福建省一株猪瘟病毒流行毒株全基因组序列测定与分析 |
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引用本文: | 魏春华,刘建奎,戴爱玲,曾建平,林炜明,杨小燕.福建省一株猪瘟病毒流行毒株全基因组序列测定与分析[J].动物医学进展,2018(10). |
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作者姓名: | 魏春华 刘建奎 戴爱玲 曾建平 林炜明 杨小燕 |
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作者单位: | 龙岩学院生命科学学院福建省家畜传染病防治与生物技术重点实验室福建省生猪疫病防控工程技术研究中心 |
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摘 要: | 根据GenBank公布的猪瘟病毒(CSFV)标准参考毒株全基因组序列,设计11对引物,应用RTPCR方法分别对11个片段进行福建流行毒株CN-FJLY的全基因组扩增,与参考毒株进行序列分析比较。结果表明,福建流行毒株CN-FJLY基因组全长为12 296bp,与参考毒株SXCDK、HEBZ、GXWZ02、HNLY-2011和Zj0801的全基因组核苷酸同源性为93.0%~97.0%,而与1.1亚群的中国强毒Shimen、疫苗株HCLV全基因组核苷酸同源性为84.4%~85.3%。基于全基因组及E2基因构建的遗传进化树分析结果表明福建流行毒株CN-FJLY属于2.1b亚群,与Shimen株、HCLV疫苗株亲缘关系较远。与HCLV相比较CN-FJLY基因组变异较大的是5′UTR、Ems、E2、p7、NS2、NS5A、NS5B和3′UTR。综上说明福建省猪瘟病毒流行毒株正在向远离疫苗株的方向变异。
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