| 基于全转录组测序的绵羊胚胎不同发育阶段 骨骼肌circRNA的分析与鉴定 |
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| 引用本文： | 石田培,王欣悦,侯浩宾,赵志达,尚明玉,张莉. 基于全转录组测序的绵羊胚胎不同发育阶段 骨骼肌circRNA的分析与鉴定[J]. 中国农业科学, 2020, 53(3): 642-657. DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2020.03.015 |
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| 作者姓名： | 石田培 王欣悦 侯浩宾 赵志达 尚明玉 张莉 |
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| 作者单位： | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,北京100193 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金联合基金重点支持项目NSFC(U1503285);中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(Y2017XM02) |
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| 摘 要： | 【目的】肉用性状是家养动物的重要性状,尤其是产肉性能与骨骼肌的发育密切相关,对多数动物而言,骨骼肌的生长取决于肌纤维的早期发育。本研究将揭示绵羊（Ovis aries）胚胎期骨骼肌组织发育重要节点、肌纤维的形成及转换机制,探究骨骼肌在动物胚胎期的生长对后续发育潜力的影响。【方法】在前期绵羊胚胎期组织结构试验的基础上,选择肌纤维发育及类型转换的3个重要时间节点：胎龄85 d（D85）、105 d（D105）、135 d（D135）,并对处于这些节点期的中国美利奴绵羊胚胎背最长肌进行全转录组测序。通过生物信息学分析和功能预测筛选出差异表达显著的circRNA,采用实时荧光定量 PCR（qRT-PCR）对其进行验证。【结果】通过条件筛选（|log2| ≥1且P≤0.05）获得差异表达circRNA 1 126个。将3组进行比较,在各时间节点都发现较多的特异性表达circRNA。在D85 vs D135比较组中,特异性差异表达数量最多：共发现差异表达circRNA 374个,上调表达201个,下调表达173个,其中具有4倍以上差异的基因167个,占差异基因的44.7%。对这些差异性表达的circRNA进行GO和KEGG功能分析和靶向预测,富集到与肌肉分化和肌纤维发育相关的能量代谢和信号转导通路,包括MAPK、PI3K-Akt、Ras、Regulation of actin cytoskeleton等。结果表明：在D85至D105期间富集到的差异circRNA多与肌细胞发育调控、细胞增殖和存活、细胞周期等相关,而在D105至D135期间富集到的通路则主要与能量转换、物质运输、RNA转运和DNA修复有关。靶向预测结果通过Cytoscape软件绘制出可视化共表达网络,筛选到circRNA8239、circRNA19073,circRNA2765、circRNA1616等核心调控转录物,并在D105找到调节快慢肌类型转换的关键因子circRNA7527,其靶向作用于bta-miR-135a、bta-miR-615、chi-miR-133a-5p进而调控MEF2C基因。通过3个时间节点的差异表达情况和功能预测描述选取了与肌肉发育相关的4个核心circRNA和其靶向的4个miRNA进行qRT-PCR分析,其基因表达趋势与测序数据一致。【结论】本试验在转录水平上验证了绵羊胚胎发育D85至D105是肌纤维数量的稳定发生期,而D105至D135则是肌纤维的肥大期,由此推断D105可能是绵羊胚胎发育的关键时间窗口。本研究首次基于全转录组测序构建了绵羊胚胎期骨骼肌发育的circRNA图谱,揭示了不同发育阶段的转录组差异,并对绵羊胚胎骨骼肌发育期间重要的调控因子进行挖掘和验证,发现了以MEF2C为靶基因的多个circRNA和miRNA参与MAPK信号通路,为绵羊肌纤维发育分子机制以及其它家畜非编码RNA的研究提供了参考。
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| 关 键 词： | 绵羊 胚胎 全转录组 骨骼肌 生长发育 circRNA |
| 收稿时间： | 2019-03-01 |
Analysis and Identification of circRNAs of Skeletal Muscle at Different Stages of Sheep Embryos Based on Whole Transcriptome Sequencing |
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| SHI TianPei,WANG XinYue,HOU HaoBin,ZHAO ZhiDa,SHANG MingYu,ZHANG Li. Analysis and Identification of circRNAs of Skeletal Muscle at Different Stages of Sheep Embryos Based on Whole Transcriptome Sequencing[J]. Scientia Agricultura Sinica, 2020, 53(3): 642-657. DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2020.03.015 |
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| Authors: | SHI TianPei WANG XinYue HOU HaoBin ZHAO ZhiDa SHANG MingYu ZHANG Li |
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| Affiliation: | Institute of Animal Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193 |
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