| 13种植物actin基因的密码子使用特性分析 |
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| 引用本文： | 赵洋,杨培迪,刘振,成杨,杨阳. 13种植物actin基因的密码子使用特性分析[J]. 南方农业学报, 2016, 47(4): 519-523. DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2016.04.519 |
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| 作者姓名： | 赵洋 杨培迪 刘振 成杨 杨阳 |
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| 作者单位： | 湖南省农业科学院茶叶研究所,长沙,410125 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(31500565)，国家茶叶产业技术体系建设专项项目(CARS-23) |
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| 摘 要： | [目的]分析13种植物actin基因的密码子组成、密码子偏性及聚类关系,了解其密码子使用模式及影响密码子使用的因素,为深入研究分子进化及物种进化提供参考.[方法]运用CodonW 1.4.4软件分析13种植物的肌动蛋白基因(actin)密码子组成及使用参数,并对影响密码子偏性的因素进行研究.应用MEGA 4.1对13条基因的CDS序列进行聚类分析,采用SPSS 20.0进行密码子偏性的聚类分析.[结果]双子叶植物中actin基因的GC含量为45.0%~51.2%、GC3s含量为36.3%~53.8%,单子叶植物中GC含量为53.0%~58.3%、GC3s含量为60.9%~75.8%;actin基因在单子叶植物中偏爱G/C结尾的密码子,双子叶植物中偏爱A/T结尾的密码子.GC和GC3s与有效密码子数(ENC)呈极显著负相关(P<0.01),相关系数均为-0.906.ENC绘图分析结果表明,actin基因密码子偏性同时受突变和选择压力影响,单子叶植物受选择压力影响的程度大于双子叶植物.基于actin基因密码子偏性的聚类将单子叶植物高粱、玉米聚为一类,水稻、大麦、竹聚为一类,8种双子叶植物聚为一类.[结论]actin基因密码子偏性与碱基组成密切相关,其密码子偏性在单、双子叶植物间存在差异,依据密码子偏性的聚类能在一定程度上反映物种间的亲缘关系.
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| 关 键 词： | actin基因 密码子用法 密码子偏性 |
Characterization of codon usage of actin genes for 13 species of plants |
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| ZHAO Yang,YANG Pei-di,LIU Zhen,CHENG Yang,YANG Yang. Characterization of codon usage of actin genes for 13 species of plants[J]. Journal of Southern Agriculture, 2016, 47(4): 519-523. DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2016.04.519 |
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| Authors: | ZHAO Yang YANG Pei-di LIU Zhen CHENG Yang YANG Yang |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | actin gene codon usage codon usage bias |
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