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本氏针茅SRAP PCR反应体系的建立及引物筛选
引用本文:井赵斌,俞靓,魏琳,程积民.本氏针茅SRAP PCR反应体系的建立及引物筛选[J].草业科学,2012,29(2):219-228.
作者姓名:井赵斌  俞靓  魏琳  程积民
作者单位:1. 西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌,712100
2. 西北农林科技大学资源与环境学院,陕西杨凌,712100
3. 西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100/西北农林科技大学资源与环境学院,陕西杨凌712100/中国科学院水利部水土保持研究所,陕西杨凌712100
基金项目:中国科学院重要方向项目,国家重点基础研究发展计划973项目,国家自然科学基金重点项目,农业部"现代农业产业技术体系建设专项资金"
摘    要:以本氏针茅(Stipa bungeana)幼嫩叶片为材料,建立适合本氏针茅基因组DNA提取的改良CTAB法,在此基础上采用正交试验设计和单因素分析相结合的方法,对本氏针茅SRAP PCR反应体系中的5个主要因素(DNA、Taq酶、dNTPs、Mg2+和引物)进行优化,旨在建立适合本氏针茅SRAP分析的反应体系。结果表明,在20 μL总的反应体系中各组分的加入量分别为:DNA(20 ng·μL-1)3 μL、Taq DNA酶(5 U·μL-1)0.2 μL、dNTPs(2.5 mmol·L-1)1.4 μL、引物(10 μmol·L-1)1.0 μL、Mg2+ (25 mmol·L-1)2.0 μL、10×Buffer 2.5 μL、ddH2O 8.9 μL。体系验证和引物筛选试验表明,该体系适于本氏针茅遗传多样性分析,该体系的建立可为本氏针茅种质资源遗传多样性研究和黄土高原植被恢复及生态建设提供理论基础。

关 键 词:本氏针茅  SRAP  体系优化  引物筛选

Establishment of the SRAP-PCR reaction system and selection of the primers in Stipa bungeana
JING Zhao-bin,YU Jing,WEI Lin,CHENG Ji-min.Establishment of the SRAP-PCR reaction system and selection of the primers in Stipa bungeana[J].Pratacultural Science,2012,29(2):219-228.
Authors:JING Zhao-bin  YU Jing  WEI Lin  CHENG Ji-min
Institution:1,2,3(1.College of Animal Science and Technology,Northwest A & F University,Yangling 712100,China; 2.College of Resources and Environment,Northwest A & F University,Yangling 712100,China; 3.Institute of Soil and Water Conservation,Chinese Academy of Sciences and Ministry of Water Resources,Yangling 712100,China)
Abstract:An improved CTAB method,suitable for isolating genomic DNA of Stipa bungeana,using the young leaves of this grass speicies,was established in a previous study.Based on this result,an orthogonal design and a factor analysis method were combined to optimize the SRAP-PCR reaction system of S.bungeana,including five main factors: DNA,Taq Polymerase,dNTPs,Mg2+ and primers.The results indicated that the optimum concentrations of each component in the 20 μL reaction system were: DNA(20 ng·μL-1)3 μL,Taq Polymerase(5 U·μL-1) 0.2 μL,dNTPs(2.5 mmol·L-1) 1.4 μL,primer(10 μmol·L-1)1.0 μL,Mg2+(25 mmol·L-1) 2.0 μL,10×Buffer 2.5 μL,ddH2O 8.9 μL.This reaction system has been experimentally validatied and primers selected,and should be a suitable system for the genetic diversity analysis of S.bungeana.This SRAP-PCR reaction system could provide a basis for the analysis of genetic diversity within S.bungeana germplasm resources,with applications being vegetation restoration and ecological reconstruction in the loess plateau.
Keywords:Stipa bungeana  SRAP  system optimization  selection of the primers
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