甘蔗花叶病毒2个山东分离物的全基因组序列分析

甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)是引起我国玉米矮花叶病的主要病毒。本文从山东泰安采集到2个表现矮花叶症状玉米样品的分离物(命名为DWK1和DWK2),通过RT-PCR扩增全基因组片段并测定了其序列(GenBank登录号分别为KU171814和KU171815)。序列分析结果表明,DWK1和DWK2基因组全长分别为9 575和9 576个核苷酸(nucleotides,nt),开放阅读框均为9 192 nt,编码3 063个氨基酸的多聚蛋白。DWK1和DWK2的全基因组核苷酸一致率为81.7%,DWK1与山西分离物SX(AY569692)的核苷酸一致率最高,为90.9%;DWK2与河北分离物BD8(JN021933)核苷酸一致率最高,达99.4%。二者在系统进化树中分别被聚类到Ⅰ组和Ⅳ组。重组分析发现,DWK1是HN(AF494510)、Guangdong(AJ310105)和BD8 3个分离物的重组体。选择压力分析表明,SCMV 11个蛋白的dN/dS值都小于1,均处于负选择,但在P1、P3和CP中存在正选择位点。本研究结果可为甘蔗花叶病毒株系的监测及防控提供理论指导。     

玉米矮花叶病毒北京分离物复制酶基因的克隆及序列分析

 以MDMV北京分离物RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增了含复制酶(NIb)基因的DNA片段,将其克隆到p UC18载体上并进行序列分析。结果表明:NIb基因由1563个碱基组成,编码521个氨基酸并含有高度保守基序GDD。NIa/NIb和NIb/CP交界处的蛋白酶切割位点分别为Q/C和Q/S-NIb基因(北京分离物)在碱基数目上与保加利亚分离物完全一致,二者的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为70.6%和76.6%,而与SCMV-SC的核苷酸及氨基酸序列同源性则高达81.3%和92.1%。     

中国玉米矮花叶病毒6K1基因的克隆及序列分析

 玉米矮花叶病毒(MDMV)病分布于世界各主要玉米产区,近年在我国北方地区发生流行,导致玉米和高粱大面积减产,造成了严重损失。由于缺少抗病品种,目前对该病的防治主要是采取传统的方法。通过对MDMV的分子生物学及传播机制进行系统研究,有可能找到对该病毒有效而持久的控制措施。     

甜菜花叶病毒新疆分离物基因组3'末端序列分析

甜菜花叶病毒（Beet mosaic virus，BtMV）属马铃薯Y病毒科、马铃薯Y病毒属，可经多种蚜虫以非持久性方式传播，病毒粒子为弯曲线状，核酸为单分子正义ssRNA。目前只有美国华盛顿分离物的全序列以及斯洛伐克和英国少数几个分离物3’端的部分序列被报道。美国分离物全长9591 nt，3’端具有PolyA尾，编码一个由3086个氨基酸组成的多聚蛋白，与其它Potyvirus病毒一样可切割成10个蛋白，从N到C端依次为P1、HC—Pro、P3、6K1、CI、6K2、NIa—Vpg、NIa～Pro、NIb和CP。对于我国发生的BtMV，1981年Liu等报道了发生于北京地区菠菜上的BtMV，之后研究人员相继报道了黑龙江、内蒙古和新疆等甜菜主产区甜菜花叶病的发生及危害情况，并陆续开展了对BtMV的生物学特性、外壳蛋白分子量测定和氨基酸组分分析、细胞病理学等研究，目前对于我国发生的BtMV的分子结构特征还未见报道。本文报道了甜菜花叶病毒新疆分离物（BtMV—XJ）3’端的核酸序列，并与国外已报道序列进行了比较分析，为从分子水平上明确我国BtMV的分子结构特点、深入研究其编码蛋白的功能打下了基础。     

基于全基因组序列的黄瓜绿斑驳花叶病毒重组和系统发育分析

 通过RT-PCR扩增了黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)济南分离物(CGMMV-JN)的基因组片段。序列测定结果表明CGMMV-JN基因组全长6 424核苷酸(nt),5′-和3′-UTR分别为60和176 nt,含有4个ORF,分别编码129 kDa和186 kDa复制酶相关蛋白、29 kDa移动蛋白及17.4 kDa外壳蛋白。CGMMV-JN与另外29个CGMMV分离物全基因组核苷酸序列一致率为90.0%~99.7%。重组分析发现韩国KOM(AF417243)、以色列EC(KF155231)、印度(DQ767631)和我国河北的CHB(KJ658958)4个分离物在RdRp编码区存在重组。系统发育分析结果表明,这些分离物可分成3个组。选择压力分析结果表明cp基因处于正选择,其它基因处于负选择。本文研究的结果为黄瓜绿斑驳花叶病毒的监测及防控提供了理论依据。     

芜菁花叶病毒不同分离物3'-cDNA片段的克隆及序列分析

 从河北、北京、山东泰安和潍坊等地区的萝卜、大白菜、甘蓝、油菜上得到8个芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV)分离物,测定了它们3'-末端cDNA片段的序列。根据衣壳蛋白基因(cp)核苷酸序列可以将这8个分离物与另外2个TuMV分离物分为3组:泰安旧镇大白菜(JZBC)、甘蓝(JZGL)和萝卜(JZLB)分离物为一组;北京(BJILB)、潍坊萝卜分离物(WFLB)与引起萝卜红心病的TuMV分离物(WFLB99)为一组;泰安范镇、河北、潍坊(WFLB04)萝卜和泰安旧镇油菜(JZYC)上的TuMV分离物为一组。农壳蛋白氨基酸序列比较结果与此基本一致,所不同的是分离物WFLB99与所有分离物的差异均较大,形成单独一个分支。有必要对TuMV的变异情况和致病机理进行深入研究。     

油菜花叶病毒山西地黄分离物的全基因组序列测定与分析

 采用双链RNA(double-stranded RNA, dsRNA)技术和非序列依赖PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)方法对感病地黄进行分子鉴定,并测定油菜花叶病毒(Youcai mosaic virus,YoMV)山西地黄分离物(YoMV-SX)的基因组全序列。序列测定及分析发现侵染地黄的病毒为油菜花叶病毒(Youcai mosaic virus,YoMV)。获得YoMV-SX(GenBank登录号JX422022)全长为6 304 nt,5′UTR长度为68 nt,3′UTR长度为236 nt,含有4个开放阅读框(open reading frame,ORF)。全序列核苷酸一致性分析显示YoMV-SX与Tobamovirus亚组Ⅲ中分离物的一致性为90.7%～96.0%,与同属亚组Ⅰ和Ⅱ的一致性仅为50.2%～63.3%。全序列系统进化分析表明,YoMV-SX与YoMV-Wh形成一个独立分支,亲缘关系最近。这是YoMV侵染地黄的首次报道。     

芜菁花叶病毒欧亚分离物HC-Pro基因的克隆和序列分析

 16个芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV)欧亚分离物分别来自奥地利、丹麦、德国、匈牙利、尼泊尔和英国6国。利用免疫捕获反转录PCR(Immunocapture RT-PCR,IC-RT-PCR)对16个分离物的HC-Pro(Helper component pro-teinase)基因进行PCR扩增,扩增产物克隆后进行序列测定,HC-Pro基因序列长度均为1374个核苷酸,编码458个氨基酸。16个分离物的HC-Pro基因核苷酸序列同源性为79.5%~99.8%,所编码的氨基酸同源性为94.1%~99.8%。对16个分离物及GenBank上已报道的其它14个TuMV的HC-Pro基因核苷酸的系统进化树分析表明:在16个TuMV欧亚分离物中,除了来自亚洲的分离物N23属Asian-BR组,其余15个来自欧洲的分离物都属于world-B组,其中分离物H1归属world-wide亚组,另外14个分离物则归属New World亚组。     

进境玉米种子中小麦花叶病毒的检测及其RNA3序列全长扩增分析

小麦花叶病毒（wheat mosaic virus,WMoV）是严重危害小麦、玉米等禾本科作物的种传病毒,在我国尚无发生,具有重要检疫意义。本研究利用引物WMoV-283F/R全国首次检测出玉米种子中的WMoV,成功扩增出了两个不同典型毒株NP序列,并分析其序列特征。根据WMoV-RNA3、WMoV-RNA3A和WMoV-RNA3B序列特点设计特异性引物,经RT-PCR扩增玉米种子样品2211-2和8044-10的RNA,扩增产物测序得到283 bp基因序列,分别与WMoV分离物GG1-RNA3B(GenBank登录号KT988872.1)、WMoV分离物K1-RNA 3(GenBank登录号KT988889.1)同源性为96.11%、96.47%。设计引物分别扩增玉米种子样品2211-2和8044-10的RNA核衣壳全长序列,得到WMoV-Germany RNA3、WMoV-Malaysia RNA3A和WMoV-Malaysia RNA3B全长序列。使用MEGA6软件采用Maximum likelihood法建立系统发育树,它们分别属于3个同源性差异明显的簇。通过DNAMAN序列比...     

小麦黄花叶病毒(WYMV)2个山东分离物的全基因组序列及进化分析

利用5'RACE结合一步法RT-PCR分别从山东泰安与临沂冬小麦上克隆了小麦黄花叶病毒(Wheat yellow mosaic virus,WYMV)的全基因组序列。这2个分离物(TADWK和LYJN)基因组间核苷酸一致性分别为97.21%(RNA1)和95.12%(RNA2)。通过对目前已报道的共14个分离物的基因组不同部分的分析,表明5'UTR是WYMV基因组变化幅度最大的区域,而编码区(ORF)及3'UTR的序列一致性较高且变动幅度小。另外,发现LYJN RNA2的5'UTR与已报道的所有分离物RNA2的核苷酸一致率仅为90%左右。综合分析RNA1和RNA2的系统发生树,表明WYMV各基因组片段呈单独进化特征,不同分离物间存在RNA重排。RNA重组分析显示在LYJN RNA1和TADWK RNA2发现了RNA重组。此研究说明WYMV在山东地区存在分离物分化现象,WYMV的5'UTR是基因组中的突变热点。     

来源于砂梨和桃的苹果褪绿叶斑病毒分离物部分CP基因和3′端非翻译区的序列分析

 苹果褪绿叶斑病毒（Apple chlorotic leaf spot virus, ACLSV）是引起果树病害的一种重要病毒。ACLSV寄主范围广、发生较普遍,可侵染苹果、梨等仁果类果树和桃、扁桃、李、樱桃、杏等核果类果树,据报道我国梨产区感染ACLSV达80%以上。ACLSV引起植物症状的类型与寄主种类、病毒株系有关。ACLSV为线形病毒科（Betaflexiviridae）、纤毛病毒属（Trichovirus）的代表成员^［1］。ACLSV的CP相对比较保守,研究表明不同的ACLSV分离物的CP基因具有序列多样性,存在分子变异^［2～5］,CP基因分子特性的研究可为ACLSV株系划分提供依据。来源于欧洲、亚洲和北美的桃、李等核果类果树,以及苹果寄主上的ACLSV分离物的分子变异报道较多^［2,3,5］,来源于梨寄主上的ACLSV分子变异研究较少^［4,5］。     

竹花叶病毒浙江麻竹分离物全基因组序列及siRNA分析

正已知有3种病毒可在自然条件下侵染竹类植物,即竹花叶病毒(bamboo mosaic virus,BaMV)~[1]、樱桃坏死锈斑驳病毒(cherry necrotic rusty mottle virus,CNRMV)和苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV)~[2,3]。其中,BaMV是最早在巴西的金竹(Bambusa vulgaris Cv.)和孝顺竹     

引起玉米粗缩病的水稻黑条矮缩病毒山东分离物的分子特性

 Four isolates of Rice black-streaked dwarf virus (RBSDV) were collected from the maize plants showing rough dwarf symptom in Linyi and Tai'an,Shandong province.The S10 genomic sequences of these isolates were determined and compared with those of 14 other RBSDV isolates.All of the four sequences were 1 801 base pairs (bp) long including the 5'-UTR of 21 bp and the 3'-UTR of 103 bp.They all contained an open reading frame of 1 677 bp (22-1698),encoding the coat protein (CP) of 558 amino acids.The sequences of these four RBSDV isolates and those of the major cp gene of 14 other isolates available in the GenBank were divided into two groups in the phylogenetic tree.Recombination analysis indicated that the isolate Lym2 was likely a recombinant of isolates Lym1 and Zhjs.     

白术矮化病毒病病原的分子鉴定和部分序列分析

 本试验在生物学接种的基础上,利用非序列依赖性PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)对白术矮化病毒病病原进行了分子鉴定,序列测定及分析。结果发现,具有矮化症状的白术为黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)所侵染。为明确CMV白术分离物(CMV-Am)的分类地位,本研究进一步克隆了CMV-Am的外壳蛋白基因(CP)和移动蛋白基因(MP)全序列。序列比对分析表明,CMV-Am与CMV亚组ⅠB中株系XJ2序列同源性最高,核苷酸、氨基酸序列同源性分别为98.9%、99.1%。氨基酸序列同源性聚类分析表明,CMV-Am与中国大多数CMV分离物一样,属于CMV亚组ⅠB。     

甘蔗花叶病毒福州分离物全基因组克隆及种群分析

 为丰富甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)种群信息,探索SCMV种群结构,本研究运用RT-PCR方法克隆了采自福州的2个SCMV分离物(分别命名为 FZ-C1和FZ-C2)的全基因组,结合已公布的18个SCMV分离物的全基因组序列,利用MEGA 4.1和Simplot软件对SCMV的种群结构进行了分析。结果显示,FZ-C1和FZ-C2全长分别为9 570 nt和9 573 nt,均包含一个9 189 nt的开放阅读框,编码长度为3 063个氨基酸的多聚蛋白。这2个分离物与SCMV-A株系的相似性最高,酶切位点也与SCMV-A株系的基本一致。系统发育进化分析表明,SCMV可以分为3组,分别命名为SSGⅠ、Ⅱ、Ⅲ。SSGⅠ来源于玉米(Zea mays),SSGⅡ和SSGⅢ来源于甘蔗(Saccharum spp. hybrid),其中SSGⅢ主要来源于果蔗。FZ分离物聚在SSGⅡ组内。研究结果丰富了SCMV全基因组序列信息,有助于全面了解SCMV种群的遗传进化关系。     

黄瓜花叶病毒两个甜瓜分离物的基因组及其侵染性克隆

为明确黄瓜花叶病毒（cucumber mosaic virus,CMV）甜瓜分离物的分子变异情况及其侵染性,对2个甜瓜分离物CH99和XH18的基因组进行克隆、测序和分析,并通过构建全长cDNA克隆分析其侵染性。结果显示,黄瓜花叶病毒甜瓜CH99分离物3条RNA长度分别为3 356、3 049和2 211 nt,甜瓜XH18分离物3条RNA长度分别为3 381、3 048和2 217 nt。分离物CH99与XH18的核苷酸序列一致性为89.40%～95.80%,氨基酸序列一致性为90.00%～97.80%,CH99分离物与其他CMV分离物的核苷酸和氨基酸序列一致性平均值分别为79.23%～89.29%和73.52%～93.90%,XH18分离物与其他CMV分离物的核苷酸和氨基酸序列一致性平均值分别为79.81%～89.83%和74.02%～95.14%。遗传发育分析显示,这2个分离物均属于亚组IB成员。接种试验结果显示,分离物CH99和XH18的侵染性克隆构建成功,这2个分离物均能系统侵染本生烟、甜瓜和黄瓜,并在本生烟和甜瓜上引起较严重的症状,在黄瓜上引起的症状较弱,而二者均不能侵染西...