| 高低肌内脂肪猪背最长肌关键基因表达差异分析 |
| |
| 引用本文： | 谭娅,李亮,雷宇航,黄志洋,赵春萍,张静,张正群,齐婧,朱砺,史开志. 高低肌内脂肪猪背最长肌关键基因表达差异分析[J]. 南方农业学报, 2022, 53(4): 899-907. DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2022.04.002 |
| |
| 作者姓名： | 谭娅 李亮 雷宇航 黄志洋 赵春萍 张静 张正群 齐婧 朱砺 史开志 |
| |
| 作者单位： | 1 贵州省农业科学院畜牧兽医研究所, 贵州贵阳 550005;2 四川农业大学动物科技学院, 四川成都 611130;3 贵州省地方猪保护与繁育工程研究中心, 贵州贵阳 550005 |
| |
| 基金项目： | 贵州省科技计划项目(黔科合支撑[2019]2278号,黔科合服企[2018]4007号,黔科合成果[2020]1Y027号)贵州省农业科学院科技成果转化引导资金项目(黔农科院科技创新[2022]01号) |
| |
| 摘 要： | 【目的】筛选出高肌内脂肪(Intramuscular fat,IMF)沉积的关键基因并进行表达验证,为揭示猪肌内脂肪沉积的分子调控机制提供理论依据。【方法】根据NCBI-GEO数据库中高、低肌内脂肪巴克夏群体的转录组数据,利用DESeq2进行差异表达基因筛选(|log2Fold Change|≥1,FDR<0.05),采用Metascape对差异表达基因进行功能富集分析,通过MCODE筛选及鉴定出高肌内脂沉积的关键基因,并采用实时荧光定量PCR在地方猪(柯乐猪)和外种猪(杜长大猪)上进行关键基因表达量验证。【结果】从高、低肌内脂肪巴克夏群体6个文库中共鉴定出7661个基因,高肌内脂肪群体样本的脂质代谢相关基因总表达量显著高于低肌内脂肪群体样本(P<0.05,下同),其中差异表达基因有133个[110个上调(在高肌内脂肪群体高表达),23个下调(在低肌内脂肪群体高表达)]。上调差异表达基因主要富集于胶原蛋白绑定、细胞外基质组装、脂肪酰辅酶A生物合成过程、固醇代谢过程和脂质代谢调控过程等GO功能条目,以及脂肪乙酰辅酶A生物合成、ChREBP激活代谢基因、脂肪酸代谢等信号通路上;下调基因主要富集于线粒体组装、多细胞生物学过程、辅酶绑定和缺氧反应等GO功能条目,以及基于NFKB的TNFA信号、白细胞介素4和白细胞介素13信号和干扰素信号等信号通路上。通过MCODE分析共筛选获得5个关键基因,分别是SLC25A5、FN1、FASN、ACACA和PRKDC基因;挑选SCD、FASN和ACACA基因进行表达量验证,结果发现这3个基因的相对表达量均表现为柯乐猪高于杜长大猪,其差异达显著或极显著(P<0.01)水平,进一步佐证SCD、FASN和ACACA基因在高肌内脂肪猪群体中高表达。【结论】在巴克夏猪高肌内脂肪群体中高表达的SCD、FASN和ACACA基因,在高肌内脂肪的柯乐猪中也呈显著或极显著高表达,因此这3个关键基因有望作为筛选和培育高肌内脂肪猪品种的分子标记,同时为研究肌内脂肪沉积的分子调控机制提供技术支撑。
|
| 关 键 词： | 猪 肌内脂肪 背最长肌 差异表达基因 脂肪沉积 |
| 收稿时间： | 2022-02-19 |
Expression difference analysis of hub genes between high and low intramuscular fat content in longissimus dorsi of pigs |
| |
| TAN Ya,LI Liang,LEI Yu-hang,HUANG Zhi-yang,ZHAO Chun-ping,ZHANG Jing,ZHANG Zheng-qun,QI Jing,ZHU Li,SHI Kai-zhi. Expression difference analysis of hub genes between high and low intramuscular fat content in longissimus dorsi of pigs[J]. Journal of Southern Agriculture, 2022, 53(4): 899-907. DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2022.04.002 |
| |
| Authors: | TAN Ya LI Liang LEI Yu-hang HUANG Zhi-yang ZHAO Chun-ping ZHANG Jing ZHANG Zheng-qun QI Jing ZHU Li SHI Kai-zhi |
| |
| Affiliation: | 1 Institute of Animal Husbandry and Veterinary, Guizhou Academy of Agricultural Sciences, Guiyang, Guizhou 550005, China;2 College of Animal Science and Technology, Sichuan Agricultural University, Chengdu, Sichuan 611130, China;3 Guizhou Engineering Research Center of Local Pig Protection and Breeding, Guiyang,Guizhou 550005, China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
|
| 点击此处可从《南方农业学报》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《南方农业学报》下载免费的PDF全文 |
|
