利用RAPD标记研究部分葡萄品种的亲缘关系

对47个葡萄品种进行RAPD分析。从100条随机引物中筛选出30个多态性引物用于DNA扩增,共扩出216条DNA带,121条具有多态性,多态性比例为56.01%。通过聚类分析结果表明,供试品种分成5大类,巨峰、红瑞宝、龙宝等巨峰系品种聚为一类。其中龙宝和红瑞宝优先聚在一起。表明葡萄品种间的遗传多样性有明显差异,即使父母本相同的品种,利用RAPD技术也可以分开。聚类图显示,品种间遗传一致度与品种的遗传背景有关,如高妻与红井川,红瑞宝与龙宝优先聚在一起;有的品种虽属同一杂交组合却未能表现最大遗传一致度,如京玉与奥古斯特,在聚类图中处于相邻的位置,说明无性繁殖的葡萄在双亲基因型杂合条件下,有性杂交通过基因重组,杂种后代也可呈现出有较大遗传差异。     

基于SSR标记的杜鹃品种亲缘关系分析

杜鹃野生种花色多样、种类丰富,在杜鹃杂交育种中具有良好的应用前景,有必要对杜鹃种质资源的亲缘关系进行研究。现以19份野生杜鹃品种为试材,采用SSR分子标记技术,研究了19份野生杜鹃品种间的亲缘关系,以期为合理挖掘和利用杜鹃种质资源提供理论基础,为杂交育种亲本选择提供科学依据。结果表明:10对SSR引物共扩增出138条谱带,其中多态性谱带134条,多态性比率为97.06%。遗传相似系数(GS)在0.502 7~0.918 0,平均值为0.678 9,表明19份杜鹃品种的亲缘关系较远、具有较广泛的遗传基础。当相似系数为0.70时,19份参试材料划分为五大类群,与经典分类学一致。     

甘肃省梨地方品种资源遗传多样性及亲缘关系SSR分析

为了解甘肃省不同生态区地方梨(Pyrus L.)品种资源的遗传多样性及亲缘关系,采用28对SSR引物对119份甘肃省梨地方品种或类型进行鉴定分析。供试28对SSR引物中有7对引物具有较好的多态性,7对引物共扩增出49条带,其中多态性条带28条,平均多态性位点百分率为63.27%;观察杂合度(H0)介于0.068~0.809,平均为0.591;平均多态性信息含量(PIC)(变异范围)介于0.365~0.680,平均为0.545;香农指数(I)介于0.713~1.482,平均为1.094;引物NH005b、NH007b及NH008b多态性较好,品种鉴定效率较高。所有材料遗传相似系数分布在0.074~1.000,平均为0.597;聚类分析显示,7对SSR引物可将119份供试梨品种资源在遗传相似性系数1.076处分为7组,主成分分析和UPGMA结果基本一致;群组内各品种资源由于其遗传相似性,更多地被聚在一起,但主成分分析并没有很明显地被分为多个类群或者分成几个主成分。研究结果揭示了甘肃省梨地方种质资源具有丰富的遗传多样性和广泛的遗传变异,还对根据形态特征无法确定归属的梨品种据其相互间的亲缘关系进行了适当归类,为进一步分类和利用甘肃省梨地方资源提供了理论依据。     

草莓属种质资源亲缘关系的SSR 标记分析

 用20对SSR引物对草莓属83份资源包括14个种和自然五倍体以及未鉴定的材料进行PCR扩增。在20个SSR位点共获得363个等位基因。每个位点扩增等位基因8 ~ 34个,平均18.2个,各位点多态性信息含量（PIC）在0.6691 ~ 0.9431,平均为0.8598。聚类分析表明,同属一个种的草莓资源被紧密地聚在一起。以种为单位,3个八倍体种智利草莓、弗州草莓和栽培种凤梨草莓亲缘关系很近,而八倍体种与其他低倍性野生种亲缘关系较远;在低倍性草莓种中,伞房草莓、五叶草莓、日本草莓、蝦夷草莓、高原草莓、黄毛草莓和绿色草莓聚在一组,具有较近的亲缘关系,而森林草莓、东北草莓、东方草莓、麝香草莓和自然五倍体草莓聚在一组,具有较近的亲缘关系。自然五倍体草莓可能起源于森林草莓或东北草莓与东方草莓或麝香草莓的自然杂交。     

基于SSR标记的黄桃种质资源亲缘关系分析

利用SSR标记技术对12个黄桃品种（系）进行遗传多样性检测.结果发现,SSR标记能够揭示材料间的遗传多样性,从蔷薇科苹果属35对SSR引物中筛选出8对扩增稳定的特异性引物,构建其指纹图谱.8对SSR引物共扩增出78条DNA片段,其中44条具有多态性,多态性比率为54.6％,材料间的遗传相似系数在0.64 ～0.88之间,平均为0.759.通过聚类,从分子水平对黄桃品种（系）的遗传关系进行分析,并对12份黄桃种质材料进行了SSR标记分类,为黄桃种质资源的研究利用提供参考.     

番茄品种SSR标记鉴定技术研究

以16个番茄品种为材料,从200对番茄SSR引物中筛选出20对适合用于番茄品种鉴定的引物,用该20对引物对66个番茄品种进行分析,共检测出52个等位基因变异,等位基因变异范围为2~5个,平均每个位点产生2.6个等位基因变异。通过遗传聚类方法对引物组合的品种鉴别能力进行分析,结果显示仅用9对引物构成的引物组合就可以对66个番茄品种进行有效鉴别,该9对引物组合构建的SSR-DNA指纹图谱可作为品种的遗传标签用于品种真伪鉴定。     

基于SSR标记的100份葡萄资源亲缘关系和群体遗传结构分析

【目的】通过表型性状鉴定分析,从山西太谷国家葡萄种质资源圃内保存的资源中,筛选出不同葡萄种质资源进行SSR分析,揭示这些不同来源的葡萄种质资源之间的亲缘关系和群体遗传结构,为葡萄种质资源的科学管理和分子标记辅助育种提供参考。【方法】以100份葡萄种质为材料,依据基因组DNA测序挖掘出的SSR引物数据,筛选出33对多态性核心引物,根据标准分子质量记录扩增DNA多态性条带,获得数据矩阵。利用每对SSR引物在100份葡萄种质资源中的等位基因组成,计算33对SSR引物的位点多态性信息含量(PIC)、100份葡萄种质资源个体间的Nei’s遗传距离,并利用MEGA 7.0软件构建NJ邻接聚类树,推断葡萄原始集合与核心集合的遗传结构。【结果】100个样本中的33对SSR标记共检测到423个等位基因,每对引物扩增条带数4～26条,平均扩增条带数为12.82条。葡萄种质资源之间的Nei’s遗传距离为0.4～0.8,占资源总量的97.80%。通过遗传结构分析并预测其最佳分组数K为2,即葡萄核心集合主要分为2个亚群,分别为欧亚种群的鲜食葡萄和杂种群,其中杂种群涵盖了欧美杂种、美洲种、中国野生种及欧亚种的酿酒品种。来自国外的美洲种的砧木和来自山西的野葡萄聚在一起,同时与欧美杂种和酿酒品种也聚为一类。可能是由于人为选种和选用目的的不同造成各品种之间遗传背景的混杂。这一结论还需进一步研究证明。【结论】33对引物将100份葡萄分为两个集群,第一集群主要为葡萄亚种鲜食葡萄品种,第二集群主要包含了欧亚种酿酒品种、欧美杂种、美洲种、中国野生种4个亚种群。     

利用甜瓜SSR标记分析常见葫芦科作物亲缘关系

试验以18种葫芦科作物为材料,用SSR法对其亲缘关系进行分析。结果显示：57对SSR引物共检测到240个多态性位点,平均每种引物扩增出位点4．4个,变化范围1～8个。18种葫芦科作物的遗传距离变化范围在0．1065～0．4537之间,平均遗传距离为0．227。等位基因变异的多态性信息含量（PIG）在0．2392～0．8171之闻,平均为0．6326。西葫芦中的金香蕉与白西葫芦遗传距离最小,亲缘关系最近;鲍鱼瓜和W1998遗传距离最大,亲缘关系最远。甜瓜基因组SSE标记引物在南瓜、西葫芦、西瓜和丝瓜等葫芦科作物上具有一定的通用性。     

基于果皮SSR分子标记的二十九个红色酿酒葡萄资源的亲缘关系分析

为了有效区分和合理利用酿酒葡萄种质资源,减少酿酒葡萄育种工作中亲本选配的盲目性,利用SSR分子标记技术对29份酿酒葡萄资源进行了遗传多样性分析。结果表明:10对SSR引物共扩增出90个位点,观测杂合度为0.482 8~0.965 5,期望杂合度为0.592 3~0.893 5,Shannon多样性指数为1.185 7~2.227 9,多态性位点100%。UPGMA聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.16处,29份材料分成两大组,其中含有28个品种的组Ⅰ中,2个欧亚种‘红汁加美’和‘晚红蜜’为亚组Ⅱ;亚组Ⅰ中6个欧亚种(‘美乐181’‘品丽珠327’‘赤霞珠169’‘蛇龙珠’‘马瑟兰c980’和‘宝石解百纳’)之间具有亲子关系,为一类(季组Ⅱ);季组Ⅰ分A、B组,其中A组包含14个欧亚种,1个毛欧杂种、1个种间杂种、1个山欧杂种,B组包括1个种间杂种和3个欧山杂种。聚类分析结果与系谱图一致。该研究结果为酿酒葡萄种质资源保护提供了有效信息,并且为酿酒葡萄育种的亲本选择提供了理论指导。     

利用SSR标记鉴定3个辣椒杂交种品种的纯度

辣椒(Capsicum annuum L.)杂交种子纯度快速检测技术对于保证辣椒杂交品种种子生产具有重要的意义。红龙13号、红龙18号、红龙25号辣椒杂交种是新疆隆平红安生物科技有限责任公司选育并大面积栽培的主栽品种。为鉴定上述3个品种的纯度,本实验在特异性引物筛选的基础上,利用SSR标记技术对3个辣椒品种进行了种子纯度鉴定。结果表明,每个品种都有1对以上SSR引物可将其父本和母本分开,3个辣椒杂交种品种的纯度分别为95.35%、89.36%和95.25%。SSR分子标记方法可以准确鉴定辣椒杂交种纯度,且大大缩短纯度鉴定周期。     

利用SSR标记快速鉴定西瓜杂交种纯度

为了快速高效地鉴定杂交种纯度,建立完善的西瓜杂交种纯度SSR分子标记鉴定技术体系。利用30对杂合率高、多态性高的SSR引物对‘豫艺360’‘豫艺黑小宝’‘国豫二号’和‘甜王’这4份在河南省广泛种植的西瓜杂交种父母本进行筛选,筛选出7对条带清晰、多态性较好的引物。通过PCR反应体系扩增及凝胶电泳进行纯度分析,对4份杂交种的F_1样本进行鉴定,纯度分别为91.1%、93.2%、92.6%、91.4%,将分子标记鉴定结果与田间形态学鉴定的结果相比对,两者偏差≤2%,在允许范围之内,表现出高度一致。     

基于SSR分子标记的葡萄品种遗传多样性分析

以15份葡萄品种为试材,采用SSR分子标记技术,研究了15份葡萄品种资源的遗传多样性。结果表明:从245对引物中筛选出49对清晰、稳定性好的多态性引物。49对引物在15份材料中共扩增出235条带,均为多态性条带,多态性百分率为100%。每对引物扩增的等位位点数为2~9个,相似性系数分析结果表明,供试的15份葡萄材料的遗传相似系数为0.660~0.860,其平均遗传相似系数为0.760。聚类分析表明,在遗传相似系数0.672处,15份葡萄材料可分为三大类群。第一大类包括2份欧美杂种(V.vinifera L.×V.labrusca L.)和1份美洲种(V.labrusca L.)品种;第二大类为8份欧亚种(V.vinifera L.)葡萄品种;第三大类包括2份山欧杂种(V.amurensis Rupr.×V.viniferaL.)和2份山葡萄(V.amurensis Rupr.)品种。可见,欧亚种和美洲种葡萄亲缘关系相对较近,而山葡萄与二者亲缘关系相对较远。这些引物中,VMCNG4B9、VMC3G9能将15个葡萄品种区分开,为今后开展葡萄品种指纹图谱构建奠定基础。     

基于SSR标记的观赏桃亲缘关系分析

观赏桃种质资源丰富,遗传背景复杂,使用SSR标记进行鉴定评价,以期为观赏桃亲缘关系研究提供借鉴。以34份观赏桃品种、7份桃的近缘种和1份毛桃共42份种质为试材,利用16对位于李属植物参考图谱上的SSR标记进行观赏桃亲缘关系研究。结果表明,筛选出的16对SSR引物共扩增出124个清晰条带,多态性条带百分率为87.99%;...     

油梨转录组SSR分子标记开发与种质资源亲缘关系分析

选取海南大学油梨种质资源圃的‘Fuerte’油梨花朵和小果进行转录组测序,获得18 010条序列,总长度为29 422 056 bp。利用MISA软件检索转录组测序数据,获得分布于4 687个序列中的6 312个SSR位点。经统计发现,SSR在所检测的序列中出现的频率为35.05%。分析SSR位点特征显示,所有类型的SSR平均长度为18.90 bp,SSR之间的平均距离为4.66 kb。‘Fuerte’油梨转录组中SSR序列以二核苷酸、三核苷酸重复类型为主,两者占SSR总数的87.15%。二、三、四核苷酸重复类型中优势基元分别为AG/CT、AAG/CTT、AAAT/ATTT。利用Primer 3.0对SSR序列设计引物13 398对。以32份油梨种质资源为研究对象,对随机挑选的100对SSR引物进行有效性验证,并用于对这些油梨种质进行亲缘关系分析。发现其中40对引物具良好多态性,共扩增出219条谱带,其中171条为多态性谱带。经计算,平均每对引物产生4.275个多态性片段。He和PIC均值分别为0.529和0.456。UPGMA聚类和PCA分析结果较一致,在系数设定为0.74时可将32...     

SSR标记在南瓜亲缘关系分析中的应用

以20份分属10个品种群的中国南瓜、印度南瓜和美洲南瓜材料及1份印度南瓜和中国南瓜的种间杂交种为试材,采用390对SSR引物对21份材料进行了多态性及亲缘关系分析.结果表明:供试材料之间具有丰富的遗传多样性,美洲南瓜与中国南瓜亲缘关系较近,二者与印度南瓜的亲缘关系较远;同一亚种内及同一品种群内材料之间具有更近的亲缘关系;利用SSR分子标记做出的聚类结果基本可以将供试材料按照不同品种群分开.     

利用SSR 标记进行枣树子代苗父本鉴定

 利用SSR标记技术对‘冬枣’自然授粉实生苗1 728株和‘灵宝大枣’自然授粉实生苗530株进行父本鉴定,利用可能的父本材料从376对引物中筛选出8对条带清晰、多态性较高且具有高度区分度的引物。采用荧光M13毛细管电泳技术,用这8对引物在亲本材料中共检测到45个多态等位条带,每对引物的平均多态条带数为5.625,PIC值变幅为0.58 ~ 0.86,平均为0.71。利用Cervus3.0软件对具有8对引物数据的子代进行父本分析,鉴定出‘冬枣’ב木枣’实生苗399株、‘冬枣’ב小芽枣’实生苗390株、‘冬枣’ב映山红’实生苗357株、‘灵宝大枣’ב紫圆枣’（‘紫枣’）实生苗204株、‘灵宝大枣’ב柿饼枣’实生苗126株。     

应用SSR标记进行部分黄肉桃种质鉴定和亲缘关系分析

以116份黄肉桃种质和19份其它桃或桃近缘种种质为试材,利用定位于李属参考图谱上的SSR标记,进行遗传多样性评价及亲缘关系分析。SSR扩增结果表明,筛选出的28对SSR引物共扩增出206个等位基因,其中多态性等位基因159个（占76.56%）。聚类结果表明,在相似系数为0.82时,黄肉桃资源在聚类图上呈两组：美洲、欧洲和亚洲育成黄桃品种聚为一组（Ⅰ）,中国地方黄桃品种中唯‘西安杏瓤桃’和‘天津黄肉’出现在这一组;来源于云南、华北、西北地区的中国地方黄桃品种聚为另一组（Ⅱ）。在相似系数为0.87时,育成黄桃品种（Ⅰ）分为8个亚组,美洲育成品种分布在所有8个亚组中,欧洲育成品种分布在Ⅰ-2、Ⅰ-3和Ⅰ-4亚组,而亚洲育成品种仅分布在Ⅰ-3和Ⅰ-4亚组;亲本相同的育成品种在聚类图中临接或出现在较近的位置,育成品种的聚类结果与品种的系谱关系基本吻合。在相似系数为0.87时,中国地方黄桃品种分为7个亚组,西南黄桃和西北黄桃存在一定的组群界限,来自西南的黄桃地方资源主要分布在Ⅱ-1和Ⅱ-5亚组,而来自西北的黄桃地方品种主要出现在Ⅱ-2、Ⅱ-4和Ⅱ-7亚组。品种群的聚类结果表明,亚洲育成品种与美洲育成品种间亲缘关系最近,其次为欧洲育成品种;中国地方黄桃品种与育成品种间亲缘关系较远。     

山东省黄瓜地方品种资源亲缘关系的AFLP 分析

 利用AFLP 技术对包括80 份山东黄瓜地方品种和24 份其他地区品种的遗传亲缘关系进行了研究。用11 对引物进行选择性扩增, 21%的扩增条带表现多态性。聚类分析结果显示: 山东黄瓜地方品种与日本品种和欧美品种分属不同类群或亚类群, 山东地方品种分为8 组, 各组内生态类型基本一致。试验得到不同生态型黄瓜的特征差异带和它们之间的遗传距离。     

桃种间亲缘关系的SSR鉴定

通过正交试验,建立了桃SSR反应体系,对桃的6个种和扁桃进行了鉴定;对谱带进行数字化转换,用SPSS11.5中的Jaccard聚类方法对结果进行了聚类,发现桃亚属间普通桃与新疆桃的亲缘关系最近,陕甘山桃与甘肃桃间也有较近的亲缘关系,在相似系数小于0.589时,普通桃、新疆桃、陕甘山桃、甘肃桃4个种被聚为一类,与这4个种相近的为光核桃,其次为山桃,最远的为扁桃。     

利用SSR分子标记建立辣椒纯度鉴定体系

从150对辣椒SSR引物中筛选出116对多态性较好的引物,对兴蔬种业的12个推广辣椒品种的父本、母本及其F1代共36份材料进行PCR差异性筛选,其中6对引物能够区分每个品种的父本、母本及其F1代;同时对辣椒大群体DNA的快速提取、PCR扩增以及制胶电泳等进行了优化,初步建立了基于SSR分子标记技术的辣椒种子纯度鉴定体系,为辣椒种子纯度鉴定工作者提供了参考,也为辣椒种子指纹图谱的建立奠定了基础。