云南市场易混淆红菇的系统发育分析

以采自云南普洱、西双版纳、曲靖、保山、玉溪、大理等12个县市共60个市场常见的易混淆红菇为试验材料,对其进行形态学研究并结合ITS序列分析其系统发育关系。结果表明,云南市场常见易混淆红菇共鉴定出8个物种,其中7个已知种、1个待定种,即灰肉红菇(Russula griseocarnosa)、全缘形红菇(R.integriformis)、青黄红菇(R. olivacea)、红色红菇(R. rosea)、血红菇(R. sanguinaria)、黄孢红菇(R.xerampelina)、沿河红菇(R. yanheensis)及待定种(R. sp.)。     

基于5.8S rDNA和ITS序列探讨亚洲瓠瓜的地理分化

基于5.8S rDNA及ITS序列对23份来自中国、泰国和日本的亚洲瓠瓜品种进行了地理分化研究。结果发现,23份瓠瓜材料的ITS1+5.8S rDNA+ITS2序列的长度在611～627 bp之间,G+C含量在54.17 %～63.26 %之间,信息位点数65个,占总碱基数的11.09 %;源自日本的2份瓠瓜品种的序列长度短于其他21份瓠瓜品种,G+C含量也明显低于其他瓠瓜品种。从5.8S rDNA及ITS序列构建的系统树可以看出,源自日本的瓠瓜品种与源自中国和泰国的瓠瓜品种存在地理分化现象,分属于不同的分支,支持率达到99 %。序列间的同质性检验结果显示,2份源自日本的瓠瓜品种与源自中国和泰国的瓠瓜品种差异显著。     

基于叶绿体rRNA ITS序列的兰科植物系统发育关系分析

叶绿体DNA(Chloroplast DNA,cpDNA)中的反向重复序列中的非编码区对于陆生植物的进化研究非常有指导意义,被越来越广泛的应用在不同的分类阶元的系统研究中.该研究在叶绿体rRNA ITS 序列的保守区设计引物,PCR扩增得到450 bp左右的叶绿体rRNA从4.5 S到5 S的片段,扩增产物直接测序,进而依据叶绿体rRNA ITS基因序列分析了兰科植物(Orchidaceae)的33个品种材料(12个兰属品种,14个兜兰属品种,7个石斛属品种)间的亲缘关系.通过最简约性分析产生的叶绿体rRNA ITS系统树表明,石斛属和兜兰属为两个自然类群,兰属可能为一多源组.兰属的碧玉兰位于系统树的基部,构成其余各种的姐妹支.兜兰属的白花兜兰、麻栗坡兜兰独立于属内其他种而自成一支.由于兰科植物叶绿体rRNA ITS序列变异率较低,最简约分析产生的分支得不到Bootstrap分析的高度支持,各亚属之间的关系也不明确.对兰科植物系统发育关系的研究尚需要更多的证据.     

白菜类作物ITS序列分析

以不同地理来源的18份不同类型的白菜类作物（Brassica campestris L.）为试材,对其ITS区进行扩增、测序和序列比对,构建NJ系统树,研究白菜类作物ITS序列的变异情况。结果表明：白菜类作物中不同类型材料的ITS序列没有明显变异,序列非常保守;白菜类作物与芸薹属其他种间存在明显变异。芸薹属中的基本种内的变种间没有明显变异;复合种内的变种间有明显变异,分别倾向于禹氏三角（U-triangle）假说推测的父母本。     

松乳菇ITS序列比较及其在乳菇属中的系统发育分析

提取江苏、云南、江西、湖南、广西、安徽、湖北地区的松乳菇(Lactarius deliciosus)、红汁乳菇(L.hatsudake)、橙色乳菇(L.akahatsu)和鲑色乳菇(L.salmonicolor)共25个子实体样本的基因组DNA,扩增ITS序列,对GenBank下载和本次及以前测序的松乳菇ITS序列的碱基组成、变异位点及碱基替换类型进行分析,从GenBank下载乳菇属其它8个种,构建乳菇系统发育树。结果显示:松乳菇ITS序列共有20 bp长度的变化,碱基C、T含量大于G、A含量。变异位点ITS共有99个(ITS1 58个、5.8S 4个、ITS2 37个),其中主要是T与C的转换,转换与颠换位点数分别为8和5。ITS1、5.8S、ITS2中转换与颠换的比值R分别为2.34、1.95、1.12。基于ITS序列计算不同地区松乳菇间的遗传距离,江西与意大利、西班牙,法国与西班牙序列间的遗传距离最大为0.012,云南和法国序列间遗传距离为0,是同源序列。系统发育树显示:松乳菇和红汁乳菇、橙色乳菇亲缘关系较近。     

基于ITS序列的红山茶组植物系统发育关系的研究

 测定了红山茶组30个物种的ITS序列,利用茶作为外类群,应用PAUP程序中的最大简约法构建了该组植物的系统发育关系。结果表明,大部分红山茶组植物构成一个单系群,这一单系群又分为两个分支。其中一个分支包括了分布在我国中南地区的大花红山茶、多齿红山茶以及分布在华东南的浙江红山茶、山茶等,其自展支持率为79 % (Clade I);另一个分支主要包括分布在我国西南地区的西南红山茶、金沙江红山茶、滇山茶等,自展支持率为92 % (Clade II)。根据ITS系统树并结合物种的形态特征及地理分布探讨了红山茶组植物的种间关系及其系统进化。     

不同丹参种质的rDNA ITS序列分析

为测定丹参核糖体DNA的ITS序列,研究比较了28份不同来源丹参(Salviamiltiorrhiza Bge)种质的ITS序列。结果表明:丹参rDNA的ITS1、ITS2及5.8SrDNA的完全序列(长度范围在600～619bp之间),ITS1为227～228bp,5.8S为166bp,ITS2为206～224bp;ITS区的变异主要发生在内转录间隔区ITS1和ITS2区,其中ITS1、ITS2区的变异位点为31和25,分别占各自区位点的13.5%和11.2%;ITS序列在丹参种内比较保守,有些丹参种质之间有较小的差异,ITS序列可以作为丹参种质分子鉴定的依据。     

桑黄菌株S-1形态学观察及ITS系统发育分析

通过对桑黄菌株S-1的形态学观察及分子鉴定,确定其生物学地位。方法:采用插片培养及显微观察法对实验菌株的生长特征及子实体形态进行初步的形态学鉴定,同时采用现代分子生物学手段对其r DNA ITS区段进行克隆测序和序列特征分析,并与Gen Bank中的BLAST软件搜索同源序列进行比对,并构建系统发育树,对桑黄菌株进行分子鉴定。结果:在初步的形态学观察基础上,依据ITS序列分析结果,将实验所用菌种鉴定为桑黄核心种类纤孔菌属真菌(Inonotus linteus)。结论:明确了桑黄菌株S-1的分类地位,对下一步应用研究及其活性成分的研究提供了重要的科学依据。     

不同地区松茸ITS序列分析及系统发育研究

对吉林省延吉市和云南省昆明市松茸子实体的ITS序列进行遗传多样性研究。提取两个地区松茸子实体的基因组DNA,应用特异引物对其ITS序列进行PCR扩增及测序,并对云南省昆明市松茸样品进行克隆及测序。之后从GenBank上获取5个地区7条松茸ITS序列,并利用MEGA、BLAST、DNAMAN和ClustalX软件进行对比分析和构建系统发育树。对云南松茸样品克隆发现,ITS序列中有A与G、T与c的颠换,并插入1个碱基T。序列对比发现,松茸ITS序列长度在600bp～604bp范围内,G＋C含量在43．0％～44．2％之间,共有41个变异位点,ITS2变异位点数要多于ITSl的变异位点数。同时,多个位点存在着转换、颠换、插入和缺失,表明不同产地松茸ITS序列在进化过程中存在差异,为真菌分类、鉴定等研究提供了重要的资料和依据。     

基于ITS序列对林芝市售七种野生大型食用真菌的鉴定

以西藏林芝市售7种野生大型真菌(分别编号为XZQGJ、XZDJG、NCSBJ、NCNGJ、NCTLJ、NCSR、NCWZNGJ)为试材,采用分子生物学的方法对其进行鉴定,为进一步开发利用林芝地区大型真菌资源提供了参考依据。结果表明:XZQGJ属于腊伞属的Hygrophorus russula(红菇腊伞);XZDJG属于肉齿菌的Sarcodon cf.leucopus(裂盖肉齿菌);NCSBJ属于枝瑚菌属,与Ramaria sp.(小刺枝瑚菌)(KY774253.1)亲缘性最近,但林芝扫把菌与其它相似种均有一定的遗传距离,因此林芝扫把菌是一个独立的种;NCNGJ属于牛肝菌属,与Boletus recapitulatus(KP938967.1)亲缘性最近;NCTLJ属于钉菇属,与Gomphus clavatus(棒状钉菇)(KX008988.1)亲缘性最近;NCSR属于口蘑属,与Tricholoma matsutake(松口蘑)(MF521899.1)亲缘性最近,但林芝松茸与其它相似种均有一定的遗传距离,因此林芝松茸是一个独立的种;NCWZNGJ属于牛肝菌科的uncultured Bole...     

美味侧耳ITS序列直接测序与克隆测序比较分析

用CTAB法提取美味侧耳基因组DNA，利用引物ITS1和ITS4扩增其核糖体DNA的ITS片段，凝胶回收试剂盒纯化目的片段。通过PCR产物双向直接测序和克隆测序分别获得其rDNA ITS序列，对两种测序方法所得序列及GenBank中美味侧耳ITS片段的序列进行比较分析。结果显示，三条序列的差异非常小，两种测序方法所得序列仅在两端出现差异，序列内部完全一致。     

甜菜BvCK2基因全长cDNA的克隆和序列分析

甜菜M14品系在细胞胚胎学和遗传学特征上具有鲜明的无融合生殖现象。为了寻找在这一特殊的生殖过程中的相关基因及其调控作用．实验通过同源克隆及cDNA末端快速扩增（RACE）的方法,首次从甜菜M14品系中克隆了与生殖相关的基因ByCK2（Beta vulgaris casein kinase2）的全长cDNA序列．长度为1501bp,开放阅读框为1002bp,编码333个氨基酸。根据氨基酸序列计算蛋白分子量为39．28kDa,pI=8．16。同源比对表明,ByCK2与烟草CK2（Ge．nBankNo．A1437635）的相似度为64.22％,与百合CK2（GenBankNo．AF517838）的相似度为65．18％。通过细胞内定位分析．ByCK2所编码的蛋白主要存在于细胞核中。     

柑橘钙调蛋白cDNA的克隆及序列分析

 以温州蜜柑(Citrus unshiu Marc. ) 幼果cDNA第1链为模板, 参照大麦钙调蛋白基因序列(Accession No. M27303) 合成5p端和3p端引物, 以PCR的方法扩增得到柑橘钙调蛋白cDNA, 将其克隆到PMD182T载体上并进行测序。序列分析表明, 柑橘钙调蛋白cDNA全长453 bp, 共编码148个氨基酸, 与大麦和大豆钙调蛋白基因的同源性均高达83%以上, 所编码氨基酸序列同源性达97%以上。以该cDNA作探针进行点杂交, 得到良好的杂交信号。     

葡萄无核基因SCAR标记的序列构成与酶切分析

利用葡萄无核基因的特异探针１８ｂｐ,通过ＰＣＲ扩增获得了与葡萄无核基因相连锁的ＳＣＡＲ标记约５９０ｂｐ,采用自动荧光ＤＮＡ测序仪对该片段的核苷酸组成进行双向测序,来自无核白的无核基因特异标记由５６９对核苷酸组成。该标记可以作为合成探针和设计特异引物进行ＰＣＲ扩增的基础,用于检测葡萄育种材料和无核品种的无核性。     

芜菁花叶病毒外壳蛋白基因的克隆与序列分析

将来自北京地区甘蓝和芥菜上的TuMV外壳蛋白基因片段分别克隆到pMD18-T载体中,测序并进行序列分析。结果表明:两者CP基因序列长度均为867个核苷酸,编码288个氨基酸,它们的核苷酸同源性为97·2%,氨基酸同源性为97.6%;两者与GenBank中的部分CP基因序列的核苷酸同源性在87.8%~97.8%之间,氨基酸同源性在91.7%~99.0%之间;分子进化树分析两者可归属World-B组。     

拮抗酵母菌0732-1的鉴定及其ITS-5.8S rDNA序列分析

从石河子地区西瓜叶片上分离获得1株对哈密瓜细菌性果斑病菌-燕麦嗜酸菌属西瓜亚种(Acidovorax avena subsp.citrulli)有显著拮抗作用的酵母菌0732-1,对该菌株形态学观察、培养性状观察、生理生化测定,以及结合ITS-5.8S rDNA序列同源性分析。结果表明:酵母菌0732-1为异常毕赤酵母(Pichiaanomala Kurtzman),首次证明了P.anomala对哈密瓜细菌性果斑病菌具有生防作用。     

草菇ras启动子区域的克隆及其序列分析

根据Kajiwara S等报道的ras启动子的序列设计并合成一对特异引物，以草菇菌丝的总DNA为模板，通过PCR扩增，获得一条长约0．75kb片段。DNA序列测定结果表明，该片段长度为751bp。采用Blast软件和Promoter predictions软件进行启动子序列结构分析，结果表明，该片段中243-293bp和539-589bp两区域为ras启动子的基础启动子区。在283bp和579bp处有两个转录起始位点，在244～247bp和292～295bp之间有2个TATAbox，在36～39bp、377～380bp、434-437bp和716～719bp之间有4个CAATbox。此外，该片段中还含有9个Gbox、12个Ibox、2个Pbox以及3个重要顺式作用元件：ABRE元件、WUN-motif(基元)和HSE元件。     

哈密瓜ACC氧化酶cDNA克隆及其序列分析

以哈密瓜成熟果实为材料,用改进的异硫氰酸胍一步法提取总ＲＮＡ,通过ＲＴ－ＰＣＲ方法和ＤＮＡ序列测定证实获得了甜瓜ＡＣＣ氧化酶多基因家族中一个与果实后熟有关的基因ＣＭ－ＡＣＯ１的ｃＤＮＡ克隆ｐＣＭ－ＡＣ０１,序列分析结果表明该序列与国外以罗马甜瓜为材料获得的相同基因的ｃＤＮＡ序列完全相符。推断该基因在甜瓜种内可能是完全或高度保守的,不同类群之间无进化上的分歧。     

月季切花乙烯受体ETR1 cDNA克隆及其序列分析*

 根据乙烯受体基因ETR1 保守区设计引物, 分别以瓶插寿命差异显著的月季切花品种‘德克萨斯’和‘维亚蒂’为材料, 通过RT-PCR 从花瓣中扩增出了797 bp 的cDNA 片段, 它编码265 个氨基酸。测序和序列分析表明,‘德克萨斯’重组质粒中插入片段的核苷酸序列之间完全相同, 命名为pRT-ETR1。而‘维亚蒂’所获得的重组质粒中插入片段的核苷酸和氨基酸序列之间存在差异, 同源性分别为85. 2 %和92. 1 % , 分别命名为pRV-ETR1-V4 和pRV-ETR1-V5。pRV2 ETR12V5 的核苷酸和氨基酸序列与‘德克萨斯’pRT2 ETR1 的同源性均达99 %以上; pRV-ETR1-V4 中的核苷酸和氨基酸序列与‘德克萨斯’pRT-ETR1 的同源性分别为85. 0 %和92. 5 %。上述插入片段与桃、苹果、天竺葵、拟南芥等植物的ETR1相应区域高度同源, 其氨基酸同源性均大于90 %。     

哈茨木霉Thi4基因的克隆与序列分析

哈茨木霉(Trichoderma harzianum)是一种丝状土壤真菌,作为一种优秀的生防因子在植物病害防治过程中发挥着重要的作用.为研究其生防机制并获得生防相关基因,构建了菌丝生长期cDNA文库,通过对部分ESTs序列的测定与生物信息学分析,成功获得了噻唑生物合成酶基因Thi4的全长cDNA序列.Thi4基因全长1311bp,包含一个编码322个氨基酸残基长度为969bp的开放读码框,编码蛋白理论分子量为34.5kDa,等电点为5.18.基因的氨基酸序列含有多个功能性位点且在进化上保守.将基因提交国际权威基因数据库GenBank,序列号为DQ647956.