风信子DFR基因全长cDNA的克隆及序列分析

以蓝色风信子完全露出蓝色的花蕾为材料,利用RT-PCR和RACE技术,获得风信子DFR基因的全长cDNA。该cDNA全长1252 bp ,开放阅读框为1098 bp ,编码366个氨基酸。 Blast搜索结果显示,风信子DFR基因核苷酸序列与其它植物已报道的DFR基因具有66 %～77 % 的相似性,氨基酸序列有62 %～73 %的相似性。聚类分析表明, 最先与风信子聚类合并的是鸢尾,其次与其它单子叶植物聚类,最后与双子叶植物聚类。     

油茶CoUXS1基因全长cDNA克隆及生物信息学分析

为了揭示油茶UDP-葡萄糖醛酸脱羧酶基因的序列特点和结构功能,为该基因的深入研究和开发应用奠定基础。根据油茶种子EST文库中调取的UDP-葡萄糖醛酸脱羧酶基因序列,设计特异引物,利用RT-PCR技术获得该基因全长cDNA克隆,并对其序列进行生物信息学分析。结果表明：该基因阅读框为1032 bp,编码344个氨基酸,具有典型的UXS家族模体序列。与海岛棉GhUXS3基因亲缘关系最近,定位于细胞质,有较强的亲水性,将该基因命名为CoUXS1,GenBank登录号为JN017094。     

河北毛白杨巯基蛋白酶抑制剂基因cDNA的克隆及序列分析

植物巯基蛋白酶抑制剂(cysteine proteinase inhibitor,CPI)在林木的抗虫基因工程中发挥着越来越重要的作用,分离和克隆植物CPI基因进而研究该基因的功能是CPI基因工程研究的热点.本文应用PCR技术从我国乡土抗天牛树种河北毛白杨形成层中分离和克隆到了一个710bp大小的cDNA片段,同时对序列进行测定和分析.测序和分析结果表明,该cDNA片段含有一个429 bp的完整开放阅读框,其编码143个氨基酸残基,具有LARFAVDEHN、QXVXG和YEAKVWVKPW三个典型的植物巯基蛋白酶抑制剂基因家族的高保守区段,同时在GenBank中进行了注册,核苷酸注册号为DQ020096,氨基酸注册号为AAY41807.氨基酸序列同源性分析表明,该基因与其他林木中的巯基蛋白酶抑制剂的同源性差异较大,同源性在48%～97%之间,其中与欧洲山杨的同源性最高,达到97%,与猕猴桃的同源性最低为48%.说明河北毛白杨形成层中存在CPI基因并能够有效表达,这为进一步研究该基因的抗虫功能奠定了良好的基础.     

疣粒野生稻泛素结合酶基因的全长cDNA序列克隆与分析

从已构建疣粒野生稻消减cDNA文库中随机挑取阳性单克隆经测序得到ESTs, 通过生物信息学分析, 选取与泛素结合酶具有同源功能的EST以RACE技术分离克隆到1个疣粒野生稻泛素结合酶基因的全长cDNA序列, 命名为OmE2 (Oryza meyerianaBaill. ubiquitin-conjugating enzyme, OmE2), 该序列长917 bp, 最大开放阅读框为528 bp, 编码的蛋白具有175个氨基酸, 该蛋白的分子量为19.31 kD, 理论等电点为9.32。OmE2蛋白与其他物种的泛素结合酶具有高度的一致性和相似性, 含有泛素结合酶活性位点的保守序列及半胱氨酸残基, 且具有3个跨膜结构域, 推测OmE2是一类泛素结合蛋白兼跨膜蛋白。经RT-PCR分析, OmE2基因是受白叶枯病病原菌胁迫诱导表达的, 是首次从野生稻中发现的可能参与疣粒野生稻胁迫信号传导和抗病应答反应的基因。     

青虾泛素特异性蛋白酶9基因Usp9全长cDNA序列的克隆及表达分析

本研究首次克隆了青虾的Usp9 (ubiquitin-specific protease 9)基因全长 cDNA序列,并在青虾中使用荧光定量 PCR 技术首次检测了 Usp9 基因在不同组织和发育阶段中的表达变化。青虾 Usp9 基因cDNA全长 1259 bp,包括 162 bp的 5’ UTR, 978 bp的开放阅读框以及 116 bp的 3’ UTR。氨基酸序列比对分析显示,青虾 Usp9蛋白与太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)、凤仙花熊蜂(Bombus impatiens)及灰短尾负鼠(Monodelphis domestica)的蛋白相似度分别为 99%、 97%和 95%。应用 MEGA5.1软件对青虾与其他物种的 Usp9氨基酸进行系统进化树分析,结果表明,青虾 Usp9与同为甲壳纲的钩额型蚤状溞聚为一支,具有最近的亲缘关系。采用荧光定量 PCR技术检测了 Usp9基因的时空表达,水温 28℃时, Usp9基因在青虾发育的后幼体发育期第 5天 PL5出现表达高峰。Usp9基因在 6种成体组织中均有表达,表达水平依次为：脑＞腹神经＞精巢＞卵巢＞肌肉＞肠。而在雌雄组织差异表达分析表明,精巢中Usp9基因表达量比卵巢的比值为 2.86,脑组织中雄虾的表达量比雌虾为 2.27,差异均为极其显著(P＜0.01)。这表明Usp9基因的表达和雄性偏向基因趋势是一致的（雄性表达：雌性表达≥1.5）。本研究为进一步开展青虾Usp9基因功能等相关研究奠定了基础,并可为青虾性别的遗传调控机制研究提供参考。     

绵羊显性白位点基因（KIT）cDNA的克隆与序列分析

显性白位点基因座位编码一种跨膜蛋白-----肥大细胞生长因子受体,这种受体对黑色素细胞的形成、成熟及增殖迁移有重要作用。本研究克隆了绵羊KIT基因的部分编码序列,首次获得绵羊KIT基因的cDNA序列。并与其它动物相应区域作了同源性比较,结果表明：绵羊KIT基因exon11-19 cDNA长1003bp,编码含331个氨基酸残基的蛋白;蛋白质同源性比较显示,绵羊与牛、羊、猪、人、马等的同源性大于94%;通过对绵羊该蛋白进行结构域及结构分析,为进一步研究KIT基因与绵羊毛毛色的关系奠定了一定的理论基础。     

革胡子鲶生长激素全长cDNA 的克隆与序列分析

通过RT-PCR和RACE-PCR的方法,克隆了革胡子鲶生长激素基因全长cDNA,其长度为973 bp,包含一个603 bp的开放阅读框架(Open reading frame,ORF),59 bp的5′非编码区和311 bp的3′非编码区(含PolyA 尾25 bp).将革胡子鲶GH cDNA的ORF、5′非编码区和3′非编码区的序列分别与同为鲶形目印度囊鳃鲶、巨鲶鱼、南方鲶和鲶的上述序列进行比对分析,结果表明:革胡子鲶与上述鱼类生长激素ORF的核苷酸与氨基酸序列同源性较高,平均值分别为91.2%和96.4%,ORF区核苷酸的碱基替代类型表现出T/C转换的偏向性,平均值为44.5%,同时表现出转换/颠换偏差,平均值为2.381.5′和3′非编码区序列同源性平均值分别为75.4%和77.0%,保守性低于编码区.     

猪MAPK12基因cDNA的克隆及序列分析

目的 克隆新的猪MAPK12基因全长ORF，分析其生物特性，为进一步研究该酶的功能提供信息资料。方法：以已报道的人及小鼠MAPK12基因cDNA序列为依据，利用电脑克隆策略获得的ESTs设计引物，RT-PCR技术扩增新的猪MAPK12基因ORF序列，将PCR产物直接进行序列测定。分析此蛋白的特性并预测其结构。结果 分离的ORF全长1101bp，编码367个氨基酸，与人鼠氨基酸序列92%同源；利用生物信息学软件分析出此蛋白的理化特性并预测了其一级、二级和高级结构。结论 研究分离的基因片段可命名为猪ERK6，通过分析，获取了该酶的基本信息特征，并与现有的报道结果进行对比分析，为进一步开展猪MAPK12基因的结构功能、表达调控的相关研究奠定了基础。     

绵羊intelectin基因cDNA克隆与序列分析

【研究目的】克隆并分析绵羊intelectin基因;【方法】十二指肠粘膜组织提取总RNA,分别以上游电子克隆的拼接体和下游保守区为模板设计引物进行RT-PCR,PCR产物与pMD-19T载体连接后转化E. coli JM109,筛选阳性克隆并测序;【结果】克隆的绵羊intelectin基因与牛、猪、人、大鼠的同源性分别为93%、87%、83%、79% ,预测的氨基酸序列包含FBG结构域。【结论】成功克隆了绵羊intelectin-2基因,并注册GenBank (Accession. EF624459)     

羊驼AIF部分cDNA序列分析及其在不同毛色的表达定位

通过对已构建的羊驼皮肤cDNA文库进行筛选和ESTs分析,发现与其它动物AIF基因相应cDNA序列高度同源的序列,经序列分析证明命名为羊驼AIF基因序列,已经向Genbank提交。与其他动物（褐鼠、小鼠、人等）的AIF基因相应序列进行相似性比较,相似性分别为100%、91%、71.6%。运用免疫组化技术进一步研究该基因在羊驼皮肤中的表达和定位,结果显示AIF在羊驼毛囊的毛根、根鞘、毛球、毛乳头位置均呈阳性表达,且棕色皮肤比灰色皮肤表达量高,提示该基因可能和羊驼毛色形成或毛的生长相关。     

猪HK2基因的克隆及序列分析

为克隆猪己糖激酶2基因,分析其生物功能,采用已报道的人及小鼠HK2的cDNA序列为依据,利用电脑克隆策略获得的ESTs设计引物,扩增新的猪HK2基因cDNA序列。将PCR产物克隆测序,分析获得的核苷酸序列及其编码蛋白的特性,分离的开放阅读框全长2754bp,编码917个氨基酸,与人和小鼠的核苷酸序列同源率分别为90%和87%,与人和小鼠的氨基酸序列同源率分别为96%和94%,利用生物信息学软件分析出此蛋白的理化特性并预测了其蛋白结构,为进一步开展猪HK2基因的结构功能、表达调控的相关研究奠定了基础。     

萼脊兰Actin基因片段的克隆及序列分析

从萼脊兰叶片中克隆Actin基因,为研究其生理功能及其他基因在萼脊兰中的表达和调控奠定基础。根据GenBank中登录的植物肌动蛋白基因同源核苷酸保守序列设计简并引物,以萼脊兰叶片总RNA为模板,利用RT-PCR技术得到了3个Actin基因片段。序列分析结果表明,3个Actin基因片段长度均为1062 bp,编码354个氨基酸,具有Actin基因的功能位点;与其他植物同源序列进行分析表明,其核苷酸序列的同源性在80%以上,氨基酸序列的同源性在96%以上。本研究中得到的3个基因序列是Actin基因的同源片段,分别命名为SeACT1、SeACT2和SeACT3,并在GenBank注册,登录号分别为JN981138、JN981139和JN981140。     

小鼠同源异型盒基因Hex的克隆与序列分析

摘要：同源异型盒基因Hex在动物个体发育过程中具有重要的作用。为了解小鼠Hex基因在乳腺发育中的作用,本研究提取细胞总RNA,采用RT-PCR方法扩增hex基因,并克隆到pMD18-T载体后测序。结果表明：小鼠的Hex基因开放阅读框由816个核苷酸组成,编码271个氨基酸,相对分子质量为30KD。与已发表的小鼠该基因序列完全一致。与禽类、人和其他动物相比氨基酸序列的同源性在69.8%-97.0%之间。进化树显示,小鼠与大鼠的Hex基因在同一分支内,只有7个氨基酸的差异,该蛋白在物种的进化中较保守,表明在进化中具有重要的作用。     

Cloning and Sequence Analysis of Lipoxygenase Gene cDNA from Cucumber Fruit （Cucumis sativus L.）

Lipoxygenases are nonheme-iron-containing dioxygenases that catalyze the hydroperoxidation of unsatrated fatty acids containing a cis, cis-1,4-pentadiene structure producing hydroperoxy acids with conjugated dienes. LOX activity has been found in a wide range of plants. Typical substrates for LOX in plants are linoleic acid and linilenic acid fatty acids. The function of various LOXs in plants is unknown, but their participation in all stages of plant growth and development has been suggested （Hildebrand, 1989; Siedow, 1991）. Some of the physiological processes in whicn lipoxygenses have been implicated include wounding （Saravitz and Siedow, 1996）, pathogen attack （Melan et al., 1993）, seed germination （Kato et al., 1992）, fruit ripening （Ferrie et al., 1994）, plant senescence （Paliyath and Droillard, 1992）. The study on the role of lipoxygenase in ripening and senescence fruit focused on tomato and strawberry. Cloning LOX gene of cucumber fruit will make us further understand the molecularaction mode of this enzyme during fxuit ripening and senescence. In this paper we isolated the partial nucleotide sequences of cucumber fiuit lipoxygenase gene and discuss the characterization of it.     

德州驴生长激素基因的克隆与序列分析

摘要：【研究目的】为了研究德州驴生长激素基因的多态性及其对生长发育的影响,【方法】根据不同物种同一基因序列的同源性比对结果,在线设计引物,应用PCR 技术克隆基因,用生物信息学方法对获得的德州驴GH基因DNA序列及其推定cDNA、氨基酸序列进行分析。【结果】结果表明德州驴GH基因DNA序列约为1928bp,包含完整的5个外显子和4个内含子,德州驴GH基因DNA序列与德宝矮马67、蒙古马、猪、牛、绵羊和人GH基因序列的同源性分别为98.8%、98.2%、79.4%、68.3%、70.9%和68.3%,cDNA编码的氨基酸序列同源性分别为99.5%、98.6%、97.2%、89.8%、88.9%和68.4%。【结论】表明GH基因在进化上非常保守。     

鸡Muslin cDNA克隆与序列分析

基于电子延伸序列,本试验克隆并分析了鸡Muslin基因。肌肉组织提取总RNA,利用设计的引物进行RT-PCR,PCR产物与pMD19-T连接后转化E.coliDH5α,检测阳性克隆并测序;克隆的Musclin基因与人、大鼠、小鼠同源性分别为74%,73%,70%,推测的氨基酸序列同源性分别为58%,54%,50%,氨基酸序列含有"KKKR"结构和与小鼠ANP,BNP,CNP蛋白的同源性区域。试验成功克隆了鸡Musclin基因并注册GenBank(EF551041)。