| 中华蜜蜂幼虫肠道参考转录组的de novo组装及SSR分子标记鉴定 |
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| 引用本文： | 徐细建,郭睿,骆群,熊翠玲,梁勤,张串联,郑燕珍,张曌楠,黄枳腱,张璐,李汶东,陈大福. 中华蜜蜂幼虫肠道参考转录组的de novo组装及SSR分子标记鉴定[J]. 中国农业科学, 2017, 50(6): 1157-1166. DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2017.06.016 |
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| 作者姓名： | 徐细建 郭睿 骆群 熊翠玲 梁勤 张串联 郑燕珍 张曌楠 黄枳腱 张璐 李汶东 陈大福 |
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| 基金项目： | 国家现代农业产业技术体系（蜜蜂）建设专项（CARS-45-KXJ7）、福建省自然科学基金（2013J01070） |
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| 摘 要： | 【目的】利用RNA seq技术对中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)幼虫肠道参考转录组进行de novo组装,并进行功能及代谢通路注释,进而利用该转录组数据进行中蜂幼虫的SSR分子标记鉴定。【方法】实验室条件下饲养中蜂幼虫,将纯化的蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)孢子饲喂3日龄幼虫,剖取4、5和6日龄幼虫肠道,液氮速冻。将健康幼虫肠道与感染球囊菌的幼虫肠道同时进行Illumina测序。通过对raw reads的过滤得到clean reads,利用Trinity软件组装得到unigenes。通过BLASTx(E-value10-5)比对NCBI Nr、Swiss-Prot、KOG和KEGG数据库,对unigenes进行功能和代谢通路注释。利用MISA软件对所有unigenes进行SSR搜索,并利用Primer Premier 5软件设计特异性SSR引物,通过常规PCR对来源于北京、辽宁兴城和四川成都的中蜂幼虫肠道样本进行SSR位点鉴定。【结果】中蜂幼虫肠道的RNA seq共得到35 670 000条reads,de novo组装得到43 557个unigenes,平均长度为898 nt。共有18 225个unigenes可被注释到上述公共蛋白数据库,单独注释到NCBI Nr、Swiss-Prot、KOG和KEGG数据库的unigenes数分别为3 899、443、37和10个。KOG注释结果显示,11 442条unigenes分布于25个基因家族,其中注释到RNA加工和修饰家族的基因数最多,达1 249个。9 679个unigenes的GO分类结果显示,在生物学进程分类中,注释到细胞进程的基因最多,达4 201个,在分子功能和细胞组分类中,注释到结合与细胞的基因数最多,分别为4 935和2 900个。4 517个unigenes可注释到KEGG数据库中的216个代谢通路,注释到核糖体的基因数最多,达385个。利用MISA软件,可在7 763个unigenes搜索到13 448个SSR位点,随机选取20对SSR引物对国内3个不同来源的中蜂幼虫肠道样本的SSR位点进行扩增,有6对引物可鉴定出SSR分子标记。【结论】成功组装并注释了中蜂幼虫肠道参考转录组,可为中蜂及其幼虫的分子生物学及组学研究提供重要的参考信息,也可用于补充、丰富和检验东方蜜蜂的参考基因组,基于此转录组数据开发出6个中蜂的SSR分子标记,可应用于中蜂的基因图谱构建、基因多样性分析、基因定位等研究,也说明利用转录组数据开发非模式生物SSRs的方法可行。
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| 关 键 词： | RNA seq 参考转录组 中华蜜蜂 unigene SSR |
| 收稿时间： | 2016-09-29 |
De novo Transcriptome Assembly for Apis cerana cerana Larval Gut and Identification of SSR Molecular Markers |
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| XU XiJian,GUO Rui,LUO Qun,XIONG CuiLing,LIANG Qin,ZHANG ChuanLian,ZHENG YanZhen,ZHANG ZhaoNan,HUANG ZhiJian,ZHANG Lu,LI WenDong,CHEN DaFu. De novo Transcriptome Assembly for Apis cerana cerana Larval Gut and Identification of SSR Molecular Markers[J]. Scientia Agricultura Sinica, 2017, 50(6): 1157-1166. DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2017.06.016 |
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| Authors: | XU XiJian GUO Rui LUO Qun XIONG CuiLing LIANG Qin ZHANG ChuanLian ZHENG YanZhen ZHANG ZhaoNan HUANG ZhiJian ZHANG Lu LI WenDong CHEN DaFu |
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| Affiliation: | 1.College of Bee Science, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002;2.Apiculture Institute of Jiangxi Province, Nanchang 330201 |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | RNA seq de novo assembly Apis cerana cerana unigenes SSR |
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