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[目的]建立一套适合大竹蛏的AFLP分子标记反应体系,为大竹蛏的遗传多样性研究提供技术支持。[方法]采用比较实验法,以大竹蛏基因组DNA为模板,对其AFLP体系中的酶切时间、预扩产物稀释倍数及选扩引物E+3/M+3的配比等进行优化。[结果]优化的AFLP体系为:酶切时的DNA模板浓度为100 ng/μl,双酶切2 h;预扩模板最佳用量1.0μl;预扩产物的最适稀释倍数为40倍;选扩引物浓度配比为1∶4。同时,筛选出12对引物组合,可用于大竹蛏的AFLP分析。[结论]采用优化的AFLP反应体系及筛选后的引物,对大竹蛏群体进行了初步扩增,得到了清晰的电泳图谱。 相似文献
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芒果AFLP分子标记体系的建立 总被引:3,自引:0,他引:3
[目的]构建我国芒果主要栽培品种的AFLP分子标记体系。[方法]供试31个芒果品种为:Banganapalli、台农1号、桂热10号、Carabao、Nang Klang wun、泰国506、紫花、Keitt、粤西1号、斯里兰卡811、龙井大芒、红象牙、小菲、泰国504、Spooner、R2E2、串芒、鹦鹉芒、Irwin、金煌、Kent、海豹、Haden、Dashehari、Neelum、桂香、Ono、白象牙、Bambaroo、Macheso、Zill。以粤西1号芒果幼嫩叶片为材料探索提取高质量DNA的方法,为了获得更高质量和数量的基因组DNA,对曾杰的方法进行了下列改良:A、用2%的CTAB提取液,其他不变;B、用3%的CTAB提取液,但在提取后只用氯仿异戊醇提取2次;C、用3%的CTAB提取液,但在提取后用氯仿异戊醇提取1次;D、用3%的CTAB提取液,但在提取后用酚氯仿异戊醇提取1次。用供试品种中的台农1号、Carabao、Keitt、Kent对64对引物组合进行筛选,其中8个EcoRI引物分别是E—AAC、E—AAG、E—ACA、E—ACT、E—ACC、E—ACG、E—AGC、E;AGG,8个MseI引物分别是M-CAA、M-CAC、M-CAG、M-CAT、M—CTA、M-CTC、M-CTG、M-CTT。利用AFLP分子标记在DNA水平上对芒果进行遗传多样性研究。[结果]4种方法提取的DNA较完整,均可得到明亮清晰的主带。且综合比较,用B方法(即采用较高浓度的提取液,提取后用氯仿异戊醇提取2次)可获得高质量、高纯度DNA,可用于芒果AFLP标记分析。供试64对引物组合中适用于芒果种质资源AFLP分析的引物组合共14对,分别是E—ACC/M-CAC、E—AAC/M-CAT、E—AAG/M-CAC、E-AAG/MoCAT、E—ACA/M-CAC、E—ACA/M-CAG、E—ACA/M-CAT、E—ACA/M-CTA、E.ACT/M-CAC、E—ACC/M—CTC、E—ACC/M—CTG、E-AG&M-CAG、E.AGC/M—CTA、E—AGC/M-CTC。这14对引物组合在31份芒果种质中共扩增出1761条带,其中多样性带比例为97%。平均每对引物产生125.8条带和121.6条多样性带。14对引物均可将上述31个品种完全区别开来,其中E—ACA/M-CAT和E-AGC/M-CTC引物组合多态性最大,达100%,可用于芒果品种指纹图谱构建。[结论]利用AFLP可以高效检测芒果种质资源分子标记多样性。 相似文献
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白桦AFLP体系的建立及优化 总被引:6,自引:0,他引:6
以不同白桦个体为材料,通过琼脂糖凝胶电泳法和聚丙烯酰胺凝胶电泳法分析了DNA提取、双酶切、连接、预扩增和选择性扩增过程中的各影响因素,建立了扩增酶切片段长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphism)分析体系,并用E2 M4引物对不同白桦个体进行了扩增,得出优化的关键因素分别为:模板DNA的质量浓度为0.094g/L和0.086g/L,符合AFLP分析中的双酶切要求;酶切反应时间为2h15min;连接最适反应时间为2h;预扩增PCR的退火温度设为60℃。银染结果表明:扩增信号强,无背景干扰,条带清晰。 相似文献
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野百合AFLP反应体系的建立及优化 总被引:1,自引:0,他引:1
以重庆市巫山和巫溪两地的野百合为实验材料,对实验中涉及的各个重要试剂,如接头浓度、预扩和选扩模板稀释倍数及dNTP等的用量进行梯度比较,确定最佳用量.结果表明:①改良的CTAB法提取的野百合基因组DNA经过纯化后符合AFLP实验要求;②接头浓度为50pmol/μL较好;③酶切连接产物稀释20倍,dNTP用量为1.0μL(50μL体系),72℃开始扩增较好;④预扩增产物稀释30倍最佳.⑤从64个引物组合中筛选出符合野百合AFLP反应的20对引物组合.因此,优化后的体系适合野百合遗传多样性研究. 相似文献
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尼罗罗非鱼AFLP技术体系的优化 总被引:2,自引:0,他引:2
对AFLP技术从限制性内切酶水解、扩增条件、检测方法3个方面作了一些改进,建立了一套稳定的且简便易行的实验条件,同时用这种改进的AFLP技术体系对尼罗罗非鱼基因组DNA的多态性进行了初步研究,得到了良好的DNA的多态性检测效果,不仅分辨力较高,而且带型稳定。 相似文献
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银杏AFLP反应体系的建立及优化 总被引:2,自引:0,他引:2
以6个银杏种质为试材,通过对影响AFLP技术的多种因素进行研究,建立了一套适合银杏的AFLP技术优化体系。优化的关键因素为:①模板DNA的质量:经多次抽提纯化,将DNA沉淀挑出,而不采用离心方法,获得高纯度的DNA;②酶切时DNA模板为300 ng,反应时间为6 h;③连接最适反应时间为10 h;④预扩模板即连接产物最佳用量为1μl;⑤预扩增产物最适稀释倍数为70倍。 相似文献
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本文以青稞为材料,对AFLP酶切连接、预扩增、选择性扩增过程进行优化。结果表明,酶切反应条件为DNA模板200 ng、限制性内切酶Eco RI/Mse I 4U、酶切时间4h;连接反应条件为连接温度16℃,T4连接酶3 U,连接时间12 h以上;预扩增反应条件为r Taq聚合酶3 U、dNTP 4 mmol/L、镁离子浓度1.00 mmol/L;选择性扩增反应条件为r Taq聚合酶4 U、d NTP 4 mmol/L、镁离子浓度1.25 mmol/L及预扩产物稀释10倍。利用优化后的AFLP体系,以藏青2000、冬青18这2个供试材料的基因组为模板,从100对引物组合中筛选出10对重复性好、稳定性强、扩增条带清晰、分布均匀、多态性高的引物组合,为青稞种质资源鉴定及遗传多样性分析提供了基础。 相似文献
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以小麦条锈菌、杆锈菌、叶锈菌的夏孢子为材料,通过DNA提取、酶切、PCR扩增、凝胶电泳等系列程序摸索和优化,建立了锈菌的AFLP分子标记体系如下:40μl酶切体系中采用了EcoRI、TrulI各5U,37℃3h,65℃3h双酶切4μl100ng/μl的DNA;然后加入10μl连接混合液22℃连接3h,16℃10h;连接产物5μl,10μMEcoRI、10μMTru1I预扩引物各1.5μl,PCR反应液25μl,ddH2O17μl进行预扩;预扩产物稀释20倍后取5μl,50ng/μlEcoRI、Tru1I选扩引物各1μl,PCR反应液10μl,ddH2O3μl体系进行选择性扩增,为小麦锈病和其他真菌性病害的分子标记克隆及抗病育种的辅助选择提供了有力工具。 相似文献
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木霉AFLP分子标记技术体系的建立 总被引:1,自引:0,他引:1
以摇床培养的木霉菌丝为材料,采用液氮研磨等方法提取到高质量的基因组DNA,能够用于AFLP实验分析,探索和优化酶切-连接反应、预扩增和选择性扩增反应过程中的关键因素,建立了适合木霉AFLP的最佳试验体系和反应条件。利用该技术体系对不同时期保存的菌株及融合子进行AFLP指纹分析,发现不同时期保存的同一菌株指纹相同,融合子指纹兼有亲本菌株的特性。通过对木霉AFLP条件的探索和研究,建立了木霉基因组AFLP反应体系,得到的扩增多态性条带完全能够用于木霉遗传稳定性和多样性分析。 相似文献
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以豫杂一号泡桐为材料,通过对影响AFLP技术体系的各主要因素的研究,建立了适于泡桐AFLP分析的技术体系.结果表明最佳酶切体系(20μL)为500 ng模板DNA,3 U的Pst 1和Mse I,在37℃下双酶切3 h;20μL最佳连接体系中为酶切产物15 μL,0.25 μmol·L-1Pst I接头,2.5 μmol·L-1 Mse I接头,1 μL 10×T4 Buff-er,2 U T4连接酶,22℃连接18 h;20 μL最佳预扩反应体系中5 μL稀释10倍的连接产物,100 μmol·L-1dNTP,2 U Taq酶,250 μmol.L-1 Pst I和Mse I引物(P+AGT/M+AGT),2 μL 10×PCR Buffer.20 μL最佳选择性扩增反应体系中5 μL稀释20倍预扩增产物,100 μmol·L-1dNTP,2 U Taq酶,350 μmol·L-1 Pst I和Mse I引物(P+AGT/M+AGT),2 μL 10×PCR Buffer.最后,筛选出了97对适宜于泡桐AFLP分析的引物. 相似文献
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番茄抗白粉病基因的AFLP标记 总被引:9,自引:1,他引:9
对由显性核基因(RL-4)控制的番茄野生种L.peruvianum抗白粉病抗性进行了分子标记研究,通过采用F1代群分法,在F2代抗、感池间随机筛选了256对引物,找到了与番茄抗白粉病基因RL-4连锁的6个AFLP标记,遗传距离分别为4.3,5.5,5.5,5.6,6.6和11.9cM。 相似文献
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松毛虫AFLP反应体系的建立及引物筛选 总被引:2,自引:0,他引:2
为研究不同环境条件下松毛虫的遗传多样性,以油松毛虫为材料研究松毛虫的AFLP反应体系。对选择性扩增中的预扩增产物稀释倍数、Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度和Taq酶浓度进行了比较分析。结果显示,在选择性扩增体系中,预扩增产物稀释40倍,Mg2+浓度1.5 mmol/L、dNTP浓度0.2 mmol/L,引物浓度0.500pmol/L,Taq酶用量为1U,扩增产物经5%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳可以得到稳定的结果。用优化的AFLP反应体系,以油松毛虫、赤松毛虫和马尾松毛虫为材料筛选引物,从81对引物组合中筛选出10对多态性高的引物组合。 相似文献
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小麦基因组AFLP反应体系的建立 总被引:9,自引:1,他引:9
利用小麦抗叶锈近等基因系研究了小麦基因组AFLP反应体系,建立了适于小麦基因组的AFLP反应体系:40μL酶切体系中采用7.5UPstⅠ和5UMseⅠ37℃3h,65℃3h双酶切0.1~0.2μgDNA,然后加入10μL接头、T4连接酶混合液,16℃连接过夜;吸取未稀释的酶切连接液4μL,加入75ng预扩增引物,10mmol/LdNTP,1.5UTaq酶,1×buffer,加PCR水至40μL进行预扩,将预扩产物稀释20倍,吸取5μL,加入40ng选择性引物,1.25UTaq酶,7.5mmol/LdNTP,2%去离子甲酰胺,1×buffer,加PCR水至25μL进行选择性扩增。本研究为小麦抗叶锈基因的分子标记克隆及抗病育种的辅助选择提供有力的工具。 相似文献