含74个腺嘌呤poly（A）尾的猪水泡病病毒HK／70株3’非编码区的克隆及其特征分析

应用3’RACE法降落式扩增并克隆了猪水泡病病毒（SVDV）HK／70株基因组3’端的真实序列。测序结果表明，所扩增的目的基因片段长4200nt，包括非结构蛋白编码区（P2和P3）、3’端非编码区和poly（A）尾，其中3’NTR位于终止密码子TAA之后，长99nt，poly（A）至少含有74个腺嘌呤碱基。经与参考毒株进行序列比较，结果显示，HK／70株与J1’73、H／3’76和AUG／22／90株的核苷酸同源性较高，为99．0％（仅第65位碱基不同），而与NET／1／92参考毒株的核苷酸同源性较低，为83．3％，与人柯萨奇病毒B5UK／54株（UK／54-CB5）的同源性为75．7％。同时对3’NTR的二级结构进行分析，并与参考毒株和CB5毒株的二级结构进行了比较。结果表明，它们具有协同变异性，有共同的祖先，显示出3’NTR存在支持其功能所必需的一些结构域。