| 基于刚毛柽柳转录组测序的EST-SSR标记识别与开发 |
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| 引用本文： | 李佳彬,黄蕾,张雅楠,贾媛媛,田芸芸,张雷,党振华.基于刚毛柽柳转录组测序的EST-SSR标记识别与开发[J].草业科学,2022,38(4):630-639. |
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| 作者姓名： | 李佳彬 黄蕾 张雅楠 贾媛媛 田芸芸 张雷 党振华 |
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| 作者单位： | 内蒙古大学生态与环境学院 / 蒙古高原生态与资源利用教育部重点实验室 / 内蒙古草地生态学重点实验室,内蒙古 呼和浩特010021;内蒙古大学生命科学学院 / 牧草与特色作物生物技术教育部重点实验室,内蒙古 呼和浩特 010021;内蒙古自治区林业科学研究院,内蒙古 呼和浩特 010010;内蒙古大青山森林生态系统定位观测研究站,内蒙古 呼和浩特 010010 |
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| 基金项目： | 国家林业和草原局林业科技发展项目(KJZXSA2019047)%内蒙古自治区自然科学基金(2020MS03005) |
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| 摘 要： | 表达序列标签-简单序列重复(EST-SSR)能为植物适应环境提供分子基础.通过对5个不同样地刚毛柽柳(Tamarix hispida)进行转录组测序、组装及比较,共识别出该物种1187个多态性EST-SSR位点.其中,三核苷酸重复数目最多(54.42％),其次是二核苷酸重复(37.66％).分别有500、176和211个EST-SSRs位于829个转录本的编码区(CDSs)、3′非翻译区(UTRs)和5′U T R s中;AGC/GCT、AT/AT和AG/CT重复类型的EST-SSRs分别在各基因区域内出现频率最高;含多态性SSRs的基因序列主要被注释到"调节转录"、"转录因子活性"、"细胞核"等GO条目,以及"代谢途径"和"植物激素信号转导"等KEGG代谢通路;通过PCR扩增、测序及毛细管电泳验证,从15个随机挑选的SSR位点中开发出13个多态性SSR标记.本研究为开展刚毛柽柳的种群遗传学和SSR变异相关的适应进化机理研究奠定了基础.
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| 关 键 词： | 刚毛柽柳 高通量测序 EST-SSR 标记开发 功能注释 |
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