔盲肠中的微生物信息，本文采用非培养技术，通过化学、物理裂解和酶解相结合，建立了直接从家兔盲肠内容物中提取总DNA的方法。结果从1g新鲜的盲肠内容物中提取出5．4μg总DNA；所得的DNA能被核酸限制性内切酶降解；经纯化后能用作模板进行PCR扩增。     

提取家蚕肠道微生物总DNA的2种方法的比较研究

为寻找提取家蚕中肠道微生物总DNA的方法,比较研究了2种方法:①直接提取家蚕中肠道内容物的总DNA,再选择性研究其中来源于微生物的DNA;②先分离家蚕中肠道的微生物,再提取其总DNA.结果表明,方法②所得到的DNA数量较少,但纯度较高;方法①的数量多,种类齐,但杂质多.2种方法分别适合于不同的研究目的.     

海子水牛瘤胃微生物的宏基因组学分析

为系统探讨海子水牛瘤胃内的微生物组成及木质纤维素降解酶系,本试验利用基于高通量测序的宏基因组学技术对海子水牛(2.5岁左右,平均体重为493 kg)瘤胃液样本进行组学分析。结果表明,共获得了77 283 638条reads,并拼接出744 712个scaffold。经prodigal分析后,共预测出827 044个基因。通过基因注释发现海子水牛瘤胃中含有多种木质纤维素降解微生物,如生黄瘤胃球菌(Ruminococcus flavefaciens)、白色瘤胃球菌(Ruminococcus albus)、产琥珀酸丝状杆菌(Fibrobacter succinogenes)及栖瘤胃普雷沃氏菌(Prevotella ruminicola)。此外,还发现有38 011个基因编码蛋白质具有木质纤维素降解酶活性,其中糖苷水解酶(GH)基因数量最多(17 877个),糖基转移酶(GT)(8 637个)、碳水化合物结合模块(CBM)(4 693个)和碳水化合物酯酶(CE)基因(4 214个)数量次之,多糖裂合酶(PL)(1 296个)和辅助氧化还原酶(AA)基因(934个)数量较少。在GH基因中,归属于GH2、GH43、GH97、GH3家族的基因较多,且编码蛋白质具有寡糖降解酶活性的基因数量最多。此外还发现了少量的纤维小体组分蛋白基因。结合其他物种肠胃宏基因组中GH基因比对分析,发现海子水牛瘤胃中的纤维素酶、半纤维素酶和分支降解酶比例与奶牛瘤胃较为接近。由此可见,海子水牛瘤胃内含有丰富的木质纤维素降解微生物及酶系,这将为筛选具有工业应用潜力的酶基因奠定理论基础。     

家兔盲肠微生物总DNA的提取

为了全面了解家兔盲肠中的微生物信息,本文采用非培养技术,通过化学、物理裂解和酶解相结合,建立了直接从家兔盲肠内容物中提取总DNA的方法。结果从1g新鲜的盲肠内容物中提取出5.4μg总DNA;所得的DNA能被核酸限制性内切酶降解;经纯化后能用作模板进行PCR扩增。     

瘤胃微生物主要氨基酸代谢的研究进展

瘤胃微生物是共生在反刍动物瘤胃中的细菌和原生动物等微生物的总称,数量极多,主要包括细菌、原虫、真菌和噬菌体。细菌的品种多数量大,已从瘤胃中分离出细菌达200多种,每毫升瘤胃内容物细菌达10^10～10^11个;瘤胃原虫10^4～10^6个／ml;厌氧真菌游动孢子数10^3～10^5个/ml;噬菌体颗粒数可达10^7～10^9个／ml。尽管瘤胃内的氨是微生物合成蛋白质的主要氮源。但大量试验证实,当瘤胃氮的供应25％来自氨基酸时,微生物的生长处于最佳水平。对于反刍动物而言,进入小肠的氨基酸来源于瘤胃微生物蛋白、内源蛋白和日粮蛋白中的过瘤胃部分,其中瘤胃微生物提供的氨基酸占进入小肠总氨基酸的50％以上（Martin等,1996）。     

反刍动物瘤胃微生物蛋白质制定方法的研究进展

进入反刍动物小肠的蛋白质的评定体系，主要是日粮的非降解蛋白（UDP）和由瘤胃微生物合成的微生物蛋白（MCP），以及微量内源蛋白。其中MCP是反刍家畜的重要蛋白质来源，占小肠中蛋白质的40％-80％。可见，正确估测MCP的产量是各种新体系的重要参数之一。了解MCP的测定方法的利弊，有利于估测瘤胃微生物蛋白质方法的正确选用。     

反刍动物瘤胃微生物的生长与维持

反刍动物瘤胃微生物生长效率及其维持能耗是影响反刍动物机体营养代谢状况和生产水平发挥的重要因素，笔者简要总结了在反刍动物瘤胃微生物生长效率与维持能耗的关系及其影响因素等方面的研究进展。     

五肽胃泌素对瘤胃微生物代谢的影响

胃泌素和IGF -I是动物体内广泛分布的激素。IGF -I已被证实为体内多种组织的促生长因子 ;胃泌素除刺激胃酸分泌 ,也有很强的促消化道细胞分裂 ,促DNA、蛋白质合成功能。然而 ,它们是否存在于瘤胃 ,以及在瘤胃内有什么作用却报道甚少。我们曾发现五肽胃泌素(PentagastrinPG)促进绵羊、山羊瘤胃微生物VFA生成和蛋白质合成 ,然而对其作用途径尚缺乏研究。本文检测唾液和瘤胃液中IGF -I胃泌素样免疫活性物质 ;研究胃泌素对瘤胃微生物挥发性脂肪酸代谢和微生物蛋白合成的影响 ,并应用特异性CCK/gastrin受体阻断剂———丙谷胺(Proglumide)研究胃泌素作用机理。(1)IGF -I和胃泌素放免测定 :唾液和瘤胃液样品收集自4头自由摄食稻草的青年公水牛(平均年龄1岁 ,体重(210±15.8)kg ,用RIA检测。(2)胃泌素对瘤胃微生物代谢的调节 ;晨饲后 ,从3头装有瘤胃瘘管、自由摄食稻草并添加精料(2.5kg/d)的青年公水牛(平均年龄1岁 ,体重(217±18.3)kg)采集瘤胃液 ,经4层纱布过滤 ,取滤液与培养液(含20 %瘤胃液 ,pH7.0)混合(1 :4) ,在39℃厌氧培养。实验分4组 :PG组加入终浓度为10-10M的PG ,丙谷胺组仅加入10-8M丙谷胺 ,PG +丙谷胺组则同时加10-10MPG和10-8M丙谷胺 ,对照组加入同体积缓冲液。结果表明 :(1)唾液和瘤胃液中胃泌     

利用分子生物学技术研究瘤胃微生物多样性的进展

在反刍动物瘤胃内栖息着复杂、多样、非致病的各种微生物．包括瘤胃细菌、厌氧真菌和纤毛虫等原生动物．还有少量噬菌体。幼畜出生前,其消化道内并无微生物．出生后从母体和环境中接触各种微生物．但是经过选择,只有少数微生物能在消化道定植、存活和繁殖．并随着幼畜的生长和发育,形成特定的微生物区系。因此,反刍动物瘤胃选择了其特定的微生物区系．这些微生物选择了瘤胃的环境,这种选择最典型的例子是只有反刍动物和单胃草食动物消化道才有厌氧真菌。     

水牛瘤胃细菌存在雌二醇受体的初步研究

本试验应用DCC法对水牛瘤胃细菌进行测定。结果表明:瘤胃细菌可专一性地结合17β-雌二醇,并出现饱和现象,饱和曲线呈S形。用单点法计算得最大结合容量为50～65fmol/mg蛋白。Scatchard图为倒“U”形曲线。配体特异性竞争试验表明:瘤胃细菌雌二醇受体和皮质醇及睾酮有轻微交叉反应,交叉率分别为5.6％和14.4％;对孕酮和醛固酮则没有交叉反应。提示瘤胃细菌存在雌二醇受体,但和典型靶细胞上的雌二醇受体可能有一定的区别。     

蛋氨酸和硝酸钠对水牛消化率、瘤胃微生物数量及血液生化指标的影响

试验研究蛋氨酸和硝酸钠联合使用对水牛瘤胃微生物数量、日粮表观消化率及血液生化的影响.选取40头泌乳中期摩拉水牛,随机分为4组,每组10头,分别为A组(对照)、B组(硝酸钠)、C组(包被蛋氨酸)、D组(硝酸钠和包被蛋氨酸).结果 显示,与A组相比,C组水牛采饲量显著下降(P＜0.05),干物质表观消化率显著提高(P＜0....