西伯利亚鲟海豚链球菌的分离鉴定及毒力基因检测

2013年8-9月,四川雅安汉源湖养殖的西伯利亚鲟发生一种以体表溃疡、内脏出血和心外膜囊肿为特征的传染病.为明确其病因,本研究从自然发病鱼的肝、脾和肾进行了病原菌的分离、人工感染、分离菌的表型特征和分子生物学特征的检测.结果从患病鱼体内分离到一株G+链状球菌(Ab130920),人工感染实验证实了其病原性,生理生化特性与海豚链球菌(ATCC29178)基本一致;16S rDNA序列(GenBank登录号:KJ162337)与GenBank中S.iniae 16S rDNA序列同源性最高,在以16S rDNA序列及其GenBank中同源性较高的相关序列构建的系统发育树上,分离菌与海豚链球菌聚为一支;同时,在基于S.iniae lctO基因的特异性PCR检测中,从分离株基因组DNA扩增出预期大小的870 bp条带,进而鉴定分离菌Ab130920为S.iniae.在对cpsD、simA、sagA、pdi和scpI等5种S.iniae毒力基因的多重PCR检测中,分离菌均扩增出相应大小的特异性片段,表明其为一毒力较强的菌株,与人工感染实验的高致病性结果相佐证;药物敏感性检测发现其对阿莫西林、强力霉素、氟苯尼考等抗菌药物敏感,但对新生霉素、利福平、氧氟沙星耐药.     

草鱼肠道约氏不动杆菌的分离鉴定及药敏特性研究

研究草鱼肠道不动杆菌,为鱼类肠道细菌的分离鉴定与微生态机制研究积累资料。从草鱼肠道中分离纯化获得1株细菌,编号为SW-2,采用细菌形态观察、生理生化特性分析、16S rDNA克隆测序及系统发育树构建等进行研究。结果表明SW-2菌株为革兰氏阴性短杆菌,对葡萄糖、甘露糖、木糖、枸椽酸盐利用等均为阴性;PCR方法扩增SW-2菌株16S rDNA并亚克隆至pMD18-T载体,测序获得序列长度为1 503 bp,与约氏不动杆菌(Acinetobacter johnsonii)序列相似性最高为99.7%;进一步构建系统发育树显示与A.johnsonii亲缘关系最近,自然聚类为一支,从而确定为约氏不动杆菌(A.johnsonii);药敏试验结果显示SW-2菌株对庆大霉素、羧苄青霉素、阿莫西林、氨苄西林、卡那霉素等药物敏感。人工回归感染草鱼7 d后未出现发病死亡现象,但是否为条件致病菌有待进一步研究。     

日本鳗鲡腐皮病病原菌的分离及鉴定

从患腐皮病的日本鳗鲡(Anguilla japonica)体表溃烂处分离到1株病原菌(322A),对其进行了人工感染实验和生理生化分析,测定了该菌株的16S rRNA基因序列和促旋酶(gyrase)B亚单位gyrB基因序列,并分别构建系统发育树。结果显示:感染实验证实菌株322A具有致病性;生理生化分析鉴定该菌株属于气单胞菌属(Aero-monassp.);16S rRNA基因分析显示,该菌株与气单胞菌属细菌的同源性均在99%~100%,构建的系统树显示,菌株322A与嗜水气单胞菌(A.hydrophila(FJ462702))亲缘关系最近;gyrB基因分析表明,该菌株与A.hydrophila种内序列的相似性为96%~98%,种间序列的相似性为94%~95%,构建的系统树结果显示,该菌株与A.hydrophila(FJ608553、FJ608552、AF208259)聚为一个分支。综合上述实验结果,菌株322A可鉴定为嗜水气单胞菌(A.hydrophila)。     

草鱼细菌性烂鳃病病原菌的分离鉴定

患病草鱼具备细菌性烂鳃病的典型症状[1],首先对病鱼进行临床诊断,初步判定草鱼烂鳃病病原类型为细菌型,为进-步确定病原菌,通过观察菌落形态、革兰氏染色、生化检验或免疫学检测[2-4],确定病原为柱状噬纤维细菌。     

草鱼鳗弧菌的分离鉴定与耐药性分析

从具有明显出血症状且濒临死亡的草鱼的肝脏和脾脏中分离到一株细菌,开展16S rDNA测序和序列比对,并对该菌株进行了药敏试验和耐药分析.结果显示,该分离菌为鳗弧菌(Vibrio anguillarum),命名为w7株;基于16S rDNA序列,构建了系统进化树,结果显示w7株与V.anguillarum 775株亲缘关...     

一株病原发光杆菌的分离与鉴定

从三疣梭子蟹育苗场发病且大量死亡的大眼幼体中分离到优势生长的菌株SX1,人工感染试验证明,SX1对健康三疣梭子蟹大眼幼体及Ⅲ期幼蟹有较强的致病性;对菌株SX1进行了形态特征、理化特性等表型生物学特性检验,并进行了菌株SX1的16S rRNA、gyrB和rpoA 3种基因的同源性检索与系统发育学分析。结果显示,菌株SX1具有发光杆菌属的特征,且16S rRNA、gyrB和rpoA 3种基因序列均与发光杆菌具有较高的同源性,在系统发育树中与Photobacteriumganghwense聚为一个分支,自举数据值达100%。综合菌株SX1的形态特征、理化特性及3种基因的同源性检索与系统发育学分析,研究表明菌株SX1与P.ganghwense亲缘关系更近,鉴定SX1为P.ganghwense且为本次引起三疣梭子蟹大眼幼体大量死亡的病原菌。     

鲟源致病性鲁氏耶尔森菌的分离、鉴定及药敏研究

2017年,新疆阜康市某鲟鱼养殖场的西伯利亚鲟出现大批死亡,主要症状为生殖孔红肿外突,腹部有点状出血。自患病西伯利亚鲟肝脏、脾脏分离到一株优势菌株XB2,通过革兰氏染色、生理生化试验、药敏试验,并对其16S rRNA基因序列进行测定,用Mega 6.0对序列进行分析。生理生化试验结果显示,菌株XB2为革兰氏阴性短杆菌,单独或成对出现;产酸不产气,V-P反应呈阳性,能利用蔗糖、果糖、葡萄糖、明胶、枸橼酸;在含1%(m/V)氯化钠中能生长,高于3%(m/V)氯化钠中不生长;在4℃不生长,20～30℃均能生长,但在37℃不生长;不利用乳糖、水杨苷、纤维二糖、硫化氢、酒石酸、阿拉伯糖。进化树显示,菌株XB2与鲁氏耶尔森菌KJ812974同源性达99%。通过回感试验确定其半致死密度为2.37×104 cfu/mL。结合生理生化鉴定结果和16S rRNA基因序列分析结果,确定菌株XB2为鲁氏耶尔森菌。药敏结果显示,鲁氏耶尔森菌XB2对氟苯尼考、左氧氟沙星、哌拉西林、阿洛西林等9种药物敏感,对麦迪霉素、大观霉素、链霉素、氨苄西林等15种药物耐药。     

养殖大菱鲆腹水症病原菌SR1的分离及鉴定

从患腹水症的养殖大菱鲆（Scophthalmus maximus）腹水分离到1株优势细菌SR1，人工感染实验证实其具有致病性。经API ID32E系统鉴定为溶藻弧菌（Viibrio alginolyticus），并测定了其16S rRNA基因序列和热激蛋白HSP60（Heat shock protein，HSP）基因序列。基于16S rRNA基因序列构建的系统树结果表明，菌株SR1与溶藻弧菌（AY967727）亲缘关系最近，然而置信度较低，仅有27％，不能有效地鉴定到种。HSP60基因序列分析表明，该菌株与溶藻弧菌（AF230931）同源性最高，为99．2％。系统发育树表明SR1确与溶藻弧菌（AF230931）聚为一个分支，且置信度较高，为84％。综合上述结果，菌株SR1可鉴定为溶藻弧菌。[中国水产科学，2006，13（4）：603—609]     

基于16S rRNA高通量测序评价患病草鱼体表及肝脏细菌多样性

草鱼是一种重要的淡水养殖鱼类,但因经常暴发细菌性疾病,造成相关养殖产业重大经济损失.利用16 S rRNA基因V4区高通量测序,实现快速评价2个不同养殖池内患病草鱼溃烂皮肤组织和肝脏中细菌的群落结构及多样性.试验结果显示,1号池草鱼皮肤和肝脏的运算分类单元数(611个和875个)较2号池(376个和644个)多;α多样...     

山瑞鳖细菌性败血症病原菌的分离鉴定及其毒力基因检测

查明广西南宁、贵港和桂平养殖山瑞鳖细菌性败血症的病原菌及其6种毒力基因的携带情况,为有效防控山瑞鳖细菌性败血症提供参考。本研究以常规方法从患病山瑞鳖的心脏和肝脏取样、分离细菌,人工感染方法确定分离菌株的致病性,细菌鉴定采用API 20NE生化鉴定和16S rRNA分子鉴定相结合的方法进行,PCR扩增法对菌株的溶血素基因(hemolysin gene,hly)、气溶素基因(aerolysin gene,Aer)、细胞兴奋性肠毒素基因(cytotonic enterotoxin gene,Alt)、细胞毒性肠毒素基因(cytotoxic enterotoxin gene,Act)、黏附素基因(major adhesin gene,ahal)和丝氨酸蛋白酶基因(serine protease gene,ahp)6种毒力基因进行检测。结果显示,从患病山瑞鳖心脏和肝脏中共分离到4株优势菌SRB125、SRB142、SRB143和SRB345,对健康山瑞鳖的平均致死率为97.50%~100.00%,是引起山瑞鳖细菌性败血症的病原菌;生化和分子鉴定结果显示,4株分离菌均为嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila),与A.hydrophila L3-5(KP716701)菌株的亲缘关系最近,同源相似性均达到99.9%;6种毒力基因共包含2种毒力基因型,在4株菌株中的分布为hly~+Aer~+Alt~+Act~+ahal~+ahp~+和hly~+Aer~+Alt~+Act~+ahal~+ahp~–各2株,来源于南宁的SRB143和桂平的SRB345菌株均缺失ahp基因。     

硫丹对草鱼鱼种的急性毒性效应

以草鱼为受试生物,研究了硫丹对鱼类的急性毒性效应影响。研究结果表明,水中硫丹对草鱼鱼种的24、48、72、96h半致死质量浓度分别为3.82、2.52、1.86、1.42μg/L;安全质量浓度为0.33μg/L;试验鱼的死亡率随硫丹暴露质量浓度的升高而增大,表现出明显的剂量-效应关系。根据化学物质对鱼类毒性分级标准,硫丹对草鱼为剧毒。     

多次口灌呋喃唑酮在草鱼体内残留研究

报道了多次口灌呋喃唑酮(60 mg/kg,连续3 d,每天1次)在草鱼体内血浆、肌肉、肝脏和肾脏中的消除与残留研究。采用高效液相色谱法(HPLC)检测用药后不同时间各组织中药物浓度,M ILLEMNIUM32工作站处理原始数据,MCPKP药代动力学软件处理药时数据。结果表明:多次口灌呋喃唑酮在草鱼体内的药时数据符合一级速率吸收一室开放模型,其主要药动学参数为:AUC 2.3182μg.h/m l,Cmax 0.850μg/m l,Ka 0.5515 h-1,K 0.0936 h-1,T1/2ka1.2565h,T1/2k7.4308h,Tp 2.8732 h,药物在血浆、肌肉、肝脏、肾脏中消除时间分别为:72 h、15 d、20 d、20 d。     

Bacterial communities in Chinese grass carp (Ctenopharyngodon idellus) farming ponds

Bacterial communities in the water column and sediment of 12 commercial grass carp (Ctenopharyngodon idellus) farming ponds were analysed. At the same time, physical and chemical environmental parameters were measured, including secchi depth (SD), total nitrogen (TN), total phosphorus (TP) and chemical oxygen demand (COD_Mn). From 12 water samples and 12 sediment samples, 39 different ribotypes were detected with PCR‐denaturing gradient gel electrophoresis (PCR‐DGGE). The ribotype richness showed that bacterial species in the water column differed among these ponds, and the result of sequencing further revealed the dominant and common bacterial species. In total, 32 bacterial species belonging to seven phyla (Proteobacteria, Bacteroidetes, Actinobacteria, Cyanobacteria, Acidobacteria, Fibrobacteres and Fusobacteria) were identified. Ordination via canonical correspondence analysis (CCA) on the DGGE data and environmental parameters indicated that the composition of bacterial community was significantly influenced by SD.     

草鱼洄游适宜流速条件与适应阈值

洄游通道的连通性及其水文条件,是制约鱼类正常洄游和产卵繁殖的关键因素,现有的生态流量相关研究更多侧重于产卵场栖息地模拟,忽略了鱼类洄游水流条件的重要性。为了探究流速条件对鱼类洄游上溯的影响,选取体长(55±5)cm的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)为实验对象,通过搭建鱼类洄游仿真河道,营造不同的流速工况,观察不同情景方案下实验鱼群上溯洄游情况,并利用模糊逻辑法对鱼类上溯洄游率、平均上溯时间及上溯持续性等实验参数进行综合分析,探索草鱼洄游的适宜流速条件与适应阈值。结果显示,在流速0.20m/s以下时,草鱼基本无上溯行为;流速0.25～0.80m/s,70%样本在15min内完成上溯,但0.25～0.30m/s时,鱼群上溯缺乏明显的持续性;0.90～1.00m/s时,80%以上样本在5min快速完成上溯;流速超过1.1m/s时,上溯成功率明显降低。研究表明,实验草鱼洄游的适宜流速范围是0.40～1.00m/s,而刺激草鱼洄游的最小流速阈值是0.20m/s。相关结果可为河流生态水力学模拟和河流生态修复以及水利工程生态调度提供技术支撑。     

Physical-Chemical Properties of Collagens from Skin,Scale, and Bone of Grass Carp (Ctenopharyngodon idellus)

In order to study the similarities and differences of physical-chemical properties of collagens from different parts of the fish body, acid-soluble collagens and pepsin-soluble collagens were isolated from skin, scale, and bone of grass carp (Ctenopharyngodon idellus), with yields ranging from 0.7 to 25.5% on the basis of dry weight. The content of acid-soluble collagen in skin and scale was much higher than that in bone according to the data of extraction yield. Collagens from grass carp have similar amino acid composition, protein patterns, and sequences of primary structure. Thermal transition temperatures of collagens from different parts of grass carp body decreased in the order of bone > skin > scale. The pepsin-soluble collagens showed more resistance to collagenase, compared to acid-soluble collagens extracted from the same part of the grass carp body. All grass carp collagens did not induce a significant cytotoxic effect according to the results of in vitro cytotoxicity test.     

草鱼和青鱼消化酶的分布特性

选择草鱼(C tenopharyngodon idellus)和青鱼(Mylopharyngodon piceus)作试验鱼,对它们消化道的酸性蛋白酶、碱性蛋白酶、淀粉酶以及三酰基甘油脂酶沿消化道及肝脏和胰腺中的活性分布进行了比较研究。研究表明:这些酶在消化道中呈现不同的分布规律,在肝脏和胰腺中酶的活性高于在消化道中相应酶的活性;同种鱼不同消化酶的分布有所差别;两种鱼消化组织中的各种酶活性分布规律也有差别;青鱼和草鱼的主要消化酶在不同消化器官中的分布有较大差别。     

微生态制剂对草鱼生产性能和肠道菌群的影响

在水温25～30℃下,将体质量为(110.23±0.43) g的草鱼饲养在3.0 m×2.0 m×1.2 m的加盖网箱中,分别投喂添加0%(对照组)、0.5%和2%的由芽孢杆菌、乳酸菌以及酵母菌复配且以麸皮为载体制成的微生态制剂(8.0×10⁹ cfu/g)的膨化饲料饲养60 d,探究微生态制剂对草鱼生产性能和肠结构、菌群及酶活性的影响。试验结果显示,饲料中添加2%微生态制剂显著提高草鱼质量增加率、特定生长率(P<0.05),显著降低饲料系数、脏体比(P<0.05);饲料中添加2%微生态制显著提高肠伸展率、中肠肌层厚度和绒毛高度(P<0.05),提高中肠淀粉酶和脂肪酶活性(P<0.05)。饲料中添加微生态制剂增加草鱼肠道菌群α多样性、丰富度;改变草鱼肠道微生物组成,门水平上,对照组的草鱼肠道微生物中梭杆菌门和厚壁菌门含量最高(63.56%、32.52%)。0.5%添加组的草鱼肠道微生物中梭杆菌门和厚壁菌门含量最高(61.82%、20.27%)。2%添加组的草鱼肠道微生物中厚壁菌门含量最高(64.20%)。属水平上,2%添加组草鱼肠道优势菌属...     

草鱼含信号肽分泌蛋白的预测分析

采用组合的信号肽分析软件SignalP 3.0,TMHMM 2.0,big-PI,TargetP 1.1和Lipop 1.0对已公布的522个草鱼ORF编码蛋白的N端氨基酸序列进行信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构。结果表明,522个草鱼氨基酸序列中分泌蛋白有61个,占其基因组编码蛋白的11.7%。编码这些蛋白的可读框(ORF)最小值为127 bp,最大值为5032 bp,平均910 bp,引导它们的信号肽长度介于15～32个氨基酸之间,平均为21个氨基酸。通过对草鱼分泌蛋白切割位点信号肽类型分析发现具Ⅰ型信号肽的分泌蛋白有17个,Ⅱ型的有4个。草鱼分泌蛋白中,42个具可预测功能,19个为未知功能蛋白。已知功能的分泌蛋白主要集中于细胞代谢,细胞调控及转运,细胞膜结构,细胞的免疫等领域。     

矛尾复鰕虎鱼病原哈氏弧菌的鉴定及特异性检测方法的建立

取体表出血、肌肉溃疡的虾蟹养殖塘混养大量死亡的矛尾复鰕虎鱼的深层溃烂组织及肝脏进行细菌分离,2种被检组织中均分离到2种优势生长菌落;人工感染试验表明,其中的一株分离菌(S090801)浓度为106～108 cfu/ml可引起矛尾复鰕虎鱼全部死亡,该菌的形态特征、生理生化特性及基于16SrRNA和gyrB 2种基因的系统发育学分析确定为弧菌属的哈氏弧菌。同时基于gyrB基因序列设计1对特异性引物,建立了一种哈氏弧菌快速、敏感的PCR检测方法,扩增目的片段大小为363bp,该方法检测哈氏弧菌模板DNA最低质量浓度为0.046875ng/μl,可用于哈氏弧菌引起的水产动物疾病的快速诊断及分子流行病学的调查研究。     

草鱼体表嗜水气单胞菌拮抗细菌S190的分离鉴定及生物学特性研究

由采集的草鱼体表细菌中,分离筛选到1株抗嗜水气单胞菌较强的菌株S190。通过对该菌株个体和群体形态特征观察、生理生化特征测定及16SrDNA序列分析,初步确定为Jeotgalicoccus psychrophilus S190。杯碟法拮抗试验表明,S190对嗜水气单胞菌有较强的抑制作用;最适作用条件为25℃、pH8．0。该菌株对葡萄球菌、枯草芽孢杆菌和大肠杆菌也表现出一定程度的抑制作用。生物学特性研究表明：S190生长最适碳源为1％的糊精,氮源为0．01％的酵母粉,磷源为0．01mol／L的K2HPO4;培养温度25℃,pH10,NaCl浓度5％（m／V）,接种量3％（V／V）,装液量以250ml三角瓶装250ml生长最好。