陆川猪mtDNA D-loop序列遗传多样性分析

本研究测定了陆川猪17个个体mtDNA D-loop高变区序列,共检测到5个单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.640和0.0074,表明陆川猪有较高的遗传多样性。结合已报道的中国地方猪种的mtDNA D-loop序列进行分析,结果发现,陆川猪和属于华中型的宁乡猪、大花白猪有很近的遗传关系,但与传统上同属华南型的香猪和滇南小耳猪的遗传关系较远,这与传统的分类方法不一致。     

苏姜猪mtDNA D-loop序列的遗传多样性分析

【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA) D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序,运用NCBI在线BLAST对测序序列与参考序列进行比对、校正并寻找同源序列,确定mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列的长度和位置;使用DnaSP v.5.10.1软件统计获得群体中核苷酸多态位点和变异位点数量,分析单倍型多样度(Hd)、核苷酸多样性(Pi)、平均核苷酸差异度(K)等参数;使用Mega 7.0软件对不同单倍型进行基于Kimura’s 2-prarmetermodel的遗传距离计算,采用邻接法(Neighbor-Joining, NJ)对苏姜猪的4个单倍型、17个中国地方猪种、欧洲家猪(登录号：AF034253.1)的mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列构建系统发育树。【结果】对100头苏姜猪的mtDNA D-loop序列高变区Ⅰ进行扩增测序,获得长度为429 bp的有效序列,获得的序列中,AT含量为63.1%,GC含量为...     

崇仁麻鸡mtDNA D-loop区遗传结构与遗传多样性分析

为研究崇仁麻鸡线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区遗传多样性和遗传结构,试验采用PCR产物直接测序的方法,测定崇仁麻mtDNA D-loop区的全序列,并与其他5个红色原鸡亚种进行系统进化关系分析。结果显示：30个样本的mtDNA D-loop区序列长度范围为1 231～1 232 bp,共发现27个多态位点,单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异（K）数值分别为0.947、0.006 89和8.476。群体中16种单倍型划分为A、B、C和E单倍型类群。研究表明,崇仁麻鸡具有较高的线粒体遗传多样性,可能来源于不同的母系。     

百宜黑鸡mtDNA D-loop区遗传变异分析

为了研究百宜黑鸡线粒体DNA(mtDNA)D-loop区遗传变异情况,试验采用PCR和直接测序法测定了百宜黑鸡、兴义矮脚鸡、长顺绿壳蛋鸡共33个个体线粒体DNA控制区部分序列,长度约为570 bp,分析了百宜黑鸡与兴义矮脚鸡、长顺绿壳蛋鸡之间的遗传变异。结果表明:腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)、胸腺嘧啶(T)4种核苷酸的平均比例分别为26.44%、13.54%、30.75%、29.27%;其中C含量最高,表现出碱基组成的偏倚性。在系统发生树中,百宜黑鸡、兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡各自聚成1支,说明百宜黑鸡与兴义矮脚鸡、长顺绿壳蛋鸡是不同品种。     

蒙古牛mtDNA D-loop高变区序列分析

本文对蒙古牛线粒体DNAD-loop高变区的核苷酸序列进行了分析。结果发现，蒙古牛D-loop高变区的核苷酸变异率约为0.40%，其核苷酸变异类型只有转换1种形式。     

基于mtDNA Cytb基因序列分析广东省东方蜜蜂遗传多样性

采用PCR产物直接测序法对广东省3个地区的89群东方蜜蜂线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)序列进行了变异检测,并利用相关软件对所得数据进行群体遗传变异和遗传分化分析。所得序列长度为420bp,序列中的A,T,C,G平均含量分别为33.2%,44.0%,14.3%,8.5%;共检测到13个变异位点,其中转换变异位点12个,颠换变异位点1个,并且变异位点大多数发生在密码子第三位,无碱基插入或缺失;碱基组成A+T含量高,占77.2%,呈现明显的A+T偏倚性;3个地区种群间的遗传距离为0.0023、0.0020、0.0019;共定义14种单倍型,单倍型多样度为0.781±0.032,核苷酸多样度为0.004±0.0003。结果揭示广东省东方蜜蜂遗传多样性较为丰富,且存在一定的遗传分化。     

河北小尾寒羊mtDNA变异及遗传多样性分析

旨在分析河北小尾寒羊线粒体基因组变异和遗传多样性,采用线粒体基因组测序方法获得线粒体基因组序列,进行编码区变异分析;利用群体遗传学方法对非编码区进行遗传多样性分析。结果表明:河北小尾寒羊线粒体基因组编码区共发现183个变异位点,其中多肽编码区156个,r RNA基因19个和t RNA基因8个;多肽编码区发现同义突变128个,错义突变28个。非编码区共发现81个变异位点,核苷酸多样性为(0.022 22±0.006 93),单倍型多样性为(0.996±0.015),83只个体构成的65种单倍型,聚为3个单倍型群:A单倍型群包括35只个体,其中9只河北小尾寒羊,26只山东小尾寒羊;B单倍型群包括38只个体,其中13只河北小尾寒羊,25只山东小尾寒羊;C单倍型群为10只山东小尾寒羊,该单倍型群为一个独立类群。3个单倍型群A、B和C的频率分别为0.42、0.46和0.12。由此说明河北小尾寒羊遗传多样性较为丰富,与山东小尾寒羊存在基因交流。     

中国部分山羊品种线粒体DNA D-loop序列遗传多样性分析

分析了中国部分本地山羊品种(18个品种200个体)以及在中国饲养的引入品种(4个品种25个体)线粒体DNA控制区(D-loop)的全序列,结合已报道的世界其它地方的山羊(15个品种77个体)以及2只野山羊的线粒体DNA控制区(D-loop)全序列共304个体,研究结果表明:山羊线粒体DNA控制区约为1 212 bp,检测到228个变异位点,203种单倍型,单倍型多样度为0.993±0.001;核苷酸多样度0.018±0.001。中国部分山羊的变异类型主要为类型A和B,而在巴基斯坦山羊中还检测到类型C和D。比较分析结果表明中国山羊遗传多样性和基因交流比中国黄牛品种要高。     

张掖肉牛线粒体DNA D-loop区遗传多样性研究

为研究张掖肉牛的遗传多样性及母系起源,利用特异性引物扩增mtDNA D-loop区全序列,采用最大似然法构建了张掖肉牛mtDNA D-loop区分子系统树,对核苷酸多态性和遗传距离进行了分析。结果表明,构建的166头张掖肉牛mtDNA D-loop区全序列分子系统树分为3组（普通牛、瘤牛、牦牛）,其中,普通牛血统基因型组占比80.7%,有93种单倍型（Hd=0.988),核苷酸变异度π=0.005 79;瘤牛血统基因型组占比13.2%,有6种单倍型（Hd=0.476）,核苷酸变异度π=0.001 19;牦牛血统基因型组占比6.1%,有5种单倍型（Hd=0.867）,核苷酸变异度π=0.009 65。张掖肉牛与中国北方牛的遗传距离比较近（Fst=0.01）。综上所述,张掖肉牛具有混合母系起源的特点,但受普通牛的影响较大,亲缘关系明显表现出了中国北方黄牛的地理生态分布特征,该研究结果可为张掖肉牛生态区的分布提供理论依据,也可为遗传育种提供参考。     

基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)序列分析贵妃鸡的遗传多样性

采用PCR产物直接测序技术对30只贵妃鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明,在所分析的D-loop区部分序列中(520 bp),A、G、C、T平均含量分别为26.8%、13.0%、31.1%和29.1%;共发现13个核苷酸多态位点,均为转换位点,未检测到插入/缺失和颠换,核苷酸多样度(Pi)为0.0059,单倍型变异度(Hd)为0.538,中性检验Tajima’s D值为-0.67065。通过群体构建的NJ聚类图分子系统树发现,贵妃鸡起源于红原鸡。     

庆阳驴mtDNA D-loop区遗传多样性及起源分析

【目的】研究庆阳驴养殖群体的遗传多样性与母系起源,了解其遗传信息,为保护庆阳驴种质资源、选育和遗传改良工作提供理论依据。【方法】随机选取133头庆阳驴,对其线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区序列进行PCR扩增、测序及比对,并探讨庆阳驴的遗传多样性与母系起源。【结果】在获得的520 bp D-loop碱基序列中,AT含量(57.3%)高于GC含量(42.8%),表现出碱基的偏倚性;检测到38个变异位点,包含8个碱基对的转换;其核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸差异(K)分别为0.01591、0.895和8.274,与欧洲家驴和中国家驴研究的平均值相比较低,说明该驴品种核苷酸变异较为贫乏。庆阳驴mtDNA D-loop区存在35个单倍型,单倍型之间的遗传距离为0.002～0.042。系统进化结果显示,庆阳驴存在2个线粒体支系,表明其具有2个母系起源,且遗传距离表明,庆阳驴与克罗地亚家驴之间的遗传距离较近。【结论】本研究从分子水平初步揭示庆阳驴核苷酸变异比较贫乏,杂交程度高,mtDNA遗传多态性正逐步丧失,应加强庆阳驴品种的遗传资...     

mtDNA D-loop在家畜遗传多样性和系统分化中的应用

本文简要综述了mtDNA D-loop区结构的研究现状,着重概述了D-loop区研究在山羊、绵羊以及牛、猪遗传多样性和系统分化中的应用,并对该领域的深入研究进行了讨论。     

不同地方乌骨鸡种群遗传多样性的微卫星DNA分析

利用家禽基因组中的10个微卫星标记，对位于不同地区6个乌骨鸡种群的等位基因频率、各群体的遗传杂合度、群体间的遗传距离等进行了分析，并根据遗传距离对这几个乌骨鸡种群进行了聚类分析。结果表明，各乌骨鸡群体的遗传多样性较为丰富，并具有较高的选择潜力。各乌骨鸡种群间有一定的遗传距离，UPGMA聚类分析表明，黑凤乌骨鸡与白凤乌骨鸡最先被聚在一起，四川山地乌骨鸡黑羽系与川南山地乌骨鸡被聚为一类，草科鸡与旧院黑鸡被聚为一类。     

四川常羽乌骨鸡群体遗传多样性分析

利用选自家禽基因组的10个微卫星标记,对四川常羽乌骨鸡5个群体(四川山地乌骨鸡白羽系、黑羽系;黄忠山地乌骨鸡;黄忠山地乌骨鸡绿壳蛋系;草科乌骨鸡)的遗传多样性进行了检测,计算了各群体的群体杂合度、群体间遗传距离,并根据遗传距离进行了聚类分析。结果表明所选择的微卫星标记在各群体中表现出较高的多态性;四川5个乌骨鸡群体遗传多样性比较丰富,群体平均杂合度为0.5383到0.6659;各群体间的遗传距离有一定的差异;聚类分析将5个群体聚为三类。     

山羊线粒体DNA D-loop区遗传多样性研究

本研究利用PCR-SSCP技术对8个山羊品种分析了线粒体DNA D-loop区5′端部分序列的遗传多样性。378个个体共检测到A、B、C、D、E、F、G 7种单倍型,平均的单倍型比例为1.9%。单倍型多样度以太行黑山羊最高,为0.8003;洪洞奶山羊最低,为0.5772,但也属于较高的遗传多样性。结果表明,8个山羊品种均有较高的遗传多样性。     

中国家鸡和红色原鸡mtDNA控制区遗传多态性及系统进化分析

通过线粒体DNA控制区的结构和多态性来研究中国家鸡和红色原鸡的遗传多态性与系统进化。测定14个中国地方鸡种和红色原鸡2个亚种的256个个体线粒体DNA控制区部分序列约560bp,结果表明,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为25．∞％、37．40％、4．40％和33．20％。共发现44个变异位点,约占分析位点总数的7．86％,没有观测到插入／缺失,颠换和转换之比为0．13;共具有32种单倍型,9种为共享单倍型;16个群体内单倍型多样度从0到0．964,单倍型变异度总体为0．909±0．014,整体的平均核苷酸差异数为7．276,核苷酸多样度为1．851％。群体间核苷酸分歧度（Dxy）在0．747％～3．125％之间变化,核苷酸净遗传距离（Da）为0．015％～2．633％。16个群体表现出较高水平的遗传多态性,群体间表现出显著的遗传分化。群体遗传多态性和亲缘关系分析表明,一些中国家鸡的群体（如固始鸡和仙居鸡）起源于泰国红色原鸡Gallus gallu sgallus亚种,一些中国家鸡的群体（如茶花鸡和藏鸡等）起源于中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种,在一些中国地方鸡种还同时具有这2种红色原鸡的遗传贡献;认为中国家鸡起源于泰国或单纯起源于中国的观点都是不全面的。     

绵羊、山羊和岩羊mtDNA的RFLP及其遗传分化研究

本文用１５种识别６碱基的限制性内切酶ＡｐａⅠ、ＢａｍＨⅠ、ＢｇｌⅠ、ＢｇｌⅡ、ＣｌａⅠ、ＤｒａⅠ、ＥｃｏＲⅠ、ＥｃｏＲⅤ、ＨａｅⅡ、ＨｉｎｄⅢ、ＫｐｎⅠ、ＰｖｕⅡ、ＰｓｔⅠ、ＳａｃⅠ和ＳａｌⅠ对绵羊、山羊和岩羊ｍｔＮＤＡ的限制性片断长度多态性进行了比较研究，以探讨其遗传分化关系。共检测到７５个酶切位点，４１种限制性态型，其中绵羊和山羊、绵羊和岩羊以及山羊和岩羊的共享位点数分别为１５、８和１４，共享     

中国7个绵羊品种mtDNA D-loop区序列的系统发育与起源研究

为探讨中国绵羊的起源、进化及遗传多样性,对新疆、内蒙古、西藏、云南、宁夏、山东等地区7个地方绵羊品种和1个外来品种共59个体的线粒体D-loop全序列进行了测序分析。7个地方绵羊群体的单倍型多样度（Hd）和核苷酸多样度（π）分别平均为0．9960和0．0306,表明我国地方绵羊品种的控制区遗传变异丰富。系统发育和网络进化分析均将中国绵羊分为3个明显的支系,揭示中国绵羊存在3个独立的母系起源;并发现欧洲摩佛仑羊与支系B聚在一起,表明摩佛仑羊与中国绵羊有较近的亲缘关系。对mtDNA D-loop的3个支系进行核苷酸不配对分布曲线分析和Fu’s中性检验,结果显示3个支系的分布曲线均呈单峰形,且中性检验差异显著,表明绵羊3个支系可能曾经历群体扩张。     

河北省山羊品种mtDNA遗传多样性研究

用 1 2种识别 6碱基的限制性内切酶ApaⅠ、BamHⅠ、Bg1Ⅰ、DraⅠ、EcoRⅠ、EcoRⅤ、KpnⅠ、PvuⅡ、PstⅠ、SacⅠ、SmaⅠ和XhoⅠ研究了河北省 5个山羊品种和类群共计 61个个体mtDNA的RFLP。结果检测到 3 3个酶切位点 ,1 4种限制性态型 ,3种基因单倍型 ,其中EcoRⅠ和CalⅠ表现出多态。基因单倍型间平均遗传距离为 0 .0 0 3 9,群体平均遗传多态度π值为 0 .1 2 %,表明其遗传分化程度较低