豫北泥鳅线粒体DNA 16S rRNA和12S rRNA基因序列的遗传多样性分析

为了评价豫北地区泥鳅种质资源的多样性,以采自新乡地区泥鳅种群中的11个个体为材料,利用PCR技术扩增其线粒体16S rRNA和12S rRNA基因的部分序列,利用 Clustalw 2．0和DNAsp 4．10软件分析了不同个体间的差异和遗传多样性。结果表明：16S rRNA和12S rRNA基因种内个体间的差异分别为0．25％和0．97％,二者的分化程度较低;16S rRNA的进化速度约为12S rRNA基因的4倍。16S rRNA和12S rRNA种群群体的单倍型间平均遗传距离分别为0.0027、0.0016,单倍型多样度指数分别为0.873、0.327,核苷酸多样性指数分别为0.00265和0.00081,平均核苷酸差异数分别为1.636和0.327。可见,豫北泥鳅种群具有较低的遗传多样性。     

线粒体DNA12SrRNA、16SrRNA研究进展

动物线粒体DNA是共价闭合的环状双链DNA,在真核生物具有高保守性,使其成为了研究物种进化的一种常用的标记,并为线粒体起源提供了有价值的线索.通过动物线粒体DNA从分子水平上研究类群的系统关系,获得种群遗传多态性的资料及建立种群遗传标记,对类群系统关系研究有重要意义.     

珠颈斑鸠线粒体12S rRNA基因的克隆·测序和分子进化分析

[目的]获得殊颈斑鸠（Streptopelia chinensis）线粒体12SrRNA基因序列,并以此分析不同鸟类的分子进化关系。[方法]根据其他鸟类线粒体12SrRNA基因及侧翼序列设计引物,采用PcR的方法获得珠颈斑鸠线粒体12SrRNA基因片段,克隆后进行序列测定,利用Mega4．0软件Neighbor—Joining法分析不同鸟类的进化关系。[结果]获得珠颈斑鸠线粒体12SrRNA基因序列长度为970bp,碱基组成为：A=31．6％、C=28．9％、G=19．8％、T=19．7％,其中A＋T含量高于G＋C含量。通过与GenBank中环颈斑鸠（Streptopelia capicola）等其他8种鸟类12SrRNA基因序列比较发现,珠颈斑鸠与环颈斑鸩的同源性最高。为94．4％,与家鸭（Arias platyrhynchos）的同源性最低,为78．4％。并根据这9种鸟类序列用NJ法构建进化树,结果表明,珠颈斑鸠和其他8种鸟类在分子水平上反映的进化关系与在形态学上的进化关系基本吻合。[结论]首次得到珠颈斑鸠12SrRNA基因全长序列,并确定了珠颈斑鸠与其他8种鸟类的分子进化关系。     

不同地理群体的鲇线粒体DNA 16S rRNA基因序列比较分析

对长江中上游主要支流5个野生群体鲇[舞阳河群体(WYH)、乌江群体(WJ)、雅砻江群体(YLJ)、岷江群体(MJ)、金沙江群体(CS)]中的27个样品的16S rRNA基因进行PCR扩增,并对扩增产物测序.用CLUSTAL X v 1.81软件对所得的27个16SrRNA序列进行比对,并用Dna SP 5.10软件进行比较分析,共检测出74个变异位点、8种单倍型.舞阳河、乌江、雅砻江、岷江、金沙江等5个野生群体的单倍型多样性(H)分别为0.600、0.857、0.600、0.600、0.667,核苷酸多样性(π)分别为0.00072、0.1754、0.00036、0.00072、0.01871.对5个野生群体的16S rRNA序列进行Tajima's D和Fst分析发现,所有群体符合中性进化模型,且有一些单倍型的分化,只有金沙江群体的遗传差异显著.对5个群体进行分子变异等级分析的结果表明,群体间分子变异不显著.对5个群体构建分子系统树发现,乌江、雅砻江、岷江、金沙江群体之间的亲缘关系较近,舞阳河群体与其他群体间的亲缘关系较远.     

4个品系西藏拟溞12S rRNA基因序列及其分子进化研究

应用线粒体12SrRNA基因序列对4个地理品系的西藏拟溞(纳木卡错品系、色林错品系、班戈湖品系、赛里木湖品系)进行分子系统发育研究,并结合GenBank中7种相近溞类的12S rRNA基因序列探讨了西藏拟溞的分子系统进化关系.结果表明,在4个品系西藏拟溞的4条12S rRNA基因序列中,A、T、G、C的平均含量分别为31.9％、32.45％、17.33％和17.95％,A+T的含量64.35％,G+C的含量为35.28％,A+T的含量明显高于G+C的含量,符合节肢动物A、T含量高的特点.聚类分析结果表明,西藏拟溞和其他溞属枝角类动物有着明显的遗传差异,说明西藏拟溞在枝角类生物学研究中有其独特的地位.遗传多样性计算结果表明:在4个品系的西藏拟溞中,纳木卡错品系与色林错品系以及纳木卡错品系与班戈湖品系的遗传相似性均较高,达98％左右;班戈湖品系与纳木卡错品系间的遗传距离最小,仅为0.0126,班戈湖与赛里木湖间的遗传距离最大,为0.0199;与其他溞属枝角类相比较,4个品系西藏拟溞种内差异相对不明显,而与其他溞种间的差异显著,西藏拟溞有着较高的遗传多样性水平.研究表明,12S rRNA基因序列包含有可靠的进化信息,可作为西藏拟溞种类鉴定良好的分子标记,同时利用这种分子标记法从分子系统进化方面证明了Daphnia tibetana和Daphniopsis tibetana Sars应分属于不同的种.     

基于线粒体16S rRNA基因序列的鳢属鱼类系统进化探讨

对4种鳢属(Channa)鱼类共108个个体的16SrRNA基因进行PCR扩增,经比对校正得到572bp(C.striata)和573bp(C.argus,C.maculata,C.asiatica)的基因片段,共检测到10个单倍型,4种鳢所有单倍型之间共存在1个插入/缺失;此外有63个变异位点,其中简约信息位点60个,序列表现出明显的A偏倚;多态位点比例为11.2%;序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.4。基于Kimura双参数法,计算的种间遗传距离介于0.021[乌鳢(C.argus)与斑鳢(C.maculata)之间]到0.079[乌鳢(C.argus)与线鳢(C.striata)之间、斑鳢(C.maculata)与线鳢(C.striata)之间]。以非洲真副鳢(Parachanna insignis)为外群构建的NJ树和ML树中,线鳢位于进化树的基部,表明线鳢是最早分化出来的种;进化树显示乌鳢和斑鳢亲缘关系最近,表明2个种分化较晚。     

基于线粒体COI和16S rRNA基因序列的虹鳟DNA条形码研究

通过对虹鳟（Oncorhynchus mykiss）线粒体COI和16S rRNA基因片段PCR扩增,经纯化、克隆、测序后,对基因序列进行分析,进一步对虹鳟进行物种分子鉴定。测序结果表明：COI基因序列长为686 bp,其中A,T,C,G含量分别为23.03%,29.15%,29.01%,18.80%;16S rRNA基因序列长为607 bp,其中A,T,C,G含量分别为27.84%,21.58%,25.21%,25.37%。将得到的基因序列通过GenBank和BOLD两数据库进行比对,GenBank中没有虹鳟的线粒体16S rRNA基因序列,比对结果为0,COI基因比对结果为99%,而在BOLD中的比对结果为100%,鉴定结果为虹鳟。生产实践中可通过此方法提供一种基因标签对虹鳟幼鱼、鱼糜制品和三文鱼片等进行种类鉴定。     

中华绒螯蟹线粒体DNA的电镜观察

中华绒螯蟹(Eriocheir japonica sinensis)接近全长序列的线粒体基因组大小为16354 bp。为探讨中华绒螯蟹线粒体基因组中是否有巨线粒体DNA,采用差速离心法自中华绒螯蟹卵巢提取线粒体,试剂盒抽提较纯的线粒体DNA。经RNase消化,用水相法展开,以铜网取样,醋酸双氧铀染色,放大12000~35000倍于透射电镜下观察中华绒螯蟹线粒体DNA的形态。底片经放大、扫描,以Image J软件分析并测量线粒体DNA长度,通过经验公式计算分子大小。电镜观察结果显示:中华绒螯蟹的线粒体DNA为典型单个闭合环状结构,大小约为(18465±1271)bp,表明中华绒螯蟹的线粒体基因组内不含有巨线粒体DNA。     

线粒体DNA基因序列在昆虫分子系统学研究中的应用

线粒体DNA基因序列是研究昆虫属、种间系统发育理想的分子标记,其中12SrRNA、16SrRNA、COⅠ、COⅡ和ND5是应用频率最多的分子标记。综述了在昆虫分子系统学中应用较广的线粒体DNA标记基因及其研究范围和进展,分析了线粒体DNA的昆虫样本、标本的保存以及在应用中存在的问题。     

太湖流域河川沙塘鳢线粒体12S和16S rRNA基因序列分析

作为东南亚所特有的小型经济鱼类之一的太湖流域河川沙塘(Odontobutis potamophila)长期被归为河川沙塘鳢.为明确太湖流域河川沙塘鳢在沙塘鳢属中的分类地位,克隆测定了其线粒体12S和16S rRNA基因部分序列.在同源的658 bp长的12S rRNA基因序列中,有变异位点187个,简约信息位点133个;在同源的528 bp 的16SrRNA基因同源序列中,有变异位点98个,简约信息位点45个.通过与其他沙塘鳢属鱼类的12S rRNA基因 列比较发现,太湖流域河川沙塘鳢与福建河川沙塘鳢的种内遗传距离为0.114,大于种内的遗传距离(0.00 ～0.024),且在16S rRNA基因序列分析中发现,太湖流域河川沙塘鳢与中国河川沙塘鳢的种内遗传距离为0.123,大于种内的遗传距离(0.00～0.016).12S和16S rRNA系统发育分析也表明,太湖流域河川沙塘鳢有别于其他类别的沙塘鳢,且与已知的河川沙塘鳢存在分子遗传进化差异.     

绿头鸭线粒体12SrRNA基因序列测定及分析

对4只绿头鸭线粒体12S RNA基因进行了测定和分析。结果显示:4只绿头鸭125 rRNA基因序列完全一致,其全长为9SSbp。碱基A、G、T、C含量分别为31.47%、21.12%、19.09%和28.32%。以白额雁和潜鸭为外群,分别用邻近法和最小进化法构建了系统进化树,结果表明:绿头鸭与斑嘴鸭和北京鸭关系密切,三者共享1个单倍型,它们之间可能存在较为广泛的基因交流。除此之外,绿头鸭与绿翅鸭关系较近,与琵嘴鸭关系较远,罗纹鸭与赤颈鸭关系较近,河鸭属与潜鸭属的亲缘关系要近于与雁属的亲缘关系。     

缢蛏六群体16S rRNA基因片段序列的差异分析

采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体（江苏射阳、上海崇明、浙江象山）和三个养殖群体（江苏射阳、上海奉贤、浙江象山）的遗传多样性,共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示,三个野生群体之间出现了明显的遗传分化,其中崇明群体遗传多样性最高,其次为射阳群体,象山群体遗传多样性最低,表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化,且单倍型混杂,聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近,这表明长期的养殖过程在一定程度上对野生群体产生了影响,降低了种质资源的丰富度。     

缢蛏六群体16S rRNA基因片段序列的差异分析

采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段，PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体（江苏射阳、上海崇明、浙江象山）和三个养殖群体（江苏射阳、上海奉贤、浙江象山）的遗传多样性，共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示，三个野生群体之间出现了明显的遗传分化，其中崇明群体遗传多样性最高，其次为射阳群体，象山群体遗传多样性最低，表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化，且单倍型混杂，聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近，这表明长期的养殖过程在一定程度上对野生群体产生了影响，降低了种质资源的丰富度。     

我国主要养殖罗非鱼的16S rRNA序列特征分析

对我国主要养殖的尼罗、奥利亚、莫桑比克、杂交种尼奥（尼罗♀×奥利亚♂）和红罗非鱼（莫桑比克×尼罗）的线粒体16S rRNA部分序列进行了PCR扩增和测序分析,探讨罗非鱼种间亲缘关系和种类鉴别标记。PCR产物经直接测序,5种罗非鱼中大部分个体均获得长546 bp的基因序列。其碱基组成GC含量为47.4%。序列比对分析显示变异位点18个,没有插入/缺失位点,转换/颠换比率为2.7。序列分析表明,红和奥利亚各有2个单倍型,尼奥、莫桑比克与尼罗各有1个单倍型。其中,尼奥与尼罗的单倍型序列相同,莫桑比克与红罗非鱼的1个单倍型序列相同。表明部分红罗非鱼的母本为莫桑比克。UPGMA聚类分析表明,尼奥与尼罗聚成一支、红罗非鱼与莫桑比克成一支、奥利亚独成一支。     

我国主要养殖罗非鱼的16S rRNA序列特征分析

对我国主要养殖的尼罗、奥利亚、莫桑比克、杂交种尼奥（尼罗♀×奥利亚♂）和红罗非鱼（莫桑比克×尼罗）的线粒体16S rRNA部分序列进行了PCR扩增和测序分析,探讨罗非鱼种间亲缘关系和种类鉴别标记。PCR产物经直接测序,5种罗非鱼中大部分个体均获得长546 bp的基因序列。其碱基组成GC含量为47.4%。序列比对分析显示变异位点18个,没有插入/缺失位点,转换/颠换比率为2.7。序列分析表明,红和奥利亚各有2个单倍型,尼奥、莫桑比克与尼罗各有1个单倍型。其中,尼奥与尼罗的单倍型序列相同,莫桑比克与红罗非鱼的1个单倍型序列相同。表明部分红罗非鱼的母本为莫桑比克。UPGMA聚类分析表明,尼奥与尼罗聚成一支、红罗非鱼与莫桑比克成一支、奥利亚独成一支。     

东北三省部分地区猪附红细胞体16S rRNA核苷酸序列比较分析

为了解东北三省猪附红细胞体基因的流行变异情况,本试验选取相对保守的16S rRNA核苷酸序列作为分析对象,采用酚仿抽提法提取吉林株、辽宁株和黑龙江株猪附红细胞体基因组DNA,用一对特异性引物扩增目的DNA,然后分别与pMD-18T载体连接并转化BL-21菌株,经重组质粒PCR鉴定后并测序,比较其核苷酸序列。从同源性分析结果可以看出,黑龙江株、辽宁株与广东株猪附红细胞体核苷酸同源性最高,均达到100%;吉林株与美国株猪附红细胞体的核苷酸同源性最高,为97%。系统进化分析结果显示,黑龙江株与辽宁株猪附红细胞体亲缘关系最近,而与吉林株猪附红细胞体较远。结果表明,吉林株、辽宁株和黑龙江株猪附红细胞体16S rRNA基因序列存在差异。     

12S rRNA基因及其二级结构在系统学研究中的应用

论述了分子系统学的研究方法、12S rRNA基因的特点及其在分子系统学中的应用，并对12SrRNA的二级结构及在系统发育中的应用进行了阐述。