我国不同地区禾谷缢管蚜种群感染RhPV的RT-PCR检测

禾谷缢管蚜病毒(RhPV)是一种寄生在禾谷缢管蚜体内的小RNA病毒。为了探讨RhPV在我国禾谷缢管蚜种群中的分布和感染情况,从我国11个省16个不同地区麦田采集禾谷缢管蚜,利用RT-PCR检测RhPV在不同种群共212个禾谷缢管蚜个体中的感染情况,并对获得的RhPV基因序列进行了差异比较和系统发育分析。结果表明,16个禾谷缢管蚜地理种群中均检测到了RhPV,感染率介于50%~100%之间。序列比对分析表明,克隆得到的RhPV基因片段在不同种群中非常保守,所有分析的蚜虫个体中仅得到6条不同的基因序列,这些序列与其他国家已经报道的RhPV序列相似性都在98%以上;系统发育分析表明,6条不同的RhPV基因序列可以分为2个亚进化枝,国外报道的两条RhPV相应序列构成其中的一个进化枝,本研究获得的6条序列构成另外一个进化枝。本研究所选用的基因片段能够准确检测RhPV在禾谷缢管蚜中的感染率,为进一步分析RhPV对禾谷缢管蚜的发育繁殖、行为、种群动态和种群微进化的影响奠定了基础。     

中国西北地区麦二叉蚜与禾谷缢管蚜对小麦黄矮病传毒能力的分析

为了研究中国西北地区蚜虫对小麦黄矮病的传毒能力,为西北地区防治小麦黄矮病提供参考依据,常温条件下在温室大棚用盆栽小麦做传毒试验,以接种不同数量有毒蚜的小麦苗作为处理,接无毒蚜的小麦苗作为对照.传毒3 d后,在接种麦苗上喷洒药剂彻底杀死蚜虫,充分发病后观察记录小麦黄矮病的发病情况.结果表明,中国西北地区小麦黄矮病的优势介体是麦二叉蚜,但禾谷缢管蚜的传毒能力比以前有所提高.关中地区禾谷缢管蚜的传毒力高于河西地区禾谷缢管蚜的传毒力;三个地区(关中地区、渭北地区、河西地区)麦二叉蚜的传毒力都较高,差别不明显.三个地区两种麦蚜的成蚜传毒力普遍高于其若蚜的传毒力.     

甜菜BvCK2基因全长cDNA的克隆和序列分析

甜菜M14品系在细胞胚胎学和遗传学特征上具有鲜明的无融合生殖现象.为了寻找在这一特殊的生殖过程中的相关基因及其调控作用,实验通过同源克隆及cDNA末端快速扩增(RACE)的方法,首次从甜菜M14品系中克隆了与生殖相关的基因ByCK2(Beta vulgaris casein kinase 2)的全长cDNA序列,长度为1 501 bp,开放阅读框为1002 bp,编码333个氨基酸.根据氨基酸序列计算蛋白分子量为39.28kDa,pI=8.16.同源比对表明,ByCK2与烟草CK2(GenBank No.A1437635)的相似度为64.22%,与百合CK2(GenBank No.AF517838)的相似度为65.18%.通过细胞内定位分析,BvCK2所编码的蛋白主要存在于细胞核中.     

甘蔗铁氧还蛋白基因cDNA的克隆及序列分析

以甘蔗叶片总RNA为模板,通过RT-PCR扩增铁氧还蛋白(ferredoxin,Fd)基因的cDNA,构建到pMD18-T载体后进行序列测定和序列分析.结果表明:①克隆得到的cDNA片段长度为688 bp,包含甘蔗Fd基因完整的开放读码框,编码151个氨基酸,其中酸性氨基酸残基较多,76～101的氨基酸序列高度保守;②...     

多花水仙HDS基因cDNA全长克隆与序列分析

以‘黄花水仙2号’和‘金盏银台’为材料,水仙各自花瓣的cDNA为模板,采用RT-PCR和RACE技术克隆出2个HDS基因,分别命名为NtHDSY和NtHDSJ,测序结果表明,NtHDSY和NtHDSJ基因全长分别为2 592 bp和2 599 bp,2个基因均含有1个2 178 bp的开放阅读框（ORF）,编码745个氨基酸。同源性分析表明,黄花水仙2号与金盏银台、铁皮石斛、长春花、大豆、葡萄和苹果的相似系数分别为：97.77％、79.29％、75.29％、75.51％、75.02％和74.40％。Real-time PCR分析表明：NtHDS基因在花瓣和副冠内的表达量在开花过程的花蕾期与盛花期存在明显差异,推测该基因可能与多花水仙香气物质的合成有关。     

甘蔗果糖-1，6-二磷酸酯酶的cDNA片段克隆及序列分析

植物生长发育所需要的光合产物大部分以蔗糖的形式供应和运输,其中果糖-1,6-二磷酸酯酶(fructose-1,6-bisphosphatase,FBPase)水解果糖-1,6-二磷酸(FBP)形成F6P和无机磷.根据GenBank登录的甘蔗细胞质型FBPase基因(GenBank登录号x89006)的序列设计引物,从甘蔗叶片cDNA文库和茎中扩增出FBPase基因的cDNA片段sfbp1和sfbp2,并构建到pMD18-T载体进行序列测定和分析.结果表明,sfbp1和sfbp2长均是1180bp,包含完整的开放读码框,编码332个氨基酸.sfbp1核苷酸序列及其推演的氨基酸序列与甘蔗FBPase基因进行序列比对,相似性均是99%.采用DNAMAN比对分析sfbp1和sfbp2的cDNA序列及其推演的氨基酸序列,结果表明,相似性分别是99.93%和99.7%.采用ExPASy软件预测推演的sfbp1的分子量大小为36.074kD,理论等电点为5.83.     

水稻分支酶基因 Sbe1和 Sbe3 cDNA的克隆及全序列分析

 通过改良的RT PCR法合成了水稻未成熟种子胚乳cDNA库，并以此为模板，用PCR技术从粳稻品种武运粳7号中克隆了分别编码淀粉分支酶SBEⅠ和SBEⅢ的2个基因Sbe1和Sbe3。序列分析表明，克隆Sbe1和Sbe3基因的大小分别为2490 bp和2481 bp，包含了基因完整的编码序列。Sbe3基因与已发表基因全序列完全相同，同源性达100%；Sbe1基因与已发表基因序列有4个碱基不同，同源性为99.84%，推导氨基酸序列的差异为2个。     

中国大豆花叶病毒HC-Pro基因的克隆与序列分析

通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR),克隆了我国6个大豆花叶病毒(SMV)分离物的HC-Pro基因全长cDNA,并测定了其全序列,探索其与病毒致病性和交叉保护作用的关系.结果表明:HC-Pro基因全长为1371nt,编码的HC-Pro蛋白为457个氨基酸,其中包含与病毒移动有关的CCC基序、与蚜传相关的PTK基序等功能结构域.6个SMV分离物的HC-Pro基因核苷酸序列同源性为89.2%～99.9%,由此推导的氨基酸序列同源性为95.4%～99.8%,其中SMV分离物TS216和4434仅有1个碱基差异.将序列信息与6个SMV分离物在10个鉴别寄主上的症状反应以及分离物间的交叉保护作用进行综合分析发现, HC-Pro基因同源性高的SMV分离物在鉴别寄主上的致病性反应没有明显的相似性,而HC-Pro基因同源性高、亲缘关系近的部分SMV分离物之间交叉保护作用明显.结果证明6个SMV分离物的HC-Pro基因高度同源,同源性高低与其在鉴别寄主上的致病性反应没有明显联系,但同源性高、亲缘关系近的分离物间交叉保护作用可能较强.     

甜菜Actin基因片段的克隆及序列分析

根据其它植物Actin基因设计一对简并性引物,以甜菜根总RNA为模板,采用RT-PCR的方法扩增出Actin基因片段并克隆到pUCm-T载体上,阳性克隆经PCR鉴定测序。序列分析表明,克隆得到Actin基因家族的两个成员,其片段长度均为598 bp,编码198个氨基酸,它们间的同源性为87%。将其分别命名为BvACT1和BvACT2,已在GenBank中注册,登录号为KF214784和KF214785。多重序列比较表明,Bv A CT1氨基酸序列与其他植物Actin基因的同源性在92%以上,而Bv A CT2则在93%以上。     

蝴蝶兰蔗糖合成酶基因的cDNA克隆及其表达分析

利用低夜温诱导的蝴蝶兰花芽的抑制消减杂交文库中分离的蔗糖合成酶基因的ESTs片段,采用RT-PCR和RACE技术,从蝴蝶兰花芽中克隆得到蔗糖合成酶基因的全长cDNA,命名为PhSUS,GenBank登录号JX162557.该基因全长2 816 bp,包含147 bp的5’非编码区、218 bp的3 '非编码区和一个长度为2 451 bp编码816个氨基酸的开放阅读框.PhSUS预测的分子量为93.30 ku,等电点为5.95.蛋白同源性分析结果表明,PhSUS与兰科植物的文心兰、石斛兰和莫氏兰(Mokara)等的蔗糖合成酶有很高同源性.保守结构域分析结果表明,PhSUS含有蔗糖合成酶和葡糖基转移酶两个保守功能域及4个ADP结合位点.表达分析结果表明,PhSUS在检测的组织中都有表达,但表达丰度不同.PhSUS在花蕾发育中后期、成熟花和花器官的表达量都较营养阶段根和叶中的表达量高.PhSUS的克隆为研究其参与花芽分化和发育的表达调控奠定了重要基础.     

辽宁省玉米矮花叶病毒原鉴定及cDNA克隆与序列分析

田间采集玉米矮花叶病标样，常规摩擦接种检测，几个分离物寄主范围局限于禾本科植物，可汁液摩擦、蚜虫(棉蚜和桃蚜)传毒、种子带毒(带毒率3%)。病叶汁液体外稳定性测定稀释限点(DEP)为10^-3～10^-4、失毒温度(TIP)为55～60℃、体外存活期(LIV)为1～2d。病毒粒子线状约430～750×13～15nm，病叶超薄切片内可见风轮状、环状内含体。病毒提纯制剂紫外最大吸收为262nm，最小吸收为245nm，A260/A280=1.2，病毒提纯制剂制备抗血清与MDMV-B(对照为北京分离物)和所采集的其它分离物均呈阳性反应。以朝阳、大连两分离物病毒RNA为模板，按文献报道的MDMV-B外壳蛋白(CP)基因序列合成引物反转录PCR，cDNA序列分析表明，和已报道的MDMV-B外壳蛋白基因序列同源率达98.7%，推导的氨基酸序列存在2个氨基酸差异，其同源率为99.4%。通过病原鉴定及病毒外壳蛋白基因克隆与cDNA序列分析，结果认为引起辽宁地区玉米矮花叶病的病原病毒是MDMV，其流行株系为B株系。     

甘蔗ScHTD2基因的克隆及生物信息学分析

D14是一类能够有效抑制水稻分蘖的水解酯酶,可能是独脚金内酯信号传导途径中的重要组分。为研究该基因在甘蔗分蘖性状中的功能,利用RT-PCR和RACE技术从甘蔗主栽品种ROC22中克隆出D14同源基因的c DNA全长,命名为Sc HTD2,并对其进行生物信息学分析。结果表明:Sc HTD2基因的c DNA全长为1 302 bp(KP137674.1),具有927 bp的开放阅读框,编码308个氨基酸;蛋白质分析表明,Sc HTD2为不稳定的水溶性非分泌蛋白,主要作用于氨基酸的生物合成或者作为生长因子调控生物生长发育。亚细胞定位于叶绿体,存在14个磷酸化位点,不存在乙酰化位点和信号肽。二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主,还有一些残基形成β-折叠和链延伸。保守结构域和三级结构预测均表明该蛋白包含一个α保守水解酶家族,属"D14-Like"或者"DAD2-Like"蛋白家族。推测Sc HTD2可能作为独脚金内酯调控甘蔗分蘖信号转导中一个具有催化特性的水解脂酶而起作用。进化树分析表明该蛋白与高粱、玉米等单子叶植物进化关系较近。     

大豆PAL2基因的克隆与分析

采用RT-PCR法克隆了1个大豆PAL基因,并利用网络工具分析预测了其编码蛋白。结果表明:该基因是大豆PAL基因家族的1个新成员,命名为GmPAL2(登录号:GQ220305),其全长2284bp,编码1个包含717个氨基酸残基的多肽链,分子量为78.116kD;经BLASTp比对表明:该蛋白序列与菜豆PAL2蛋白同源性最高,达到92%,与大豆PAL1的同源性为89%。该研究结果为进一步研究整个大豆PAL基因家族的特性奠定了基础。     

枇杷胚性培养物ACC氧化酶基因的克隆及序列分析

以枇杷胚性培养物（Eriobotrya japonica embryonic cultures）为材料,采用同源克隆方法,从其mRNA中分离得到ACC氧化酶（ACO）基因EjACO-1,在GenBank中登录号为GQ377219。结果表明：EjACO-1大小为 1 160 bp,编码322个氨基酸。枇杷EjACO-1与苹果、桃和梨等蔷薇科植物同源性较高,而与水稻、石斛兰等单子叶植物距离较远。此外,从枇杷基因组DNA中分离了转录为EjACO-1 mRNA的基因gACO,大小为1 517 bp,在GenBank中的登录号为GU233743。生物信息学分析显示,gACO基因中含有3个内含子,大小分别为114、240、194 bp,均符合真核生物内含子通用的GT-AG法则。EjACO基因的克隆为以后研究乙烯在枇杷中的功能奠定基础。     

巴西橡胶树胚胎晚期丰富蛋白基因的克隆及序列分析

根据抑制性消减杂交文库分离的EST片段,采用3’-RACE技术从巴西橡胶树胶乳中获得HbLEA14基因的全长cDNA序列,其ORF长456 bp,编码151个氨基酸,预测HbLEA14蛋白分子量为16.58 ku,等电点为5.10。同源性比对显示,HbLEA14与蓖麻RcLEA14、乳浆大戟EeLEA14、陆地棉GhLEA14、大豆GmLEA14、拟南芥AtLEA14、番茄SlER5的同源性分别为88%、80%、75%、73%、65%和61%,属于非典型第2组LEA蛋白。RT-PCR结果显示,死皮植株胶乳中HbLEA14的表达量明显高于健康树。     

茶氨酸合成酶基因的全长cDNA克隆及序列分析

采用SMART RACE技术成功克隆了安吉白茶茶氨酸合成酶基因（TS）的全长cDNA序列,并将其登录Genbank,登录号为JN226569。TS基因的cDNA全长为1503bp,开放阅读框（ORF）为1071bp,编码356个氨基酸。经生物信息学分析,TS蛋白的氨基酸残基数为356,分子量为39250.3Da,理论等电点（PI）为5.79,其氨基酸序列中可能不存在卷曲螺旋结构。TS蛋白不存在信号肽序列,不发生跨膜运动,属于亲水性的非分泌蛋白,其磷酸化位点有26个。通过亚细胞定位预测,安吉白茶TS蛋白是一种细胞质蛋白。克隆茶氨酸合成酶基因的全长cDNA序列,对于利用生物技术手段改良茶树品种,以调控茶树中茶氨酸的含量具有重要意义。     

芜菁花叶病毒外壳蛋白基因的克隆与序列分析

根据芜菁花叶病毒（Ｔｕｒｎｉｐ Ｍｏｓａｉｃ Ｖｉｒｕｓ ＴｕＭＶ）外壳蛋白（ＣＰ）基因序列人工合成引物,用ＲＴ法合成ｃＤＮＡ后,通过ＰＣＲ法扩增并克隆ＴｕＭＶ海南分离物外壳蛋白基因。结果表明,外壳蛋白基因全长８６４个碱基,编码２８８个氨基酸。与Ｔｒｅｍｂｌｙ,Ｍ．Ｆ等报道的该苷酸同源率为９５．８％,氨基酸同源率为８４．８％。与徐平报道的核苷酸同源率为９６．３％,氨基酸同源率为９５．１％。与孔令洁