农业生物信息学研究现状、成就及展望

２０世纪８０年代末，人类基因组计划（HumanGenomeProject，HGP）的启动推动了生物信息学的产生和蓬勃发展。人类基因组计划的直接结果是获得了大量不连续的数据。对这些数据的收集、存储、分析和解释，从中获取有用的生物学信息，导致了生物信息学的产生，生物信息学在农作物基因组分析中的深入应用产生了农业生物信息学。一、生物信息学研究现状及成就１．农业生物信息学基因图谱研究为加快转基因作物育种和生物信息学的农业应用打下了良好基础，对作物进行基因组分析需要生物信息学工具。生物信息学的特殊作用主要体现在以下３个方面…     

生物信息学在药用植物研究中的应用

生物信息学是应用计算机技术将生物化学和分子生物学试验的海量信息转换为数字信息的一门科学,其重点是DNA和蛋白质序列的比对和分析.本文阐述生物信息学的方法学,包括功能基因组、蛋白质组、基因表达谱、生物芯片、靶基因研究等相关技术在药用植物研究上的应用前景.     

牛支原体与无乳支原体的相似性比对分析

运用生物信息学方法对牛支原体(Mycoplasma bovis)和无乳支原体(Mycoplasma agalactiae)的相似性进行多重比对分析。使用Mega 7、Clustal a、Sibeilia等生物信息学软件对M.bovis与M.agalactiae的全基因组、16S rRNA、脂蛋白家族进行相似性比对分析。通过多重比对发现,M.bovis与M.agalactiae在全基因、16S rRNA、以及脂蛋白家族方面均表现出较高的相似性。     

农学类专业《生物信息学》课程教学改革探讨

《生物信息学》作为采用数学和计算机技术研究生命科学中各种生物信息采集、储存、传递、检索、分析和解读等的一门学科,是现代生命科学与信息学、计算机科学和数学等学科相互渗透和高度交叉形成的新兴边缘学科。在《生物信息学》教学过程中,应及时向学生讲授生物信息学的新进展和国内外生物信息学的最新发展动态。该文从生物信息学的教学内容、教学方法等方面对生物信息学教学改革进行了探讨。     

我国科学家获得普通野生稻全基因组框架图

<正>据人民网报道,中科院昆明植物研究所研究员高立志带领的植物种质资源、基因组学与生物信息学团队,运用新一代高通量测序技术以及高性能超算的生物信息学分析,对野生稻全基因组测序取得了阶段性重大成果。近日,他们已完成普通野生稻基因组高覆盖的序列测定、拼接和组装工作,获得了普通野生稻全     

西瓜NAS基因家族的全基因组鉴定与生物信息学分析

为了探究西瓜NAS基因家族的生物学功能,基于西瓜全基因组组装注释数据,利用HMMER、MEGA、TBtools等工具对西瓜NAS家族进行生物信息学的鉴定和分析,包括染色体定位、蛋白质结构、蛋白保守基序、系统进化树、启动子顺式作用元件和共线性分析。结果表明：在西瓜全基因组中共鉴定出4个ClaNAS基因,分布于2号染色体、3号染色体、6号染色体上;编码的氨基酸数量变化范围为277～356aa、分子量为30.68～39.88kDa、等电点为4.71～7.46;4个claNAS成员编码蛋白质的二级结构组成一致,三级结构差异明显;拟南芥、水稻、甜瓜、番茄和西瓜5个物种的NAS基因家族被分为3个亚族,其中葫芦科植物被单独聚为一类;西瓜NAS基因家族的启动子区含有激素应答、光响应、胁迫应答、转录因子结合位点等多种顺式作用元件;西瓜基因组内未发现NAS基因的串联重复和片段复制,但西瓜NAS基因与拟南芥、番茄的NAS基因间分别存在2个共线性基因对。西瓜NAS基因家族的全基因组鉴定与生物信息学分析为进一步研究西瓜NAS基因的功能和分子机制提供了依据。     

基于生物信息学方法挖掘奶山羊miRNAs研究

microRNAs(miRNAs)是长约22nt的内源非编码小分子RNA,在转录后基因调控中发挥重要作用。奶山羊是具有重要经济价值的产乳动物,有关奶山羊miRNAs研究相对匮乏,识别和鉴定新的奶山羊miRNA至关重要。文章以与奶山羊高度同源的绵羊基因组为参考数据库,应用生物信息学方法得到101条新的奶山羊miRNAs序列,并对其进行序列特性分析,为今后基因组信息不全物种的miRNAs挖掘与鉴定提供参考。     

黄瓜CDPK基因家族的鉴定与进化特征分析

[目的]对黄瓜基因组中CDPK基因的鉴定和进化特征的分析,为深入探索黄瓜CDPK蛋白生物学功能提供理论依据.[方法]用生物信息学方法,在黄瓜的全基因组范围内鉴定C DPK基因,并分析该基因的结构、染色体分布、进化关系及功能域.[结果]在黄瓜全基因组库中总共鉴定出17个CsCPKs,被分为4类;所有CsCPKs均含有6～...     

乳酸菌DNA序列分析与功能基因研究现状

乳酸菌在食品发酵业中得到广泛的应用,被认为是加强健康食品生产的益生菌。关于多种乳酸菌的基因组测序和功能基因组的研究加快了对乳酸菌多样性和进化的理解,并且揭示了重要特性的分子基础。随着目标试验的证实、代谢工具的开发、网络工具的利用,生物信息学工具以及数据库重新构建代谢途径为食品和饲料菌种提供了新的开发途径。     

利用基因组发掘技术指导链霉菌SH-62中活性天然产物的分离及鉴定

通过生物信息学分析,利用基因组发掘技术发现链霉菌SH-62基因组中至少含有37个次级代谢产物的生物合成基因簇,除了有4个基因簇分别与已知的肠道菌素、潮霉素A、尼日利亚菌素和格尔德霉素的生物合成基因簇具有高度同源性以外,其他基因簇的功能鲜见报道。在不同发酵培养基上培养链霉菌SH-62,利用高分辨率的LC-MS对发酵产物进行分析,发现链霉菌SH-62确实能够产生肠道菌素、潮霉素A和尼日利亚菌素,从而证明了基因组发掘策略确实能够指导代谢产物的分离及鉴定。