基于蛋白质组学技术分析初乳和常乳摄入对初生犊牛肝脏蛋白表达的影响

【目的】试验旨在对犊牛肝脏蛋白进行蛋白质组学分析,筛选与初乳、常乳摄入相关的蛋白。【方法】以经产荷斯坦母牛分娩的9头公犊牛为研究对象,随机分为初乳组(CI)、常乳组(M)和对照组(CT),每组3头。初乳组和常乳组犊牛分别饲喂初乳和常乳,于出生后24 h屠宰;对照组未饲喂初乳或常乳,于出生后2 h屠宰。采用Label-free蛋白组学技术对3组犊牛肝脏的蛋白表达谱进行分析,以Q<0.05为阈值筛选各组间的差异表达蛋白,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】在犊牛肝脏中共鉴定到3 901个蛋白,其中在初乳组、常乳组和对照组中分别鉴定到3 521、3 646和3 548个蛋白,有3 202个蛋白在3组中共表达。对差异表达蛋白进行分析显示,初乳组和常乳组犊牛肝脏中共筛选出287个差异表达蛋白,主要参与细胞代谢、应激反应、生长发育和氧化还原等生物过程,显著富集通路为内吞作用、氨基酸代谢和氧化磷酸化;初乳组和对照组犊牛肝脏中共筛选出154个差异表达蛋白,主要参与细胞代谢、单组织过程和肌酸合成等生物过程,显著富集通路为氨基酸代谢、黏着斑和内吞作用等。【结论】饲喂初乳的犊牛肝脏中差异表达...     

布鲁氏菌S19毒力基因BvfA的原核表达及生物信息学分析

试验旨在对布鲁氏菌S19毒力因子A（BvfA）基因进行克隆及原核表达,并对其编码的BvfA蛋白结构进行生物信息学分析。登录GenBank下载布鲁氏菌S19的1号染色体（登录号：CP030751.1）,根据文献报道的布鲁氏菌S19 BvfA基因的位置和BvfA蛋白的分子质量,在NCBI的ORF Finder中预测编码BvfA蛋白的开放阅读框（ORF）,根据ORF预测的BvfA基因设计扩增BvfA基因的引物,克隆该序列并连接到表达载体pET-32a（+）上,构建重组质粒pET-32a（+）-BvfA,并诱导其在大肠杆菌BL21（Ril）感受态细胞中表达,表达产物经SDS-PAGE和Western blotting验证,并用生物信息学方法对BvfA蛋白结构进行在线预测。结果显示,BvfA基因ORF全长为336 bp,表达纯化得到分子质量为11 ku的分泌型BvfA蛋白;生物信息学分析显示,BvfA蛋白属于不稳定的亲水性蛋白,无跨膜结构,第1-28位氨基酸处存在信号肽区域,BvfA蛋白55.6%定位于细胞外,有12个可能的磷酸化位点,无O-糖基化位点,BvfA蛋白二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成。以上结果可为后续研究BvfA蛋白在布鲁氏菌中的致病机制及寻找布鲁氏菌病新的治疗靶点提供一定的参考。     

A型塞内卡病毒感染PK-15细胞环状RNA表达谱分析

【目的】分析A型塞内卡病毒(Seneca virus A,SVA)感染猪肾上皮细胞(PK-15)后环状RNA(circular RNA,circRNA)表达谱的变化,探究circRNAs在SVA感染过程中发挥的潜在调控作用。【方法】本研究基于Illumina HiSeq 2000平台对SVA感染及对照PK-15细胞circRNAs转录组进行测序,并对差异表达circRNAs的来源基因进行GO功能及KEGG通路富集分析,通过实时荧光定量PCR对新发现的circRNAs进行表达水平鉴定。【结果】转录组测序结果显示,SVA感染组、PK-15细胞对照组中共有432种circRNAs被发现。在SVA感染PK-15细胞中,87种circRNAs表达水平相对对照组PK-15细胞显著上调,74种circRNAs表达水平显著下调。对差异表达circRNAs的来源基因进行GO功能注释分析表明,SVA感染组差异表达circRNAs来源基因主要富集于核仁、细胞器膜和细胞大分子代谢、发育等生理过程。KEGG通路富集结果显示,SVA感染组差异表达circRNAs来源基因主要富集于胞吞过程、cAMP信号通路、Rap...     

布鲁氏菌BPE159基因缺失株的构建及BPE159蛋白对细胞自噬因子表达的影响

【目的】构建布鲁氏菌BPE159基因缺失株,研究缺失株体外生长变化特征及其在宿主细胞中的存活能力,探究布鲁氏菌感染期间分泌蛋白BPE159对自噬因子表达的影响。【方法】同源重组方法构建布鲁氏菌BPE159基因重组质粒,电转化布鲁氏菌S2308感受态细胞构建BPE159基因缺失株S2308ΔBPE159。PCR扩增BPE159基因,连接转化构建pBBR1MCS-4-BPE159载体,提取质粒进行电转化,构建BPE159基因回补株S2308ΔBPE159-C。琼脂糖凝胶电泳检测缺失株和回补株遗传稳定性。构建布鲁氏菌感染小鼠巨噬细胞RAW264.7模型,实时荧光定量PCR检测布鲁氏菌侵染后自噬细胞因子ATG5、Beclin1、LC3a和LC3b基因表达水平。以S2308、S2308ΔBPE159和S2308ΔBPE159-C株侵染小鼠巨噬细胞,收集细胞总RNA,实时荧光定量PCR检测BPE159基因缺失对布鲁氏菌侵染后自噬细胞因子表达水平的影响。在相同起始浓度下培养S2308、S2308ΔBPE159及S2308ΔBPE159-C株,观察细菌生长变化趋势;评价S2308ΔBPE159株在不同...     

布鲁氏菌分泌蛋白BMCO基因缺失株的构建及生物学特性研究

【目的】 试验旨在构建牛种布鲁氏菌S2308的多铜氧化酶(BMCO)基因缺失株,探究缺失株的生长特性及在宿主细胞中的存活能力,并分析BMCO蛋白的结构。【方法】 利用PCR扩增BMCO基因上、下游同源臂和Kan基因,通过融合PCR技术将3段基因进行融合。融合片段与pMD19-T载体连接,制作牛布鲁氏菌S2308感受态细胞,1 800 V电压、400 Ω电阻电转化至牛种布鲁氏菌S2308感受态细胞中,涂布于Kan抗性的布鲁氏菌固体培养基中,筛选挑取阳性菌落,连续培养10代,检测第10代阳性菌落的遗传稳定性和生长变化趋势,将pBBR1MCS-4-BMCO融合质粒电转至能够稳定遗传BMCO基因缺失的牛种布鲁氏菌中,培养筛选阳性菌落。以感染复数(MOI)100分别用亲本株、缺失株、回补株侵染小鼠巨噬细胞RAW264.7,通过平板计数法分别检测3种菌株在细胞内的生存能力。【结果】 试验成功获得片段大小为522、539、1 054 bp的BMCO基因上、下游同源臂和Kan基因;成功构建pMD19-T-BMCO-Kan融合片段重组载体;获得稳定遗传的BMCO基因缺失株,命名为S2308ΔBMCO;成功构建BMCO基因回补株,命名为ΔBMCO::BMCOS2308;缺失株和亲本株表现的生长曲线相同,均在12 h达到对数生长期,30 h进入平台期;侵染小鼠巨噬细胞RWA264.7后,与亲本株S2308相比,S2308ΔBMCO株在胞内的生存能力极显著降低(P<0.01)。生物信息学分析结果表明,BMCO属于疏水蛋白,定位于胞质且含有大量的无规则卷曲、α-螺旋和延伸链,预示该蛋白具有多个结合位点。【结论】 本研究成功构建了布鲁氏菌BMCO基因的缺失株和回补株,BMCO基因的缺失不影响其生长性能,但其在宿主细胞内的存活能力显著性降低,初步分析了BMCO蛋白的结构,为后续布鲁氏菌分泌蛋白的功能研究奠定基础。     

深度测序技术分析布鲁菌感染巨噬细胞RAW264.7早期转录组学变化

本研究试图寻找参与布鲁菌胞内感染相关的宿主相关基因,为从感染宿主角度阐述布鲁菌的致病机制奠定基础.布鲁菌感染小鼠巨噬细胞后,利用数字基因表达谱技术筛选小鼠巨噬细胞感染布鲁菌16M株的差异表达基因,并利用荧光定量PCR对差异表达基因进行验证.差异表达基因经GO Term、KEGG分析,识别感染后显著富集的信号通路.在感染后4h,筛选出差异表达基因3 576个,其中58％的基因表现上调.并且NOD凋亡信号通路、溶酶体信号通路、NOD受体信号通路、FcγR-介导的吞噬通路、p53信号通路、内质网蛋白处理相关通路被显著富集.利用数字基因表达谱技术成功分析巨噬细胞感染布鲁菌后转录组学变化,为布鲁菌致病机制的逐步阐述奠定基础.     

禽网状内皮组织增生症病毒感染鸡胚成纤维细胞的转录组学分析

为了更好地揭示禽网状内皮组织增生症病毒(REV)感染致瘤及免疫抑制的机制,利用Illumina HiSeq~(TM)技术对REV感染鸡胚成纤维细胞(CEF)后宿主细胞的转录组学进行了全面分析,鉴定REV感染24 h宿主差异表达基因1 147个,感染120 h差异表达基因2 254个。通过差异表达基因GO分析和KEGG分析,发现TLRs、NLRs、RLRs等模式识别受体信号通路、WNT信号通路、JAK-STAT信号通路等在REV的致瘤及免疫调控机制中发挥重要作用,而且REV感染后可以诱发宿主的炎症反应,进一步加强REV的致病性及与其他病原的混合感染。结果对揭示REV的致病、致瘤及免疫抑制的分子机制提供了新的信息具有重要意义。     

利用酵母双杂交技术筛选和鉴定非洲猪瘟病毒E120R蛋白的互作宿主蛋白

【目的】 探讨非洲猪瘟病毒（African swine fever virus，ASFV）衣壳蛋白E120R在病毒感染中的作用，确定与E120R蛋白互作的宿主蛋白。【方法】 将ASFV分离株CADC_HN09株E120R基因合成并克隆于pGBKT7表达载体，获得pGBKT7-E120R诱饵质粒，同时构建E120R基因截短表达质粒pGBKT7-E120R-1（1－61位氨基酸）和pGBKT7-E120R-2（62－122位氨基酸）。经毒性和自激活性检测后，通过酵母双杂交技术对骨髓巨噬细胞（BMDMs） cDNA均一化酵母文库进行初步筛选，以获得与ASFV E120R蛋白互作的蛋白。通过NCBI数据库进行序列比对并经免疫共沉淀试验验证，确定互作的宿主蛋白。筛选的宿主蛋白经webgenstal在线分析网站初步进行GO功能和KEGG通路富集分析，以确定所筛选的宿主蛋白参与的生物过程与信号通路。【结果】 诱饵质粒pGBKT7-E120R-2无毒性和自激活性，可用于文库筛选。通过酵母双杂交系统从BMDMs cDNA均一化酵母文库中初步筛选到46个阳性克隆并进行回转验证，经NCBI数据库序列比对分析共获得29个宿主蛋白。免疫共沉淀试验结果显示，多聚胞嘧啶结合蛋白2（PCBP2）和干扰素刺激基因15（ISG15）均与E120R蛋白存在互作。GO功能富集分析表明，所筛选的宿主蛋白可参与代谢过程、生物调节、应激反应等生物过程；KEGG通路富集分析表明，这些宿主蛋白可参与抗原呈递、铁死亡和坏死性凋亡等多条信号通路。【结论】 ASFV E120R蛋白可与宿主免疫应答、细胞死亡等信号通路相关的多种宿主蛋白互作，为进一步研究ASFV E120R蛋白在病毒感染过程中的作用提供了重要理论依据。     

乏情和发情初产母猪下丘脑-垂体轴中miRNA表达谱比较分析

【目的】从神经内分泌系统揭示微小RNA(microRNA,miRNA)调控初产母猪情期活动的遗传机制。【方法】利用RNA-Seq技术对乏情和发情初产母猪下丘脑-垂体轴中的small RNA进行测序,获得了母猪下丘脑和垂体miRNA表达谱,并对筛选的差异表达miRNA进行GO和KEGG等功能分析。【结果】从所构建的4个文库中共鉴定出1 096个miRNAs,其中已知miRNAs 364个,新预测miRNAs 732个。以发情母猪为对照,在乏情母猪的下丘脑有16个miRNAs存在差异表达,其中6个上调,10个下调;在乏情母猪垂体有9个miRNAs存在差异表达,其中2个上调,7个下调。下丘脑中16个差异表达miRNAs共预测到5 212个靶基因,垂体中9个差异表达miRNAs共预测到6 897个靶基因。下丘脑中靶基因主要在细胞投射组装、质膜结合的细胞投射组装、神经元投射发育的负调控、蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性等GO条目及Ras信号通路、神经营养因子信号通路、ErbB信号通路、mTOR信号通路等KEGG信号通路中显著富集;垂体中靶基因主要在mRNA加工调控、Ras GTP酶结合、泛素样蛋白连接...     

基于生物信息学探讨猪繁殖与呼吸综合征病毒感染特征及银花甘草汤防治机制

【目的】基于生物信息学分析猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染后的生物标志基因,并对银花甘草汤进行成分鉴定及网络药理学研究,探究银花甘草汤防治PRRSV的作用机制。【方法】通过高通量基因表达(GEO)数据库收集PRRSV感染不同组织或机体的转录组数据,利用GEO2R在线软件筛选差异表达基因,并通过STRING软件构建蛋白互作网络,使用CytoNAC软件筛选核心蛋白,利用GO功能与KEGG通路富集分析确定感染后核心蛋白信号通路及生物学功能变化;选用超高效液相色谱飞行时间串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS)分析并鉴定银花甘草汤组成成分,结合SwissTargetPredication数据库进行活性成分筛选及作用靶点预测,进一步通过网络药理学预测银花甘草汤对PRRSV感染的防治机制。【结果】GEO数据库的5组基因芯片共鉴定出4 476个PRRSV感染后的差异表达基因,蛋白互作分析共筛选出164个核心蛋白。PRRSV感染后的主要基因特征变化为非常规核糖体蛋白S27a(RPS27A)、泛素A-52残基核糖体蛋白融合产物1(UBA52)和RPS家族,生物学功能变化为生物合成工艺和核糖体结构等...     

基于猪小肠上皮细胞炎症模型分析产肠毒素大肠杆菌诱导的转录组表达变化

【目的】分析产肠毒素大肠杆菌（enterotoxigenic Escherichia coli，ETEC）诱导猪小肠上皮细胞（IPEC-J2）炎症反应的主要宿主调控基因及相关分子通路，为进一步揭示ETEC感染引发炎症反应的作用机制提供理论依据。【方法】用感染复数（multiplicity of infection，MOI）为100的ETEC菌液感染IPEC-J2细胞，18 h后收集细胞上清，通过ELISA方法检测炎性因子白细胞介素1β（interleukin 1 β，IL-1β）的分泌水平。由Illumina PE150测序平台进行高通量转录组测序，通过edgeR v 3.12.1软件对测序结果进行差异表达分析，利用GOseq和KOBAS 2.0软件对得到的差异表达mRNA进行GO功能和KEGG通路富集分析，随机挑选5条差异表达mRNA，利用实时荧光定量PCR对其验证。【结果】试验成功建立了ETEC感染诱导的IPEC-J2细胞炎症模型。与对照组相比，炎症模型组共发现529条差异表达mRNA，其中236条表达上调，293条表达下调，包括HSP90AA1、CGNL1、CADPS2、EHBP1等免疫相关基因。GO功能分析表明，ETEC感染后差异表达mRNA显著富集于细胞组分和生物过程，包括细胞内成分（intracellular part）、细胞质（cytoplasm）、核成分（nuclear part）、胞内膜结合细胞器（intracellular membrance-bounded organelle）、膜结合细胞器（membrance-bounded orgabelle）及细胞进程（cellular process）等。KEGG通路分析表明，炎症模型中差异表达基因大多数被注释到疾病相关通路及Toll样受体信号通路、mTOR信号通路、细胞周期、黏附连接等免疫相关信号通路。利用实时荧光定量PCR验证随机挑选的5条差异表达mRNA，结果与测序报告中差异表达mRNA变化趋势一致，证明测序结果可信。【结论】HSP90AA1、CGNL1、CADPS2和EHBP1等基因可能在ETEC黏附IPEC-J2细胞并诱导炎症反应中发挥关键作用，并通过Toll样受体、mTOR等信号通路进行免疫调控。研究结果为进一步揭示ETEC感染诱导炎症反应的分子机制及相关调控网络提供参考依据。     

非洲猪瘟病毒感染后猪外周血淋巴细胞Toll样受体信号通路的lncRNA-mRNA分析

【目的】丰富非洲猪瘟病毒（African swine fever virus,ASFV）感染后猪外周血淋巴细胞长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）表达谱,并进一步挖掘影响Toll样受体信号通路的调控网络。【方法】试验动物感染ASFV,于第7天采集外周血并分离得到外周血淋巴细胞,运用Illumina高通量组学测序对外周血淋巴细胞中lncRNA进行测序,原始数据经处理后筛选获得差异表达的lncRNA,并进行靶基因预测,利用生物信息学方法对靶基因进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,初步绘制与Toll样受体信号通路相关的lncRNA-mRNA调控网络,并对lncRNA-ENSSSCG00000041959在内的4个lncRNAs进行实时荧光定量RT-PCR验证。【结果】共筛选到73个差异表达的lncRNAs,其中上调表达lncRNAs 38个,下调表达lncRNAs 35个。GO功能分析结果显示,靶基因显著富集在调节免疫系统过程、防御反应、生物刺激、病毒反应和先天性免疫;KEGG信号通路富集分析显示,大部分靶基因与细胞循环、疾病及免疫应答有关,其中免疫相关信号通路有Toll样受体信号通路、TNF信号通路、产生IgA的肠道免疫网络等。进一步挖掘出lncRNA-ENSSSCG00000041959-RIPK1和lncRNA-ENSSSCG00000041959-IRAK1可能是影响Toll样受体信号通路的重要调控网络,实时荧光定量RT-PCR与测序结果一致。【结论】本研究初步鉴定出lncRNA-ENSSSCG00000041959-RIPK1和lncRNA-ENSSSCG00000041959-IRAK1可能是影响Toll样受体信号通路的lncRNA-mRNA调控网络,为进一步探索lncRNA调控ASFV感染机体免疫反应奠定了理论基础。     

猪戊型肝炎病毒ORF3蛋白影响HepG2细胞核黄素代谢的lncRNA-mRNA调控网络的鉴定

为初步鉴定并挖掘出猪戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)ORF3蛋白影响HepG2细胞核黄素代谢信号通路的lncRNA-mRNA调控网络,本试验通过构建腺病毒过表达载体,制备高滴度过表达腺病毒,介导猪 HEV-ORF3在HepG2细胞中实现过表达。Western blotting检测ORF3蛋白过表达成功后,运用lncRNA高通量组学测序,筛选出差异表达的lncRNA并进行靶向差异基因预测,对lncRNA靶向差异基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,初步鉴定出与核黄素代谢信号通路相关的lncRNA-mRNA调控网络。Western blotting结果显示,在约为12 ku处出现目的条带,说明成功实现腺病毒介导猪HEV-ORF3在HepG2细胞中过表达。lncRNA高通量组学测序结果显示,共发现102个显著差异表达lncRNAs表达量上调,80个显著差异表达lncRNAs表达量下调。GO功能和KEGG通路富集分析显示,初步挖掘出lncRNA(MSTRG.13995.2)和lncRNA(MSTRG.1960.1)可能是与核黄素代谢信号通路相关的显著差异表达lncRNA,分别通过顺式调控其靶向基因APC-5和FLAD1来影响核黄素代谢信号通路。本试验初步鉴定出lncRNA(MSTRG.13995.2)-APC5和lncRNA(MSTRG.1960.1)-FLAD1可能是影响HepG2细胞核黄素代谢信号通路的lncRNA-mRNA调控网络。     

基于TMT技术分析热应激对母兔卵巢组织蛋白表达的影响

实验旨在利用TMT蛋白组学技术研究热应激对母兔卵巢组织蛋白表达的影响。选择健康齐兴肉兔初产母兔200只,随机分为适温组(21±1)℃和热应激组(32±1)℃,每组100只兔。适应期2周,正试期为母兔配种至第1胎仔兔断奶(28日龄断奶),采集卵巢组织,应用TMT蛋白组学技术筛选差异表达蛋白。结果表明:热应激组和适温组齐兴肉兔母兔卵巢组织共筛选出270个差异表达蛋白,其中上调蛋白68个,下调蛋白202个;KEGG富集分析表明,差异蛋白主要富集到生热作用、氧化磷酸化、脂肪酸代谢、胆固醇代谢等代谢通路;差异蛋白网络互作分析筛选出10个核心差异蛋白,主要抑制胆固醇代谢(下调HMGCR、APOA1、FABP4、VDAC1、CAV1)、脂肪酸代谢(下调HMGCR、APOA1、SDHC、FABP4、CAV1)和氧化磷酸化(上调CAT和APOB,下调APOA1、SDHC、VDAC1)。综上,热应激会导致齐兴肉兔母兔卵巢内细胞膜的破坏和损伤,引起卵巢功能早衰,从而降低母兔繁殖性能。     

基于GEO数据库筛选与水牛肌内脂肪沉积相关的候选基因及生物信息学分析

【目的】筛选与水牛肌内脂肪沉积相关的关键基因,为挖掘改善水牛肌内脂肪沉积的分子标记提供参考。【方法】通过GEO数据库下载GSE19586数据集,使用limma R语言程序包筛选广西水牛和青海牦牛36月龄背最长肌的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),使用clusterProfiler R语言程序包分别对上调、下调的DEGs进行GO功能和KEGG通路富集分析,使用STRING在线软件对DEGs进行蛋白互作(PPI)网络分析,并使用Cytoscape 3.9.1软件对其结果进行可视化,筛选排名前二十的枢纽基因。【结果】本研究共筛选出254个DEGs,其中61个上调,193个下调。GO功能富集结果显示,上调DEGs主要富集于肌动蛋白-肌球蛋白细丝滑动、肌球蛋白复合体、肌球蛋白结合、甘油三酯代谢、酰基甘油代谢、中性脂代谢、细胞凋亡信号通路调控等过程;下调DEGs主要富集于短链脂肪酸代谢、不饱和脂肪酸代谢、细胞对酮的反应、细胞基质连接、脂蛋白合成及蛋白质的成熟、加工、聚合等过程。KEGG通路富集结果显示,上调DEGs主要参与代谢途径、脂肪细胞因...     

NDRVσC蛋白互作的宿主因子筛选及生物信息学分析

研究鸭呼肠孤病毒(Duck reovirus,DRV)σC蛋白与宿主因子之间的相互作用,对揭示σC蛋白在病毒复制过程中的功能及该病毒的致病机理具有重要作用。本研究采用免疫共沉淀法及质谱分析技术,筛选出与σC蛋白可能发生互作的宿主相关蛋白,并对所筛选出的宿主细胞蛋白进行了GO注释和KEGG代谢通路注释。结果表明,与空白对照组比较,获得与σC蛋白相互作用的宿主细胞蛋白有100个;筛选出的这些宿主细胞蛋白中,在病毒感染后不同时间点差异表达量均上升3倍以上的蛋白有6个,分别与病原致病性、蛋白质代谢途径、细胞信号通路转导有关。该研究结果为进一步探讨σC蛋白的生物学功能奠定了基础,也为揭示σC蛋白与宿主因子相互作用进而调控DRV复制等机制研究提供线索。     

过表达DGAT2基因对延边牛前体脂肪细胞分化的影响

【目的】探究二酰基甘油酰基转移酶2(DGAT2)对牛前体脂肪细胞分化的影响及其对脂质代谢相关信号通路的调控作用。【方法】利用ADV1穿梭质粒构建包含目的基因的重组穿梭质粒,将重组穿梭质粒与骨架质粒pGP-Ad-Pac载体共转染293A细胞,制得过表达腺病毒载体Ad-DGAT2,用Ad-DGAT2与Ad-NC(阴性对照组)感染牛前体脂肪细胞;用油酸诱导分化96 h后,利用油红O染色观察脂滴生成情况,并检测甘油三酯(TAG)和脂联素(ADP)含量;通过实时荧光定量PCR检测脂肪生成相关基因表达情况;最后对其进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。【结果】过表达DGAT2基因可显著增加脂滴数量及TAG、ADP含量(P<0.05),可显著上调磷酸甘油途径DGAT1、甘油磷酸酰基转移酶4(GPAT4)、酰甘油磷酸酯酰基转移酶4(AGPAT4)以及脂质代谢途径中过氧化物酶体增殖活化受体γ(PPARγ)、脂肪分化相关蛋白(PLIN2)、CCAAT/增强子结合蛋白α(C/EBPα)和硬脂酰辅酶A去饱和酶(SCD)的mRNA表达水平(P<0.05)。转录组测...     

野生盘羊×巴什拜羊杂交二代尾部脂肪差异表达lncRNA的鉴定与分析

【目的】 分析不同脂尾型绵羊尾部脂肪组织中的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱,探究lncRNA与绵羊尾部脂肪沉积机制的关系,为揭示绵羊尾脂沉积机制提供理论依据。【方法】 选择新疆地方绵羊巴什拜羊(肥尾型)和野生盘羊×巴什拜羊杂交二代(小尾型)作为研究对象,采集2个群体尾部脂肪组织,利用转录组测序技术筛选差异表达lncRNA并预测靶基因,对其进行GO功能和KEGG通路富集分析;利用实时荧光定量PCR技术验证转录组测序的表达结果。【结果】 通过差异表达分析共筛选出728个差异表达lncRNAs,其中270个表达下调,458个表达上调;通过差异表达lncRNA靶基因的GO功能和KEGG通路富集分析,筛选到634个靶基因参与疾病、免疫、蛋白修饰、细胞代谢等相关功能分类,共涉及76条信号通路,部分lncRNA介导的靶基因SCD、GPAM、THRSP、FASN等与绵羊尾部脂肪沉积相关。实时荧光定量PCR与转录组测序结果趋势相同。【结论】 lncRNA在绵羊脂尾进化中对尾部脂肪沉积具有重要的调控作用,为从lncRNA的角度分析绵羊脂肪沉积提供了理论依据。     

基于高通量测序的梅花鹿卵巢衰老的转录组分析

【目的】获取青年梅花鹿和老年梅花鹿卵巢组织的转录组信息,为深入研究梅花鹿卵巢衰老的潜在机制提供依据。【方法】以4岁龄青年梅花鹿和10岁龄老年梅花鹿卵巢作为试验样本,对样本进行石蜡切片、苏木精-伊红染色和卵泡计数;用Trizol法提取卵巢样本RNA构建转录组文库,应用Illumina HiSeq^TM2000测序平台测序,对测序结果进行差异表达基因、GO功能、KEGG通路和蛋白互作网络分析,并挑选部分差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证。通过RIPA裂解液提取卵巢样本蛋白并对组蛋白H3赖氨酸4三甲基化(H3K4me3)蛋白在青年和老年梅花鹿中的表达情况进行Western blotting检测。【结果】组织学分析结果表明,老年梅花鹿的卵巢卵泡数显著低于青年梅花鹿(P<0.05),而闭锁卵泡数极显著高于青年梅花鹿(P<0.01)。转录组学分析结果表明,老年和青年梅花鹿卵巢间共有1 477个差异表达基因,其中表达上调基因503个,表达下调基因974个。GO功能和KEGG通路富集结果表明,免疫系统过程、转录、DNA损伤修复、炎症反应、凋亡等生物事件与卵巢衰老有关...     

基于TMT和PRM技术筛选车叶草苷干预CUMS大鼠海马组织的差异表达蛋白

【目的】基于蛋白质组学探讨车叶草苷对慢性温和应激(chronic unpredictable mild stress, CUMS)抑郁模型大鼠海马组织的保护作用机制,为车叶草苷的开发利用提供依据。【方法】选取45只雄性SD大鼠预饲1周后,随机分为3组：空白组、模型组、车叶草苷组,每组各15只;空白组每笼饲养3只,其他组单笼饲养。试验周期为5周,于试验第3周开始,温和不可预知性刺激同时给药,车叶草苷组按0.070 g/kg BW剂量灌胃给药,空白组、模型组灌服等体积的生理盐水,每天一次。造模完成后提取大鼠海马组织总蛋白,利用同位素串联质谱标签(tandem mass tags, TMT)定量标记技术进行抑郁模型大鼠海马蛋白质组学分析,筛选潜在差异表达蛋白,借助平行反应监测(parallel reaction monitoring, PRM)技术对候选蛋白在海马组织中的表达情况进行靶向验证。【结果】筛选出车叶草苷组、模型组之间6个上调和17个下调的差异表达蛋白;GO功能和KEGG通路富集分析表明,它们主要参与神经活性配体-受体相互作用、互补和协同调节级联、胃酸分泌等信号通路;PRM成功验证...