泥东风螺EST-SSR开发及其群体遗传多样性分析

本研究采用MISA软件分析泥东风螺(Babylonia lutosa)转录组中微卫星信息。结果显示,从转录组中共获得16324个SSR,共有181种重复基元;泥东风螺转录组中不同类型微卫星的重复基元具有不同的分布特征,其中,二核苷酸重复基元中AC/GT(70.58%)重复基元以重复6次出现频率占优;长度为12~20 bp的SSR占63.95%,长度为21~25 bp的SSR占9.14%,总体的平均长度为18.4 bp。随机选取其中50条序列设计引物,通过对福建野生泥东风螺群体(WP)DNA样本进行PCR扩增和分型,结果获得23个多态性位点,等位基因数目为2~7个不等,期望杂合度(Ne)为0.190~0.937,观察杂合度(No)为0.065~0.936,多态性信息含量(PIC)为0.061~0.777,有4个位点显著偏离哈迪温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium, HWE) (P<0.05)。对野生群体和养殖群体(BP)遗传多样性分析显示,野生群体和养殖群体的平均Ne分别为0.491和0.544,平均No分别为0.477和0.564,平均PIC分别为0.541和0.407。Fis结果显示,野生群体和养殖群体分别有13个和9个位点杂合子过剩。群体间遗传分化指数(Fst)为0.001~0.655,平均值为0.053 (0.05相似文献   

2种东风螺线粒体基因序列多态性研究

对来自粤东和粤西的方斑东风螺(Babylonia areolata(Link))和台湾东风螺(Babylonia formosae(Sowerby))的线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的序列进行分析,并对其遗传变异进行了比较研究。得到的序列总长度分别为506 bp(16S rRNA)和640 bp(COⅠ)。2种东风螺序列的碱基组成均显示较高的A T比例(16S rRNA基因63.5%,COⅠ基因62.4%)。对位排序比较表明,16S rRNA基因片段变异较小,台湾东风螺和方斑东风螺各存在1个碱基变异位点;方斑东风螺COⅠ片段有12个碱基存在变异,包括3个简约信息位点和9个单一多态位点;台湾东风螺COⅠ片段有17个碱基存在变异,包括4个简约信息位点和13个单一多态位点。数据分析结果表明:2种东风螺线粒体的COⅠ基因比16SrRNA基因具有更高的多态性,COⅠ基因序列更适用于东风螺种群的遗传多样性分析。方斑东风螺的平均核苷酸差异和核苷酸多样度分别为2.68和0.004 2,台湾东风螺则分别为5.62和0.007 8,说明台湾东风螺的遗传多样性高于方斑东风螺。无论是方斑东风螺和台湾东风螺,粤东群体的平均核苷酸差异和核苷酸多样度都大于粤西群体,说明粤东群体的遗传多样性高于粤西群体。     

泥蚶遗传多样性研究探讨

本文从形态学标记、细胞学标记、生化标记和分子标记四个方面对泥蚶的遗传多样性研究进展进行了详述。     

基于线粒体控制区的江苏湖鲚群体遗传多样性和遗传结构分析#br#

为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,6个群体共214尾样本的D-loop序列中,共发现103个变异位点,92种单倍型。6个群体的单倍型多样性为0.726~0.951,核苷酸多样性为0.00552~0.01036,6个群体整体的单倍型和核苷酸多样性分别为0.857和0.00729,表明湖鲚群体的遗传多样性较高,且符合高单倍型多样性和低核苷酸多样性特点。分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间变异百分比为6.20%,群体内变异百分比为93.80%,说明遗传变异主要来自群体内部。群体总的遗传分化系数(F_st)为0.06199(P<0.01),两两群体间的F_st显示,滆湖群体与其他群体间存在极显著的遗传分化(P<0.001),而其他群体间无显著分化(P>0.05)。单倍型分子系统进化树和网络进化图显示,6个群体的单倍型形成了2个谱系,但谱系组成与群体地理分布无相关性。中性检验分析结果显示,湖鲚群体进化过程中经历过种群扩张,扩张时间大约发生在0.089~0.160百万年前。研究结果表明,湖鲚群体具有较高的遗传多样性,滆湖群体与其他群体具有极显著的遗传分化,且拥有多个独享单倍型,应将滆湖群体单独作为一个管理单位,其他5个群体作为一个整体进行管理和利用。     

泥鳅线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性研究

采用PCR和DNA测序技术对4个泥鳅（Misgurnus anguillicaudatus）群体的线粒体DNA控制区序列进行比较,研究其遗传多样性和控制区的结构。结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区片段序列为918～920bp。32个序列中共发现了56个多态位点,其中32个转换位点,19个颠换位点,5个转换与颠换同时存在的位点,定义了32种单倍型。同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区（ETAS）、中央保守区（CD）和保守序列区（CSB）的关键序列。4个地理群体的单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异数（K）分别为0．992、0．012和10．698。群体间的平均Kimura双参数遗传距离（Kimura 2-parameter distance,K2-P）、遗传分化指数（Fst）、基因交流值（Nm）和分子方差分析（AMOVA）均表明4个泥鳅群体具有较高的遗传分化,基因交流贫乏。利用核苷酸序列构建的NJ分子系统树揭示4个群体分为2个谱系,除范县群体外,其余各群体间相互交叉聚集。     

三疣梭子蟹线粒体基因组单核苷酸多态性

为获得三疣梭子蟹线粒体全基因组(mt DNA)SNP突变位点,本研究针对其mt DNA全序列设计了179对引物,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对SNP进行了筛查。在179对引物中,有89对引物具有特异性扩增结果;进一步研究表明,89对引物中共有22对引物的扩增区域含有SNP突变位点,共包含24个SNPs。统计结果显示,三疣梭子蟹线粒体基因组中的SNP分布频率为0.15/100 bp,其中转换突变比例为79.1%、颠换突变比例为16.6%;C/T(G/A)突变比率为79.1%、G/T(C/A)突变比率为8.3%、A/T突变与G/C突变的比率均各占4.16%。本研究中所获得的SNP位点分布于三疣梭子蟹线粒体基因组的11个区域,且分布不均。其中COX1基因区域的SNP数目最多,其次在D-LOOP、ND1基因区域分别为3和4个SNP位点;而t RNA、12S r RNA等其他区域尚未发现突变位点。本研究所建立的三疣梭子蟹线粒体全基因组SNP的快速筛查方法及发现的SNPs,为进一步开展三疣梭子蟹种质遗传资源多样性、增殖放流标记等方面的研究提供了分析工具。     

头足纲线粒体基因组结构分析

用生物信息学方法,利用GenBank线粒体基因组全序列信息,对头足纲15个物种基因组结构进行了分析,结果显示头足纲线粒体基因组长度为15 617～20 306 bp,基因组编码链的A+T含量为59.58％～78.12％,表现出不同程度的AT偏好性;15个物种的线粒体基因组PCGs相对保守,有2个共同的基因块,可作为头足类的线粒体基因组标志;萤乌贼、鸢乌贼、茎柔鱼、太平洋褶柔鱼、大王乌贼PCGs cox1、cox2、cox3、atp6、atp8为双拷贝,且重复基因的变异很小,这是头足纲物种不同于其他物种的显著特征;多数PCGs以ATG为起始密码,以TAA为终止密码,在cox2、cob、nad2-nad6中存在不完全终止密码;在13个PCGs中,nad2和nad4L的差异最大,atp8和cox1最保守;15个种类的遗传距离为0.033～0.561,大脐鹦鹉贝与其他种类的遗传距离最大(0.529～0.561);基于线粒体基因组编码蛋白质氨基酸序列的系统发育分析结果与形态学分类结果一致.     

泥东风螺增殖放流跟踪调查及效果分析

2012—2014年,采用笼壶作业渔船定点调查和生产性调查相结合方法对福建省连江县黄岐湾海域泥东风螺增殖放流效果进行了初步评估。结果表明:2014年6月定点调查捕获的泥东风螺重量较2012年(放流前)增加25.1倍;2014年生产性调查捕获的泥东风螺重量(107.84 kg)较2012年增加2.8倍;单日螺重量(2.51 kg/d)增加2.7倍;单笼螺重量(120.50 g/笼)增加2.4倍。2013年和2014年捕获的泥东风螺平均体重分别比2012年(放流前)下降了73.98%和67.45%,这说明了放流海区新的泥东风螺补充群体已形成并初显成效,已有部分小螺加入了捕捞群体。通过两年增殖放流,泥东风螺资源恢复已取得较为明显效果。     

低盐度对泥东风螺(Babylonia lutosa)稚螺生长与存活的影响

采用盐度渐变和突变2种方法试验低盐度对平均体重3.7 mg、平均壳高(2.24±0.24)mm的泥东风螺稚螺生长与存活的影响。结果表明:盐度28时,稚螺的生长速度最快,盐度降到24时,对稚螺的影响并不明显,摄食基本正常,但活力略有降低;变态7 d的泥东风螺稚螺能够适应高于21的低盐环境,存活基本正常,有比较高的成活率,但对其摄食和生长有一定的影响;当盐度突变至18时,泥东风螺稚螺仍能存活,突变至15时,则不能存活;而盐度渐变至15时,稚螺仍可存活;盐度逐渐降低只可扩大泥东风螺稚螺的存活盐度范围,但其对最适生长盐度范围影响有限。     

不同底播密度对泥东风螺(Babylonia lutosa)幼螺生长和存活的影响

以泥东风螺幼螺为试验材料,研究了其在海区底播的生长、存活以及不同底播密度对其生长、存活的影响。采用单因素方差分析进行数据的显著性分析。2013—2014年第一次试验结果显示,泥东风螺幼螺底播475 d,壳高、体重分别达到(28.4 177±3.7 837)mm、(4.9 438±2.0 669)g,成活率为71.43%;除了68 d数据显示底播密度对其存活率有显著影响(P0.05)外,其它均显示对其壳高、体重、存活率没有显著影响(P0.05)。2013—2014年第二次试验结果表明,泥东风螺幼螺底播385 d,壳高、体重分别达到(20.9904±2.8 276)mm、(2.5 936±0.9 482)g,成活率为38.65%;放养密度对其壳高、体重、存活率均没有显著影响(P0.05)。综上所述,5~20粒/m2为泥东风螺幼螺适宜的海区底播密度。     

泥东风螺(Babylonia lutosa)规模化人工育苗技术和早期发育观察

2012年06月—2014年09月期间,收集野生泥东风螺(Babylonia lutosa)5 775粒,经培育成活5 246粒,存活率90.8%。亲螺的繁殖期为6—9月,水温在26℃~30℃时为产卵高峰;卵囊呈梯形、马鞍状、透明,单个卵囊卵粒数量309~472粒,平均381粒。在日常饵料中补充金藻、角毛藻等高不饱和脂肪酸(High unsaturated fatty acid,HUFA)含量较高的单胞藻,可提高存活率。3年来浮游幼体的变态率逐年提高,并培育出壳高3.08~15.91 mm的泥东风螺苗1 733.85×104粒,同时对泥东风螺从受精卵到变态为稚螺的整个发育过程进行显微观察,共分16期。     

短尾派线粒体基因组特征及基因差异位点分析

分析了短尾派14个物种线粒体基因组全序列,初步揭示了短尾派线粒体基因组的基本特征。短尾派线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物线粒体基因组相比,发生了大规模的基因重排;然而,trnH基因的易位是短尾派14个物种所共有的,从而可以视作短尾派线粒体基因组的一个共同衍征。绒螯蟹属和青蟹属所有13个线粒体蛋白质编码基因的Ka/Ks比值均远远低于1,显示出很强的纯化(负)选择。从线粒体基因组13个蛋白质编码基因和2个核糖体RNA基因的差异位点分析可以看出,在短尾派和青蟹属群体遗传学的研究中,nad5、nad4和nad2基因可以作为coxl基因辅助的分子标记;而在绒螯蟹属群体遗传学的研究中,nad5和nad4基因可以作为coxl基因辅助的分子标记。     

鲇细胞 b基因序列变异及遗传多样性分析

从４个种群的鲇（Ｓｉｌｕｒｕｓａｓｏｔｕｓ）线粒体ＤＮＡ（ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌＤＮＡ,ｍｔＤＮＡ）扩增出约５００ｂｐ的细胞色素ｂ基因,经ＣｌｕｓｔａｌＸ同源排序后得４００ｂｐ序列。用ＰｏｐＧｅｎ３２软件计算遗传距离和遗传一致度。１７个个体间的遗传 距离的变化范围为０～０．０２１１,遗传一致度的变化范围为１～０．９７９１。结果显示,在长江上游的支流中,雅砻江种群在该基因片段上基本不存在变异,在被分析的４个个体中,其细胞色素ｂ基因的序列完全一致;岷江种群和乌江种群在该基因片段上有一定的变异。沅江上游的贘阳河种群在该基因片段上基本不存在变异,在被分析的５个个体中,其细胞色素ｂ基因的序列完全一致。但各个种群间在该基因片段上差异较大。在４个种群的鲇Ｃｙｔｂ基因比较分析的基础上,构建了遗传关系聚类图,雅砻江、岷江、乌江、贘阳河４个种群各聚为一支后,雅砻江和岷江２个种群再聚为一支,乌江和贘阳河２个种群再聚为另一支。     

南四湖泥鳅 mtDNA 控制区遗传多样性分析

利用PCR-测序技术,对采自南四湖和淮河的12个泥鳅个体的mtDNA 控制区5’端416 bp序列进行了测序,共发现86个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为0.206。这些核苷酸的变异位点中55个为插入缺失,31个为碱基替代,变异位点的分布主要集中在6～36,110～158,366～384核苷酸区段中,其余核苷酸区域相对保守。南阳湖、微山湖与淮河三个泥鳅种群间的遗传距离在0.071～0.080之间,表现出高的遗传变异率。     

基于mt COI、Cyt b、D-loop序列的南方多鳞鱚群体遗传结构分析

基于线粒体COI、Cyt b、D-loop基因序列对福建厦门（XM）、广东阳江（YJ）、海南海口（HK）和广西北海（BH）的4个多鳞鱚（Sillago sihama）群体进行遗传结构分析。经PCR扩增和测序获得4个多鳞鱚群体195条线粒体COI + Cyt b + D-loop片段序列。结果表明，单倍型多样性指数（Hd）为0.88266~0.98785，核苷酸多样性指数（π）为0.00098~0.00257，整体Hd与π分别为 0.92784 和 0.00158。遗传分化系数（Fst）和基因流（Nm）分别为0.00075~0.14888和2.85851~333.0833。分子方差分析（AMOVA）结果显示，分组间群体内变异比例分别占93.33%、86.57%和94.49%，主要变异均来自群体内。综上，基于COI、Cyt b和D-loop的分析结果，厦门群体和北海、海口、阳江群体间存在中等程度的遗传分化，可作为两个管理保护单位进行保护。本研究为促进中国南方沿海多鳞鱚资源的可持续利用及遗传多样性保护提供参考依据。     

华南沿海长鳍篮子鱼不同地理群体的遗传多样性分析

对南海北部沿岸及东海南部9个不同地理群体的长鳍篮子鱼(Siganus canaliculatus)进行遗传多样性及遗传结构分析。484条DNA D-loop 序列分析结果显示：序列长度约 828bp,包含57个变异位点,92个单倍型；所有群体总的单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.80798和0.00405；群体内的遗传距离 0.00386～0.00532,群体间的遗传距离 0.00383～0.00482,群体间的分化指数为-0.01935～0.00759,各种分组的AMOVA分析均显示群体内变异比例超过100%；Fu"s Fs检验值为显著负值(-25.53678,p<0.01),核苷酸错配分布图呈单峰,吻合度检验数值较小且不显著,这些结果均提示长鳍篮子鱼可能经历过种群扩张事件,推测扩张时间约在4.74万年～1.18万年前。综上,南海北部沿岸及东海南部9个长鳍篮子鱼群体间不存在显著的地理结构和谱系结构,可划归一个管理单元进行种质资源保护。     

方斑东风螺室内水泥池养殖研究

在35口面积均为30 m2的室内水泥池中,分7种规格、11个不同养殖密度组,共投放45.7万粒方斑东风螺苗进行养殖试验。经过151~216 d的养殖,共获商品螺2574.9 kg,平均单产2.5 kg/m2,平均规格146粒/kg(115~192粒/kg),成活率82.2%(48.4%~97.8%),饵料系数2.6。苗种规格为870~9200粒/kg的成活率较高且稳定,成活率超过86.5%,规格大于12170粒/kg的成活率明显下降,23400粒/kg的成活率仅为48.4%;投放密度为185.6~868.2粒/m2时,密度对养殖成活率影响不明显,但对养成规格影响较大,养殖密度超过542.6粒/m2时,生长速度明显下降。