| 基于RNA-Seq筛选ALV-J感染汶上芦花鸡肝差异表达致病相关基因 |
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| 引用本文： | 张会永,吴井生,杨剑波,俞燕,薛倩,殷建玫,朱云芬,朱静,苏一军,李国辉,韩威.基于RNA-Seq筛选ALV-J感染汶上芦花鸡肝差异表达致病相关基因[J].畜牧兽医学报,2020,51(8):2003-2011. |
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| 作者姓名： | 张会永 吴井生 杨剑波 俞燕 薛倩 殷建玫 朱云芬 朱静 苏一军 李国辉 韩威 |
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| 作者单位： | 1. 中国农业科学院家禽研究所, 江苏省家禽遗传育种重点实验室, 扬州 225125;2. 江苏农林职业技术学院, 镇江 212400 |
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| 基金项目： | 江苏农林职业技术学院科技项目（2017kj03）；江苏省六大人才高峰项目（NY-024）；江苏省属公益类科研院所自主科研经费项目（BM2018026-1）；江苏省重点研发计划（现代农业）专项（BE2019353）；江苏省家禽遗传育种重点实验室资助项目（JQSAB-ZZ-202007）；江苏省高校青蓝工项目 |
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| 摘 要： | 为挖掘感染ALV-J汶上芦花鸡的肝差异表达致病相关基因。本研究以汶上芦花鸡为试验素材，分别在42和300日龄进行ALV血液病毒分离检测筛选ALV阴性和阳性个体，对ALV阳性个体有病理变化的肝组织和阴性个体肝组织进行PCR检测，分别选取3只ALV阳性（G1组）和阴性（G2组）个体的肝组织，并对G1组PCR产物测序、聚类分析确定ALV亚型，利用RNA-Seq测序技术筛选差异表达基因，并进行功能分析，利用荧光定量qRT-PCR对部分差异表达基因进行验证。结果表明，G1组样品经PCR检测、PCR扩增产物测序和聚类分析确定ALV为J亚型，转录组分析发现，共有42个差异基因在GO和KEGG中富集，其中，上调基因18个，下调基因24个。随机选取的5个差异表达基因qRT-PCR验证结果与RNA-Seq测序结果相一致。GO分析显示，差异表达基因主要涉及细胞过程、代谢过程、对刺激的反应、免疫系统等；KEGG分析显示，差异表达基因主要富集在细胞过程、信号传导、疾病、新陈代谢等信号通路。本研究通过转录组分析发现了影响ALV-J致病性的多个基因和关键信号通路，为深入了解ALV-J致病的分子机制提供了思路。
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| 关 键 词： | 汶上芦花鸡 J亚群白血病病毒 转录组测序 差异表达基因 |
| 收稿时间： | 2020-01-16 |
Application of RNA-Seq Technology for Screening the Differentially Expressed Pathogenic Genes in Wenshang Barred Chicken Liver Infected by Subgroup J Avian Leukosis Virus |
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| ZHANG Huiyong,WU Jingsheng,YANG Jianbo,YU Yan,XUE Qian,YIN Jianmei,ZHU Yunfen,ZHU Jing,SU Yijun,LI Guohui,HAN Wei.Application of RNA-Seq Technology for Screening the Differentially Expressed Pathogenic Genes in Wenshang Barred Chicken Liver Infected by Subgroup J Avian Leukosis Virus[J].Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica,2020,51(8):2003-2011. |
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| Authors: | ZHANG Huiyong WU Jingsheng YANG Jianbo YU Yan XUE Qian YIN Jianmei ZHU Yunfen ZHU Jing SU Yijun LI Guohui HAN Wei |
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| Institution: | 1. Key Laboratory for Poultry Genetics and Breeding of Jiangsu Province, Poultry Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Yangzhou 225125, China;2. Jiangsu Vocational College of Agriculture and Forestry, Zhenjiang 212400, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Wenshang Barred chicken ALV-J RNA-Seq differentially expressed gene |
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